蓝舌病病毒核酸通用检测试剂盒的研制

蓝舌病病毒核酸通用检测试剂盒的研制

论文摘要

蓝舌病(Bluetongue, BT)是一种经吸血昆虫传播,引起反刍动物疫病的急性病毒性传染病,是世界动物卫生组织(OIE)规定的上报疾病(以前为A类传染病),我国将其列为一类动物疫病。蓝舌病对动物和动物制品国际间贸易具有非常重要的影响,国际组织和各国政府均将其列为动物疫病监测和防控的重点。其病原还是人用动物源生物制品(如人用牛源凝血酶、凝血因子Ⅷ、聚合牛血红蛋白、胸腺肽、羊胎盘素)和生物制品敷料(如牛血清、牛肉浸膏、牛源明胶、牛源胶原)病毒安全性检测的病毒之一。蓝舌病的病原是蓝舌病病毒(Bluetongue virus, BTV),为呼肠孤病毒科(Reoviridae)环状病毒属(Orbivirus)成员,至少存在24个血清型,呈全球性分布。随着全球气温变暖,2006年~2008年欧洲许多国家爆发蓝舌病,使其分布范围不断扩张,并出现了地域性新血清型。目前,世界各国尚无十分有效的蓝舌病预防疫苗,还无有效的防治措施,为了能有效地监测和控制蓝舌病,有必要建立快速可靠、适于各血清型BTV特异性通用核酸检测技术,并研制相应的检测试剂盒。本研究利用计算机软件、网络数据库以及在线软件等生物信息学手段,获取不同血清型蓝舌病病毒的不同保守基因序列,通过序列比对、同源性分析等找到了一段最保守的基因片段作为通用型BTV核酸检测靶标,根据该基因检测靶标,设计了适于BTV群特异性通用检测的1对引物和1条TaqMan荧光探针,对其分别进行了特性分析和同源性分析等,结果显示,该引物和荧光探针序列均具有良好的特异性,与其他病毒序列未发现有同源性。将引进的BTV-1~22标准参考株、鹿流行性出血热病毒(Epizootic hemorrhagic disease virus,EHDV)-5标准参考株,分别接种BHK-21细胞,通过细胞病变效应(CPE)、纯化病毒形态观察和抗原ELISA检测方法进行鉴定,建立了BTV阳性参比品、EHDV阴性参比品。利用分子生物学技术制备了重组质粒、体外转录RNA,通过鉴定后建立了相应的重组质粒DNA阳性参比品、体外转录RNA阳性参比品。利用DEPC水作为空白阴性参比品。利用所设计的特异性引物和制备的阳/阴性参比品建立了BTV RT-PCR检测技术,并进行了RT-PCR核酸检测体系的优化试验,确定了适宜的检测体系。通过特异性试验、灵敏度试验、重复性试验、符合率试验、消长规律试验、血清样品检测试验、稳定性试验等对BTV通用型RT-PCR核酸检测试剂进行评价和验证。结果显示,(1)该RT-PCR检测试剂的特异性好,对15份阴性样品检测的阴性率为100%,与亲缘关系最近的同属病毒EHDV无交叉反应,与6种牛羊常见感染病毒无交叉反应。(2)敏感性好,对20份模拟BTV感染的血清样品进行检测,阳性率为100%,对20份BTV阳性样品检测的阳性率为90%,最低检出量为102copies RNA分子、1TCID50/mL BTV。(3)重复性好,对强阳性、临界阳性、阴性参比品分别进行重复检测,阳/阴性定性检出率的百分率为100%。(4)符合率试验中,建立了BTV核酸检测的同类方法(双重RT-PCR),利用BTV RT-PCR核酸检测方法与其同类方法对BTV-1~22、EHDV-5共23份标准参考毒株分别进行检测,符合率达95.65%,结果显示,我们所建立的BTV RT-PCR通用核酸检测方法可检出22个血清型BTV,而双重RT-PCR仅检出21个血清型BTV,EHDV-5检测结果均为阴性。