中国鲽形目鱼类的DNA分子条形码及褐牙鲆的遗传多样性研究

论文摘要

本文利用DNA条形码技术对50种鲽形目（Pleuronectiformes）鱼类的分类进行了探讨,采用线粒体控制区（control region）基因序列分析研究了中国近海褐牙鲆（Paralichthys） （olivaceus） 6个地理群体的遗传多样性和遗传结构。主要结果如下：一、测定了鲽形目7科18属31种76尾标本652bp的线粒体COI序列,结合从Genbank下载的与本研究同属或同种的同源序列83条。基于K2P模型的平均种间遗传距离为0.195,除了大牙斑鲆（Pseudorhombus arsiu）,眼斑豹鳎（Pardachirrus pavoninus）,大口羊舌鲆（Arnoglossus laterna）,斑头舌鳎（Cynoglossus puncticeps）,东亚单孔舌鳎（Cynoglossus itinus）,蛾眉条鳎（Zebrias quagga）外,其它鱼类的种内遗传距大部分为0,平均为0.004,表明CO1序列对鲽形目鱼类鉴定具有很好的区分能力。这6个种内遗传距离偏大的物种全部采自不同地点,由不同的研究者鉴定,说明人为因素会对鉴定结果产生很大的影响。在基于K2P距离的邻接树上,有3个属内的鱼不能被很好的区分,它们是斑鲆属（Pseudorhombus）、舌鳎属（Cynoglossus）和羊舌鲆属（Arnoglossus）内部的鱼类,这3个属内部物种的分类地位需要进一步讨论。角鳎（Aesopia cornuta）和卵鳎（Solea ovata）形态差异明显却聚在一起,其物种有效性值得商榷。结合已报道的核糖体ITS1、线粒体16SrRNA研究报道以及本文结果,支持短吻三线舌鳎（Cynoglossus abbreviatus）和紫斑舌鳎（Cynoglossus purpureomaculatus）可能是同种异名的观点。二、分析了中国近海6个地理群体的107尾褐牙鲆样本,得到了602bp的线粒体控制区5’端序列片段。共检测到104个多态位点,发现66个单倍型,平均单倍型多样性（Hd）和核苷酸多样性（π）分别为0.986（0.879-0.990）和0.02483（0.01449-0.02603）,表明中国近海褐牙鲆群体的具有较高的遗传多样性。AMOVA分析结果显示变异主要来自于种群内。单倍型核苷酸不配对分布（Mismatch）分析呈现单峰及Fu’s Fs （-24.17135, P=0.00）检验表明中国近海褐牙鲆可能经历过种群扩张,扩张时间为56K至144K年前。在邻接树上出现3个谱系分支,各地理群体的单倍型在3个谱系分支中比例相当,说明中国沿海褐牙鲆存在3个进化显著单位,但没有地理结构。建议将遗传多样性水平最高的山东烟台群体作为优先管理保护单位。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 第一章 前言
• 1.鲽形目及褐牙鲆综述
• 1.1 鲽形目鱼类及褐牙鲆概况
• 1.2 鲽形目在海洋底层生态系统中的作用
• 1.3 鲽形目鱼类的经济价值及资源状况
• 1.4 鲽形目分类上存在的问题
• 1.5 褐牙鲆在西北太平洋边缘海域生物地理研究中的意义
• 2.分子标记综述
• 2.1 DNA分子标记
• 2.2 线粒体DNA、线粒体控制区及细胞色素氧化酶1（CO1）基因简介
• 2.3 线粒体控制区序列在鱼类研究中的应用
• 3.DNA条形码综述
• 3.1 DNA条形码简介
• 3.2 DNA条形码在物种辅助分类中的研究进展
• 3.3 DNA条形码研究的适用性和优势
• 3.4 DNA条形码技术的应用流程
• 3.5 鲽形目鱼类起源和演化及分子系统学研究概况
• 3.6 褐牙鲆的分子标记研究现状
• 4.本文研究的意义和目的
• 第二章 材料与方法
• 1.实验所用标本
• 2.实验仪器和主要试剂
• 2.1 实验仪器
• 2.2 主要试剂
• 3.实验方法
• 3.1 DNA提取与检测
• 3.2 PCR扩增
• 3.3 PCR产物测序
• 4.数据分析
• 第三章 结果与讨论
• 一 基于CO1基因的鲽形目分子条形码研究
• 1.结果
• 1.1 鲽形目鱼类的CO1基因序列特征及其变异
• 1.2 种间种内的遗传距离
• 1.2.1 种间的遗传距离
• 1.2.2 种内的遗传距离
• 1.3 系统发育分析
• 2.讨论
• 2.1 种间种内遗传距离
• 2.2 鲽形目在系统树上的聚类情况分析
• 2.3 DNA条形码技术在物种鉴定中的局限性
• 3.结论
• 二 基于线粒体控制区的中国近海褐牙鲆遗传多样性研究
• 1.研究结果
• 1.1 褐牙鲆线粒体控制区序列特征
• 1.2 中国近海褐牙鲆的单倍型和群体遗传多样性分析
• 1.3 中国近海褐牙鲆的遗传结构
• 1.4 中国近海褐牙鲆的遗传分化
• 1.5 中国近海褐牙鲆群体的种群历史动态分析
• 2 讨论
• 2.1 中国近海褐牙鲆群体的遗传多样性
• 2.2 中国近海褐牙鲆群体的种群结构
• 2.3 中国近海褐牙鲆群体的种群动态
• 2.4 褐牙鲆资源的保护和管理
• 参考文献
• 攻读硕士学位期间发表的论文
• 致谢