论文题目: 杭州地区腐霉种及腐霉属分子系统学研究
论文类型: 博士论文
论文专业: 植物病理学
作者: 楼兵干
导师: 张炳欣
关键词: 腐霉,分子系统学,形态学,序列,种专一性引物
文献来源: 浙江大学
发表年度: 2005
论文摘要: 腐霉属Pythium Pringsheim是卵菌纲中一类重要的植物病原菌。由于腐霉形态多样,有些形态又难以形成,采用传统的方法,难以区分形态与习性相似的种,或者将形态与习性相似但亲缘关系相距甚远的群体置于同一个种内,造成了不少混乱。以形态学为基础并结合分子系统学研究,是解决上述问题的一个有效途径。 1.对采自杭州郊区的34株腐霉,根据van der Plaats-Niterink(1981)的腐霉分类系统,共鉴定到11个种,分别是P. spinosum Sawada、P. ultimum var. ultimum Trow、P. debaryanum Hesse、P. sylvaticum Campbell & Hendrix、P. irregulare Buisman、P. oligandrum Drechsler、P. myriotylum Drechsler、P. dissotocum Drechsler、P. graminicola Subramanian、P. acanthicum Drechslery和P. aphanidermatum (Edson)Fitzp.,其中P. sylvaticum为国内腐霉新纪录种,P. myriotylum为浙江省新纪录种。优势种为刺腐霉与终极腐霉,二者出现的频率分别为29.4%和17.6%。 2.对腐霉属中代表各种形态和性状的58种计67株腐霉和疫霉属中代表6个组的6种疫霉的rDNAITS进行了分析,以海生疫霉为外群,按邻接法构建系统发育树。结果表明: (1) 被称为“中间属”或“独立属”或“边缘种”的5种腐霉P. ostracodes,P. chamaehyphon,P. carbonicum,P. montanum和P. vexans,在系统发育上介于其它腐霉种与疫霉之间,但仍与腐霉聚成一大组,Bootstrap的支持率为67%。作者认为把这一类群的腐霉称为腐霉“边缘种群”更妥,但不支持建立“独立属”的提法。 (2) 已从腐霉属中划出归为疫霉属的P. undulatum与腐霉的亲缘关系比疫霉近,系统发育树中与52种腐霉聚成一大组,支持率为100%,说明该种归为腐霉属比归为疫霉属更合适。 (3) 其余52种腐霉分成Ⅰ、Ⅱ两组:第1组31种腐霉,其中30种腐霉的孢子囊为球形,占96.8%;第Ⅱ组21种腐霉,其中19种腐霉的孢子囊为丝状、瓣状或裂片状,占90.5%。表明腐霉的系统发育与孢子囊的形态密切相关。在腐霉属中孢子囊形态应是具有分类意义的第一重要性状。腐霉属的其它性状如藏卵器壁
论文目录:
