一、痢疾杆菌全基因组序列测定与分析（论文文献综述）
孙佳[1]（2021）在《金山醋酸乳杆菌比较基因组分析与酿醋功能评价》文中认为金山醋酸乳杆菌（Acetilactobacillus jinshanensis）是乳杆菌科（Lactobacillaceae）新属,其模式菌株HSLZ-75T分离自镇江香醋醋醅。实验室前期研究发现,在我国不同地域传统固态食醋和白酒发酵过程中,金山醋酸乳杆菌均为醋醅或酒醅细菌群落中的高丰度微生物,尤其在醋酸发酵后期的高酸环境下,其丰度占比高达90%。然而,目前对金山醋酸乳杆菌的生理生化特性及其在酿造过程中的作用等方面尚缺乏了解。因此,本论文以Acetilactobacillus jinshanensis HSLZ-75T为研究对象,通过摇瓶纯培养实验,分析了 HSLZ-75T的生理生化特性,并优化了菌株培养条件;采用全基因组测序分析了HSLZ-75T的功能潜力,通过与其他酿醋细菌的比较基因组分析,解析HSLZ-75T耐酸等特征的潜在机理;进一步通过镇江香醋酿造不同阶段的原位强化实验,探究了金山醋酸乳杆菌在食醋酿造中的功能。本研究系统解析了金山醋酸乳杆菌的生长代谢特点及酿造功能,以期为其在生产中的理性应用提供理论依据。主要研究结果如下:（1）研究了不同种类酸（乙酸、乳酸、盐酸、草酸、丙酮酸和柠檬酸）和供氧条件对HSLZ-75T生长的影响,结果显示该菌株仅在乙酸调节培养基pH 3.65-4.15时可较好生长,最适pH 3.85,最适气体组成为5%CO2,10%H2和85%N2。通过单因素培养条件优化,HSLZ-75T最佳生长及产乳酸条件为:MRS培养基中添加200 g·L-1麦芽浸粉和3%（v/v）乙酸,37℃厌氧培养。在此条件下培养HSLZ-75T 3.5天,高效液相色谱检测其产乳酸 11.98±0.26 g·L-1,以及少量乙酸(2.60±0.35 g·L-1)和柠檬酸(1.93±0.21 g·L-1),并检测到21种挥发性化合物,包括苯乙醇、糠醇、辛酸、乙酸、乙酸糠酯、乙酸乙酯、苯甲醛、壬醛、2,6-二甲基吡嗪、2,3-二甲基吡嗪等。（2）金山醋酸乳杆菌HSLZ-75T基因组编码区长度1,616,430 bp,GC含量39.69%。分别有23个、1061个、1043个、821个基因注释到CAZyme、COG、GO、KEGG数据库。与镇江香醋酿造过程其他高丰度乳酸菌（9种）、醋酸菌（1种）进行基因组比较分析,结果表明在酿醋细菌中,HSLZ-75T基因组较小;与其余酿醋细菌共线性低;HSLZ-75T其特有基因家族功能包括钠离子运输,二磷酸硫胺素生物合成等;HSLZ-75T基因组中有关能量代谢、氨基酸转运相关基因数量最多;在酿醋细菌中与耐酸相关基因数量最多,高达25.48‰。（3）以金山醋酸乳杆菌中编码苯丙氨酰-tRNA合成酶α亚基的pheS基因为参考序列,设计了一对GC含量55%,Tm值59℃,扩增产物片段199 bp的金山醋酸乳杆菌特异性引物。建立的RT-qPCR方法特异性强、准确性高且通用性好,扩增效率为99.31%,检测范围为2.24 lg(copies·μL-1)-10.24 lg(copies·μL-1),成功应用于江苏、四川和山东地区的酒醅、醋醅和食醋样品中金山醋酸乳杆菌的检测。进一步采用此方法分析了镇江香醋醋酸发酵过程醋醅中金山醋酸乳杆菌的演替规律,在4-9天其数量由5.85±0.04 lg(copies·g-1干醅)迅速增加至8.72±0.09 lg(copies·g-1干醅),直到发酵结束其含量稳定在108 copies·g-1 干醅。（4）在镇江香醋不同发酵时期（前期:醋酸发酵第0天;中期:醋酸发酵第3天;后期:封醅第1天）加入9×105 copies·kg-1酿造原料的金山醋酸乳杆菌HSLZ-75T对镇江香醋酿造过程进行调控,跟踪监测酿造过程微生物含量和理化指标,检测不同酿造时间加入金山醋酸乳杆菌获得成品醋的总酸、有机酸、挥发性化合物并对成品醋感官评价。结果表明,醋酸发酵起始时强化HSLZ-75T可明显提高发酵全过程醋醅中金山醋酸乳杆菌在总细菌中的比例,体系提温速度加快,成品醋中总酸、乳酸和乙酸较对照组分别提高 10.47%（P<0.001）、76.22%（P<0.001）和 10.85%（P<0.001）,乳酸占总有机酸比例从15.12%提高至22.33%,且苯乙醇、正戊酸、十四酸乙酯、乙酸苯乙酯等挥发性化合物含量较对照组显着增加。此外,前期强化工艺获得的成品醋感官品评得分最高。（5）为进一步考察金山醋酸乳杆菌在食醋酿造中的功能,选取前期强化工艺进行中试实验。金山醋酸乳杆菌可增加体系提温速度,加快葡萄糖消耗速度,缩短发酵周期,醋酸发酵终点时,醋醅总酸、乙酸、乳酸、氨基酸、挥发性化合物和酯类物质含量分别提高了 22.87%（P<0.001）、10.88%（P<0.01）、106%（P<0.001）、12.48%（P<0.001）、15.96%（P<0.05）和10.58%（P<0.05）。实验组成品醋总酸和乳酸含量分别为62.70±0.66 g·L-1 和 13.28±0.37 g·L-1,较对照组分别提高 14.28%（P<0.001）、44.77%（P<0.001）,此外,乳酸在总有机酸中的比例从17.86%提高至21.54%。经OPLS-DA分析,对组间差异贡献显着（VIP≥1）的物质有15种,主要有四甲基吡嗪、乙酸乙酯、异戊酸、异丁酸3-乙酰基-2-丁酮、糠醛和3-羟基-2-丁酮。
李常挺[2]（2020）在《广西肉牛新发再发疫病的诊断和病原分析》文中指出近年来广西肉牛产业呈现快速发展的良好态势,随着牛只存栏数量的增长和饲养密度的增大,疫病发生的风险也越来越大。为了了解并掌握广西肉牛的疫病流行与发生情况,发现新的疫病以及过去曾严重流行得到控制、现在又重新危害养牛业的再发疫病,2018-2019年在广西肉牛肉羊创新团队疫病控制专家团队带领下,通过临床接诊、现场采样、病理剖检和类症鉴别方法,结合实验室诊断,发现了4种可能危害产业发展的重要疫病病原,现将结果报告如下:1、牛丘疹性口炎病毒。发病犊牛体温正常、表现流涎、口腔糜烂,无异物接触和口腔损伤史。刮取病牛齿龈糜烂充血增生物和痂皮病料,PCR检测口蹄疫病毒、病毒性腹泻/黏膜病病毒、牛传染性鼻气管炎病毒和牛流行热病毒均为阴性;该病料样品扩增出91 bp的条带,测序结果与Gen Bank的牛丘疹性口炎病毒基因序列比对,其核苷酸同源性为95.56%,表明样品含有牛丘疹性口炎病毒,结合发病犊牛的临床特征性症状,可以确定该犊牛感染牛丘疹性口炎病毒而引起发病。2、牛乳头瘤病毒。病牛的特征性临床症状主要是在头部、颈部和背部皮肤出现明显的瘤状物,突出于皮肤表面,大小不一,椰菜花样,最大的瘤状物直径可达8 cm,精神、食欲、体温等均无异常。瘤状物压片镜检未发现寄生虫,涂片染色镜检也未见细菌。瘤状物制作的病理组织切片观察可见表皮和真皮增生、癌细胞呈梭形或星形,癌巢中心细胞角化过度,呈同心圆状结构,形成典型的癌珠。PCR检测瘤状物病料为牛乳头瘤病毒阳性。设计5对引物扩增病毒全基因组,胶回收PCR产物,克隆,筛选阳性质粒送测序。采用生物学软件MEGA对获得的全基因组序列进行分析,发现其与牛乳头瘤病毒-1型处在同一分支。3、牛源志贺氏菌。某牛场突发一起高热不退、呼吸急促、腹泻拉血便的急性病例,病牛死亡前表现前后脚划动、似游泳的神经症状。从病死牛的肠道中分离获得1株革兰氏阴性杆菌,经表型特征、16Sr RNA基因序列比对和生化试验,鉴定是志贺氏菌。以0.5麦氏比浊菌浓度进行小鼠致病力试验,接种细菌的10只健康小鼠24 h内全部死亡,死亡率100%。体外抑菌试验结果表明,头孢噻肟钠、头孢曲松钠和环丙沙星对该菌有作用,临床联合应用头孢曲松钠和环丙沙星,有效减少牛只的急性死亡。4、A型产气荚膜梭菌。2019年4-10月,广西百色、合浦、河池、北海、南宁等地出现牛突发的急性猝死病例,现场病理剖检可见死亡牛腹部明显膨胀,十二指肠和空肠出血,肠系膜淋巴结充血肿大,肺出血。从上述5个病例的肠粘膜内容物中均分离获得革兰氏阳性粗大杆菌,经表型特征、生化试验和产气荚膜梭菌特异性引物PCR鉴定,该菌为A型产气荚膜梭菌;其他脏器均未分离出细菌。接种分离菌的10只健康小鼠36 h全部死亡,死亡率100%。体外抑菌试验结果表明,分离菌对青霉素、头孢噻肟钠、头孢拉定钠、头孢曲松钠和氨苄西林5种药物敏感。结论:通过对4类病例的病原检测,结合资料查新,可以确定牛丘疹性口炎病毒、牛乳头瘤病毒、牛源志贺氏菌为广西肉牛新发疫病的病原。A型产气荚膜梭菌为广西肉牛再发疫病的病原。这4种新发再发病原对广西肉牛养殖具有一定潜在的威胁,下一步的工作重点将对病原学开展深入研究和研发新型快捷检测技术,为广西肉牛疫病防控提供技术支撑。
