一、种群的分子遗传分析（论文文献综述）
张浩[1]（2021）在《濒危植物胡桃楸山东地区种群结构及遗传分析》文中认为胡桃楸（Juglans mandshurica Maxim.）为胡桃科（Juglandaceae）胡桃属（Juglans L.）植物,是一种高大的温带落叶乔木,具有较高材用和药用价值。由于生境破坏和人为干扰,胡桃楸种群数量急剧减少,已被列为国家珍稀濒危植物。通过野外调查发现,山东地区泰山、鲁山、蒙山、崂山、昆嵛山等区域保存有部分胡桃楸野生居群,呈现片断化分布格局,存在灭绝风险,因此亟需开展该物种的种质资源保护工作。本研究通过对山东地区胡桃楸的资源调查,掌握其发育现状、空间分布等特点,基于基础数据绘制静态生命表,从而推断种群结构的未来变化动态;根据ITS、cp DNA部分区域序列信息,以及EST-SSR分子标记研究结果,开展居群及个体的遗传多样性研究,揭示其遗传变异水平和居群遗传结构,为该地区胡桃楸的资源保护提供理论依据。研究主要结果如下:1.在全省范围内的胡桃楸资源调查基础上,于昆嵛山国家级自然保护区、徂徕山省级自然保护区、蒙山省级自然保护区、牙山省级自然保护区以及鹊山省级自然保护区共设置24个20m×20m样方,进行目标物种的每木测量,基于株数、胸径等数据进行龄级结构分析和静态生命表绘制。结果表明:（1）所调查的816株胡桃楸中,幼苗幼树（0cm<DBH<5cm）个体共577株,占总株数的70.7%;从低龄级到高龄级胡桃楸个体数量逐级减少,幼苗幼树储备较为丰富,部分样方内高龄级个体缺失,种群总体表现为增长型。（2）随龄级上升,死亡率呈现先降低再升高的趋势,而期望寿命呈现出先升高再降低的趋势,其存活曲线总体符合DeeveyⅡ型。（3）不同地区的胡桃楸种群结构变化趋势存在部分差异,牙山、昆嵛山、徂徕山和蒙山的胡桃楸种群存活曲线为Deveey III型,而鹊山胡桃楸种群存活曲线接近于Deveey II型。（4）昆嵛山、牙山、鹊山区域的种群内,不同坡位、不同样线分析结果表明,山体下部样方目标物种受人为干扰影响大,导致死亡率较高,而山体中部及上部受人为干扰相对较少,死亡率较低。2.通过PCR扩增ITS、cp DNA（rbc L和psb A-trn H）目标片段,根据序列比对信息对山东地区8个胡桃楸居群开展遗传多样性研究。结果表明:（1）基于ITS序列,供试居群共检测到了14种单倍型（H01-H14）,其中H01是8个居群共有单倍型。总体来看,山东地区胡桃楸居群具有较高的单倍型多样性（Hd=0.6872）和较低的核苷酸多样性（Pi=0.00599）;而不同居群遗传变异水平存在差异,泰山（TS）和崂山（LS）居群遗传多样性较高,仰天山（YT）和昆嵛山（KY）居群遗传多样性较低。（2）基于cp DNA序列,供试居群共检测到13种单倍型（G01-G13）,G02是8个居群的共有单倍型。其中,TS、KY和蒙山（MS）居群单倍型种类较多（4种）,而五莲山（WL）居群单倍型种类较少（1种）;居群平均单倍型多样性为0.4517,核苷酸多样性为0.01633,遗传多样性处于较低水平。（3）基于以上序列信息分析,结果表明居群间遗传距离普遍较小,聚类结果与地理距离之间未表现出明显的相关性,Mantel test分析结果（P>0.05）亦验证了此结论。根据ITS和cp DNA序列信息,计算该地区胡桃楸不同居群间的基因流分别为2.966和1.992,说明其间有着较为频繁的基因交流。（4）AMOVE分析结果表明胡桃楸遗传变异主要来自于居群内。Tajima’s D值和失配分析曲线均支持山东地区胡桃楸居群可能经历了种群扩张事件。3.应用EST-SSR标记对10个胡桃楸居群（山东8个,吉林1个和陕西1个）以及外类群核桃（J.regia）（山东、新疆）和华东野核桃（J.cathayensis var.formosana（Hayata））（福建）,共13个居群170个个体进行了遗传分析。结果表明:（1）本研究所使用的9个EST-SSR引物具有较高的多态性（PIC=0.5675）,共扩增得到90个等位基因,不同位点的等位基因数量为5-16个。（2）山东地区胡桃楸TS、CL居群的遗传多样性水平较高,WL、MS居群的遗传多样性水平较低;8个居群的平均等位基因数（Na）、Shannon指数（I）和观测杂合度（HO）分别为3.2917、0.7488以及0.3633,高于吉林地区胡桃楸JL居群（Na=2.7778,HO=0.3333）,而低于陕西地区胡桃楸QL居群（Na=4.4444,HO=0.3932）。（3）AMOVA分析表明,山东地区胡桃楸总遗传变异中89%的变异发生在居群内;种群间存在较小的遗传分化(FST=0.103)和较高的基因流（Nm=2.894）,推断这与其花粉的长距离传播从而产生基因交流有关。Mantel test结果（r=-0.0870和P=0.4320）显示地理距离和遗传距离之间不存在显着相关性。（4）UPGMA聚类分析将13个胡桃属居群分为两组,而胡桃楸与核桃遗传关系相对较远;居群主坐标分析与UPGMA聚类结果一致。（5）STRUCTURE分析结果表明,TS和QL居群部分胡桃楸个体具有与核桃群体相同的遗传信息,推断胡桃楸与核桃存之间在种间基因渗透。4.山东地区胡桃楸种群呈现片断化分布格局,总体来看属于增长型年龄结构;自然繁殖正常,在排除人为干扰前提下,该物种种群可进行自我复壮。ITS、cp DNA序列信息和SSR分子标记结果表明,山东地区胡桃楸种群遗传多样性较低。本研究推断生态环境破坏、虫害以及人为干扰可能是其濒危的主要原因,可采取就地保护和迁地保护相结合的方式进行种质资源保护。
张晋华[2]（2021）在《乌珠穆沁羊生长性状基因遗传效应分析与育种应用》文中研究指明乌珠穆沁羊和湖羊是我国优良的地方绵羊品种,具有良好的肉用性能,但缺乏相应的分子遗传育种方面的基础性研究。本研究选取与动物生长发育相关的甘油二酯酰基转移酶基因（DGAT1）、岩藻糖基转移酶8基因（FUT8）、G型蛋白酪氨酸磷酸酶受体基因（PTPRG）、α–甘露糖苷酶基因（MAN1A1）、生长激素受体基因（GHR）、6–磷酸果糖–2–激酶基因（PFKFB4）和核受体辅抑制子1基因（NR6A1）作为候选基因进行研究。以内蒙古地区的336只乌珠穆沁羊、甘肃地区的1006只湖羊为研究对象,利用Sequenom Mass ARRAY?SNP技术和基因芯片对DGAT1、FUT8、PTPRG、MAN1A1、GHR、PFKFB4和NR6A1基因的7个SNPs位点g.13504098C>T、g.74522417C>T、g.39335737A>G、g.18795097C>T、g.31957140C>T、g.51303722A>G和g.11204707A>C进行基因型检测,统计分析各个SNP位点相关群体遗传学信息,并将SNPs与乌珠穆沁羊和湖羊的生长性状进行关联分析。研究结果如下:1.本研究对7个SNPs进行基因型检测分析后发现,在乌珠穆沁羊群体中这7个位点都存在多态性且属于中度多态（0.25<PIC<0.5）,在湖羊群体中g.51303722A>G位点属于低度多态（PIC<0.25）、g.18795097C>T位点属于高度多态（PIC>0.5）。卡方检验显示,7个SNPs位点在乌珠穆沁羊群体中均达到哈代–温伯格（Hardy-Weinberg）平衡（P>0.05）,其中g.18795097C>T和g.51303722A>G位点在湖羊群体中也达到哈代–温伯格平衡（P>0.05）。2.基因多态性与乌珠穆沁羊群体生长性状关联分析显示:在4、6月龄时期,DGAT1基因g.13504098C>T位点的TT、CC、CT基因型之间在胸围、体重、管围、体高、胸宽上的显着性差异表现为显着（P<0.05）。FUT8基因g.74522417C>T位点的TC、CC基因型之间在体高上呈现出显着差异（P<0.05）。PTPRG基因g.39335737A>G位点的GG、AA、GA基因型之间在管围、胸围、体重、体高上显着性差异表现为显着（P<0.05）。MAN1A1基因g.18795097C>T位点的CC、TC、TT基因型之间在胸围、胸宽、体重、体高上表现为显着差异（P<0.05）。GHR基因g.31957140C>T位点的CC、TT、TC基因型之间的个体在体高和胸宽上差异性表现为显着性差异（P<0.05）。PFKFB4基因g.51303722A>G位点的GG、GA、AA基因型之间在管围、胸围、体重上的差异性为显着性差异（P<0.05）。NR6A1基因g.11204707A>C位点的CC、CA、AA基因型之间呈现显着差异体现在体重、体高、体斜长、胸围、管围上（P<0.05）。3.基因多态性与湖羊群体生长性状关联分析显示:在2、3、4、5、6月龄时期,MAN1A1基因g.18795097C>T位点的CC、TC、TT基因型之间在体重、胸宽、背膘厚、眼肌面积、胸深、体斜长上表现为显着差异（P<0.05）。PFKFB4基因g.51303722A>G位点的GG、GA、AA基因型之间在4月龄时期的体斜长、胸宽上的差异性为显着性差异（P<0.05）。本文的研究结果为了解、掌握乌珠穆沁羊和湖羊的生长发育情况奠定了基础,筛选验证影响其生长性状的SNP位点,对更好发挥品种效应具有重要意义,同时为其分子标记辅助选择育种提供参考。
