猪两个与脂肪性状相关基因的分离、定位、SNP筛查及其与经济性状的关联分析

论文摘要

分子生物学的诞生及其在猪育种中的应用,为猪遗传育种提供了新的契机。猪高密度基因图谱的建立、对基因的结构、功能以及基因与性状关系等的充分了解,是未来动物分子育种的主要依据。生物信息学的发展和大量公共数据库的共享,为分离、定位基因提供了新的思路。本论文根据猪EST信息和比较基因组策略,分离鉴定了猪的两个新基因,取得了如下的结果:1.依据人cDNA信息获得的猪EST所构建的EST重叠群设计的猪特异引物,从大白猪基因组中分离克隆了CTNNBL1和DGAT2基因完整编码区的cDNA序列。2.利用RH克隆板对CTNNBL1和DGAT2两个基因分别进行了染色体精细定位,结果表明CTNNBL1基因定位在猪17q21-23,连锁标记为SW1920,与标记的距离为69.69cR,LOD值为5.23。DGAT2基因定位在猪2p14-2p17,连锁标记为SWR1445,与标记的距离为67.31cR,LOD值为5.09。3.以大白猪的心、肝、脾、肺、肾、肌肉、脑、小肠和脂肪组织作为研究材料,利用半定量RT-PCR研究猪CTNNBL1和DGAT2基因在各组织的表达谱和表达规律,结果发现CTNNBL1基因在这上述九种组织中均表达,但在心和脾中的表达丰度最高;DGAT2在上述九中组织中广泛表达,但在肝中表达较高。4.在本室与通城县畜牧局种畜场合作所建立的试验群体（含通城、长大通、大长通、长白和大白猪群）中分析了CTNNBL1第8外显子Bsul5Ⅰ-RFLP位点的多态性和DGAT2基因3’非翻译区的BCNⅠ—RFLP位点和缺失突变,利用SPSS中的广义线性模型程序分析了两个基因与部分经济性状的关联,初步研究的结果发现CTNNBL1基因第8外显子的Bsul5Ⅰ—RFLP位点与肩膘和臀膘显著相关（P＜0.05）,最小二乘均数的两两比较发现CC等位基因型个体的肩膘和臀膘比TT型高,达到显著水平（P＜0.05）;DGAT2基因3’非翻译区的BCNⅠ—RFLP位点与6-7肋骨间膘厚显著相关（P＜0.05）;DGAT2基因3’非翻译区的缺失突变与胸腰椎膘厚显著相关（P＜0.05）。5.对CTNNBL1基因第8外显子Bsul5Ⅰ—RFLP位点的多态性进行了遗传多样性检测,计算了CTNNBL1基因的Bsul5Ⅰ—RFLP位点的基因型频率和基因频率,分析了各基因型在不同猪群中的分布差异。

论文目录

• 中文摘要
• ABSTRACT
• 缩略词表
• 主要性状的中英文对照和英文缩写
• 1 前言
• 1.1 研究问题的由来
• 1.2 文献综述
• 1.2.1 猪脂肪性状候选基因的研究进展
• 1.2.2 猪脂肪性状相关基因的分离方法
• 1.2.3 猪基因物理定位技术
• 1.2.4 两个拟分离基因的研究进展
• 1.3 本研究的目的和意义
• 2 材料与方法
• 2.1 材料
• 2.1.1 样品
• 2.1.2 主要试剂及配制
• 2.1.3 主要分子生物学软件、网站和统计软件
• 2.2 试验方法
• 2.2.1 猪基因组DNA的提取
• 2.2.2.总RNA的提取和检测
• 2.3 方法
• 2.3.1 候选基因的分离
• 2.3.2 基因染色体的精细定位—RH法
• 2.3.3 PCR-RFLP方法检测猪CTNNBL1和DGAT2基因的多态性
• 2.3.4 多态标记与性状的关联分析方法
• 2.3.5 利用半定量RT-PCR进行CTNNBL1和DGAT2基因组织表达谱研究的方法
• 3 结果
• 3.1 基因的克隆结果
• 3.2 RH精细定位结果
• 3.3 基因的组织表达谱结果
• 3.4 猪CTNNBL1基因遗传多态检测分型结果
• 3.5 猪CTNNBL1的遗传变异与部分经济性状的关联分析结果
• 3.6 猪DGAT2基因的遗传变异与部分经济性状的关联分析结果
• 4 讨论
• 4.1 关于根据EST的基因分离
• 4.2 关于引物的设计策略
• 4.3 关于CTNNBL1基因和DGAT2基因的组织表达谱
• 4.4 关于CTNNBL1和DGAT2基因的多态性检测及性状关联分析
• 5 小结
• 5.1 本研究获得的结果
• 5.2 本研究的创新点及特色
• 5.3 本研究不足之处及下一步值得研究的工作
• 参考文献
• 致谢
• 附录1:CTNNBL1 CDS序列
• 附录2:DGAT2 CDS序列