田青[3]（2017）在《林麝肺源致病性大肠杆菌在BALB/c小鼠体内感染模型的建立和全基因组测序与分析》文中进行了进一步梳理林麝肺炎是林麝人工养殖中危害最严重的疾病之一,其致病力强、危害大、严重阻碍了人工养麝的发展。林麝肺源致病性大肠杆菌（Lung Pathogenic Escherichia coli,LPEC）是引起该病的重要致病菌之一。本文对实验室前期保存的1株林麝LPEC优势血清型O78菌株进行了以下研究:采用人工感染的方法构建林麝LPECO78 BALB/c小鼠感染模型;利用Illumina Miseq测序平台和生物信息学方法对林麝LPECO78进行全基因组测序和比较基因组学分析。试验结果如下:1林麝LPECO78在BALB/c小鼠体内感染模型的建立通过LD50试验,确定了 LPEC O78对小鼠的LD50为3.6×108 CFU/只。试验组小鼠于攻毒后3 h出现精神萎靡、嗜睡、食欲不振、反应迟钝、被毛耸立等临床症状,剖检见肺脏、肝脏肿大。而生理盐水对照组采食、精神状态以及活动情况均正常,剖检也未见异常。生化试验中各项指标均有一定的变化,其中,肝实质损害的两个重要指标:谷丙转氨酶（ALT）和谷草转氨酶（AST）均呈不同程度的升高。对病理组织切片观察发现试验组小鼠的肝、脾、肺、肾和肠道（十二指肠、空肠、回肠和结肠）也均有不同程度的病理损伤。2林麝LPECO78的全基因组测序及注释分析全基因组注释分析结果显示,完成测序的林麝LPECO78全基因组大小为5,376,541bp,测序深度为 105×,GC 含量为 50.58%,拥有 203 个 contigs、2 个 rRNA操纵子以及88个tRNA。此外,利用多种生物信息学软件和数据库对其他元件进行预测分析,毒力基因结果发现林麝LPEC078拥有尿道致病性大肠杆菌（Uropathogenic E.coli,UPEC）（Ⅰ型菌毛、血红素吸收、铁运输、Ⅵ型分泌系统）、新生儿脑膜炎致病性大肠杆菌（Neonatal Meningitis-causing E.coli,NMEC）（K1 capsule、AslA、OmpA）以及禽致病性大肠杆菌（Avianpathogenic E.coli,APEC）（iss、traT、iroN、hly）所特有的毒力基因,表明该菌是一个嵌合型的致病菌。同时,还预测出30个可信的插入序列（Insertion Sequence,IS）元件和8个完整的前噬菌体。3林麝LPECO78的进化分析和比较基因组学分析系统发育树结果表明林麝LPECO78与人源尿道致病性大肠杆菌UMNO26（GenBank:NC011751）的亲缘关系最近、其次是肠黏附性大肠杆菌O42（GenBank:NC017626）和尿道致病性大肠杆菌IAI39（GenBank:NC011750）,提示该菌株具有公共卫生学意义。利用OrthoMCL软件,首先将林麝LPEC O78与3株D群大肠杆菌UMNO26、O42、IAI39进行同源基因聚类分析,共获得6362个基因簇。其中,4株菌株核心基因簇有3579个,占总基因簇的56.26%。分析同时存在于2株菌中共有的基因簇和同时存在于3株菌中共有的基因簇时,前者统计发现LPEC O78与UMNO26共有的基因簇有165个,基因簇数量显着多于其他组合,后者统计发现LPEC O78、UMNO26和042所共有的基因簇有363个,基因簇数量也显着多于其他组合。以上聚类结果说明林麝LPEC 078和UMN026之间的进化关系很近,这一结果与系统发育树结果相一致。其次,将林麝LPEC O78与3株O78血清型大肠杆菌APECO78、ACN001和ACN002也进行同源基因聚类分析,共获得6208个基因簇。4株菌株的核心基因簇有3664个,占总基因簇的59.02%。分析同时存在于3株菌中的共有基因簇时,发现同为禽源B1群系的APEC O78、ACN001和ACN002所共有的基因簇有388个,基因簇数量显着多于其他菌株间的组合。该结果说明了 APEC O78、ACN001以及ACN002之间的进化关系非常近,而LPEC O78与这3株菌之间的进化关系较远。这一结果也与系统发育树相一致。利用COG、GO数据库对林麝LPEC O78的特有基因簇进行功能注释,发现相对较多的蛋白参与到氨基酸、无机离子以及糖类等的代谢,说明林麝LPEC078的代谢活动可能非常活跃。且DNA复制、重组和修复这一功能分类在LPEC O78中占据了极大比例,可能与该菌株的生存环境密切相关。该结果也验证了基因组比较大的菌株通常具有比较强的代谢能力,使之能够适应多变的生存环境。此外,对菌株的核心基因簇功能注释发现多数核心基因簇参与到细胞的代谢生长等过程,反应了核心基因的存在对细胞生存的必要性。
柳文进[4]（2015）在《污蝇杆菌表型和基因组分析及检测方法的研究》文中进行了进一步梳理污蝇解壳杆菌（Wohlfahrtiimonas chitiniclastica）,简称污蝇杆菌是一种新发现的革兰氏阴性条件致病菌。至今已经在6个国家发现了感染该菌的病例,宿主包括人、鹿、海豚和鲶鱼等。这种细菌可以引起宿主的菌血症以及其他组织感染,其已经在国内被发现,但人们对它的了解还比较少。本课题主要以污蝇杆菌SH04菌株为研究对象,对该菌株的生理生化特性和全基因组测序结果进行了分析,并对两株已测序的污蝇杆菌的基因组进行比较与初步分析,最终建立了污蝇杆菌特异性的快速检测方法。培养该菌株的最佳培养基成分（g/L）:酵母浸粉35,NaCl 10;最佳培养条件:pH 6.5-7.0,温度37℃。然后对其生理生化特性进行了分析,结果表明该菌株为革兰氏阴性菌,严格好氧;在Biolog系统包含的95种碳源中,系统判定为阳性的有24种,边缘值的有6种;可以合成氧化酶、过氧化氢酶、蛋白酶和几丁质酶。在30种常用抗生素中,只对万古霉素、克林霉素和苯唑青霉素具有较强的抗性;菌株全细胞水解液中含有meso-DAP;主要的磷脂种类为PE、PS和PG。该菌株基因组中包含1971个CDS。所有CDS总长度为1.88 Mb,占基因组总长度的92.87%,这些CDS平均长度为1002 bp,平均GC含量为44.21%,在经过注释后,有1601个CDS被预测拥有生物学功能。在基因组序列中共找到1套16S/23S/5S rDNA操纵子,45个tRNA基因,50个串联重复序列,48个转座子,18个IS序列以及两处CRISPR序列。对两株已测序的污蝇杆菌的基因组进行分析后发现,它们基因组共线性良好,没有出现大片段的插入、缺失、倒位和异位等现象,两株菌的核心基因组有1786个CDS。在此基础上利用Taqman real-time PCR方法建立了污蝇杆菌的特异性快速检测方法。该方法具有良好的特异性,重复性试验的变异系数均小于2%,灵敏度为19CFU/反应（20 μL反应体系）。
王蓓[5]（2013）在《基于全基因组序列分析筛选罗非鱼源无乳链球菌ZQ0910株保护性抗原及其免疫保护性研究》文中研究说明链球菌（Streptococcus）是一种能感染多种宿主（人类、畜禽及水生动物等）并引起严重疾病的病原菌。近年来由无乳链球菌（Streptococcus agalactiae）引起的鱼类链球菌病在我国南方罗非鱼主养区频频爆发，给该产业造成了巨大的经济损失，这迫使我们必须加强对无乳链球菌病害传播的预防和控制。疫苗是预防和控制传染性疾病的最有效手段之一，然而在罗非鱼源无乳链球菌毒力因子和致病机理尚不清楚的前提下，该菌亚单位疫苗的研制也受到了制约，迄今仍未开发出有效的渔用无乳链球菌亚单位疫苗并应用到生产实践中。基于此，本研究采用多位点序列分型（Multilocus sequence typing，MLST）方法对2010-201年收集鉴定的104株罗非鱼源无乳链球菌进行基因水平的分型，确定不同地区分离的无乳链球菌（S.agalactiae）主要基因类型，并与国际上流行的菌株进行比较，获得了它们的遗传背景和变异趋势等信息；在分型结果的基础上选取6株具有区域和分型代表性的菌株在罗非鱼鱼体上进行了致病性分析，筛选出具有良好免疫原性的菌株作为疫苗制备菌株。采用“鸟枪法”对筛选的无乳链球菌ZQ0910株进行了全基因组测序，并开展了序列分析及基因注释等工作；从2022个ORF中筛选了5个疫苗候选蛋白分子，利用基因工程技术对其进行了表达纯化，同时进行了罗非鱼活体实验；此外，我们将sip基因作为抗原基因，成功构建了真核表达质粒pcDNA-sip并在鱼体上进行了免疫保护性实验。具体研究内容及结果如下：1、2010-2011年间，通过实地走访调查，从我国南方三省（广东、广西、海南）罗非鱼主养区患病罗非鱼体内收集分离了104株罗非鱼源无乳链球菌（S.agalactiae），并对这104株链球菌进行了生理生化及分子生物学鉴定。2、采用多位点序列分析（MLST）技术对上述104个无乳链球菌（S.agalactiae）分离株进行分型。结果表明，104个分离株可分为3个不同的序列型（ST-7、NST-1及NST-2）。其中，常规型ST-7共8株，新的基因型NST-192株，NST-24株；等位基因图谱表明，两个新的序列型与ST-7型的亲缘关系非常相近，属同一个克隆复合物。3、南方地区罗非鱼源无乳链球菌（S.agalactiae）6个不同分离菌株的致病性分析结果表明，广东肇庆分离株ZQ0910相对于其他菌株对罗非鱼具有较强的致病力，这也说明该菌株具较好的免疫原性，可有效刺激机体产生免疫应答。4、采用“鸟枪法”测序策略对罗非鱼源无乳链球菌ZQ0910株进行了全基因组测序，并进行了序列分析及基因注释。相关数据提交至DDBJ/EMBL/GenBank数据库,基因登陆号为AKAP00000000。5、以无乳链球菌（S.agalactiae）ZQ0910全基因组序列为基础，应用生物信息学软件和公用生物网站上的工具，对无乳链球菌（S.agalactiae）ZQ0910株全基因组编码的2022个ORFs逐个进行了比对搜索，获得了21个与致病性或免疫原性相关的蛋白。经文献查阅和筛选，最终确定5个蛋白分子作为后续保护性抗原研究的靶蛋白，分别为：SIP、Hemolysin、FBP、VaA、HtrA。6、将上述5个候选蛋白基因分别克隆到原核表达载体pET28a（+）和pET32a（+）上，转化大肠杆菌Rosetta中，获得了5个表达候选分子的重组工程菌（pET32-Sip、pET28-Hemolysin，pET28-Fbp，pET28-VaA，pET28-HtrA）。采用Ni-NTA亲和层析纯化了5个重组工程菌的诱导表达蛋白。7、将以上5个纯化蛋白分别免疫吉富罗非鱼（Oreochromis niloticus）以检测其对鱼体的免疫应答能力。研究结果表明，5个疫苗候选蛋白分子均能提供有效的保护力，其中以SIP组效果最好，免疫保护率达到80%。此外，HtrA组、FBP组、Hemolysin组和VaA组的免疫保护率分别为75%、74%、70%和70%。8、将Sip基因克隆至真核表达载体pcDNA3.1（+）构建重组质粒pcDNA-Sip，并以肌肉注射方式免疫吉富罗非鱼（O.niloticus）。分别于免疫后第7和28d取样，采用PCR及RT-PCR方法检测pcDNA-Sip在各个组织（包括肌肉、脾脏、头肾、鳃及肝脏）中的表达情况；分别于免疫后第7、14、21及28d采集血清，使用ELISA方法检测抗体效价；同时，免疫28d后进行攻毒实验以计算疫苗的免疫保护率。研究结果表明，在肌肉、脾脏、头肾、鳃及肝脏组织中均能检测到pcDNA-Sip的表达；免疫21d后抗体效价出现峰值，达1：5120，免疫保护率为90%。由此证实，pcDNA-Sip重组质粒可以转染到罗非鱼组织细胞，并可在鱼体中持续表达，同时具有较高的免疫保护率。
