论文题目: 栉孔扇贝和海湾扇贝遗传连锁图谱的构建研究
论文类型: 博士论文
论文专业: 海洋生物学
作者: 王玲玲
导师: 宋林生
关键词: 连锁图谱,海湾扇贝,栉孔扇贝
文献来源: 中国科学院研究生院（海洋研究所）
发表年度: 2005
论文摘要: 本研究在栉孔扇贝和海湾扇贝种群分析中建立了 AFLP 和 EST-SSR 标记技术,对海湾扇贝和栉孔扇贝一对一杂交亲本和 F1 子代家系进行了 AFLP 和 SSR作图标记筛选,构建了初步的遗传连锁图谱。 应用7对AFLP引物组合分析扇贝群体遗传多样性的结果显示栉孔扇贝野生种群和养殖群体多态位点比例分别为 0.756 和 0.728,平均杂合度分别为 0.226和 0.209,两群体之间的遗传距离和近交系数分别为 0.0271 和 0.0386。研究表明,我国栉孔扇贝养殖群体的遗传多样性低于野生种群,但两者之间尚未出现遗传分化。 筛选 11 对 EST-SSR 标记检测海湾扇贝美国东海岸野生种群、我国南北方养殖群体的遗传变异水平。美国野生种群和我国南北方养殖海湾扇贝群体的平均杂合度分别为 0.4465,0.3984 和 0.4331。我国的养殖群体相对于美国的海湾扇贝野生种群约有 23%的等位基因缺失,且杂合度降低。 由 60 个 F1 个体组成栉孔扇贝作图群体。74 对 AFLP 引物组合共产生 2831位点,其中 603 个多态位点。共享图谱中,共 25 个标记构成了 5 个连锁群,总图距 431.2 cM,平均图距 21.5 cM,雌性图谱包括 198 个标记,25 个连锁群覆盖3130 cM。平均距离 18.1 cM。雄性图谱包含了 166 个标记在内的 23 个连锁群,覆盖基因组长度为 2468 cM,平均图距 17.2 cM。父母本连锁图谱分别覆盖基因组长度的 76.4% 和 77.1%。 57 对 AFLP 引物组合分析海湾扇贝杂交亲本和 97 个 F1 个体,共得到父、母本分离标记 187 和 203 个,共分离标记 152 个。微卫星分析产生父、母本分离标记 15 和 9 个,共分离标记1个。在所有分离标记中,偏分离标记 121 个,其中 77 个(63.6%)为杂合子缺乏。共有 99 个标记构成共享图谱的 14 个连锁群,总图距 1512 cM,平均图距 17.0 cM;雌性图谱由 150 个标记组成 20 个连锁群,图谱总长度 2131.1cM,标记间的平均距离 16.4cM。在雄性图谱中,共有 151 个标记被定位到 20 个连锁群中,总长度 2055.9 cM,平均距离为 15.7cM。雌雄性图谱的覆盖率分别为 78.6%和 76.4%。微卫星位点 MSB6721 的定位说明海湾扇贝雌性图谱第 8 连锁群与雄性图谱第 3 连锁群的同源。偏分离标记分别在雌性图 i<WP=6>王玲玲 栉孔扇贝和海湾扇贝遗传连锁图谱的构建研究 博士学位论文谱的 LG3,LG6,LG15,雄性图谱的 LG2,LG7 和 LG19 及共享图谱的 LG3,LG4,LG5,LG7,LG12 连锁群的聚集可能表明海湾扇贝作图群体中多个隐性致死基因的存在。
论文目录:
摘 要
Abstract
第一章 文献综述
第一节 遗传图谱的构建和应用
1.1 遗传图谱的理论基础和统计学原理
1.1.1 理论基础
1.1.2 统计学原理
1.2 遗传图谱的标记技术
1.2.1 遗传标记的发展
1.2.2 遗传标记的种类
1.2.3 理想的作图标记
1.2.4 RAPD 标记
1.2.5 AFLP 标记
1.2.6 微卫星标记
1.2.7 ESTs
1.3 遗传图谱的构建
1.3.1 作图群体的建立
1.3.2 分离标记的统计和软件处理
1.3.3 连锁图谱的完善
1.4 遗传图谱的应用
1.4.1 基因定位
1.4.2 基因克隆
1.4.3 标记辅助育种
第二节 水产养殖动物遗传图谱研究进展
2.1 水产养殖动物基因组计划
2.2 鱼类遗传图谱研究进展
2.3 虾贝类遗传图谱研究进展
2.4 水产养殖动物基因定位与克隆
2.5 水产养殖动物分子标记辅助选育
第三节 构建扇贝遗传连锁图谱的目的和意义
3.1 栉孔扇贝和海湾扇贝
3.2 扇贝养殖业现状及问题
3.3 构建遗传图谱的目的及意义
第二章 实验材料和方法
第一节 实验材料与仪器试剂
1.1 动物材料准备
1.1.1 栉孔扇贝
1.1.1.1 作图群体
1.1.1.2 RAPD 标记检测亲本多态
1.1.2 海湾扇贝作图群体
1.1.3 DNA 提取与检测
1.2 仪器设备
1.3 实验试剂及配制
1.3.1 实验试剂
1.3.2 试剂配制
第二节 栉孔扇贝 AFLP 标记技术的建立
2.1 材料
2.2 方法
2.3 结论和讨论
2.3.1 AFLP 标记技术的高效性
2.3.2 栉孔扇贝不同群体的遗传多样性
第三节 海湾扇贝 SSR 标记技术的建立
3.1 海湾扇贝 EST 中微卫星序列的查找和引物设计
3.2 动物材料
3.3 微卫星分析
3.4 种群分析方法
3.5 结论和讨论
3.5.1 引物初步验证
3.5.2 EST-SSR 标记的多态性
3.5.3 野生和养殖海湾扇贝群体遗传变异水平差异
第四节 图谱构建方法
4.1 作图标记的筛选
4.1.1 栉孔扇贝作图群体 AFLP 标记的筛选
4.1.2 海湾扇贝作图群体 AFLP、SSR 标记的筛选
4.2 数据收集和数字化
4.3 图谱构建软件处理
第三章 实验结果与分析
第一节 栉孔扇贝遗传图谱
1.1 模板 DNA 的提取
1.2 亲本间的多态
1.3 AFLP 作图标记的筛选
1.4 共享图谱
1.5 雌性图谱
1.6 雄性图谱
1.7 小结
第二节 海湾扇贝遗传图谱构建
2.1 AFLP 作图标记的筛选
2.2 EST-SSR 标记的筛选
2.3 偏分离标记
2.4 海湾扇贝连锁图谱
第四章 讨论
1 作图策略
1.1 作图标记技术
1.1.1 AFLP 标记技术
1.1.2 EST-SSR 标记技术
1.1.3 异常分离标记
1.2 F1 作图群体
1.3 样本数量
2 栉孔扇贝和海湾扇贝图谱
2.1 连锁图谱
2.2 雌雄性重组率的差异
2.3 标记辅助选择策略
第五章 结论
参考文献
已完成和发表的论文
致 谢
发布时间: 2005-04-18
参考文献
- [1].栉孔扇贝两种模式识别受体基因的克隆与表达的研究[D]. 苏建国.中国科学院研究生院（海洋研究所）2005
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