本文主要研究内容
作者章霞,柳敏海,李凌刚,徐志进,李伟业,殷小龙,傅荣兵（2019）在《东海带鱼(Trichiurus japanicus)肝脏转录组SSR和SNP特征分析》一文中研究指出：本研究以东海带鱼转录组测序数据为基础,采用MISA软件进行SSR筛选,利用Samtools和GATK进行SNP筛选,并进行SSR和SNP的特征分析。结果共获得SSR 49 311个,其中完整的微卫星共有44 625个,复合型SSR数目为4 687个。SSR片段长度11～374 bp。重复长度小于20 bp的序列,有30 997条,其中长度在12～20 bp的SSR为7 523个,约占总数的29.35%,呈中等多态性,重复长度大于20 bp长序列为13 627个,约占总数的53.18%,呈较高多态性;共获得SNP位点数876 199个,其中颠换335 218个,转换540 981个,转换、颠换比例为1.61∶1。在非编码区的SNP数量为578 020个;在编码区的SNP总数298 179个,在编码区的碱基转换类型中C→T占比最高,为22.09%。另本研究提供了SSR和SNP原始引物各10对。研究结果可为今后带鱼的分子标记开发、遗传连锁图谱构建以及种质资源保护等提供基础数据。
Abstract
ben yan jiu yi dong hai dai yu zhuai lu zu ce xu shu ju wei ji chu ,cai yong MISAruan jian jin hang SSRshai shua ,li yong Samtoolshe GATKjin hang SNPshai shua ,bing jin hang SSRhe SNPde te zheng fen xi 。jie guo gong huo de SSR 49 311ge ,ji zhong wan zheng de wei wei xing gong you 44 625ge ,fu ge xing SSRshu mu wei 4 687ge 。SSRpian duan chang du 11～374 bp。chong fu chang du xiao yu 20 bpde xu lie ,you 30 997tiao ,ji zhong chang du zai 12～20 bpde SSRwei 7 523ge ,yao zhan zong shu de 29.35%,cheng zhong deng duo tai xing ,chong fu chang du da yu 20 bpchang xu lie wei 13 627ge ,yao zhan zong shu de 53.18%,cheng jiao gao duo tai xing ;gong huo de SNPwei dian shu 876 199ge ,ji zhong dian huan 335 218ge ,zhuai huan 540 981ge ,zhuai huan 、dian huan bi li wei 1.61∶1。zai fei bian ma ou de SNPshu liang wei 578 020ge ;zai bian ma ou de SNPzong shu 298 179ge ,zai bian ma ou de jian ji zhuai huan lei xing zhong C→Tzhan bi zui gao ,wei 22.09%。ling ben yan jiu di gong le SSRhe SNPyuan shi yin wu ge 10dui 。yan jiu jie guo ke wei jin hou dai yu de fen zi biao ji kai fa 、wei chuan lian suo tu pu gou jian yi ji chong zhi zi yuan bao hu deng di gong ji chu shu ju 。
论文参考文献
论文详细介绍
论文作者分别是来自渔业研究的章霞,柳敏海,李凌刚,徐志进,李伟业,殷小龙,傅荣兵，发表于刊物渔业研究2019年04期论文，是一篇关于东海带鱼论文,转录组论文,渔业研究2019年04期论文的文章。本文可供学术参考使用，各位学者可以免费参考阅读下载，文章观点不代表本站观点，资料来自渔业研究2019年04期论文网站，若本站收录的文献无意侵犯了您的著作版权，请联系我们删除。
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