刘文静[6]（2012）在《多杀性巴氏杆菌全基因组测序与比较基因组学分析》文中指出多杀性巴氏杆菌（Pasteurella multocida, Pm）是一种重要的多宿主病原菌,可引起猪萎缩性鼻炎（Atrophic rhinitis, AR）和猪肺疫（Swine pneumonia）,是猪呼吸道疾病综合征（Porcine respiratory disease complex, PRDC）的重要致病因子之一,同时还是禽霍乱（Fowl cholera）、牛和水牛、羊以及家兔等动物出血性败血病（Haemorrhagic septicaemia, HS）的病原菌。该类细菌广泛流行于世界各地,给养殖业造成了巨大的经济损失。多杀性巴氏杆菌已知的毒力因子（Virulence factor, VF）包括荚膜、脂多糖、毒素和外膜蛋白等,很多关键的毒力因子尤其是致病的特异性因子有待进一步挖掘。目前公布的仅两株多杀性巴氏杆菌全基因组序列限制了我们从全基因组水平解释Pm的致病特征。因此,为了更全面的研究多杀性巴氏杆菌的遗传变异规律及致病因子,我们进行了多株多杀性巴氏杆菌全基因组测序与分析等研究,具体内容如下：1.多杀性巴氏杆菌全基因组测序与分析我们运用Solexa方法对7株多杀性巴氏杆菌的全基因组序列进行了测定。经过拼接,获得了7株Pm基因组的草图序列,各序列的大小从2.22Mb到2.36Mb不等。我们选取了菌株HB03和HN06进行了基因组缺口的人工修补和注释,获得了2株Pm环状全基因组序列。HB03基因组大小为2,307,684bp,平均GC含量为40.4%,编码2,118个CDS,6个核糖体16s-23s-5s rRNA操纵子和53个tRNA （GenBank登录号：CP003328）; HN06基因组大小为2,402,218bp,平均GC含量为40.2%,编码2,258个CDS,6个核糖体16s-23s-5s rRNA操纵子和56个tRNA （GenBank登录号：CP003313）。另外,HN06菌株中还包含1个大小为5,360bp的质粒pHN06（GenBank登录号：CP003314）,其GC含量为47.5%,编码7个CDS。同时,对两株菌的假基因、噬菌体相关编码基因及双组份调控系统等基本特征进行了分析。2.多杀性巴氏杆菌全基因组水平核苷酸比较分析我们将本研究中完整测序菌株HB03和HN06与GenBank数据库中已经公布的菌株Pm70（GenBank登录号：NC002663）和36950（GenBank登录号：CP003022）的完整序列一起进行了全基因组共线性比较分析,发现多杀性巴氏杆菌基因组中存在插入缺失和重排现象。Pm70与其余3株相比,存在5个较大区域的倒位,另外3株Pm基因组的共线性较好。进一步以HB03为参考,分析了其余3株菌相对于HB03而言基因组中插入和缺失的基因组区域。4株菌之间非匹配区域的平均长度为226kb,占HB03基因组总长度的9.8%。HB03基因组中缺失和插入基因组区域的平均长度分别为6,704bp和7,117bp。HB03与其余3株菌相比,存在两个分别为37,342bp和18,757bp的特有基因组区域,分析推测,前者是从噬菌体整合而来,后者为四环素类耐药基因岛。同时分析了HN06基因组相对于HB03而言3个36kb以上的插入基因组区域,其中最大的区域编码62个CDS,是1个包含toxA毒力基因的前噬菌体序列。根据功能注释推测,另外两个基因组区域也从噬菌体水平转移而来。比较发现,这三个基因组区域在Pm70和36950中也不存在,为HN06基因组特有区域。3.多杀性巴氏杆菌基因组水平的蛋白质成分比较分析运用两种方法比较分析了4株多杀性巴氏杆菌蛋白质编码基因的分布,1812个HB03蛋白质基因在4个Pm基因组中高度保守,79个HB03蛋白质基因在其余3个Pm基因组中具有显着的遗传多样性。4株多杀性巴氏杆菌的总基因簇为2,687个,其中核心基因簇数为1,789个,占总基因簇66.6%,至少在两株菌中分布的非核心基因簇的有261个,占总基因簇的9.7%；剩余的23.7%为各个菌株所特有的基因簇。分析同时只在两株菌中共有的基因簇发现,36950与HB03共有的基因簇（67个）明显多余其他组合。各个菌株特有的基因以HN06菌株最多,为297个。同时,挖掘了这些差异区域编码基因的生物学功能,展示了荚膜合成基因簇、脂多糖合成基因簇和Flp操纵子在4株菌之间的差异。4.多杀性巴氏杆菌基因组进化分析利用4株多杀性巴氏杆菌基因组之间45,871个SNP位点,串联后绘制了系统发育邻接树。4株菌分布在3个不同的分支,菌株HB03与36950的亲缘关系较近,而与HN06亲缘关系较远。这一结果与核苷酸水平和氨基酸水平分析结果相一致。
王艺婷,孙强正,刘凯,赵爱兰,王艳,金东,李振军,景怀琦,叶长芸,徐建国[7]（2010）在《福氏痢疾杆菌2b血清型菌株基因组中SfII和SfX前噬菌体整合位点及排列方式研究》文中进行了进一步梳理目的研究福氏痢疾杆菌2b血清型菌株中SfII和SfX前噬菌体整合位点及排列方式。方法根据2b血清型菌株基因组中SfII和SfX前噬菌体可能的整合位点及排列方式,设计引物,对50株2b血清型菌株进行PCR扩增,并对扩增产物测序,根据扩增和测序结果判断噬菌体的整合位点和排列方式。结果在2b血清型菌株中,SfII和SfX前噬菌体前后相连,整合于宿主菌染色体proA和yaiC基因间的thW tRNA基因上;以SfII在前,SfX在后,或SfX在前,SfII在后两种方式排列;而以后一种方式为主,在共50株检测菌株中,有49株为此方式。结论福氏痢疾杆菌血清型相关噬菌体的整合位点及排列方式,对研究福氏痢疾杆菌血清型转换及血清型相关噬菌体的整合机制具有重要意义。
赵丽娜[8]（2010）在《多维液相色谱质谱组合分析在志贺菌蛋白组基因组学中的应用》文中研究说明随着全基因组测序分析技术的快速发展,大量生物体的全基因组序列分析工作相继完成。对这些基因组的精确注释是其它组学研究的源泉和基础。目前,尽管通过生物信息学方法预测蛋白编码基因的可靠性在提高,但是由于其局限性仍会引起不少注释错误和遗漏。近年来,利用蛋白质组学方法完善基因组注释成为国际上的一个研究热点。由此诞生了一门新兴学科—蛋白组基因组学（proteogenomics）,通过将质谱鉴定出的肽段定位到相应的基因组骨架上,从而把蛋白质组学数据和基因组注释进行有机整合。发展快速高通量的蛋白组基因组学研究方法仍是一项具有挑战性的工作。研究表明二维液相色谱联用基质辅助激光解吸离子化飞行时间串联质谱（2-D LC-MALDI-TOF/TOF）和二维液相色谱联用电喷雾串联质谱（2-D LC-ESI-MS/MS）的多维液相色谱质谱的组合分析可以提高鉴定蛋白的覆盖率,但目前还未见这种技术方法在基因组注释中的应用。我们实验室率先在国际上完成了志贺菌所有四个血清群代表株的全基因组序列分析工作,这使其成为一个理想的蛋白组基因组学研究对象。本研究拟构建2-D LC-MALDI-TOF/TOF和2-D LC-ESI-MS/MS的组合分析体系以期有效地完善福氏志贺菌的基因组注释。首先根据溶解性的不同对福氏2a志贺菌301株（S.flexnri2a str.301, Sf301）的全蛋白样品进行预分离,顺序抽提胞浆蛋白和膜蛋白,经胰酶消化后通过离线的2-DLC-MALDI-TOF/TOF和在线的2-D LC-ESI-MS/MS的组合鉴定分析,所用检索数据库为福氏2a志贺菌301株的6个读码框数据库,搜索引擎分别为MASCOT和SEQUEST。最终结果如下：从蛋白水平验证了1231个已注释基因的表达,其在等电点pI、分子量MW和疏水性GRAVY方面的分布趋势与福氏2a志贺菌301株基因组已注释的4443个蛋白产物的分布一致。同时鉴定的蛋白涵盖了蛋白质直系同源簇数据库（clusters oforthologous groups of proteins, COGs）22功能分类组中20个,提示组合鉴定能够较好的体现了所用生物样品的蛋白质组构成情况；确认了306个假定（hypothetical）基因的表达,占福氏2a志贺菌301株总假定基因的16%；借助独创的“N-末端延伸数据库”分析方法和RT-PCR的进一步验证,3个基因（yhdP、yebJ和smpA）的翻译起始位点得到修正；另外发现两个由于测序错误造成的注释错误：假基因zwf更正为“6-磷酸葡萄糖脱氢酶”的编码基因,fusA的3’末端往下游延伸240bp；完善基因组注释最突出的贡献是发现了34个未注释的新基因,其中包括5个在其他肠道杆菌有注释而在福氏2a志贺菌301株未注释的基因以及29个全新的基因。9个新基因得到了RT-PCR或Northern blot的进一步验证。这些新基因的功能值得进一步研究。本研究还对2-D LC-MALDI-TOF/TOF和2-D LC-ESI-MS/MS组合体系本身进行了综合分析和比较。在对鉴定肽的性质比较中发现,MALDI更倾向于离子化偏短的、碱性的、胰酶消化后C末端为精氨酸的肽段；ESI更倾向于离子化偏长的、疏水性的、胰酶消化后C末端为赖氨酸的肽段。经过优化组合,该组合分析体系大大提高了鉴定蛋白质的“质”和“量”。综上所述,我们首次将2-D LC-MALDI-TOF/TOF和2-D LC-ESI-MS/MS组合体系应用到完善基因组注释工作中。由于MALDI和ESI的互补性,这种组合分析体系无论在蛋白质鉴定数量上还是可信程度上都要优于单一的串联质谱鉴定,鉴定的蛋白能够较好的体现生物样品的蛋白质组构成情况。用这种方法能够有效地完善福氏志贺菌的基因组注释,如已注释基因的验证、假定基因的确认、错误翻译起始位点的修正和假基因的判定,尤其是新基因的发现。因此这种技术体系具有良好的发展前景,可以推广到生物体的常规基因组注释工作中。
