CO1在侧耳属物种快速鉴定中的应用

论文摘要

本文以侧耳属（Pleurotus）16个主要种为试验材料,根据实验室已有的侧耳属CO1基因序列信息,设计引物C0332F和C0332R,以cDNA为模板PCR扩增CO1的编码区序列,扩增产物经克隆、测序。使用软件DNAMAN和ClustalX分析试验材料的CO1编码区序列,结果表明：侧耳属种间CO1编码区序列比较保守,序列同源性在0.888-1.000之间。结合侧耳属CO1编码区序列和CO1基因序列,进一步分析发现侧耳属CO1序列间的差异主要在于内含子,其中,P. ostreatus、P. citrinopileatus、P. cornucopiae和P. eryngii var. tuoliensis序列大小分别为：1777 bp、1675 bp、2059 bp和1718 bp,序列间有1个内含子插入；P. eryngii、P. pulmonarius、P. abieticola、P. tuber-regium和P. rattenburyi序列大小分别为：3454 bp、3462 bp、3441 bp、3631 bp和4913 bp,序列间有2个内含子插入；P. australis和P. smithii序列大小分别为：4641 bp和4453bp,序列间有3个内含子插入；而P. calyptratus、P. cystidiosu、P. djamor、P. dryinus和P. eryngii var. ferulae序列间无内含子插入,大小均为321 bp。为了更加快速的鉴定侧耳属属内各种,本文以引物C0332F和C0332R为基础进行PCR扩增,可先将PCR扩增产物按条带大小分为四组,第一组为P. calyptratus、P. cystidiosu、P. djamor、P. dryinus和P. eryngii var. ferulae;第二组为P. ostreatus、P. citrinopileatus、P. cornucopiae和P. eryngii var. tuoliensis;第三组为P. eryngii、P. pulmonarius、P. abieticola和P. tuber-regium;第四组为P. rattenburyi、P. australis和P. smithii,然后根据各组菌株CO1序列间的差异,设计每个菌株的特异性引物,菌株只有使用特异引物扩增的情况下才能扩增出目的条带。根据扩增出条带的大小和有无可以准确快速的鉴定供试16个菌株。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 缩略语表
• 1. 前言
• 1.1 侧耳属真菌概述
• 1.2 物种分类鉴定的研究进展
• 1.2.1 动物DNA条形码的研究进展
• 1.2.2 植物DNA条形码的研究进展
• 1.2.3 真菌DNA条形码的研究进展
• 1.3 研究目的和意义
• 2 材料与方法
• 2.1 试验材料
• 2.1.1 供试菌株
• 2.1.2 供试培养基
• 2.1.3 试验试剂
• 2.1.4 试验仪器
• 2.2 试验方法
• 2.2.1 菌丝体培养与收集
• 2.2.2 总RNA的提取
• 2.2.3 琼脂糖凝胶电泳检测
• 2.2.4 RNA纯化
• 2.2.5 引物的设计与合成
• 2.2.6 RT-PCR
• 2.2.7 RT-PCR产物克隆测序
• 2.2.8 DNA提取
• 2.2.9 特异引物的设计及合成
• 2.2.10 菌株的快速鉴定
• 3 结果与分析
• 3.1 总RNA电泳检测结果
• 3.2 CO1基因序列分析
• 3.3 CO1编码区序列分析
• 3.4 内含子序列分析
• 3.5 总DNA电泳检测结果
• 3.6 PCR扩增结果分析
• 3.6.1 第一轮扩增结果
• 3.6.2 特异引物扩增结果
• 4 小结与讨论
• 参考文献
• 致谢
• 附录