王琰琰[3]（2021）在《雪茄烟种质资源SNP指纹图谱构建及群体遗传分析》文中认为烟草（Nicotiana tabacum L.）是我国重要的经济作物之一,是偏远地区脱贫的重要保障。雪茄烟是烟草的一种类型,近年来全世界雪茄烟产业呈现出蓬勃发展的趋势。目前,我国优质雪茄烟种质资源相对匮乏,品种混杂现象突出,且遗传背景不清晰,这给雪茄种质资源的收集编目、保存鉴定、新品种选育等工作造成了很大困难。因此,明确我国现有的雪茄烟种质资源遗传结构、资源间亲缘关系,系统构建我国首套雪茄烟SNP指纹图谱,对雪茄烟资源收集鉴定、选育和产业发展具有重要意义。本研究利用SSR、SNP对113份雪茄烟种质资源进行遗传分析,并开发出一套完整的SNP核心标记,对216份雪茄烟资源进行指纹图谱构建和二维条形码绘制工作。主要研究结果如下:一、明确了我国雪茄烟种质资源遗传多样性水平对113份雪茄烟种质资源进行简化基因组测序,进行SNP位点鉴定研究,过滤后得到580942个高质量SNP。同时,利用6个烟草品种从2000对SSR引物中筛选出了43对扩增效果好的SSR引物。利用高质量SNP的碱基连成的序列和43对SSR引物分别对113份雪茄烟种质资源进行了主成分分析、群体遗传结构分析和聚类分析。分析结果均表明了来源地相同的种质分布在不同亚群,即113份雪茄烟种质资源没有按地理来源进行聚类,说明我国雪茄烟种质资源具有丰富的遗传多样性,复杂多样的遗传背景,可为今后雪茄烟育种研究提供宝贵的资源材料。二、开发了首套雪茄烟SNP核心标记在获得的580942个高质量SNP位点中筛选均匀分布在24条烟草染色体上、没有基因型数据缺失、位点的未测通材料数<20、次要等位基因频率（MAF）≥0.34、多态性信息含量（PIC）>0.35、HWE检验p值为≥0.01、多态性位点前后100 bp无其他突变的SNP位点,最终获得163个SNP位点。将筛选获得的SNP位点转化为KASP引物,其中133个成功转化。利用133个KASP引物对96个雪茄烟种质进行基因分型,根据结果筛选出了76个KASP引物,之后利用43份雪茄烟种质验证筛选76个KASP标记,最终筛选到47个核心引物和24个候选核心引物。三、构建了雪茄烟种质资源SNP指纹图谱利用得到的47个核心标记,对216个雪茄烟种质资源进行基因型检测。利用基因型检测结果构建雪茄烟种质资源指纹图谱,并为每份种质编码了一份指纹图谱二维码。根据47个核心KASP引物对216份雪茄烟种质的分型结果,计算了遗传距离矩阵,发现部分品种为疑同品种。之后又利用24对候选核心引物对这些品种进行再次鉴定,并计算其遗传距离,结果表明,HN000129和HN000132,HN000137、HN000027和HN000192,HN000018和HN000019,沂水大弯筋和沂水大弯筋,古巴2号-1和古巴2号-2,HN000147、HN000148、HN000149和HN000177,HN000187和HN000188,HN000182和HN000083,HN000172、山东-1和HN000175,Havana 1号和HN000179,HN000100和HN000110,Connecticut Shade和Bad Geudertheimer Landsorte,HN000101和HN000102,Geudetthelmex、Havana10和Lanka 23,Havana 38和Philippin材料间的遗传距离依然为0。结合田间表型性状发现这些品种的各项指标数据差别很小,确为同一品种。
金星娜[4]（2021）在《饲用型小黑麦RIL群体草产量相关性状的遗传分析及QTL定位》文中进行了进一步梳理优质牧草短缺在一定程度上阻碍了畜牧业的发展,寻找优质高产的牧草是解决这一矛盾的途径之一。饲用型小黑麦（×Triticale Wittmack）作为一种优质饲草,提高饲草产量也是其主要育种目标之一。而在实际生产中,大多选择表型良好的亲本杂交培育获得优良小黑麦品种,工作量较大且选择具有盲目性。株高、分蘖数、旗叶长、旗叶宽、穗下节间长和单株鲜重是小黑麦重要的饲草产量相关性状。本研究以饲用型小黑麦273个单株构成的RIL群体F6代为试验材料,观测了株高、分蘖数、旗叶长、旗叶宽、穗下节间长和单株鲜重等饲草产量相关性状的田间表型值,开展了该群体的表型分析,并结合课题组构建的小黑麦RIL群体分子图谱,进行了饲草产量相关性状的QTL分析,浅析了小黑麦饲草产量的遗传机制,为小黑麦高产遗传改良提供了研究基础。主要结论如下:（1）RIL群体中饲草产量相关性状变异系数由大到小依次为单株鲜重（64.10%）、分蘖数（45.05%）、穗下节间长（34.29%）、株高（14.85%）、旗叶长（10.59%）和旗叶宽（9.68%）,RIL群体产量性状的表型分布均表现出超亲的遗传特点;小黑麦饲草产量相关性状与单株鲜重的相关系数由小到大依次为:穗下节间长<旗叶长<株高<旗叶宽<分蘖数,各性状指标间株高、穗下节间长均与分蘖数呈极显着负相关关系,穗下节间长与株高表现为极显着正相关性,穗下节间长与旗叶宽为极显着负相关关系;主成分分析可将饲草产量相关性状综合为生物量构成因子和株高构成因子,累积贡献率达70.81%。（2）对RIL群体表型变异较大的饲草产量相关性状（株高、分蘖数、穗下节间长和单株鲜重）共检测出16个QTL位点分布于7个连锁群,其中检测到5个与株高相关的QTL,4个与分蘖数相关的QTL,3个与穗下节间长相关的QTL,4个与单株鲜重相关的QTL。本研究以两种饲用型小黑麦杂交后的273个单株构成的F6代RIL群体为材料,通过主成分分析将饲草产量相关性状综合为生物量构成因子和株高构成因子,并结合小黑麦该群体分子图谱,以此为基础共检测出16个与饲草产量性状相关的QTL位点。
魏勇[5]（2021）在《中国不同地区白纹伊蚊种群遗传多样性和感染DENV-2媒介能力的研究》文中研究表明背景:白纹伊蚊从起源地东南亚地区扩散到除南极洲的各个大洲,已成为了全球扩散速度最快、最具威胁的入侵物种之一,也是中国伊蚊传播病毒的主要媒介,其中包括强致病性和传染性的登革病毒（DENV）。了解我国不同地区白纹伊蚊种群遗传多样性、基因流和对DENV的易感性,对我国蚊虫的监测和蚊媒病的防控具有指导意义。方法:利用一组多态性的微卫星标记对中国34个种群的白纹伊蚊基因组DNA进行PCR扩增测序和种群遗传结构分析,了解中国不同地区白纹伊蚊种群整体遗传结构和聚类分化情况。基于酶切简化基因组DNA测序的方法对中国不同聚类群的八个白纹伊蚊种群进行高通量测序鉴定全基因组SNP位点,分别利用全基因组SNP、cox1和微卫星这三个DNA分子标记对这些种群进行种群遗传分析,并比较他们所呈现的空间遗传结构。中国不同聚类群的八个白纹伊蚊种群通过喂食含DENV-2的新鲜羊血,于感染后14天解剖蚊虫的头、唾液腺和中肠,通过RT-qPCR检测这些组织的感染情况和病毒量,以及蚊虫体内免疫相关基因的表达水平和Wolbachia含量。结果:中国34个白纹伊蚊种群977只蚊虫样本在13个微卫星位点上共鉴定出153个不同的等位基因。遗传指标如多态信息含量、杂合度、等位基因丰富度和固定指数显示出高度多态性标记、高遗传多样性和低种群遗传分化。基于贝叶斯分析将这34个种群分为南部、西部、中部、东部和北部五个不同的聚类群。遗传结构分析表明中国白纹伊蚊种群具有区域聚集性。Mantel检验表明白纹伊蚊种群遗传距离与地理距离呈正相关（R2=0.245,P=0.01）。中国不同聚类群的八个白纹伊蚊种群105只蚊虫样本共检测9968个全基因组SNP位点,231只蚊虫样本共检测32个cox1单倍体型。基于全基因组SNP数据发现五个白纹伊蚊聚类群之间存在不对称的基因流,且从南向北、从西向东的基因流高于相反方向。与cox1序列和微卫星标记相比,全基因组SNP对种群遗传结构的分析精确度更高。此外,中国不同聚类群的八个白纹伊蚊种群感染DENV-214天后各种群间感染率、播散率和潜在传播率无显着差异。中国西-南地区的白纹伊蚊中肠、头部和唾液腺中DENV-2的载量低于东-中-北地区白纹伊蚊。白纹伊蚊体内的 DENV-2 载量与 Rel 1 基因（r=-0.285,P=0.011）和 STAT 基因（r=-0.289,P=0.009）的表达水平呈负相关。蚊虫体内wAlbB型沃尔巴克氏菌的相对密度明显高于wAlbA型沃尔巴克氏菌,且wAlbB型沃尔巴克氏菌与蚊头部（r=-0.729,P=0.040）、唾液腺（r=-0.785,P=0.021）和整只蚊虫体内（r=-0.909,P=0.002）的DENV-2载量呈负相关。结论:中国不同地区白纹伊蚊种群间的较强基因流可能抑制了种群分化,促进了种群间的遗传多样性。整体从南向北、从西向东的基因流可能对非登革热流行区的疫情暴发造成潜在风险。中国不同地区白纹伊蚊种群遗传结构和各种群对DENV-2易感性的数据资料将对理解蚊媒病的流行病学特征和预防控制具有重要意义。
杨晓伟[6]（2021）在《湖南铁心杉育种亲本群体的构建》文中认为杉木（Cunninghamia lanceolate）,是我国南方栽培最广、生长快、经济价值高的用材树种。解放后我国林业工作者在杉木育种方面做出了巨大贡献,已成功完成第四代种子园的建设工作,但是杉木育种也出现了只追求速生而忽略了优质的问题。2012年,在湖南小溪国家自然保护区发现一种杉木的变种,心材呈油亮的黑褐色,且心材比重大,耐腐,区别于红心杉（Red-heart wood Chinese fir）,是一种优质天然的杉木种质资源,被称为铁心杉（Black-heart wood Chinese fir）。本研究从铁心杉种质资源的保存与收集、铁心杉种群遗传结构和空间遗传结构、基于SSR标记的核心种质资源构建和优良半同胞子代父本鉴定等几个方面来构建铁心杉育种亲本群体,为今后铁心杉种质资源的保护、开发和利用奠定理论基础。主要研究结果如下:（1）2019年3月,通过人工选择,在天然林中选取35株优良无性系,构建铁心杉种质资源圃,每个无性系嫁接不少于10株,嫁接成活率高达83%;同年10月收集27株铁心杉种子,测定种子活力,最高发芽率达68%。（2）选取15对稳定、多态且特异的SSR引物对湖南铁心杉154份材料进行种群结构和遗传多样性分析。结果显示:15对SSR引物共检测出72个等位基因,每对标记的等位基因数在2～16之间,平均7.07;平均观测杂合度、平均期望杂合度分别为 0.463、0.599;15 对 SSR 标记的 PIC 值在 0.350～0.866 之间,平均 PIC 为 0.599。以地理位置和山头分布将样本划分为6个群体,并进行遗传多样性和遗传结构分析,结果表明:湖南铁心杉在不同亚群体间的遗传差异较小,遗传距离变幅在0.048～0.315之间;遗传分化显示,群体之间的遗传差异仅占总体差异的10%,说明种质资源的差异主要来源于种质内的个体间;NJ聚类分析、PCA主成分分析和STRUCTURE遗传结构分析、Apcluster聚类分析均将供试材料分为两大类群,154份湖南铁心杉种质资源并没有按照地理来源和山头分布进行分组,表明湖南铁心杉具有丰富的遗传多样性;Mantel test检验R2=0.1963,说明铁心杉各个亚群体之间的遗传距离与地理距离之间不具有显着相关性,仅存在19.63%的遗传变异与地理距离相关,而剩余80.37%的遗传变异由其他人为或者自然因素所导致而成。（3）选取JZW1作为铁心杉精细空间遗传结构的对象,发现铁心杉空间遗传结构Sp=0.00376,样地内铁心杉种子传播的距离在7.32～121.35m之间,花粉传播的距离在48.78～195.12m之间。种子传播的平均距离为48.98m,花粉传播的平均距离为110.57m。（4）基于SSR分子标记,3种遗传距离、2种取样策略及1种聚类方法、R语言Genetic subsetter包进行核心种质构建比较分析,最后采取“SM遗传距离+UPGMA聚类法多次聚类+位点优先取样”对154份湖南铁心杉木种质资源进行核心种质构建,获得30份核心种质,占总数的19.48%;核心种质保留了初始种质的全部等位基因且各个遗传参数的t检验结果表明核心种质能够较好的代表初始种质。（5）收集10株优良母本种子播种育苗,构建半同胞子代幼苗,筛选优株,利用SSR标记和CERVUS软件进行父本鉴定,组建优良杂交亲本组合。结果显示:50个子代在403个疑似父本中共鉴定出42个父本,其中TXS-14的繁殖贡献率最高为6%,TXS-20、TXS-201、TXS-204、TXS-399、TXS-5 的繁殖贡献率次之,为 4%,其余均为2%,共筛选出高配合力亲本50对。（6）通过铁心杉种质资源圃的构建、种群遗传结构和空间遗传的分析、基于SSR标记的核心种质构建和父本鉴定,完成了铁心杉育种亲本群体的构建,为今后铁心杉异地保存和保护及有效开发利用提供技术支撑。