李娜[9]（2009）在《痢疾杆菌小RNA功能的研究》文中研究说明志贺菌属（shigella）细菌通称痢疾杆菌,是一类具有高度传染性和危害严重的革兰氏阴性肠道致病菌,能够通过侵袭肠上皮细胞引起患者典型的菌痢症状（发热、腹痛、腹泻）。志贺菌分4群37种血清型,在我国主要的流行菌群为福氏（86%）,福氏志贺菌最主要的血清型为2a（80%）。临床感染痢疾杆菌可以导致痢疾,其症状以发热、脱水和便血为特征。痢疾是世界上,尤其是发展中国家重要的传染病之一。据世界卫生组织公告报道,全球每年菌痢患者达1.647亿,有1.632亿分布于发展中国家,并导致150万人死亡。在我国,菌痢发病率也很高,其中福氏2a型占到50-70%。目前治疗痢疾的主要方式是抗生素,但高达95%的临床分离株对多种抗生素产生了耐药性;最佳治疗手段是疫苗,但对其致病机理和宿主的免疫保护机制还不很清楚。菌痢严重危害我国人们的健康,对痢疾杆菌进行研究具有重要的意义。因此,福氏2a志贺氏菌的基础研究对于我国卫生防疫工作尤为重要。在原核生物基因组中除了tRNA、rRNA和mRNA这三种我们很熟悉的RNA以外,目前已经知道还含有许多编码非常规调控的RNA。这些RNAs的长度为50-400nt,通常由原核生物的基因间区编码但是并不翻译成蛋白质,因此被称为非编码小RNA,简称小RNA（sRNA）或非编码RNA（ncRNA）。近年来,随着生物信息学和分子生物学技术的不断发展,在原核生物体内陆续发现了上百种sRNA分子,这些sRNA分子具有多样的生物学功能。小RNAs作为一类新发现的基因表达调控子已经引起了高度的重视。它们在细菌中发挥着多种调控功能,有助于细菌对生理系统进行精细调控以便适应迅速变化的环境。因而深入认识这些sRNAs可能开辟一个新的研究领域,它们可能代表着一个新层次上的基因表达调控方式。人们现在已认识到sRNAs参与许多有机体的基因调节,在细菌中行使诸如翻译激活、翻译抑制、持家sRNAs、密度感应系统、蛋白的降解、离子动态平衡、糖代谢和生长依赖性外膜蛋白表达调控等多种功能,有人把这些sRNAs称为“凌驾于”基因组之上的调控成分。虽然现在细菌中发现的sRNAs在迅速增加,但是它们中的大部分功能都还未知,从目前积累的知识分析,细菌可能借助于这些sRNAs对它们的生理系统进行精细调控以便适应迅速变化的环境。因而深入认识这些sRNAs可能开辟一个新的研究领域,因为它们可能代表着一个新层次上的基因表达调控方式。功能分析表明sRNAs是进行细菌调控研究中一直被忽略的一环。最新认识到的sRNAs的生理功能已经填补了我们对细菌离子动态平衡、糖代谢和生长依赖性外膜蛋白表达调控知识的空白。对痢疾杆菌全基因组sRNAs的功能进行研究,必将促进对该菌生理学、系统进化以及致病机理等方面的研究,为痢疾的药物开发提供新的作用靶标,为痢疾杆菌疫苗研制提供一个新的思路。首先,本研究根据目前发现的大肠杆菌的sRNAs的本身的特点,利用生物信息学,根据基因组之间的序列对比、RNA的二级结构分析以及对非依赖性终止子分析等方法对福氏2a志贺氏菌301毒力大质粒（pCP301）上的sRNAs进行预测,采用Northern blot对预测出的sRNAs进行验证。本研究成功预测了301毒力大质粒上的6个sRNA;综合文献报道和网络信息初步预测sf301基因组5个功能未知的sRNA:IS061 sRNA、IS102 sRNA、C0719 sRNA、tke1 sRNA和ryfA sRNA（http://www.sanger.ac.uk）。研究证明sRNA在细菌的物质代谢、环境适应、群体感应和细菌毒力发挥了重要的调节作用。本研究采用改进的λ-Red重组系统成功构建了sf301的8个sRNAs的缺失突变体（简称sf301ΔsRNAs）,分别是预测的3个质粒编码sRNAs和sf301基因组5个功能未知的sRNAs,并对突变株进行了生理生化特征研究。结果表明:这8个sRNA的缺失对菌体的物质代谢和生长影响不大。接下来本文对sf301ΔsRNAs对sf301毒力的影响进行了评价。本研究通过sf301ΔsRNAs与野生株的HeLa细胞竞争性侵袭力、小鼠肺部竞争性侵袭感染能力和豚鼠角膜侵染实验进行毒力评价研究,验证预测的sRNA和基因组上已报道但是功能未知的sRNA是否对细菌毒力的发挥起到了重要的调控作用。结果表明:基因组上的C0719 sRNA和IS061 sRNA的缺失造成了sf301的HeLa细胞侵袭力及小鼠肺部侵袭力的增强;毒力大质粒预测的ln3 sRNA的缺失使得sf301的HeLa细胞侵袭力及小鼠肺部侵袭力的减弱。对细菌不同状态下的蛋白质组进行比较是蛋白质学研究中很重要的一个方面,这包括同一株菌在不同培养条件下的蛋白质组的变化的研究、同一细菌的不同菌株的蛋白质组比较以及同一菌株的突变菌株和野生菌株的蛋白质组的比较。本研究采用蛋白质组学技术对sf301ΔsRNAs与sf301的蛋白质组进行比较,应用双向凝胶电泳建立了不同生长时期野生株和sRNAs突变株的双向电泳图谱,并对差异点进行了胶内酶切和质谱鉴定。结果表明:通过比较8株突变株37℃晚期的和sf301ΔIS061中期的蛋白质组,发现了31种蛋白质在突变株与野生株中存在差异,我们对这些蛋白进行了功能分析。发现sRNAs的缺失并没有对痢疾杆菌的蛋白表达量造成明显的影响,但是我们发现了可能对痢疾杆菌毒力造成影响的蛋白质OspC3和可能与sRNA调控机制有关系的蛋白质OmpA,为下一步研究sRNA的调控功能提供了条件。综上所述,本研究预测出pCP301的6个sRNAs,并进行验证;成功地构建了8株sf301ΔsRNAs突变体并根据生化特性变化、细胞和动物侵袭实验揭示出sRNAs与痢疾杆菌致病性之间的关系;通过与蛋白质组技术相结合分析sRNAs的调控功能。本研究构建的8株sf301ΔsRNAs为进一步研究sRNA的功能奠定了基础。
徐卓菲[10]（2008）在《胸膜肺炎放线杆菌和猪瘟病毒的基因组测序与比较基因组学研究》文中研究表明猪传染性胸膜肺炎（Porcine Contagious Pleuropneumonia,PCP）是由胸膜肺炎放线杆菌（Actinobacillus pleuropneumoniae,APP）引起的一种高度接触传染的呼吸道疾病。猪瘟（Swine fever,SF）,欧洲人称为古典猪瘟（Classical swine fever,CSF）,是由猪瘟病毒（Classical swine fever virus,CSFV）引起的一种高度接触性和致死性传染病。这两种重要的病原微生物所引起的疾病已经给全世界的养猪业造成了巨大的经济损失。随着高通量测序技术的发展,越来越多的基因组序列被测序完成,对基因组序列的比较分析为探索微生物的遗传变异提供了一个崭新的机会。我们利用生物信息学的分析方法和策略,对以上2种病原微生物的基因组序列进行了深入地比较与分析,描述了基因组序列结构与病原的致病能力/代谢机制之间的关系。主要的研究内容包括:1.APP的基因组测序与分析目前,APP根据表面脂多糖和荚膜多糖的不同划分成至少15个血清型,不同血清型菌株的毒力、抗原性和地域分布不尽相同。APP血清型的这些特点为发展安全有效的疫苗和简易的诊断方法带来了困难。APP代谢和致病的分子机制一直以来都是兽医界和诊断医学界研究的热点。但是APP基因组信息的缺乏已成为制约该细菌研究技术发展的瓶颈。因此,解析我国流行的优势血清3型APP的全基因组序列,不仅为国际APP基因组计划提供了“参考序列”,而且为该病防治技术的研究提供了理论依据和研究材料。在本研究中,我们对一株在中国流行的优势血清3型APP JL03株进行了基因组测序,并且首次对APP进行了全面的功能注释和分析比较。完成测序的JL03基因组由一个长度为2,242,062 bp的染色体组成,一共预测出2097个蛋白质的编码序列,6个核糖体rRNA操纵子和63个tRNA基因（GenBank登陆号:CP000687）。另外,加拿大测序完成的APP血清5b型L20株的长度约为2.27 Mbp,含有2012个CDS:而部分测序的APP血清1型4074株序列包含140个连接群（contig）,长约2.07 Mbp,含有2132个CDS。在三个已测序的APP菌株中,JL03株为低毒力株,L20和4074株均为强毒株。通过APP三个菌株间以及APP与巴斯德菌科其他物种的比较基因组学的研究,详细描述了APP的代谢机制和致病性/毒力的特征。确认了APP代谢通路上的一系列基因,证实APP可以通过发酵和呼吸（有氧呼吸和无氧呼吸）两种方式产生能量（ATP）,并且为阐明这一复杂的代谢网络提供了一个全面的遗传基础。