兔Apo-A1基因多态性及其与部分生产性状的关联研究

论文摘要

本实验以哈尔滨白兔、天府黑兔、比利时兔、齐卡巨型兔及加利福尼亚兔5个肉兔品种共220个体为实验材料,采用PCR-SSCP技术对家兔Apo-Al基因TATA框、外显子1和外显子4所在区域单核苷酸多态性（SNPs）进行检测,并分析SNPs与家兔部分生产性状的相关性。结果如下:在Apo-Al基因扩增片段中共发现3个SNP多态位点,分别位于Apo-Al基因序列的207bp、1022 bp和1023 bp处。207 bp处发生一个A的缺失突变;1022 bp处发生C→A的颠换突变;1023 bp处发生G→A的转换突变。经PCR-SSCP分析,SNP+207位点发现A、B 2个等位基因,频率分别为0.5302和0.4368,AA、AB、BB 3种基因型的频率分别为0.3481、0.3649、0.287。SNP+1022+1023位点发现C、D 2个等位基因,频率分别为0.5700、0.4300,CC、CD、DD 3种基因型的频率分别为0.3228、0.4934、0.1838。遗传多态性指标分析揭示:3个SNP多态位点在所研究的5个群体中均显示中度多态（0.25＜PIC＜0.50）。通过对5个品种兔生产性状的比较,哈白兔对应的料肉比显著低于四个品种（P＜0.05）。齐卡兔对应的135日龄体重最高,达到2.5554,显著高于其它的4个品种（P＜0.05）。齐卡兔和天府黑兔对应的全净膛分别为1.1982、1.2314,显著高于其他三个品种。天府黑兔对应的屠宰率最高,达到0.4904,显著高于其它的4个品种（P＜0.05）。对3个SNP多态位点3种基因型与生产性状相关的分析表明,SNP+207位点BB型个体的料肉比、屠宰率、熟肉率显著高于其它基因型个体（P＜0.05）,SNP+1022+1023位点基因型CC的全净膛、屠宰率、熟肉率显著显著高于其它基因型（P＜0.05）,单倍型组合BBCC的135日龄体重、屠宰率和全净膛最小二乘均值都显著高于其它单倍型（P＜0.05）。可见,兔Apo-Al基因207bp、1022bp和1023bp的碱基突变显著影响兔全净膛重、屠宰率和熟肉率,这3个位点可能是兔屠体性状标记辅助选择的遗传标记,可考虑将Apo-Al基因作为影响兔部分生产性状的候选基因。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 1 文献综述
• 1.1 Apo-A1来源及结构
• 1.2 Apo-A1基因的功能
• 1.2.1 Apo-A1在HDL颗粒形成中的作用
• 1.2.2 Apo-A1与细胞胆固醇的移出
• 1.2.3 Apo-A1与LCAT的激活
• 1.2.4 Apo-A1与其它血浆因子的结合
• 1.3 Apo-A1基因的表达
• 1.4 Apo-A1基因的研究进展
• 1.5 单链构象多态性技术的研究概况
• 1.5.1 SSCP的建立与发展
• 1.5.2 PCR-SSCP方法的特点
• 1.5.3 PCR-SSCP的应用
• 1.5.4 SNP及其研究方法
• 1.6 本研究的目的意义和内容
• 2 试验材料与方法
• 2.1 试验材料
• 2.1.1 材料来源
• 2.1.2 试验数据收集
• 2.1.3 试验主要仪器设备
• 2.1.4 试验主要试剂及配置
• 2.2 实验方法
• 2.2.1 样品的采集
• 2.2.2 设计引物
• 2.2.3 基因组DNA提取
• 2.2.4 PCR反应条件
• 2.2.5 PCR扩增产物的PCR-SSCP分析及基因型判定
• 2.3 序列测定
• 2.4 数据统计分析
• 2.4.1 基因频率和基因型频率的计算
• 2.4.2 遗传多态性分析
• 2.4.3 Hardy-Weinberg平衡状态的检验
• 2.4.4 Apo-A1基因多态性位点的遗传效应
• 3 结果与分析
• 3.1 模板DNA的抽提结果
• 3.2 引物扩增结果
• 3.4 不同基因型序列分析
• 3.4.1 不同基因型测序结果
• 3.4.2 不同物种间序列的同源性分析
• 3.5 基因的遗传特征分析
• 3.5.1 各品种2个基因座的基因型频率与基因频率分析
• 3.5.2 Apo-A1基因的遗传纯合度、杂合度、多态信息含量的分析
• 3.5.3 Hardy-Weinberg平衡的检验
• 3.6 生产性状的相关性分析
• 3.6.1 不同品种兔生产性状的比较分析
• 3.6.2 各基因型对生产性状的遗传效应分析
• 3.6.3 3个多态位点单倍型组合对生产性状的影响
• 4 讨论
• 4.1 DNA抽提
• 4.2 PCR反应体系与反应条件的优化
• 4.3 5个兔品种的遗传特征分析
• 4.4 兔Apo-A1基因多态性与生产性状的关系
• 4.4.1 品种对生产性状的影响
• 4.4.2 各基因型对生产性状的影响
• 5 结论
• 参考文献
• 致谢