宁瑶[7]（2020）在《基于DNA分析的东北虎扩散状况、近交以及肠道菌群的研究》文中研究表明东北虎（Panthera tigris altaica）是分布最北端的虎亚种,同时也是中国Ⅰ级保护动物,曾经广泛分布在中国的东北部,朝鲜半岛和俄罗斯远东地区。20世纪中叶以后,过度偷猎,生境丧失和栖息地破碎化导致了种群数量和栖息地范围迅速下降,由于小而孤立的种群使东北虎处于濒临灭绝的边缘。为了种群的可持续增长,需深入了解中国东北虎遗传状况,因此本研究使用遗传数据探究东北虎的迁移情况,种群近交程度及其影响,同时探测野生和圈养东北虎肠道菌群结构和功能的差异,为物种重引入做准备。主要的结果与发现如下:1长白山北部东北虎种群的空间分布和遗传分析种群的扩散和迁移是种群扩大栖息地,降低近亲繁殖几率的重要手段,在某种程度上反映了种群状况的改善。我国东北虎种群主要分布在中俄边界地区,其是否可以顺利的向我国内部扩散对于东北虎在中国的持续生存至关重要。近些年,不断有研究证明中国东北虎个体数量的快速恢复,但种群空间分布动态和迁移的信息却没有得到足够的关注。本研究收集了 2003年到2016年期间我国长白山北部地区东北虎的空间出现点和粪便样本,分析中国东北虎的空间分布和扩散迁移状况。结果表明,从2003年到2016年该地区的东北虎种群以每三年12.83±4.41 km的速度向西扩散。与相邻的俄罗斯滨海边疆西南地区的东北虎种群进行比较发现,两个种群遗传多样性差异不显着且两个种群之间的存在潜在个体迁移率约为13.04%,表明中国东北虎种群在向西扩散方面存在严重的地理或人为阻隔。此外,中国长白山北部东北虎个体间遗传距离和空间距离之间的存在显着的正相关关系。本研究提供了有关中国长白山北部东北虎种群向西扩散和跨境迁移的重要信息,表明了中国东北虎种群对栖息地恢复的迫切需求,管理者应尽快开展生态廊道研究,加强廊道建设,以消除扩散障碍,并加强国际合作,促进东北虎的跨境迁移。2东北虎种群近交及其影响近交,即亲缘关系相近的个体间的交配繁殖,其导致个体的有害变异聚集在一起,从而降低种群的适应性和生存能力。此外,由近交引起的遗传侵蚀、近交衰退和等位基因效应,最终会导致孤立的小种群更易灭绝。长期以来中国境内野生东北虎数量一直处于较少状态,与俄罗斯种群的个体交流又受到中俄两国边境管理的限制,种群容易发生近交,但是相关研究仍处于空白状态。为了了解我国境内野生东北虎近交状况以及近交造成的有害影响,我们使用最具多态性的遗传标记来评估中国东北虎近交程度及个体间亲缘关系。此外,我们还分析了近交组和非近交组之间的MHC多态性和肠道菌群之间是否存在显着性差异,以及近交与肠道寄生虫之间的关系。结果表明,种群中表亲或同母异父姐妹关系的个体亲缘关系超过总数的50%,近交系数大于0.125的个体占总数的22.73%。近交组和非近交组之间的MHC多态性无显着性差异,但个体的近交系数与猫弓首蛔虫的载荷量之间存在显着的相关关系,U检验确定了感染寄生虫组和非感染寄生虫组之间MHC多样性的差异,然而未探测到单个MHC等位基因与寄生虫感染之间存在显着的关联性。对于肠道菌群而言,多个分类等级的肠道菌群以及肠道菌群的功能均受到了近亲繁殖的影响。这些结果清楚地表明,东北虎种群现已呈现出中等近交水平。尽管当前的近亲繁殖状况并未导致MHC多样性的显着差异,但与寄生虫感染强度呈显着的相关性。此外,近亲繁殖还改变了肠道菌群的结构和功能,增加了致病细菌的丰度,并影响了机体的生物合成,降解和利用等功能。3野生和圈养东北虎种群的肠道微生物群落结构和功能的比较重引入是濒临灭绝物种进行野外种群恢复和遗传多样性维持的有效策略,是缓解东北虎种群近交压力,快速恢复其它斑块内东北虎个体数量的有效手段。虽然我国拥有世界上最大的东北虎繁育基地,前期研究也表明其圈养的东北虎依然保留对其天然猎物的识别能力,但圈养种群和野生种群在生存环境和食物组成等方面的差异不仅会影响其行为和生存能力,还可能导致肠道菌群的改变。肠道微生物对宿主的健康至关重要,这些微生物群落的组成变化可能会增加宿主感染的敏感性,并降低对环境的适应性。了解圈养东北虎种群和野生种群之间肠道菌群的组成和功能差异,为圈养个体的野化放归提供重要的数据支持。本研究通过16S rRNA基因的高通量测序（amplicon测序）和宏基因组学,对35份东北虎粪便样本（13只圈养东北虎个体和22只野外东北虎个体）进行了分析,比较了圈养和野生东北虎种群之间肠道菌群组成和功能的变异。结果表明,圈养东北虎在肠道菌群中具有较高的Alpha多样性,但野生东北虎肠道菌群的平均非加权Unifrac距离远远大于圈养东北虎个体间的Unifrac距离。功能差异主要涉及新陈代谢,细胞过程,环境信息处理,如聚糖生物合成与代谢,细胞运动以及信号分子间的相互作用。圈养种群和野生种群之间的饮食习惯和环境差异共同导致了肠道菌群组成的差异,进而导致功能上也存在显着差异。本研究基于DNA数据系统地分析了我国野生东北虎个体迁移情况、近交程度和影响以及识别野生和圈养东北虎肠道菌群组成和功能的差异,该研究是东北虎保护管理和政策决策的重要依据。
金雨晴[8]（2020）在《侧柏育种群体种质资源遗传分析与管理利用策略》文中指出侧柏（Platycladus orientalis）具有较高的生态与经济利用价值,是我国北部、西北部干旱山地主要的造林树种之一。目前,我国侧柏育种资源的利用仍处于初级阶段,育种资源遗传背景不清,良种效益低。建立高效分子标记技术,评估现有资源遗传关系,对现有良种基地升级改造,是推动侧柏遗传改良、提高良种繁育效率的重要环节。本研究以提高侧柏种质资源管理和改良效率为目标,建立了侧柏的简化基因组测序流程和快速实用的分子标记技术;构建了侧柏第一张高密度遗传图谱;结合表型和分子标记对侧柏良种基地种子园初级育种群体的种质遗传多样性进行了分析,探究育种群体的遗传结构;结合家系间亲缘关系和亲本育种值进行回选,制定了基于分子辅助的种质保育与高阶改良利用策略。本论文取得了以下主要研究结果:（1）建立了侧柏分子标记及高效的简化基因组分析流程。通过对侧柏转录组和近缘物种刺柏的基因组序列分析,筛选出27个多态、稳定的SSR标记位点。建立了侧柏简化基因组分析流程（dd RAD）,得到45,959个高质量位点。研究表明dd RAD技术在分子标记开发和基因分型上有巨大潜力,为未来柏科及其他针叶树种基因组水平上的变异研究提供了技术指导。（2）构建了首张侧柏高密度遗传图谱。确定了包含23,926个标记位点的11个连锁群,图谱总长约1,506 c M,标记之间的平均遗传距离为0.2 c M,覆盖度99.8%。同时构建了框架标记遗传图谱,通过比较图谱间的标记排序,发现框架标记图谱与全标记图谱之间具有高度的一致性。借助遗传图谱,揭示了侧柏具有“对称核型”,并鉴定了潜在着丝粒和次缢痕区域。该遗传图谱为侧柏基因组大规模组装提供框架,对柏科基因组比较分析和深入了解种质资源的遗传背景有重要意义。（3）鉴定了侧柏基因组中显着偏分离位点及区域,推断了它们潜在的遗传学意义及功能效应。检测到3,965个偏分离标记,其中37个位点与生殖发育的生物学过程有关。通过构建含偏分离标记的遗传图谱,锚定了10个偏分离热点区域在11个连锁群的分布,并发现偏分离位点会削弱标记间的连锁强度,增大标记间的遗传距离;检测到了两种结构变异（易位和倒位）现象。此项结果对今后深入的基因组结构和功能分析有启示和参考价值。（4）澄清了侧柏良种基地初级种子园亲本群体的遗传多样性、遗传结构及亲缘关系。SSR分子标记分析显示该初级育种群体具有相对高的变异程度,种源间变异占总变异的1.25%,种源内变异能够解释大部分的变异来源。群体结构分析未发现明显的遗传结构和地理类群,这表明地域间有广泛的迁移和基因流动。有165个亲本来源可以利用分子标记进行鉴定。此项研究为侧柏种子园中亲本鉴定、交配系统分析提供了技术途径,对后续侧柏遗传资源管理、种子园升级改造等相关研究有借鉴指导。（5）结合已有的子代测定结果和优良无性系亲缘关系,初步筛选了去劣疏伐种子园的建园亲本材料,提出了侧柏高阶种子园育种体系的可持续改良方案。基于子代和亲本的综合性状表现,对侧柏初级种子园进行了不同疏伐程度的模拟设计,揭示了种子园内的遗传多样性水平受疏伐强度的影响不明显;随着疏伐强度的加大,可以有效的控制近交率,为后续良种生产和高阶育种策略调整提供了依据。本研究对开展侧柏育种资源遗传评价,指导初级种子园升级改造及侧柏高级遗传改良工作提供了技术、材料、理论支持和实践指导。