致谢
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
1.1 腐霉属的形态和分类学研究
1.1.1 引言
1.1.2 腐霉属分类历史、分类地位及属下分类单位
1.1.2.1 分类历史
1.1.2.2 分类地位
1.1.2.3 属下分类单位
1.1.3 腐霉形态特征
1.1.3.1 营养体
1.1.3.2 孢子囊和游动孢子
1.1.3.3 藏卵器、卵孢子和雄器
1.1.4 腐霉分类研究
1.1.5 只形成膨大体腐霉
1.1.6 异宗配合腐霉
1.1.7 具重寄生作用腐霉
1.1.8 我国腐霉分类研究
1.2 腐霉分子系统学研究进展
1.2.1 蛋白质电泳和同工酶技术
1.2.2 RFLP技术
1.2.3 RAPD技术
1.2.4 nrDNA-ITS技术
1.2.4.1 ITS结构
1.2.4.2 ITS序列分析过程
1.2.4.3 ITS区域的DNA序列比对
1.2.4.4 ITS序列在腐霉菌鉴定和系统发育分析中的应用
1.3 腐霉菌分类与鉴定研究存在的问题与展望
1.4 本研究的目的与研究思路
参考文献
第二章 腐霉种的形态学研究
2.1 材料与方法
2.1.1 培养基
2.1.1.1 VP_3选择性培养基
2.1.1.2 CMA培养基
2.1.1.3 PCA培养基
2.1.1.4 PS液
2.1.3 腐霉种的鉴定
2.1.3.1 鉴定依据
2.1.3.2 鉴定方法
2.1.3.3 培养性状的观察
2.2 结果与分析
2.2.1 各腐霉种培养性状及形态特征的描述
2.2.1.1 Pythium acanthicum Drechsler
2.2.1.2 Pythium aphanidermatum (Edson) Fitzp.
2.2.1.3 Pythium debaryanum Hesse
2.2.1.4 Pythium dissotocum Drechsler
2.2.1.5 Pythium. graminicola Subramanian
2.2.1.6 Pythium irregulare Buisman
2.2.1.7 Pythium myriotylum Drechsler
2.2.1.8 Pythium oligandrum Drechsler
2.2.1.9 Pythium spinosum Sawada
2.2.1.10 Pythium sylvaticum Campbell & Hendrix
2.2.1.11 Pythium ultimum var. ultimum Trow
2.2.2 腐霉种的来源及杭州郊区优势腐霉种
2.3 讨论
2.3.1 腐霉属模式种与模式菌株
2.3.2 杭州郊区腐霉优势种
2.3.3 腐霉种类分离与鉴定
2.3.4 异宗配合腐霉种P.sylvaticum的鉴定
参考文献
第三章 基于ITS序列探讨部分腐霉种的系统发育与其形态特征
3.1 材料与方法
3.1.1 腐霉基因组DNA的提取
3.1.1.1 供试腐霉菌株
3.1.1.2 腐霉菌丝体的培养与收集
3.1.1.3 腐霉菌基因组DNA的提取与纯化
3.1.1.4 基因组DNA浓度测定
3.1.2 腐霉rDNA ITS序列的测定
3.1.2.1 PCR反应体系和循环参数
3.1.2.2 PCR扩增产物检测
3.1.2.3 核糖体DNA ITS序列测定
3.1.3 基于rDNA ITS序列构建系统发育树
3.1.3.1 用于腐霉系统发育分析的菌株
3.1.3.2 系统发育分析
3.2 结果与分析
3.2.1 腐霉基因组DNA
3.2.2 腐霉的系统发育分析及其与形态特征的关系
3.2.3 杭州郊区9种腐霉与模式菌株或代表性菌株的相似性比较
3.3 讨论
参考文献
第四章 基于rDNA ITS序列探讨终极腐霉变种之间的亲缘关系
4.1 材料与方法
4.1.1 终极腐霉菌株的鉴定
4.1.2 用P.ultimum特异性引物扩增PCR
4.1.3 供试菌株
4.1.4 DNA提取、PCR扩增、序列测定
4.1.5 用于构建系统发育树的菌株
4.1.6 序列分析和系统树的构建
4.2 结果与分析
4.2.1 用特异性和通用PCR引物扩增P.ultimum
4.2.2 序列比对分析
4.2.3 亲缘关系分析
4.3 讨论
参考文献
第五章 Pythium sylvaticum专一性PCR引物的研究
5.1 材料与方法
5.1.1 供试菌株
5.1.2 PCR种专性引物设计
5.1.3 引物特异性测定
5.1.4 PCR扩增产物检测
5.2 结果与分析
5.2.1 P.sylvaticum核糖体内转录间隔区(ITS)核苷酸序列测定和相似性比较
5.2.2 寡聚核苷酸PCR引物的设计
5.2.3 引物PSF1和PSR2专性扩增P.sylvaticum核糖体DNA的有效性
5.3 讨论
参考文献
全文小结
附录A 博士期间发表与本论文相关的文章
附录B 图表目录
附录C 主要化学试剂及缓冲液配制
附录D 缩略词
附录E 分子系统研究中序列比对结果
发布时间: 2005-07-22
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