在JL03基因组中,鉴定出一些特征性的基因组岛:同化硫还原基因串;Flp鞭毛合成基因串,参与细菌黏附作用;荚膜多糖合成基因串,参与细菌荚膜多糖的合成;脂多糖O抗原基因串,参与细菌O抗原的合成。同时,我们发现在L20株中存在一个37.7 kb的基因组岛,其上编码了8个噬菌体相关基因,该岛未在JL03株中发现。这些基因组岛的发现为进一步研究APP血清多样性的机制提供了基础。另外,我们描述了与细菌毒力相关的一整套基因,JL03株中的某些基因发生了遗传上的丢失或者不同类型的突变。以上分析证实了以往对该病原毒力决定簇的认识,为解释不同血清型菌株之间毒力的差异提供了理论依据。总之,APP基因组序列结构的解析和编码蛋白质功能的初步分析不仅证实了该菌部分生理生化的表型特征,并且为探索这个重要病原菌的毒力和代谢的特征提供了新的研究设想。2.CSFV的基因组测序与分析CSFV属于黄病毒科瘟病毒属,只有单一的血清型,是一种单正链的RNA病毒。在本研究中,我们对一株分离自中国河南的CSFV SWH/CA/2004株进行了基因组测序和分析比较。SWH/CA/2004基因组cDNA的序列长度为12296 nt（GenBank登陆号:DQ127910）,5’NTR长度为373 nt,3’NTR的长度为226 nt以及一个开放读码框,编码一个3898个氨基酸的聚蛋白前体。对SWH/CA/2004株与其它已报道的CSFV株进行基因组的序列比对和进化分析后发现:不同株基因组的核苷酸的相似性在92.4%-97.9%之间,氨基酸的相似性在96.1%-98.4%之间。SWH/CA/2004与中国强毒株cF114/CA/2001株的遗传距离最接近,为0.013:而与中等毒力的GXWZ02/CA/2003株的遗传距离较远,为0.170。我们全面利用和分析了现有的不同地区来源的猪瘟病毒全长基因组的序列信息,揭示出CSFV的系统发生关系,为研究猪瘟病毒的遗传变异和分子流行病学提供了参考材料和研究基础。3.黄病毒科RNA聚合酶表达抑制的研究黄病毒科的依赖于RNA的RNA聚合酶（RNA-dependent RNA polymerase,RdRp）参与组成病毒的复制酶复合体,在病毒的复制循环中发挥重要的作用。在本研究中,针对三种病毒的RNA聚合酶基因高度保守的MotifV区域设计了相应的小干扰RNA分子（small interfering RNA,siRNA）,用来研究siRNA分子在调控RNA聚合酶表达过程中的作用。我们通过荧光显微镜观察、流式细胞检测、Western blot检测和半定量荧光RT-PCR等方法验证了表达抑制的效果。由于筛选到的CSFV的siRNA能够十分有效地抑制RdRp-GFP融合蛋白在PK-15细胞中的表达,因此有望成为预防和免疫猪瘟病毒感染猪的候选疫苗。
二、痢疾杆菌全基因组序列测定与分析（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、痢疾杆菌全基因组序列测定与分析（论文提纲范文）
（1）金山醋酸乳杆菌比较基因组分析与酿醋功能评价（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表(Abbreviation) |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 中国传统食醋概述 |
| 1.1.1 镇江香醋简介与生产工艺 |
| 1.1.2 镇江香醋研究进展 |
| 1.2 金山醋酸乳杆菌简介 |
| 1.3 微生物基因组学研究 |
| 1.3.1 微生物基因组学的发展 |
| 1.3.2 乳酸菌比较基因组学研究进展 |
| 1.4 微生物特异性检测方法 |
| 1.4.1 微生物定量分析方法 |
| 1.4.2 微生物快速检测技术 |
| 1.5 传统酿造过程微生物调控研究进展 |
| 1.6 本课题的研究内容与研究意义 |
| 1.6.1 研究内容 |
| 1.6.2 研究意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验试剂与仪器 |
| 2.3 金山醋酸乳杆菌生理生化特性分析 |
| 2.3.1 生理生化特性分析 |
| 2.3.2 金山醋酸乳杆菌培养条件优化 |
| 2.3.3 金山醋酸乳杆菌代谢特性分析 |
| 2.4 金山醋酸乳杆菌比较基因组分析 |
| 2.4.1 全基因测序与基因结构预测 |
| 2.4.2 基因功能注释 |
| 2.4.3 镇江香醋醋酸发酵过程高丰度细菌基因组比较研究 |
| 2.5 金山醋酸乳杆菌特异性检测方法建立 |
| 2.5.1 金山醋酸乳杆菌特异性引物设计与评价 |
| 2.5.2 荧光定量PCR方法的建立 |
| 2.6 金山醋酸乳杆菌酿醋功能评价 |
| 2.6.1 不同酿醋阶段调控金山醋酸乳杆菌 |
| 2.6.2 金山醋酸乳杆菌酿醋功能评价(中试) |
| 2.7 统计分析 |
| 第三章 结果与讨论 |
| 3.1 金山醋酸乳杆菌生理生化特性分析 |
| 3.1.1 金山醋酸乳杆菌的耐酸和需氧特性 |
| 3.1.2 培养条件优化 |
| 3.1.3 代谢产物分析 |
| 3.2 金山醋酸乳杆菌比较基因组分析 |
| 3.2.1 基因组基本特征 |
| 3.2.2 基因组组分预测 |
| 3.2.3 基因组功能注释 |
| 3.2.4 酿醋细菌基因组的比较分析 |
| 3.3 金山醋酸乳杆菌特异性检测方法的建立 |
| 3.3.1 金山醋酸乳杆菌引物特异性设计 |
| 3.3.2 引物扩增的特异性及有效性评价 |
| 3.3.3 荧光定量PCR方法的建立 |
| 3.3.4 荧光定量PCR方法的准确性及通用性评价 |
| 3.4 金山醋酸乳杆菌酿醋功能评价 |
| 3.4.1 不同酿醋阶段调控金山醋酸乳杆菌对发酵过程影响 |
| 3.4.2 金山醋酸乳杆菌酿造功能验证 |
| 主要结论与展望 |
| 主要结论 |
| 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录:作者在攻读硕士学位期间发表的成果 |
（2）广西肉牛新发再发疫病的诊断和病原分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略语表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 肉牛业的发展概况 |
| 1.2 新发再发疫病的定义 |
| 1.3 肉牛新发再发疫病的研究状况 |
| 1.3.1 牛丘疹性口炎研究进展 |
| 1.3.2 牛乳头瘤研究进展 |
| 1.3.3 志贺氏菌病研究进展 |
| 1.3.4 产气荚膜梭菌病研究进展 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 第二章 牛丘疹性口炎的诊断和病原分析 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 主要仪器设备 |
| 2.1.2 主要试剂 |
| 2.1.3 样品来源 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 临床检查与样品采集 |
| 2.2.2 引物合成及PCR扩增 |
| 2.2.3 牛丘疹性口炎病毒基因序列测定及同源性分析 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 临床检查结果 |
| 2.3.2 PCR扩增结果 |
| 2.3.3 牛丘疹性口炎病毒基因核苷酸序列测定及同源性分析结果 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 牛乳头瘤的诊断和病原分析 |
| 3.1 材料 |
| 3.1.1 主要仪器设备 |
| 3.1.2 主要试剂 |
| 3.1.3 样品来源 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 病变观察和显微镜检查 |
| 3.2.2 病理组织切片的制作 |
| 3.2.3 PCR扩增 |
| 3.2.4 BPV全基因组测序数据分析 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 病变观察和显微镜检查结果 |
| 3.3.2 病理组织切片观察结果 |
| 3.3.3 PCR扩增结果 |
| 3.3.4 BPV全基因组测序数据分析结果 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 牛源志贺氏菌的诊断和病原分析 |
| 4.1 材料 |
| 4.1.1 主要仪器设备 |
| 4.1.2 主要试剂 |
| 4.1.3 病料来源及试验动物 |
| 4.2 方法 |
| 4.2.1 发病情况调查及病理剖检 |
| 4.2.2 细菌分离培养 |
| 4.2.3 细菌16Sr RNA基因扩增及遗传进化分析 |
| 4.2.4 生化试验 |
| 4.2.5 药敏试验 |
| 4.2.6 致病性试验 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 发病情况调查及病理剖检结果 |
| 4.3.2 细菌分离培养结果 |
| 4.3.3 细菌16Sr RNA基因扩增及遗传进化分析结果 |
| 4.3.4 生化试验结果 |
| 4.3.5 药敏试验结果 |
