本文主要研究内容
作者陈华峰,田可川,黄锡霞,阿布来提苏来曼,何军敏,田月珍,徐新明,付雪峰,赵冰茹,朱桦,哈尼克孜吐拉甫（2019）在《苏博美利奴羊毛囊发育相关lncRNA与mRNA共表达网络的构建》一文中研究指出：【目的】随着高通量测序技术的发展和完善,海量的转录组测序数据随之涌现,基因网络的方法也越来越多被用于研究中;细毛羊毛囊发育受多个基因及lncRNA共同调控,单独研究某一分子并不足以发现其调控机制,本研究旨在构建毛囊发育相关lncRNA和mRNA的共表达网络,挖掘细毛羊毛囊发育的潜在候选基因。【方法】以苏博美利奴羊胎龄65 d（D65）、85 d（D85）、105 d（D105）、135 d（D135）的胎儿以及出生后7 d（A7）、30 d（A30）的羔羊肩胛部皮肤组织,每个时期有3个生物学重复,共18个样本,进行转录组测序以获得6个不同发育时期的lncRNA与mRNA表达谱数据,筛选出相邻时期的差异表达lncRNA与mRNA,运用加权基因共表达网络分析（weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）方法构建共表达模块,使用DAVID在线工具进行GO（gene ontology）和KEGG pathway富集分析以找到与毛囊发育相关的模块,最后从目标模块筛选高连通度的lncRNA与mRNA使用Cytoscape软件进行网络可视化。【结果】从表达谱数据中筛选得到9 070个差异表达的lncRNA与mRNA,运用WGCNA方法得到11个模块,使用DAVID富集分析发现honeydew1、paleturquoise、skyblue2模块中的基因富集在皮肤发育、毛囊发育、毛囊形态发生、Wnt信号通路负调控、细胞粘附等生物过程,以及Wnt信号通路、TGF-β信号通路、Hedgehog信号通路、紧密连接、MAPK信号通路、ECM-受体相互作用等毛囊发育相关的信号通路,并筛选这3个模块中连通度高的lncRNA和mRNA构建了子网络,得到包括TGFB2、CTSB、SFN、SPINT1、FAM83G、GSDMA、MPZL3、VIM、CRABP1在内的毛囊发育相关基因,预测出ENSOART00000029117、TCONS00489976、TCONS00376759等24个lncRNA的可能靶基因。【结论】首次运用WGCNA方法构建了苏博美利奴羊毛囊发育相关lncRNA与mRNA的共表达网络,鉴别出3个毛囊发育相关的共表达模块,发现多个与毛囊发育相关的潜在候选基因,并预测出24个lncRNA可能的靶基因。
Abstract
【mu de 】sui zhao gao tong liang ce xu ji shu de fa zhan he wan shan ,hai liang de zhuai lu zu ce xu shu ju sui zhi chong xian ,ji yin wang lao de fang fa ye yue lai yue duo bei yong yu yan jiu zhong ;xi mao yang mao nang fa yo shou duo ge ji yin ji lncRNAgong tong diao kong ,chan du yan jiu mou yi fen zi bing bu zu yi fa xian ji diao kong ji zhi ,ben yan jiu zhi zai gou jian mao nang fa yo xiang guan lncRNAhe mRNAde gong biao da wang lao ,wa jue xi mao yang mao nang fa yo de qian zai hou shua ji yin 。【fang fa 】yi su bo mei li nu yang tai ling 65 d（D65）、85 d（D85）、105 d（D105）、135 d（D135）de tai er yi ji chu sheng hou 7 d（A7）、30 d（A30）de gao yang jian jia bu pi fu zu zhi ,mei ge shi ji you 3ge sheng wu xue chong fu ,gong 18ge yang ben ,jin hang zhuai lu zu ce xu yi huo de 6ge bu tong fa yo shi ji de lncRNAyu mRNAbiao da pu shu ju ,shai shua chu xiang lin shi ji de cha yi biao da lncRNAyu mRNA,yun yong jia quan ji yin gong biao da wang lao fen xi （weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）fang fa gou jian gong biao da mo kuai ,shi yong DAVIDzai xian gong ju jin hang GO（gene ontology）he KEGG pathwayfu ji fen xi yi zhao dao yu mao nang fa yo xiang guan de mo kuai ,zui hou cong mu biao mo kuai shai shua gao lian tong du de lncRNAyu mRNAshi yong Cytoscaperuan jian jin hang wang lao ke shi hua 。【jie guo 】cong biao da pu shu ju zhong shai shua de dao 9 070ge cha yi biao da de lncRNAyu mRNA,yun yong WGCNAfang fa de dao 11ge mo kuai ,shi yong DAVIDfu ji fen xi fa xian honeydew1、paleturquoise、skyblue2mo kuai zhong de ji yin fu ji zai pi fu fa yo 、mao nang fa yo 、mao nang xing tai fa sheng 、Wntxin hao tong lu fu diao kong 、xi bao nian fu deng sheng wu guo cheng ,yi ji Wntxin hao tong lu 、TGF-βxin hao tong lu 、Hedgehogxin hao tong lu 、jin mi lian jie 、MAPKxin hao tong lu 、ECM-shou ti xiang hu zuo yong deng mao nang fa yo xiang guan de xin hao tong lu ,bing shai shua zhe 3ge mo kuai zhong lian tong du gao de lncRNAhe mRNAgou jian le zi wang lao ,de dao bao gua TGFB2、CTSB、SFN、SPINT1、FAM83G、GSDMA、MPZL3、VIM、CRABP1zai nei de mao nang fa yo xiang guan ji yin ,yu ce chu ENSOART00000029117、TCONS00489976、TCONS00376759deng 24ge lncRNAde ke neng ba ji yin 。【jie lun 】shou ci yun yong WGCNAfang fa gou jian le su bo mei li nu yang mao nang fa yo xiang guan lncRNAyu mRNAde gong biao da wang lao ,jian bie chu 3ge mao nang fa yo xiang guan de gong biao da mo kuai ,fa xian duo ge yu mao nang fa yo xiang guan de qian zai hou shua ji yin ,bing yu ce chu 24ge lncRNAke neng de ba ji yin 。
论文参考文献
论文详细介绍
论文作者分别是来自中国农业科学的陈华峰,田可川,黄锡霞,阿布来提苏来曼,何军敏,田月珍,徐新明,付雪峰,赵冰茹,朱桦,哈尼克孜吐拉甫，发表于刊物中国农业科学2019年19期论文，是一篇关于苏博美利奴羊论文,毛囊发育论文,中国农业科学2019年19期论文的文章。本文可供学术参考使用，各位学者可以免费参考阅读下载，文章观点不代表本站观点，资料来自中国农业科学2019年19期论文网站，若本站收录的文献无意侵犯了您的著作版权，请联系我们删除。
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