吴金燕[9]（2019）在《海南热带假丝酵母菌的多样性及基于全球多位点序列数据的群体遗传分析》文中提出机会性酵母感染是人类最常见的真菌感染之一,且大多数机会性致病酵母菌是人体口腔共生菌。因此,了解人体口腔酵母菌的分布及耐药情况对于人类防治由自身携带真菌引起的各种并发症至关重要。然而,关于口腔酵母菌的生态和地理模式的遗传变异及药物敏感性状况鲜有报道。本研究旨在研究海南岛住院患者口腔酵母菌的种类、基因型和对抗真菌药物的敏感性以及基于公布的多位点序列数据的热带假丝酵母菌（Candida tropicalis,Ct）全球遗传变异模式。Ct是主要的人类致病酵母菌之一,在热带、亚热带地区尤为流行。海南是旅游型热带岛屿,岛上丰富的有机物质,有利于Ct的生长。我们推测海南有利的环境条件和频繁大量的人员流动可能使海南境内的Ct产生丰富的遗传变异并得以维持。而且,Ct也是一种全球分布的人类致病酵母菌。近年来,虽然有大量关于Ct遗传多样性和分子流行病学的研究,但对其全球遗传变异模式仍然未知。因此,我们对已发表的数据进行了 Mata分析,以深入了解菌株和种群关系的模式。主要研究结果如下:1.住院病人口腔酵母菌种类及耐药性本研究共采集677例住院病人口腔黏膜标本,其中446例（65.9%）携带酵母菌。口腔酵母菌分离率在性别上无统计学意义（P=0.685）,而年龄多60岁患者口腔酵母菌的携带率显着高于年龄≤59岁的患者口腔酵母菌的携带率（P<0.01）。从446例病人口腔中共分离到14种酵母菌共459株,其中占前三位的是白假丝酵母菌（231株）,光滑假丝酵母菌（99株）和热带假丝酵母菌（63株）。13例病人携带两种及以上假丝酵母菌,年龄均多60岁。体外5种抗真菌药物敏感性测定发现,33.3%的菌株显示出不同程度的耐药性,超过一半以上的菌株对两种以上抗真菌药耐药。总体来看,459株酵母菌对两性霉素B、氟胞嘧啶、伊曲康唑、酮康唑和氟康唑的耐药率分别为 2.4%、10.0%、l 8.5%、10.7%和 19.2%。2.海南Ct群体遗传学研究本研究成功测定了来自海南8个不同地理位置的116株Ct 6个基因片段（ICL1,MDR1,SAPT2,SAPT4,XYR1及 ZWF1a）共 2667bp,共获得 79（2.96%）个核苷酸多态性位点,其中36个多态性位点为新发现位点。利用多位点序列分析法结合6个基因座对Ct进行分型研究发现,116株热带假丝酵母菌分属于94种二倍体序列型（Diploid sequencetypes,DST）,其中仅14种DST与已报道的相同。群体遗传分析发现,大多数遗传变异来源于菌株个体之间,且不同地理之间存在基因流。Mantel检测发现Ct DST和氟康唑易感性之间没有显着的相关性,DST相同的耐药株（与敏感株相比）ERG11基因出现有义突变,符合多种来源对海南Ct氟康唑耐药性的影响。3.全球Ct群体遗传学研究本研究分析了已发表的来自五大洲16个国家876个分离株的6个多位点序列(（Multilocus Sequence Typing,MLST）基因座数据。研究结果显示,2677个核苷酸中有280个（10.5%）多态性位点,导致每个基因座的平均值为82种（范围为38到150）基因型,及基于6个基因座的共计633种DST。其中,336个菌株共享93种DST,包括来自不同大洲菌株共享的10种DST。分子方差变异分析（Analysis of Molecular Variance,AMOVA）显示,89%的遗传变异来源于地区和国家地理种群之内,而仅有11%的来源于国家种群间。地理种群配对分析显示,大多数地理种群对之间的遗传差异总体较低但具有统计学意义,新加坡和印度种群与其他种群最为不同。Mantel检验显示遗传距离与地理种群间的地理距离之间没有显着相关性。与地理种群内的高遗传变异和地理种群间有限的遗传变异相一致,STRUCTURE分析结果表明,876个分离株可分为15个遗传簇,每个簇具有广泛的地理分布。总之,本研究结果表明,基因流存在于某些地区、国家和大洲的Ct种群之间,造成该病原真菌具有丰富的地区和国家种群遗传多样性。总之,本研究（ⅰ）立足海南岛特殊的地理和生态环境,对海南住院病人口腔酵母菌种类及耐药情况进行分析;（ⅱ）利用分子遗传学方法首次探讨海南热带假丝酵母菌遗传多样性,解析海南热带假丝酵母菌种群结构,探讨基因型与耐药性的相关性;（ⅲ）在此基础上,结合全球已发表的热带假丝酵母菌MLST相关数据,首次对热带假丝酵母菌全球遗传变异模式进行分析。本研究有利于更好地了解热带假丝酵母菌的流行分布规律,以便有效防控该病原体。
陈井生[10]（2019）在《黑龙江省大豆胞囊线虫毒力类型分析及品种抗性研究》文中研究说明大豆胞囊线虫（Soybean cyst nematode,SCN,Heterodera glycines）是一种危害严重且难以防治的植物病原线虫,每年给中国乃至世界的大豆生产均造成巨大的经济损失。应用抗病品种是防治大豆胞囊线虫病最经济有效的措施之一。黑龙江省是中国大豆的主要产区,也是大豆胞囊线虫的发病区。全面了解大豆胞囊线虫在黑龙江省的发生与分布情况,分析群体毒力遗传多样性,以及筛选鉴定和充分利用抗性大豆品种,对安全防控大豆胞囊线虫病具有指导意义。本研究从毒力表型层面分析了大豆胞囊线虫不同地理群体的致病性分化情况,开展黑龙江省大豆胞囊线虫毒力类型和生理小种分布分化及遗传多样性研究;鉴定了大豆品种资源对线虫的抗性;研究生产上抗性品种的遗传规律;利用重测序技术对抗线虫12进行全基因组遗传变异挖掘,并在大豆胞囊线虫胁迫下进行了抗线虫12抗病基因筛选和验证。取得了以下研究结果:1.黑龙江省大豆胞囊线虫毒力类型鉴定采用生理小种和HG Type类型两种鉴定方法,利用国际上通用鉴别寄主对黑龙江省大豆胞囊线虫群体62个样本进行了毒力表型的鉴定。共鉴定出11个HG类型,除了HG Type 7和HG Type 1.3.7外,HG Type 0、1.2.3.5.7、1.2.3.7、1.3.4.7、2、2.5.7、2.7、6、6.7等9个HG类型为黑龙江省首次报道。HG Type 7占测试总数的45.16%,HG Type 0占30.65%。HG Type 1.2.3.5.7是调查群体中毒力最强的。在PI548402上,大豆胞囊线虫雌虫指数大于10的种群类型占12.9%,毒力范围为10-48.99。PI88788毒性群体FI指数范围为10-29.93,PI548316毒性群体FI指数范围为10-65.86;供试群体中PI437654毒性群体占4.84%,比例最低。共发现5个大豆胞囊线虫生理小种,分别是1号、3号、4号、6号和14号。其中3号生理小种占测试总数的64.52%,是优势生理小种。其中大庆长期定位病圃3号生理小种对应HG Type7类型,安达定位病圃14号小种对应HG Type 1.3.4.7类型。2.鉴定了黑龙江主栽大豆品种对胞囊线虫的抗性本研究评价了110份大豆种质资源对HG Type 7（SCN3）和HG Type1.3.4.7（SCN14）的抗性,110份材料中无表现免疫的品种。5份大豆品种对HG Type 7表现为抗病,占鉴定材料总数的4.55%;19份表现为中抗,占鉴定材料总数的17.27%;有86份表现为感病,其中63份表现为高感、23份表现为中感,占鉴定材料总数的78.18%。有2份品种抗线虫12和庆豆13对HG Type 1.3.4.7表现为高抗,占鉴定材料总数的1.83%;6份表现为中抗,占鉴定材料总数的5.50%;其余材料表现为高感或中感。抗线虫12和庆豆13等8个大豆品种兼抗两种毒力群体。田间小区测产试验结果表明,抗病品种抗线虫12的产量明显高于感病品种合丰50。生防菌剂菌线克SN101的使用对抗线虫12无增产作用,却显着增加了感病品种合丰50的产量,抑制了线虫的增殖,轮作地块增产22.94%,连作地块增产33.35%。3.抗线虫12和庆豆13对大豆胞囊线虫抗性遗传分析抗线虫12和庆豆13对大豆胞囊线虫HG Type 7（SCN3）和HG Type1.3.4.7（SCN14）均具有良好抗性。抗线虫12和庆豆13分别与感病品种合丰50杂交,获得210个F2:3（合丰50×抗线虫12）和336个F2:3（合丰50×庆豆13）杂交后代,并对其抗性遗传进行了研究。卡方分析结果显示:抗线虫12对HG Type 7（SCN3）的抗性由3对隐性基因控制的（rhg rhg rhg）,对HG Type 1.3.4.7（SCN14）抗性则符合1对显性基因和2对隐性基因控制的基因模型（Rhg rhg rhg）。庆豆13的遗传规律符合1对显性基因和3对隐性基因控制的遗传模型（Rhg rhg rhg rhg）。抗线虫12和庆豆13对胞囊线虫的抗性是由多基因控制,根据亲本遗传系谱分析抗线虫12的抗性来源于Peking。4.基于全基因组重测序的抗线虫12遗传变异信息发掘为全面揭示重要抗源材料抗线虫12的全基因组突变类型及品种抗性机理,对抗线虫12进行全基因组重测序,测序深度33.47×,与参考基因组Williams 82相比,共获得1974863个SNP,12941个CNV,241356个Indel,17067个SV。提取注释结果中高质量的SNP和Indel,进行GO分类和KEGG富集分析,分别注释到30个条目,共富集到植物激素信号转导等20个代谢通路中。结果表明,这些变异基因和代谢途径在抗线虫12抗胞囊线虫过程中发挥了重要作用。对rhg1抗性位点进行CNV分析进一步分析,抗线虫12的广谱性抗性机制可能与rhg1位点的拷贝数变异相关,并且同时需要rhg1-a和Rhg4。分析发现5个基因,Gm NPR1-1,Gm ACS9b,Gm SAMT1,Gm PAD4和Gm EDS1等可能与抗线虫12的抗性相关。5.抗线虫12抗性相关基因的筛选及验证利用ge Norm,Normfinder,Bestkeeper和Ref Finder对内参基因表达稳定性进行评价,筛选获得ELF1A（Glyma.05g114900）基因和UBC4（Glyma.18g216000）基因稳定表达,适合作为线虫侵染早期抗线虫品种抗性分析的双内参基因。验证了5个抗性相关基因于线虫侵染72 h时在抗线虫12根部均显着表达;其中抗病相关蛋白基因Gm EDS1相对表达量最高,是对照的10.43倍,水杨酸甲基转移酶基因Gm SAMT1是对照的8.86倍,非表达致病相关蛋白基因Gm NPR1-1是对照的6.79倍,肽酰基精氨酸脱亚胺酶基因Gm PAD4是对照的5.54倍,腺苷蛋氨酸合成酶基因Gm ACS9b是对照的2.3倍。在大豆胞囊线虫胁迫下,抗线虫12品种中的5个基因Gm EDS1,Gm NPR1-1,Gm ACS9b,Gm SAMT1和Gm PAD4在胞囊线虫侵染早期均发挥了重要作用,但其与抗性遗传分析中的rhg1位点关联性需要进一步深入研究。