| 4.3.6 致病性试验结果 |
| 4.4 讨论 |
| 第五章 牛产气荚膜梭菌的诊断和病原分析 |
| 5.1 材料 |
| 5.1.1 主要仪器设备 |
| 5.1.2 主要试剂 |
| 5.1.3 病料来源及试验动物 |
| 5.2 方法 |
| 5.2.1 流行病学调查 |
| 5.2.2 细菌分离培养 |
| 5.2.3 生化试验 |
| 5.2.4 药敏实验 |
| 5.2.5 致病性试验 |
| 5.2.6 病理组织切片的制作 |
| 5.2.7 细菌PCR扩增和产气荚膜梭菌毒素分型鉴定 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 流行病学调查结果 |
| 5.3.2 细菌分离结果 |
| 5.3.3 生化试验结果 |
| 5.3.4 药敏试验结果 |
| 5.3.5 致病性试验结果 |
| 5.3.6 病理切片观察结果 |
| 5.3.7 细菌PCR扩增和产气荚膜梭菌毒素分型鉴定结果 |
| 5.4 讨论 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表论文情况 |
（3）林麝肺源致病性大肠杆菌在BALB/c小鼠体内感染模型的建立和全基因组测序与分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 第一部分 文献综述及研究目的和意义 |
| 1 林麝的研究概况 |
| 2 林麝肺炎的研究概况 |
| 3 林麝肺源致病性大肠杆菌的研究概况 |
| 4 肠外致病性大肠杆菌毒力因子的研究概况 |
| 5 小鼠病理模型构建的意义 |
| 6 微生物基因组学研究进展 |
| 6.1 微生物基因组学的研究历史 |
| 6.2 微生物基因组测序技术的发展 |
| 6.3 微生物基因组研究的现状 |
| 6.4 微生物基因组学的应用 |
| 6.4.1 未知功能基因的鉴定 |
| 6.4.2 病原菌致病机理的研究 |
| 6.4.3 新型疫苗和药物的研发 |
| 6.4.4 微生物进化关系分析 |
| 6.4.5 微生物生物学功能图谱研究 |
| 7 研究的目的与意义 |
| 第二部分 研究内容 |
| 第一章 林麝LPEC O78感染BALB/c小鼠感染模型的建立 |
| 1 试验材料 |
| 1.1 菌株和试验动物 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要仪器 |
| 2 试验方法 |
| 2.1 林麝LPEC O78菌液的制备 |
| 2.2 小鼠LD_(50)的测定 |
| 2.3 林麝LPEC O78感染BALB/c小鼠模型的建立 |
| 2.3.1 动物试验及临床观察 |
| 2.3.2 样品的采集 |
| 2.3.3 血液生化指标测定 |
| 2.3.4 细菌感染情况的检测 |
| 2.3.5 病理组织切片的制备及HE染色 |
| 3 试验结果 |
| 3.1 小鼠LD_(50)试验 |
| 3.2 动物试验及临床观察 |
| 3.3 血液生化指标检测 |
| 3.4 细菌感染情况检测 |
| 3.5 小鼠的剖检及组织切片HE染色 |
| 4 讨论 |
| 4.1 动物感染模型的建立 |
| 4.2 病理组织学变化 |
| 4.3 生化指标变化 |
| 第二章 林麝LPEC O78的全基因组测序与分析 |
| 1 试验材料 |
| 1.1 试验菌株 |
| 1.2 主要试剂及培养基 |
| 1.3 主要仪器 |
| 1.4 基因组分析所用数据库及软件基本信息 |
| 2 试验方法 |
| 2.1 林麝LPEC O78的复苏与培养 |
| 2.2 林麝LPEC O78全基因组的提取 |
| 2.3 林麝LPEC O78全基因组的测序与组装 |
| 2.3.1 林麝LPEC O78全基因组Illumina Miseq测序 |
| 2.3.2 基因组序列的拼接和组装 |
| 2.4 林麝LPEC O78基因组分析流程图 |
| 2.5 林麝LPEC O78株基因组注释与分析 |
| 2.5.1 开放阅读框(ORF)的预测 |
| 2.5.2 基因功能的注释 |
| 2.5.3 非编码RNA的预测 |
| 2.5.4 序列类型(ST)的预测 |
| 2.5.5 前噬菌体的预测 |
| 2.5.6 毒力因子(VFs)的预测 |
| 2.5.7 其他元件的预测 |
| 2.5.8 注释信息的整合和提交 |
| 2.6 林麝LPEC O78基因组的进化分析 |
| 2.7 林麝LPEC O78比较基因组学分析 |
| 2.7.1 同源基因聚类比较分析 |
| 2.7.2 特有基因簇和核心基因簇的功能注释分析 |
| 3 试验结果 |
| 3.1 林麝LPEC O78基因组的基本特征 |
| 3.1.1 基因组测序的基本信息 |
| 3.1.2 基因组基本特征和结构 |
| 3.1.3 基因组中的插入序列的预测分析 |
| 3.2 基因组中前噬菌体的预测分析 |
| 3.3 序列类型分析 |
| 3.4 毒力因子分析 |
| 3.5 基因组进化分析 |
| 3.6 林麝LPEC O78比较基因组学分析 |
| 3.6.1 D群菌株同源基因聚类比较分析 |
| 3.6.2 D群菌株COG和GO数据库功能注释 |
| 3.6.3 O78血清型菌株同源基因聚类比较分析 |
| 3.6.4 O78血清型菌株COG和GO数据库功能分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 基因组测序策略 |
| 4.2 MLST的分型分析 |
| 4.3 前噬菌体分析 |
| 4.4 毒力基因分析 |
| 4.5 插入序列分析 |
| 4.6 进化关系分析 |
| 4.7 同源聚类分析 |
| 4.8 COG、GO功能注释分析 |
| 第三部分 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 |
（4）污蝇杆菌表型和基因组分析及检测方法的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 1 前言 |
| 1.1 污蝇杆菌概述 |
| 1.2 细菌分类与鉴定 |
| 1.3 细菌分类鉴定的具体研究方法 |
| 1.3.1 细菌的表型特征 |
| 1.3.2 基于遗传学的分类鉴定 |
| 1.4 微生物基因组学 |
| 1.4.1 微生物基因组学发展历史 |
| 1.4.2 细菌基因组学研究内容 |
| 1.4.3 微生物基因组学研究的应用 |
| 1.4.4 基因组测序技术的发展 |
| 1.5 微生物特异性快速检测方法 |
| 1.5.1 方法概述 |
| 1.5.2 Real-time PCR技术 |
| 1.6 本研究的意义及内容 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 菌株 |
| 2.1.2 主要试剂 |
| 2.1.3 主要仪器与设备 |
| 2.1.4 主要培养基 |
| 2.2 污蝇杆菌SH04生理生化特性研究 |
| 2.2.1 污蝇杆菌SH04的Biolog鉴定 |
| 2.2.2 污蝇杆菌SH04酶学特性 |
| 2.2.3 污蝇杆菌SH04抗生素敏感性实验 |
| 2.3 污蝇杆菌SH04培养条件优化 |
| 2.4 污蝇杆菌SH04培养特性观察 |
| 2.5 污蝇杆菌SH04化学特性分析 |
| 2.5.1 全细朐水解液氨基酸分析 |
| 2.5.2 磷脂类脂组成分析 |
| 2.6 污蝇杆菌SH04全基因组分析 |
| 2.6.1 非编码RNA基因预测 |
| 2.6.2 噬菌体相关基因的预测 |
| 2.6.3 插入序列及重复序列的预测 |
| 2.6.4 编码序列的预测与功能基因的注释 |
| 2.6.5 毒力因子的预测 |
| 2.7 污蝇杆菌比较基因组学分析 |
| 2.7.1 共线性分析 |
| 2.7.2 蛋白质功能的比较 |
| 2.8 污蝇杆菌荧光定量PCR快速检测方法的研究 |
| 2.8.1 引物探针的设计与合成 |
| 2.8.2 污蝇杆菌荧光定量PCR扩增体系和反应条件条件 |
| 2.8.3 污蝇杆菌荧光定量PCR特异性分析 |
| 2.8.4 污蝇杆菌荧光定量PCR灵敏度分析 |
| 2.8.5 污蝇杆菌荧光定量PCR检测可重复性分析 |
| 2.8.6 污蝇杆菌荧光定量PCR对模拟样品的检测 |
| 3 结果与讨论 |
| 3.1 污蝇杆菌SH04的生理生化特性 |
| 3.1.1 污蝇杆菌SH04的Biolog鉴定结果 |
| 3.1.2 污蝇杆菌SH04酶学特性 |
| 3.1.3 污蝇杆菌SH04抗生素敏感性实验 |
| 3.2 污蝇杆菌SH04培养条件的优化 |
| 3.3 污蝇杆菌SH04形态学特征 |
| 3.4 污蝇杆菌SH04的化学特性分析 |
| 3.5 污蝇杆菌SH04的全基因组分析 |
| 3.5.1 污蝇杆菌SH04全基因组概况 |
| 3.5.2 Non-coding RNA基因注释 |
| 3.5.3 重复序列注释 |
| 3.5.4 插入序列 |
| 3.5.5 功能基因注释 |
| 3.5.6 毒力因子分析 |
| 3.6 污蝇杆菌的比较基因组学分析 |
| 3.6.1 共线性分析 |
| 3.6.2 蛋白质功能的比较 |
| 3.7 污蝇杆菌荧光定量PCR快速检测方法的研究 |
| 3.7.1 污蝇杆菌荧光定量PCR特异性检测结果 |
| 3.7.2 污蝇杆菌荧光定量PCR灵敏度测试结果 |