(5)消长规律试验中,BTV RT-PCR检测试剂可检出经72h培养的阳性标准参考毒株。(6)对40份羊血清样品进行检测,结果与商品化的荧光标记抗体-BTV直接检测试剂盒检测结果一致,显示检测结果可靠。(7)确定了该BTV RT-PCR核酸检测试剂的保存条件和有效期为-20℃,6个月。通过BTV RT-PCR核酸检测试剂盒的临床前试验情况,制定了《蓝舌病病毒RT-PCR核酸检测试剂盒制造及检验试行规程(草案)》、《质量标准(草案)》、《起草说明》、《使用说明书》、《标签样稿》等。根据制定的《试行规程(草案)》等,完成了5批蓝舌病病毒RT-PCR核酸检测试剂盒的中试,检验结果合格。制定了相应的临床试验方案,签订了临床试验协议。按照国家有关部门规定和要求撰写《蓝舌病病毒RT-PCR核酸检测试剂盒临床试验申请资料》,向国家农业部提交临床试验申请,已经受理并获得临床试验批文。利用设计的TaqMan荧光探针、特异性引物以及制备的阳/阴性参比品建立了BTV RT-荧光定量PCR检测技术,通过优化试验确定了BTV通用型RT-荧光定量PCR核酸检测体系。分别利用特异性、灵敏度、重复性、符合率、消长规律、血清样品检测、稳定性等试验对该BTV群特异性RT-荧光定量PCR核酸检测试剂进行各项评估。试验结果表明,(1)通用型BTV RT-荧光定量PCR检测体系的特异性良好,对15份阴性样品检测阴性率为100%,与EHDV和牛羊常见感染病毒无交叉反应,与有关单位验证结果一致。(2)该RT-荧光定量PCR检测体系的敏感性好,检测20份BTV模拟血清样品的阳性率为100%,检测20份BTV阳性样品的阳性率为95%,对体外转录RNA参比品的最低检出量为102copies,对BTV阳性参比品的检出量为1TCID50/mL。(3)检测重复性好,对强阳性参比品重复检测扩增曲线Ct值的批内CV值分别为2.17、2.18、3.66,批间CV%为3.23,对临界阳性参比品检测,Ct值的批内CV值分别为2.96、4.96、4.43,批间CV值为4.04,对阴性参比品进行检测,Ct值的批内和批间CV值为0;对BTV-1进行5次重复检测,Ct值的CV为5.6。(4)符合率试验中,利用BTV RT-荧光定量PCR方法和BTV双重RT-PCR核酸检测方法对BTV-1~22、EHDV-5共23份标准毒株进行检测,结果本研究建立的RT-荧光定量PCR检测方法可检出22个血清型BTV,双重RT-PCR方法仅检出21个血清型BTV,符合率为95.65%。(5)消长规律试验结果显示,通用型BTV RT-荧光定量PCR检测试剂对36h培养BTV-8、48h培养的BTV-1标准参考株检测结果呈阳性。(6)利用BTV RT-荧光定量PCR核酸检测试剂和商品化的荧光标记抗体-BTV直接检测试剂盒对40份羊血清样品进行检测,结果一致。(7)通过稳定性试验,确定了BTV RT-荧光定量PCR检测试剂的保存条件-20℃,有效期为6个月。结合BTV群特异性RT-荧光定量PCR检测试剂的实验室研究结果,制定了《蓝舌病病毒RT-荧光定量PCR核酸检测试剂盒制造及检验试行规程(草案)》、《质量标准(草案)》、《起草说明》、《使用说明书》、《标签样稿》等。进行了5批产品的中试,检验合格。制定了临床试验方案,并签订了临床试验协议,按照有关部门规定和要求撰写了《蓝舌病病毒RT-荧光定量PCR核酸检测试剂盒临床试验申请资料》,向国家农业部提交临床试验申请,已经受理并获得临床试验批文。结论:顺利完成了蓝舌病病毒RT-PCR核酸检测试剂盒、蓝舌病病毒RT-荧光定量PCR检测试剂盒的临床前研究,分别进行了5批产品的中试,检验合格,均获得了国家农业部的临床试验批件,为临床试验的进一步开展奠定了基础。