二、种群的分子遗传分析（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、种群的分子遗传分析（论文提纲范文）
（1）濒危植物胡桃楸山东地区种群结构及遗传分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 引言 |
| 1.1 胡桃楸简介 |
| 1.2 胡桃属物种系统发育研究 |
| 1.3 胡桃楸种群结构研究 |
| 1.4 胡桃楸遗传多样性研究 |
| 1.5 本研究目的与意义 |
| 第2章 山东地区胡桃楸种群结构研究 |
| 2.1 研究区概况 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 样方信息 |
| 2.2.2 龄级结构分析 |
| 2.2.3 静态生命表编制及不同曲线绘制 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 龄级结构分析 |
| 2.3.2 静态生命表编制 |
| 2.3.3 存活曲线分析 |
| 2.3.4 期望寿命曲线分析 |
| 2.3.5 死亡曲线分析 |
| 2.4 讨论 |
| 第3章 山东地区胡桃楸ITS及 cpDNA遗传分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 供试材料采集 |
| 3.1.2 DNA提取 |
| 3.1.3 PCR扩增与基因测序 |
| 3.1.4 数据统计与分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 DNA提取与PCR产物质量检测 |
| 3.2.2 基于ITS序列的胡桃楸单倍型分布及遗传多样性分析 |
| 3.2.3 基于ITS序列的胡桃楸遗传结构分析 |
| 3.2.4 基于ITS序列的胡桃楸种群动态分析 |
| 3.2.5 基于cpDNA序列的胡桃楸单倍型分布及遗传多样性分析 |
| 3.2.6 基于cpDNA序列的胡桃楸遗传结构分析 |
| 3.2.7 基于cpDNA序列的胡桃楸种群动态分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 山东地区胡桃楸遗传多样性 |
| 3.3.2 山东地区胡桃楸遗传结构 |
| 3.3.3 山东地区胡桃楸种群扩张 |
| 3.3.4 山东地区胡桃楸资源保护策略 |
| 第4章 胡桃楸及近缘种EST-SSR分子标记遗传分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 样品采集及DNA提取 |
| 4.1.2 EST-SSR扩增及荧光检测信息读取 |
| 4.1.3 遗传信息指数统计 |
| 4.1.4 居群遗传结构分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 SSR扩增产物检测 |
| 4.2.2 SSR位点遗传多样性 |
| 4.2.3 居群遗传多样性 |
| 4.2.4 居群遗传关系分析 |
| 4.2.5 居群遗传结构分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 胡桃楸SSR遗传多样性分析 |
| 4.3.2 胡桃楸SSR遗传结构分析 |
| 4.3.3 胡桃楸保护措施 |
| 第5章 总结论 |
| 参考文献 |
| 附录 A CTAB 法提取供试样本 DNA 及其质量检测 |
| 附录 B |
| 附录 C 9 对 EST-SSR 引物相关信息 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（2）乌珠穆沁羊生长性状基因遗传效应分析与育种应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 主要符号对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 绵羊产业及绵羊的选育概况 |
| 1.2 绵羊资源概述 |
| 1.2.1 中国绵羊遗传资源的分类与分布 |
| 1.2.2 乌珠穆沁羊种质特征 |
| 1.2.3 湖羊种质特征 |
| 1.3 候选基因的研究进展 |
| 1.3.1 DGAT1 基因研究进展 |
| 1.3.2 FUT8 基因研究进展 |
| 1.3.3 PTPRG基因研究进展 |
| 1.3.4 MAN1A1 基因研究进展 |
| 1.3.5 GHR基因研究进展 |
| 1.3.6 PFKFB4 基因研究进展 |
| 1.3.7 NR6A1 基因研究进展 |
| 1.4 SNP基因分型的方法 |
| 1.4.1 Mass ARRAY法 |
| 1.4.2 基因芯片 |
| 1.5 研究目的和意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 试验材料与仪器试剂 |
| 2.1.1 试验动物血样采集及生长性状的测定 |
| 2.1.2 相关基因标记信息 |
| 2.1.3 试验主要仪器 |
| 2.1.4 试验主要试剂及药品 |
| 2.1.5 主要分子生物学软件 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 试验群体基因组DNA提取及检测 |
| 2.2.2 利用Massarray SNP技术检测乌珠穆沁羊生长相关基因位点的基因型 |
| 2.2.3 利用基因芯片法检测湖羊生长相关基因位点的基因型 |
| 2.3 数据统计及分析方法 |
| 2.3.1 表型数据分析 |
| 2.3.2 基因型频率及等位基因频率的计算 |
| 2.3.3 遗传纯合度和杂合度计算 |
| 2.3.4 有效等位基因数计算 |
| 2.3.5 多态信息含量计算 |
| 2.3.6 哈代―温伯格平衡检测 |
| 2.3.7 基因多态性与乌珠穆沁羊和湖羊生长性状的关联分析 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 乌珠穆沁羊体重和体尺的描述性统计 |
| 3.2 乌珠穆沁羊生长相关基因位点分型检测结果 |
| T位点分型检测结果'>3.2.1 DGAT1 基因g.13504098C>T位点分型检测结果 |
| T位点分型检测结果'>3.2.2 FUT8 基因g.74522417C>T位点分型检测结果 |
| G位点分型检测结果'>3.2.3 PTPRG基因g.39335737A>G位点分型检测结果 |
| T位点分型检测结果'>3.2.4 MAN1A1 基因g.18795097C>T位点分型检测结果 |
| T位点分型检测结果'>3.2.5 GHR基因g.31957140C>T位点分型检测结果 |
| G位点分型检测结果'>3.2.6 PFKFB4 基因g.51303722A>G位点分型检测结果 |
| C位点分型检测结果'>3.2.7 NR6A1 基因g.11204707A>C位点分型检测结果 |
| 3.3 乌珠穆沁羊群体基因型频率、等位基因频率 |
| T位点的群体遗传分析'>3.3.1 DGAT1 基因g.13504098C>T位点的群体遗传分析 |
| T位点的群体遗传分析'>3.3.2 FUT8 基因g.74522417C>T位点的群体遗传分析 |
| G位点的群体遗传分析'>3.3.3 PTPRG基因g.39335737A>G位点的群体遗传分析 |
| T位点的群体遗传分析'>3.3.4 MAN1A1 基因g.18795097C>T位点的群体遗传分析 |
| T位点的群体遗传分析'>3.3.5 GHR基因g.31957140C>T位点的群体遗传分析 |
| G位点的群体遗传分析'>3.3.6 PFKFB4 基因g.51303722A>G位点的群体遗传分析 |
| C位点的群体遗传分析'>3.3.7 NR6A1 基因g.11204707A>C位点的群体遗传分析 |
| 3.4 SNPs与乌珠穆沁羊生长性状关联分析 |
| T位点与乌珠穆沁羊生长性状的关联分析'>3.4.1 DGAT1 基因g.13504098C>T位点与乌珠穆沁羊生长性状的关联分析 |
| T位点与乌珠穆沁羊生长性状的关联分析'>3.4.2 FUT8 基因g.74522417C>T位点与乌珠穆沁羊生长性状的关联分析 |
| G位点与乌珠穆沁羊生长性状的关联分析'>3.4.3 PTPRG基因g.39335737A>G位点与乌珠穆沁羊生长性状的关联分析 |
| T位点与乌珠穆沁羊生长性状的关联分析'>3.4.4 MAN1A1 基因g.18795097C>T位点与乌珠穆沁羊生长性状的关联分析 |
| T位点与乌珠穆沁羊生长性状的关联分析'>3.4.5 GHR基因g.31957140C>T位点与乌珠穆沁羊生长性状的关联分析 |
| G位点与乌珠穆沁羊生长性状的关联分析'>3.4.6 PFKFB4 基因g.51303722A>G位点与乌珠穆沁羊生长性状的关联分析 |
| C位点与乌珠穆沁羊生长性状的关联分析'>3.4.7 NR6A1 基因g.11204707A>C位点与乌珠穆沁羊生长性状的关联分析 |
| 3.5 湖羊体重和体尺的描述性统计 |
| 3.6 湖羊生长相关基因位点分型检测结果 |
| 3.7 湖羊群体基因型频率、等位基因频率 |
| 3.8 SNPs与湖羊生长性状关联分析 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 候选基因遗传特性 |
| 4.2 候选基因多态性与生长性状的关联分析 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（3）雪茄烟种质资源SNP指纹图谱构建及群体遗传分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 烟草种质资源概况 |
| 1.1.1 烟草种质资源研究进展 |
| 1.1.2 雪茄烟种质资源现状 |