| 3.7.3 污蝇杆菌荧光定量PCR检测可重复性实验结果 |
| 3.7.4 污蝇杆菌荧光定量PCR模拟实验结果 |
| 4 结论 |
| 5 展望 |
| 6 参考文献 |
| 7 攻读硕士学位期间发表论文情况 |
| 8 致谢 |
（5）基于全基因组序列分析筛选罗非鱼源无乳链球菌ZQ0910株保护性抗原及其免疫保护性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 细菌基因组学的研究进展 |
| 1.1.1 细菌基因组学的发展历史 |
| 1.1.2 细菌全基因组框架测定的策略 |
| 1.1.3 细菌基因组学研究内容 |
| 1.2 无乳链球菌的生物学特性 |
| 1.2.1 无乳链球菌的病原学特性 |
| 1.2.2 无乳链球菌的流行病学研究 |
| 1.2.3 无乳链球菌的致病机制 |
| 1.2.4 无乳链球菌致病性与毒力因子研究 |
| 1.2.5 罗非鱼无乳链球菌防控措施 |
| 1.2.6 无乳链球菌的基因组学研究现状 |
| 1.3 筛选疫苗靶基因的新方法 |
| 1.3.1 基因组技术在疫苗开发中的研究 |
| 1.3.2 蛋白质组学技术在疫苗开发中的研究 |
| 1.3.3 DNA 芯片技术在疫苗研制上的研究 |
| 1.4 多位点序列分型在病原微生物中的应用研究 |
| 1.4.1 常见的病原微生物基因分型方法 |
| 1.4.2 多位点序列分析（multi-locus sequence typing，MLST） |
| 1.5 本研究的目的及意义 |
| 2 我国南方地区罗非鱼源无乳链球菌的分子流行病学研究 |
| 2.1 罗非鱼源无乳链球菌的分离、鉴定 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 实验动物 |
| 2.1.3 实验方法 |
| 2.1.4 结果 |
| 2.1.5 讨论 |
| 2.2 应用 MLST 系统进行罗非鱼源无乳链球菌的分子流行病学研究 |
| 2.2.1 实验材料 |
| 2.2.2 实验方法 |
| 2.2.3 结果 |
| 2.2.4 讨论 |
| 2.3 无乳链球菌对罗非鱼致病性研究 |
| 2.3.1 实验动物 |
| 2.3.2 主要仪器 |
| 2.3.3 实验方法 |
| 2.3.4 结果 |
| 2.3.5 讨论 |
| 3 STREPTOCOCCUS AGALACTIAE ZQ0910 株全基因组测序、基因注释及疫苗候选分子筛选 |
| 3.1 S.AGALACTIAE ZQ0910 全基因组测序及基因注释 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验方法 |
| 3.1.3 结果 |
| 3.1.4 讨论 |
| 4 罗非鱼源无乳链球菌疫苗候选分子的克隆、表达和纯化 |
| 4.1 实验材料 |
| 4.1.1 载体及受体菌 |
| 4.1.2 实验仪器 |
| 4.1.3 主要试剂 |
| 4.1.4 主要溶液和试剂的配制 |
| 4.1.5 蛋白电泳所用溶液 |
| 4.1.6 提取包涵体时所用试剂 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 无乳链球菌 S. agalactiae ZQ0910 基因组 DNA 的提取 |
| 4.2.2 DH5α感受态的制备 |
| 4.2.3 基因全长的扩增 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 5 个候选基因的 PCR 扩增 |
| 4.3.2 5 个重组质双酶切及核苷酸测序鉴定 |
| 4.3.3 5 个疫苗候选基因序列特征分析及同源性比较分析 |
| 4.3.4 5 个候选疫苗分子重组质粒的诱导表达 |
| 4.3.5 重组融合蛋白表达分析及纯化 |
| 4.4 讨论 |
| 5 疫苗候选分子对罗非鱼的免疫保护作用研究 |
| 5.1 实验材料 |
| 5.1.1 菌株 |
| 5.1.2 实验动物 |
| 5.1.3 主要试剂 |
| 5.1.4 酶连免疫吸附测定试验所用溶液和试剂 |
| 5.1.5 主要仪器 |
| 5.2 实验方法 |
| 5.2.1 免疫原的制备 |
| 5.2.2 抗原安全性测试 |
| 5.2.3 动物免疫 |
| 5.2.4 攻毒菌液活化 |
| 5.2.5 取血与攻毒 |
| 5.2.6 血清效价的测定 |
| 5.2.7 回归感染试验鱼体病原菌分离鉴定 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 安全性评价 |
| 5.3.2 血清抗体效价检测 |
| 5.3.3 免疫保护率 |
| 5.3.4 病原菌分离鉴定结果 |
| 5.4 讨论 |
| 6 罗非鱼无乳链球菌重组 DNA 疫苗的构建及免疫保护性研究 |
| 6.1 实验材料 |
| 6.1.1 菌株 |
| 6.1.2 试剂 |
| 6.1.3 试验动物 |
| 6.1.4 主要仪器 |
| 6.2 实验方法 |
| 6.2.1 真核重组质粒 pcDNA-Sip 的构建 |
| 6.2.2 引物设计 |
| 6.2.3 目的基因的 PCR 扩增 |
| 6.2.4 目的基因的克隆和序列测定 |
| 6.2.5 大量真核重组质粒 pcDNA-Sip |
| 6.2.6 免疫实验鱼 |
| 6.2.7 DNA 水平检测质粒的转染 |
| 6.2.8 ELISA 检测血清中抗体滴度 |
| 6.2.9 攻毒保护试验 |
| 6.3 结果 |
| 6.3.1 重组质粒 pcDNA-Sip 的构建 |
| 6.3.2 质粒浓度和纯度检测 |
| 6.3.3 吉富罗非鱼体内重组质粒分布的 PCR 检测结果 |
| 6.3.4 mRNA 水平检测目的基因 |
| 6.3.5 抗体效价检测 |
| 6.3.6 免疫保护率 |
| 6.4 讨论 |
| 6.4.1 鱼用 DNA 疫苗的安全性 |
| 6.4.2 表达质粒的设计 |
| 6.4.3 目的基因的表达 |
| 6.4.4 鱼类 DNA 疫苗的接种方式及剂量 |
| 6.4.5 DNA 疫苗的免疫应答 |
| 参考文献 |
| 全文总结 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
| 发表的学术论文 |
| 研究成果 |
（6）多杀性巴氏杆菌全基因组测序与比较基因组学分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 微生物基因组学 |
| 1.1.1 微生物基因组学的研究历史 |
| 1.1.2 微生物基因组测序进展 |
| 1.1.3 微生物基因组测序技术的发展 |
| 1.1.4 微生物基因组学研究的应用 |
| 1.2 多杀性巴氏杆菌的研究进展 |
| 1.2.1 多杀性巴氏杆菌的生物学特性与分型 |
| 1.2.2 多杀性巴氏杆菌的流行与危害 |
| 1.2.3 多杀性巴氏杆菌毒力因子的研究进展 |
| 1.2.4 多杀性巴氏杆菌基因组学的研究进展 |
| 2 研究的目的和意义 |
| 3 材料和方法 |
| 3.1 材料 |
| 3.1.1 菌株 |
| 3.1.2 主要工具酶及试剂 |
| 3.1.3 主要培养基的配制 |
| 3.1.4 主要仪器与设备 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 测序菌株的筛选 |
| 3.2.2 细菌全基因组的提取 |
| 3.2.3 多杀性巴氏杆菌基因组序列的测定 |
| 3.2.4 多杀性巴氏杆菌完整基因组注释与分析 |
| 3.2.5 多杀巴氏杆菌比较基因组学分析 |
| 3.2.6 多杀性巴氏杆菌基因组进化分析 |
| 4 结果与分析 |
| 4.1 所测多杀性巴氏杆菌的基本特征 |
| 4.2 所测多杀性巴氏杆菌基因组一般特征 |
| 4.2.1 7株多杀性巴氏杆菌基因组拼接结果初步统计 |
| 4.2.2 4株多杀性巴氏杆菌全基因组基本特征 |
| 4.2.3 假基因的分析 |
| 4.2.4 噬菌体相关编码基因 |
| 4.2.5 双组份调控系统 |
| 4.3 4 株多杀性巴氏杆菌比较基因组学分析 |
| 4.3.1 核苷酸水平的比较分析 |
| 4.3.2 氨基酸水平的比较分析 |
| 4.4 4 株多杀性巴氏杆菌基因组局部区域比较分析 |
| 4.5 4 株多杀性巴氏杆菌基因组进化分析 |
| 5 讨论 |
| 5.1 测序菌株的筛选与基因组测序 |
| 5.2 基因组学与比较基因组学分析 |
| 5.3 局部区域比较分析 |
| 5.4 下一步工作展望 |
| 6 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 附表 |
（8）多维液相色谱质谱组合分析在志贺菌蛋白组基因组学中的应用（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略词表 |
| 引言 |
| 第一部分 多维液相色谱质谱组合体系的分析 |
| 一、前言 |
| 二、材料与方法 |
| 三、结果与讨论 |
| (一) 2-D LC MALDI-TOF/TOF与2-D LC ESI-MS/MS的组合分析 |
| (二) 2-D LC MALDI-TOF/TOF与2-D LC ESI-MS/MS的比较分析 |
| 四、小结 |
| 第二部分 多维液相色谱质谱组合体系在基因组注释中的应用 |