论文目录

  • 缩略词表(Abbreviation)
  • 摘要
  • ABSTRACT
  • 前言
  • 第一部分 蓝舌病病毒核酸通用检测试剂质控参比品的建立
  • 1 材料与方法
  • 1.1 材料
  • 1.2 蓝舌病病毒的培养纯化与鉴定
  • 1.2.1 病毒的增殖
  • 1.2.2 病毒的纯化与鉴定
  • 1.3 特异性引物和TaqMan探针的设计与合成
  • 1.3.1 病毒序列分析
  • 1.3.2 引物和探针的设计及其特性分析
  • 1.3.3 对不同血清型病毒的检测验证
  • 1.4 蓝舌病病毒核酸检测试剂质控参比品的建立
  • 1.4.1 重组质粒DNA参比品
  • 1.4.2 体外转录RNA参比品
  • 1.4.3 病毒阳性参比品
  • 1.4.4 阴性参比品
  • 2 结果
  • 2.1 病毒的培养纯化与鉴定
  • 2.1.1 细胞病变观察鉴定
  • 2.1.2 病毒纯化及形态学鉴定
  • 2.1.3 抗原蛋白鉴定
  • 2.2 引物和TaqMan探针设计及其特性分析
  • 2.2.1 病毒序列分析
  • 2.2.2 引物和探针的设计及其特性分析
  • 2.2.3 对不同血清型病毒的检测验证
  • 2.3 重组质粒DNA参比品
  • 2.3.1 病毒的RT-PCR
  • 2.3.2 重组质粒制备鉴定结果
  • 2.3.3 重组质粒DNA参比品的建立
  • 2.4 体外转录RNA参比品
  • 2.4.1 体外转录RNA的制备与鉴定
  • 2.4.2 体外转录RNA参比品的建立
  • 2.5 病毒参比品
  • 2.6 阴性参比品
  • 3 讨论
  • 4 小结
  • 第二部分 蓝舌病病毒RT-PCR核酸通用检测试剂的研制
  • 1 材料与方法
  • 1.1 材料
  • 1.2 病毒RNA制备方法确定及鉴定
  • 1.3 蓝舌病病毒RT-PCR核酸检测体系的确定
  • 1.3.1 反转录酶的选择
  • 1.3.2 反转录中预变性温度的确定
  • 1.3.3 PCR中dNTPs浓度的确定
  • 1.3.4 PCR中Taq DNA聚合酶浓度的确定
  • 1.3.5 PCR中退火温度的确定
  • 1.3.6 PCR中退火时间的确定
  • 1.4 蓝舌病病毒RT-PCR核酸检测体系的评价
  • 1.4.1 特异性
  • 1.4.2 灵敏度
  • 1.4.3 重复性
  • 1.4.4 符合率
  • 1.4.5 样品检测
  • 1.4.6 消长规律试验
  • 1.4.7 保存期试验
  • 1.5 蓝舌病病毒RT-PCR核酸检测试剂的中试与检验
  • 1.6 蓝舌病病毒RT-PCR核酸检测试剂申报临床试验
  • 2 结果
  • 2.1 病毒RNA制备方法确定
  • 2.2 蓝舌病病毒RT-PCR检测体系确定
  • 2.2.1 反转录酶确定
  • 2.2.2 反转录中预变性温度确定
  • 2.2.3 PCR反应中dNTPs浓度确定
  • 2.2.4 PCR中Taq DNA聚合酶浓度确定
  • 2.2.5 PCR中退火温度的确定
  • 2.2.6 PCR中退火时间的确定
  • 2.2.7 蓝舌病病毒核酸RT-PCR检测体系