| 1.2 分子标记技术研究进展 |
| 1.2.1 分子标记技术概况 |
| 1.2.2 SSR标记在烟草育种中的应用 |
| 1.2.3 SNP标记及检测方法 |
| 1.2.4 SNP在育种上的研究进展 |
| 1.3 简化基因组测序 |
| 1.3.1 简化代表库 |
| 1.3.2 SLAF-seq技术 |
| 1.3.3 RAD-seq技术 |
| 1.3.4 GBS技术 |
| 1.4 DNA指纹图谱 |
| 1.4.1 DNA指纹图谱的发展 |
| 1.4.2 DNA指纹图谱在烟草中的研究进展 |
| 1.5 研究目的和意义 |
| 第二章 雪茄烟种质资源群体遗传分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 基因组DNA提取 |
| 2.1.3 利用SNP进行群体遗传分析的方法 |
| 2.1.3.1 GBS测序 |
| 2.1.3.2 SNP鉴定 |
| 2.1.3.3 数据处理 |
| 2.1.4 利用SSR标记进行群体遗传分析的方法 |
| 2.1.4.1 SSR引物 |
| 2.1.4.2 PCR扩增 |
| 2.1.4.3 银染法电泳 |
| 2.1.4.4 数据分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 SNP位点发掘 |
| 2.2.2 基于全基因组SNP的群体遗传分析 |
| 2.2.3 SSR引物的筛选 |
| 2.2.4 基于SSR分子标记的群体遗传分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 基于SSR和 SNP标记分析雪茄烟种群体遗传的优越性 |
| 2.3.2 基于SNP标记进行雪茄烟群体遗传分析 |
| 2.3.3 基于SSR标记进行的雪茄烟群体遗传分析 |
| 2.3.4 基于SSR和 SNP标记的群体遗传分析比较 |
| 第三章 雪茄烟种质资源SNP指纹图谱的构建 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 供试材料 |
| 3.1.2 DNA提取 |
| 3.1.3 SNP标记筛选 |
| 3.1.4 KASP分型验证 |
| 3.1.5 性状调查 |
| 3.1.6 数据分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 SNP位点的筛选 |
| 3.2.2 KASP引物设计及核心位点的挑选 |
| 3.2.3 DNA指纹图谱的构建 |
| 3.2.4 216 份雪茄烟种质资源品种鉴定 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 雪茄烟种质资源SNP核心引物开发 |
| 3.3.2 雪茄烟种质资源SNP指纹图谱的构建 |
| 3.3.3 216 份雪茄烟种质资源品种鉴定 |
| 第四章 全文结论 |
| 4.1 雪茄烟种质资源群体遗传分析 |
| 4.2 开发了首套雪茄烟SNP核心标记 |
| 4.3 构建了雪茄烟种质资源DNA指纹图谱 |
| 参考文献 |
| 附录 A |
| 附录 B |
| 附录 C |
| 附录 D |
| 附录 E |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（4）饲用型小黑麦RIL群体草产量相关性状的遗传分析及QTL定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| SUMMARY |
| 第一章 文献综述 |
| 1 小黑麦研究进展 |
| 1.1 小黑麦概述 |
| 1.2 小黑麦传统育种研究进展 |
| 2 分子标记技术及其在小黑麦中的应用 |
| 2.1 DNA分子标记 |
| 2.2 分子标记类型 |
| 2.3 分子标记在小黑麦中的应用 |
| 3 分子图谱 |
| 3.1 作图群体的选择与建立 |
| 3.2 作图群体杂交亲本 |
| 3.3 适当的分离群体类型 |
| 3.4 群体大小 |
| 3.5 统计方法及阀值 |
| 4 分子标记选择 |
| 4.1 ISSR分子标记技术 |
| 4.2 禾本科分子图谱构建研究进展 |
| 5 数量性状基因定位 |
| 5.1 QTL定位的原理和方法 |
| 5.2 禾本科QTL定位研究进展 |
| 6 本研究的目的和意义 |
| 7 本研究的主要内容和技术路线 |
| 第二章 小黑麦饲草产量相关性状表型分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验地概况 |
| 1.2 试验材料 |
| 1.3 试验设计 |
| 1.4 测定指标 |
| 1.5 数据分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 RIL群体饲草产量相关性状的表型变异分析 |
| 2.2 RIL群体饲草产量相关性状的相关性分析 |
| 2.3 RIL群体饲草产量相关性状的主成分分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 RIL群体饲草产量相关性状的表型分析 |
| 3.2 RIL群体饲草产量相关性状的相关性分析 |
| 3.3 RIL群体饲草产量相关性状的主成分分析 |
| 4 小结 |
| 第三章 小黑麦饲草产量相关性状QTL定位 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 小黑麦RIL群体的表型鉴定 |
| 1.3 数据统计与分析 |
| 1.4 QTL定位分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 小黑麦RIL群体表型正态分布 |
| 2.2 小黑麦RIL群体分子图谱特点 |
| 2.3 小黑麦饲草产量相关性状的QTL定位 |
| 2.4 控制小黑麦株高的QTL分析 |
| 2.5 控制小黑麦分蘖数的QTL分析 |
| 2.6 控制小黑麦穗下节间长的QTL分析 |
| 2.7 控制小黑麦单株鲜重的QTL分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 本研究材料的应用价值 |
| 3.2 DNA提取 |
| 3.3 小黑麦杂交亲本和作图群体选择 |
| 3.4 小黑麦的分子图谱 |
| 3.5 小黑麦连锁群饲草产量相关QTL分布 |
| 3.6 小黑麦QTL位点的重叠性 |
| 3.7 影响QTL检测的因素 |
| 3.8 QTL的应用 |
| 4 小结 |
| 第四章 结论与展望 |
| 1 结论 |
| 2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 在读期间发表论文和研究成果 |
| 导师简介 |
（5）中国不同地区白纹伊蚊种群遗传多样性和感染DENV-2媒介能力的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 基于微卫星DNA标记对我国白纹伊蚊种群遗传结构分析 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 SSR引物筛选 |
| 3.2 毛细管电泳检测结果 |
| 3.3 亲缘关系鉴定 |
| 3.4 白纹伊蚊隐种检测与沃尔巴克氏菌感染情况 |
| 3.5 哈迪温伯格平衡检验及连锁不平衡分析 |
| 3.6 各微卫星位点的遗传信息 |
| 3.7 各白纹伊蚊种群的遗传多样性 |
| 3.8 种群遗传结构和PCoA分析 |
| 3.9 遗传距离和系统发育树 |
| 3.10 分子方差分析 |
| 3.11 种群分化和基因流 |
| 3.12 种群遗传分化与地理距离的相关性分析 |
| 3.13 景观遗传学分析 |
| 3.14 种群遗传指标与登革热发病率的相关性分析 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第二章 不同DNA分子标记应用于我国白纹伊蚊种群遗传分析的比较 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 cox1序列遗传变异 |
| 3.2 cox1单倍型 |
| 3.3 RAD-seq与数据过滤 |
| 3.4 基于SNP的中性测试 |
| 3.5 Mantel检验和基因流 |
| 3.6 种群遗传结构分析 |
| 3.7 DAPC和PCA分析 |
| 3.8 系统发育分析 |
| 3.9 分子方差分析 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第三章 我国不同白纹伊蚊种群感染DENV-2媒介能力的研究 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 白纹伊蚊对DENV-2的媒介能力 |
| 3.2 免疫相关基因对白纹伊蚊媒介能力的影响 |
| 3.3 沃尔巴克氏菌对白纹伊蚊媒介能力的影响 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 全文总结与创新性 |
| 1 全文总结 |
| 2 创新性 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读学位期间成果 |
| 攻读学位期间所获荣誉 |
| 致谢 |
（6）湖南铁心杉育种亲本群体的构建（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 选题背景 |
| 1.2 种质资源研究现状 |
| 1.2.1 林木种质资源的概念、收集与保存 |
| 1.2.2 杉木种质资源的保存、收集及评价 |
| 1.3 杉木常规育种研究进展 |
| 1.3.1 杉木种源选择 |
| 1.3.2 杉木的多世代遗传改良及其遗传测定 |
| 1.3.3 杉木无性系选育 |
| 1.4 杉木分子标记研究进展 |