| 一、前言 |
| 二、材料与方法 |
| 三、结果与讨论 |
| (一) 已注释蛋白编码基因的验证 |
| (二) 错误注释基因的修正 |
| (三) 未注释基因的发现 |
| 四、小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 博士期间发表论文 |
| 致谢 |
（9）痢疾杆菌小RNA功能的研究（论文提纲范文）
| 缩略语索引 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 1 志贺氏菌介绍 |
| 2 志贺氏菌的致病的分子机制 |
| 3 宿主对福氏志贺氏菌的免疫性 |
| 4 福氏志贺氏菌质粒上毒力基因的调控 |
| 5 志贺氏菌毒力基因评价模型 |
| 6 sRNA 表达调控机制 |
| 7 本研究的目的意义 |
| 8 参考文献 |
| 第一部分 福氏2a 志贺氏菌301 sRNA 的预测搜索和验证 |
| 1.1 福氏 2a 志贺氏菌 301 sRNA 的预测和搜索 |
| 1.2 Northern blot 验证 |
| 1.3 结果 |
| 1.4 讨论 |
| 1.5 参考文献 |
| 第二部分 福氏2a 志贺氏菌301 sRNA 的突变株的构建及生理生化特征 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.2 结果 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 参考文献 |
| 第三部分 sRNA 与 sf301 毒力的相关性研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.2 结果 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 参考文献 |
| 第四部分 sf301ΔsRNAs 与sf301 野生株的比较蛋白质组学研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.2 结果 |
| 4.3 所鉴定蛋白质的功能分析 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 参考文献 |
| 总结 |
| 附录 |
| 文献综述 |
| 个人简历 |
| 致谢 |
（10）胸膜肺炎放线杆菌和猪瘟病毒的基因组测序与比较基因组学研究（论文提纲范文）
| 目录 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表(Abbreviation) |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 微生物基因组学的研究背景 |
| 1.2 微生物比较基因组学的研究进展 |
| 1.2.1 基因组学研究方法的发展 |
| 1.2.2 微生物比较基因组学 |
| 1.3 基因组学在细菌学中的应用 |
| 1.3.1 细菌病原的分子检测和鉴定 |
| 1.3.2 细菌的基因分型 |
| 1.3.3 杀菌剂抗性基因的检出 |
| 1.3.4 宿主与病原相互关系的探索 |
| 1.3.5 单克隆抗体的研制 |
| 1.3.6 疫苗的设计 |
| 1.4 胸膜肺炎放线杆菌(APP)的生物学特性 |
| 1.4.1 APP的分类地位和代谢特性 |
| 1.4.2 APP毒力因子的研究 |
| 1.5 猪瘟病毒(CSFV)的研究进展 |
| 1.5.1 CSFV基因组的非编码区 |
| 1.5.2 CSFV基因组的编码区 |
| 1.5.3 CSFV的分子流行病学及遗传多样性 |
| 第2章 胸膜肺炎放线杆菌JL03株全基因组测序与注释及比较基因组学分析 |
| 2.1 研究目的和意义 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 菌株 |
| 2.2.2 质粒载体 |
| 2.2.3 培养基 |
| 2.2.4 主要生化试剂和溶液的配制 |
| 2.2.5 细菌基因组的提取 |
| 2.2.6 基因组DNA随机文库的构建 |
| 2.2.7 基因组文库的大规模测序 |
| 2.2.8 基因组数据的处理和拼接 |
| 2.2.9 基因组的注释 |
| 2.2.10 比较基因组学分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 胸膜肺炎放线杆菌JL03株的基因组测序 |
| 2.3.2 胸膜肺炎放线杆菌JL03基因组的注释与比较分析 |
| 2.3.3 APP基因组的进化分析 |
| 2.3.4 基因组序列结构的比较 |
| 2.3.5 基因组的代谢和调控分析 |
| 2.3.6 毒力因子的分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 基因组测序的策略问题 |
| 2.4.2 APP的铁吸收系统 |
| 第3章 猪瘟病毒强毒株SWH/CA/2004株全基因组测序和分析 |
| 3.1 研究目的和意义 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 病毒、细胞、质粒及细菌 |
| 3.2.2 生化试剂及试剂盒 |
| 3.2.3 培养基与抗生素 |
| 3.2.4 引物设计与合成 |
| 3.2.5 CSFV RNA的提取 |
| 3.2.6 RT-PCR扩增与检测 |
| 3.2.7 CSFV强毒株全基因序列测定与分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 CSFV SWH/CA/2004株全基因组的克隆及测序 |
| 3.3.2 SWH/CA/2004株基因组的基本结构 |
| 3.3.3 CSFV株的分子进化关系分析 |
| 3.3.4 CSFV基因组各基因的相似性分析 |
| 3.3.5 CSFV基因型的划分 |
| 3.3.6 CSFV 5'-NTR,E~(rn5),E2和3'-NTR的突变 |
| 3.3.7 SWH/CA/2004聚蛋白二级结构的预测 |
| 3.4 讨论 |
| 第4章 siRNA对黄病毒科RNA聚合酶表达抑制的研究 |
| 4.1 研究目的和意义 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 细胞、菌株和质粒 |
| 4.2.2 酶与试剂 |
| 4.2.3 抽提质粒相关溶液 |
| 4.2.4 SDS-PAGE和Western blot相关溶液 |
| 4.2.5 引物设计与合成 |
| 4.2.6 siRNA的设计与合成 |
| 4.2.7 感受态细胞的制备、质粒的转化、质粒制备与纯化 |
| 4.2.8 siRNA表达载体的构建 |
| 4.2.9 RNA聚合酶基因与报告基因(EGFP)融合表达载体的构建 |
| 4.2.10 siRNA表达载体与各融合报告质粒共转染 |
| 4.2.11 转染后的荧光检测 |
| 4.2.12 流式细胞检测 |
| 4.3.13 Western blot检测 |
| 4.3.14 实时定量RT-PCR检测 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 siRNA表达载体的构建 |
| 4.3.2 RdRp基因与报告基因(EGFP)的融合表达 |
| 4.3.3 siRNA表达载体与目的基因重组质粒共转染后的荧光检测 |
| 4.3.4 流式细胞检测 |
| 4.3.5 Western blot检测 |
| 4.3.6 siRNA在mRNA水平抑制的检测 |
| 4.4 讨论 |
| 第5章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附表1.JL03菌株基因组的预测基因功能分类列表 |
| 附表2.个人简介 |
四、痢疾杆菌全基因组序列测定与分析（论文参考文献）
- [1]金山醋酸乳杆菌比较基因组分析与酿醋功能评价[D]. 孙佳. 江南大学, 2021(01)
- [2]广西肉牛新发再发疫病的诊断和病原分析[D]. 李常挺. 广西大学, 2020
- [3]林麝肺源致病性大肠杆菌在BALB/c小鼠体内感染模型的建立和全基因组测序与分析[D]. 田青. 四川农业大学, 2017(01)
- [4]污蝇杆菌表型和基因组分析及检测方法的研究[D]. 柳文进. 天津科技大学, 2015(05)
- [5]基于全基因组序列分析筛选罗非鱼源无乳链球菌ZQ0910株保护性抗原及其免疫保护性研究[D]. 王蓓. 中国海洋大学, 2013(01)
- [6]多杀性巴氏杆菌全基因组测序与比较基因组学分析[D]. 刘文静. 华中农业大学, 2012(02)
- [7]福氏痢疾杆菌2b血清型菌株基因组中SfII和SfX前噬菌体整合位点及排列方式研究[J]. 王艺婷,孙强正,刘凯,赵爱兰,王艳,金东,李振军,景怀琦,叶长芸,徐建国. 中华流行病学杂志, 2010(07)
- [8]多维液相色谱质谱组合分析在志贺菌蛋白组基因组学中的应用[D]. 赵丽娜. 北京协和医学院, 2010(01)
- [9]痢疾杆菌小RNA功能的研究[D]. 李娜. 中国人民解放军军事医学科学院, 2009(10)
- [10]胸膜肺炎放线杆菌和猪瘟病毒的基因组测序与比较基因组学研究[D]. 徐卓菲. 华中农业大学, 2008(02)