  • 2.3 蓝舌病病毒RT-PCR检测体系的评价
  • 2.3.1 特异性
  • 2.3.2 灵敏度
  • 2.3.3 重复性
  • 2.3.4 符合率
  • 2.3.5 血清样品检测
  • 2.3.6 消长规律试验
  • 2.3.7 保存期试验
  • 2.4 蓝舌病病毒RT-PCR核酸检测试剂的中试与检定
  • 2.5 蓝舌病病毒RT-PCR核酸检测试剂申报临床试验进展
  • 3 讨论
  • 4 小结
  • 第三部分 蓝舌病病毒RT-实时荧光定量PCR核酸通用检测试剂的研制
  • 1 材料与方法
  • 1.1 材料
  • 1.2 病毒RNA制备方法确定及验证
  • 1.3 蓝舌病病毒RT-荧光定量PCR核酸检测体系的确定
  • 1.3.1 反转录酶的选择
  • 1.3.2 反转录中预变性温度的确定
  • 1.3.3 荧光定量PCR中dNTPs浓度的确定
  • 2+浓度的确定'>1.3.4 荧光定量PCR中Mg2+浓度的确定
  • 1.3.5 荧光定量PCR中Taq酶浓度的确定
  • 1.3.6 荧光定量PCR中引物与TaqMan荧光探针浓度比例的确定
  • 1.3.7 荧光定量PCR中退火温度的确定
  • 1.3.8 荧光定量PCR中退火时间的确定
  • 1.4 蓝舌病病毒RT-荧光定量PCR核酸检测体系的评价
  • 1.4.1 特异性
  • 1.4.2 灵敏度
  • 1.4.3 定量分析特性
  • 1.4.4 重复性
  • 1.4.5 符合率
  • 1.4.6 血清样品检测
  • 1.4.7 消长规律试验
  • 1.4.8 保存期试验
  • 1.5 蓝舌病病毒RT-荧光定量PCR核酸检测试剂的中试与检定
  • 1.6 蓝舌病病毒RT-荧光定量PCR核酸检测试剂申报临床试验
  • 2 结果
  • 2.1 病毒RNA制备方法确定
  • 2.2 蓝舌病病毒RT-荧光定量PCR核酸检测体系的确定
  • 2.2.1 反转录酶确定
  • 2.2.2 反转录中核酸预变性温度确定
  • 2.2.3 荧光定量PCR中dNTPs浓度的确定
  • 2+浓度确定'>2.2.4 荧光定量PCR中Mg2+浓度确定
  • 2.2.5 荧光定量PCR中Taq DNA聚合酶浓度的确定
  • 2.2.6 荧光定量PCR中引物与TaqMan荧光探针比的确定
  • 2.2.7 荧光定量PCR中退火温度的确定
  • 2.2.8 荧光定量PCR中退火时间的确定
  • 2.2.9 荧光定量PCR检测体系的确定
  • 2.3 蓝舌病病毒RT-荧光定量PCR检测体系的评价
  • 2.3.1 特异性
  • 2.3.2 灵敏度
  • 2.3.3 定量分析特性
  • 2.3.4 重复性
  • 2.3.5 符合率
  • 2.3.6 血清样品检测
  • 2.3.7 消长规律试验
  • 2.3.8 保存期试验
  • 2.4 蓝舌病病毒RT-荧光定量PCR核酸检测试剂的中试与检定
  • 2.5 蓝舌病病毒RT-荧光定量PCR核酸检测试剂申报临床试验进展
  • 3 讨论
  • 4 小结
  • 结论
  • 参考文献
  • 附录
  • 附录1 试剂配制
  • 附录2 其他说明
  • 附录3 攻读博士学位期间已(待)发表文章及申请专利等情况
  • 个人简历
  • 致谢
  • 相关论文文献

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