| 1.4.1 杉木群体结构和遗传多样性的研究进展 |
| 1.4.2 杉木分子标记辅助育种的研究进展 |
| 1.5 研究目的、内容及意义 |
| 1.6 技术路线 |
| 2 湖南铁心杉种质资源收集与保存 |
| 2.1 铁心杉种质资源收集的对象、内容及方法 |
| 2.2 铁心杉优良母树筛选及种子收集 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 铁心杉种质资源圃的建立 |
| 2.3.2 铁心杉种质资源圃的嫁接与管理 |
| 2.3.3 基础设施建设 |
| 2.3.4 嫁接成活率统计 |
| 2.3.5 铁心杉种子活力测定 |
| 3 铁心杉群体遗传多样性分析 |
| 3.1 材料方法 |
| 3.1.1 试验设计与采样 |
| 3.1.2 DNA基因组提取 |
| 3.1.3 SSR引物筛选及合成 |
| 3.1.4 PCR扩增及毛细管电泳 |
| 3.1.5 数据分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 基于SSR标记的湖南铁心杉遗传多样性分析 |
| 3.2.2 湖南铁心杉NJ(Neighbor-joining)聚类分析 |
| 3.2.3 湖南铁心杉主成分分析 |
| 3.2.4 湖南铁心杉Structure遗传结构分析 |
| 3.2.5 APcluster聚类分析 |
| 3.2.6 Mantel test检验 |
| 4 铁心杉精细空间遗传结构 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 植物总DNA的提取 |
| 4.1.2 数据统计与分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 铁心杉空间分布与年龄结构 |
| 4.2.2 铁心杉种子流和花粉流 |
| 5 基于SSR标记的湖南铁心杉核心种质的构建 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 试验材料 |
| 5.1.2 试验方法 |
| 5.1.3 铁心杉核心种质的构建 |
| 5.1.4 核心种质的评价 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 核心种质的构建 |
| 5.2.2 核心种质的评价 |
| 6 湖南铁心杉半同胞子代优良单株幼苗父本鉴定 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 材料 |
| 6.1.2 方法 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 铁心杉半同胞子代幼苗优株建立 |
| 6.2.2 父本鉴定 |
| 6.2.3 半同胞子代幼苗优株父本鉴定 |
| 7 讨论与结论 |
| 7.1 铁心杉种质资源圃的构建 |
| 7.2 铁心杉亚群体遗传结构和遗传多样性分析 |
| 7.3 铁心杉精细空间遗传结构 |
| 7.4 铁心杉核心种质构建 |
| 7.5 铁心杉优良子代父本鉴定 |
| 7.6 铁心杉遗传资源保护策略 |
| 7.6.1 就地基因保存 |
| 7.6.2 异地基因保存 |
| 7.7 结论 |
| 创新点 |
| 展望 |
| 参考文献 |
| 附录A |
| 附录B 攻读学位期间的主要学术成果 |
| 致谢 |
（7）基于DNA分析的东北虎扩散状况、近交以及肠道菌群的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.2 国内外研究进展 |
| 1.2.1 国内研究进展 |
| 1.2.2 国外研究进展 |
| 1.3 分子遗传标记及应用 |
| 1.3.1 主要组织相容性复合体 |
| 1.3.2 线粒体DNA |
| 1.3.3 微卫星遗传标记 |
| 1.3.4 SNP |
| 1.4 研究目标和研究内容 |
| 1.4.1 研究目标 |
| 1.4.2 研究内容 |
| 1.5 研究意义及创新点 |
| 1.5.1 研究意义 |
| 1.5.2 创新点 |
| 2 研究区域概况 |
| 2.1 研究地的确定 |
| 2.2 老爷岭区域 |
| 2.3 张广才岭区域 |
| 2.4 完达山区域 |
| 3 长白山北部东北虎的空间分布和遗传学分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料和方法 |
| 3.2.1 伦理 |
| 3.2.2 研究区域 |
| 3.2.3 东北虎出现点数据 |
| 3.2.4 粪便样品收集和DNA提取 |
| 3.2.5 种群遗传分析 |
| 3.2.6 迁移个体的识别 |
| 3.2.7 遗传距离与地理距离之间的关系 |
| 3.3 结果 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 本章小结 |
| 4 东北虎种群近交及其影响 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 研究区域与样品采集 |
| 4.2.2 统计分析 |
| 4.3 结果 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 本章小结 |
| 5 野生和圈养东北虎种群的肠道微生物群落结构和功能的比较 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料和方法 |
| 5.2.1 样品采集 |
| 5.2.2 DNA提取和16S rRNA基因测序 |
| 5.2.3 核心微生物 |
| 5.2.4 宏基因组测序和分析 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 16S rRNA测序描述 |
| 5.3.2 圈养与野生东北虎肠道菌群的组成差异 |
| 5.3.3 核心微生物组的确定 |
| 5.3.4 圈养和野生东北虎种群肠道微生物功能的差异 |
| 5.3.5 肠道微生物群组成与功能的关系 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 东北虎肠道菌群的结构和组成 |
| 5.4.2 东北虎的核心微生物 |
| 5.4.3 野生和圈养的东北虎在肠道菌群功能上的差异 |
| 5.4.4 肠道菌群组成与功能之间的关系 |
| 5.5 保护管理 |
| 5.6 本章小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
| 东北林业大学 博士学位论文修改情况确认表 |
（8）侧柏育种群体种质资源遗传分析与管理利用策略（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 主要符号对照表 |
| 引言 |
| 1 绪论 |
| 1.1 林木育种资源 |
| 1.1.1 针叶树遗传改良途径及模式 |
| 1.1.2 育种群体的遗传多样性 |
| 1.1.3 育种群体亲缘关系分析 |
| 1.2 育种群体的遗传评价方法 |
| 1.2.1 遗传变异的类型 |
| 1.2.2 高通量测序技术在林木遗传育种中的应用 |
| 1.2.3 简化基因组测序技术 |
| 1.3 针叶树遗传图谱 |
| 1.3.1 针叶树基因组结构特征 |
| 1.3.2 针叶树遗传图谱研究 |
| 1.3.3 针叶树遗传图谱的应用 |
| 1.3.4 偏分离产生原因及进化意义 |
| 1.4 侧柏育种资源 |
| 1.4.1 侧柏的生物学特征 |
| 1.4.2 侧柏的常规育种进展 |
| 1.4.3 侧柏的遗传学研究进展 |
| 1.5 科学问题的提出、研究策略与主要研究任务 |
| 2 侧柏遗传标记的开发及评价 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 侧柏DNA的提取 |
| 2.1.2 侧柏SSR标记的开发及评价 |
| 2.1.3 侧柏ddRAD建库 |
| 2.1.4 数据处理与分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 侧柏SSR标记的开发与评价 |
| 2.2.2 侧柏ddRAD标记的开发与评价 |
| 2.3 小结 |
| 3 侧柏高密度遗传图谱的构建 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 遗传图谱的构建 |
| 3.1.2 遗传图谱的质量评估 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 全标记遗传图谱的基本信息 |
| 3.2.2 全标记遗传图谱上标记的分布 |
| 3.2.3 框架标记遗传图谱的基本信息 |
| 3.2.4 图谱共线性分析 |
| 3.3 小结 |
| 4 侧柏偏分离位点发掘与遗传解析 |
| 4.1 材料和方法 |
| 4.1.1 偏分离位点的获取及基因功能的分析 |
| 4.1.2 构建含有偏分离位点的遗传图谱 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 偏分离位点分析 |
| 4.2.2 含偏分离位点的遗传图谱基本信息 |
| 4.2.3 含偏分离位点的遗传图谱标记分布 |
| 4.2.4 图谱共线性分析 |
| 4.2.5 偏分离位点的热点区域分布 |
| 4.3 小结 |
| 5 侧柏初级育种群体的遗传多样性与亲缘关系分析 |
| 5.1 材料和方法 |
| 5.1.1 育种资源收集 |
| 5.1.2 侧柏种子园育种群体亲本的遗传变异测定 |
| 5.1.3 侧柏种子园育种群体亲本的分子标签开发 |
| 5.1.4 侧柏种子园亲本群体的群体结构分析 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 侧柏种子园育种群体亲本的遗传变异水平 |
