论文摘要
MicroRNAs是在真核生物中发现的一类大小长约20～25个核苷酸具有调控功能的的内源性非编码RNA。虽然近年来microRNA不断被发现,但在植物中的研究还比较少,并且主要集中在全基因组序列已测序完成的双子叶模式植物拟南芥和单子叶模式植物水稻中。高山离子芥是一种极其罕见的高山冰缘植物,具有特殊的抗冻生理和分子生物学机制。本研究根据microRNAs的保守性,利用生物信息学计算预测的方法,在高山离子芥中克隆和预测新的microRNAs分子。本研究提取并富集了野生高山离子芥全株的小分子RNA,构建了相关小RNA的pEGM-T Easy载体,共送141个样品测序,获得了121个测序结果。其中18nt～28nt的样本有62个,12nt～17nt的样本有16个。通过patbank软件,在拟南芥全基因组中对该78个序列进行比对,在允许最高3个碱基的不同的情况下,共计有22条RNA搜索到了相应的同源序列。分析该22条RNA搜索到的同源序列上下游各300bp的片段,通过mirfold软件寻找包含测序结果序列的序列片段,并且这样的序列可以折叠成类似于已知的microRNA前体的发夹结构。针对这些片段通过RNAfold软件进行RNA二级结构的折叠分析,共有9条相关RNA搜索到的相应序列可折叠出稳定的microRNA前体发夹结构。对这些序列进行比对分析,确定了这些序列在拟南芥基因组中的位置。CBMIR8,CBMIR18,CBMIR21位于相关基因的编码区;CBMIR4,CBMIR9,CBMIR14,CBMIR15,CBMIR19是处于基因间隔区,CBMIR11是处于基因内含子上。
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