| 5.2.2 初级育种群体的亲本亲缘关系解析 |
| 5.2.3 侧柏种子园中育种群体亲本的群体结构 |
| 5.3 小结 |
| 6 侧柏高阶改良策略 |
| 6.1 材料和方法 |
| 6.1.1 不同强度的疏伐设计 |
| 6.1.2 侧柏去劣疏伐种子园亲本群体的选择 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 不同疏伐强度下的亲本植株数量统计 |
| 6.2.2 不同疏伐强度下种子园的遗传多样性分析 |
| 6.2.3 去劣疏伐种子园优良亲本的初步筛选 |
| 6.3 侧柏高阶改良策略 |
| 6.3.1 侧柏种子园的交配设计 |
| 6.3.2 侧柏种子园育种体系的可持续改良策略 |
| 6.4 小结 |
| 7 讨论 |
| 8 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 个人简介 |
| 导师简介 |
| 获得成果目录清单 |
| 致谢 |
（9）海南热带假丝酵母菌的多样性及基于全球多位点序列数据的群体遗传分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1 引言 |
| 2 假丝酵母菌流行病学 |
| 3 假丝酵母菌的临床症状 |
| 3.1 皮肤假丝酵母菌病 |
| 3.2 粘膜假丝酵母菌病 |
| 3.3 系统性假丝酵母菌病 |
| 3.4 假丝酵母菌疹 |
| 4 临床常用真菌治疗药物 |
| 4.1 唑类 |
| 4.2 多烯烃类 |
| 4.3 棘白菌素类 |
| 5 热带假丝酵母菌研究现状 |
| 5.1 热带假丝酵母菌流行病学及耐药情况 |
| 5.2 热带假丝酵母菌多位点序列分型与耐药相关性 |
| 6 本研究的意义及拟解决的关键问题 |
| 7 技术路线 |
| 第二章 海南住院患者口腔酵母种类分布及耐药情况 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 住院患者口腔酵母菌的分离结果 |
| 3.2 口腔酵母菌的种类 |
| 3.3 体外酵母对抗真菌药物的敏感性测定结果 |
| 4 讨论 |
| 4.1 住院患者口腔酵母菌的携带及种类分布情况 |
| 4.2 口腔酵母对抗真菌药的耐药情况 |
| 4.3 耐药菌株可能来源分析 |
| 5 结论 |
| 第三章 海南热带假丝酵母菌的群体遗传分析 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 多位点序列分型 |
| 3.2 基于6个基因片段的二倍体序列类型的相关分析 |
| 3.3 地理区域间种群基因流动证据 |
| 3.4 eBURST分析 |
| 3.5 热带假丝酵母菌DST与氟康唑敏感性分析 |
| 3.6 基因型相同敏感性不同热带假丝酵母菌ERG11基因突变 |
| 4 讨论 |
| 4.1 海南热带假丝酵母菌多样性潜在来源 |
| 4.2 热带假丝酵母菌基因遗传多样性 |
| 4.3 热带假丝酵母菌DST多样性 |
| 4.4 热带假丝酵母菌DST与氟康唑耐药相关性 |
| 5 结论 |
| 第四章 基于多位点序列型的全球热带假丝酵母菌群体遗传分析 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 菌株来源 |
| 2.2 数据处理 |
| 2.3 群体遗传分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 MLST数据库中菌株的地理和生态分布情况 |
| 3.2 DNA序列核苷酸多态性 |
| 3.3 DST多样性及分布情况 |
| 3.4 遗传变异的地理贡献 |
| 3.5 遗传变异的生态位点贡献 |
| 3.6 群体结构分析 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 第五章 全文总结与展望 |
| 主要缩略词表 |
| 附录 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间完成的科研成果 |
| 致谢 |
（10）黑龙江省大豆胞囊线虫毒力类型分析及品种抗性研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 第一章 大豆胞囊线虫病生理分化及品种抗性研究进展 |
| 1.1 大豆胞囊线虫病的研究现状 |
| 1.2 大豆对胞囊线虫抗性遗传规律 |
| 1.3 大豆胞囊线虫病的抗性资源鉴定筛选及发掘 |
| 1.4 大豆抗线虫育种工作中大豆胞囊线虫基因资源的应用研究进展 |
| 1.5 全基因组重测序 |
| 1.6 本文研究目的与意义 |
| 第二章 黑龙江省大豆胞囊线虫毒力类型鉴定 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 供试线虫群体 |
| 2.1.2 鉴别寄主 |
| 2.1.3 大豆胞囊线虫胞囊的获得及卵悬液的制备 |
| 2.1.4 HG专化型鉴定 |
| 2.1.5 计算方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 大豆胞囊线虫土样来源及检出率 |
| 2.2.2 大豆胞囊线虫HG专化型鉴定 |
| 2.2.3 大豆胞囊线虫生理小种鉴定 |
| 2.3 小结与讨论 |
| 第三章 不同大豆品种对胞囊线虫抗性鉴定 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 材料 |
| 3.1.2 抗性鉴定 |
| 3.1.3 田间试验设计 |
| 3.1.4 计算及分级方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 抗病鉴定结果 |
| 3.2.2 农艺性状分析及抗源利用 |
| 3.2.3 大豆胞囊线虫对不同大豆品种产量及品质的影响 |
| 3.2.4 不同大豆品种对胞囊线虫繁殖因子的影响 |
| 3.2.5 不同大豆品种对大豆胞囊线虫数量的影响 |
| 3.3 小结与讨论 |
| 第四章 抗线虫12和庆豆13对大豆胞囊线虫抗性遗传分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 品种选择 |
| 4.1.2 试验方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 不同亲本对大豆胞囊线虫生理小种的反应 |
| 4.2.2 雌虫指数的分布 |
| 4.2.3 F2:3家系对大豆胞囊线虫的抗性遗传分析(合丰50×抗线虫12) |
| 4.2.4 F2:3家系对大豆胞囊线虫的抗性遗传分析(合丰50×庆豆13) |
| 4.3 小结与讨论 |
| 第五章 基于重测序的大豆品种抗线虫12全基因组遗传变异发掘 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 供试材料 |
| 5.1.2 抗线虫12叶片DNA的提取 |
| 5.1.3 样品重检测 |
| 5.1.4 构建文库 |
| 5.1.5 库检 |
| 5.1.6 上机测序和生物信息分析流程 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 原始序列数据 |
| 5.2.2 测序数据质量评估 |
| 5.2.3 全基因组变异分析 |
| 5.3 小结 |
| 第六章 大豆胞囊线虫胁迫下抗线虫12抗性相关基因筛选及验证 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 供试材料 |
| 6.1.2 试验方法 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 RNA的分离与纯化 |
| 6.2.2 候选内参基因引物的qRT-PCR扩增特性与产物特异性 |
| 6.2.3 内参基因表达谱 |
| 6.2.4 内参基因的稳定性分析 |
| 6.2.5 利用内参基因验证抗性相关基因 |
| 6.3 小结与讨论 |
| 第七章 结论与展望 |
| 7.1 黑龙江省大豆胞囊线虫毒力类型鉴定 |
| 7.2 不同大豆品种抗大豆胞囊线虫抗性鉴定 |
| 7.3 抗线虫12和庆豆13对大豆胞囊线虫抗性遗传分析 |
| 7.4 基于重测序的大豆新品种抗线虫12全基因组变异发掘 |
| 7.5 大豆胞囊线虫胁迫下抗线虫12抗性相关基因筛选及验证 |
| 7.6 主要创新点 |
| 7.7 有待进一步解决的问题 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位论文期间发表文章 |
| 论文图表统计 |
四、种群的分子遗传分析（论文参考文献）
- [1]濒危植物胡桃楸山东地区种群结构及遗传分析[D]. 张浩. 鲁东大学, 2021(12)
- [2]乌珠穆沁羊生长性状基因遗传效应分析与育种应用[D]. 张晋华. 中国农业科学院, 2021(09)
- [3]雪茄烟种质资源SNP指纹图谱构建及群体遗传分析[D]. 王琰琰. 中国农业科学院, 2021
- [4]饲用型小黑麦RIL群体草产量相关性状的遗传分析及QTL定位[D]. 金星娜. 甘肃农业大学, 2021
- [5]中国不同地区白纹伊蚊种群遗传多样性和感染DENV-2媒介能力的研究[D]. 魏勇. 南方医科大学, 2021
- [6]湖南铁心杉育种亲本群体的构建[D]. 杨晓伟. 中南林业科技大学, 2021(01)
- [7]基于DNA分析的东北虎扩散状况、近交以及肠道菌群的研究[D]. 宁瑶. 东北林业大学, 2020(09)
- [8]侧柏育种群体种质资源遗传分析与管理利用策略[D]. 金雨晴. 北京林业大学, 2020(01)
- [9]海南热带假丝酵母菌的多样性及基于全球多位点序列数据的群体遗传分析[D]. 吴金燕. 云南大学, 2019
- [10]黑龙江省大豆胞囊线虫毒力类型分析及品种抗性研究[D]. 陈井生. 沈阳农业大学, 2019(02)