猪4个新基因的分离、物理定位及MyoG基因SNP研究

论文题目: 猪4个新基因的分离、物理定位及MyoG基因SNP研究

论文类型: 博士论文

论文专业: 动物遗传育种与繁殖

作者: 马海明

导师: 柳小春

关键词: 基因定位

文献来源: 湖南农业大学

发表年度: 2005

论文摘要: 利用比较基因组学方法分离基因是一种新颖有效的方法,其基本原理是运用人、小鼠和猪等物种间存在的基因同源性,在基因的保守区设计引物分离基因,国内外学者采用这种方法成功分离了猪的许多新基因。根据比较基因组学的研究,猪SSC 11(sus scrofa chromosome 11)和人HSA 13(Homo sapiens chromosome 13)间存在着很大同源性,人HSA13存在496个基因,估计SSC11至少也有400个基因,截止目前,猪11号染色体上分离、定位的基因不足30个,所以猪SSC11新基因的分离、定位已势在必行。本文成功分离了猪GAS6、POSTN、CDC16和EFNB2等4个新基因,并运用SCHP和IMpRH克隆板将这4个新基因进行了物理定位于SSC11,这对于丰富猪11号染色体的物理图谱和了解不同物种染色体的进化具有重要的理论意义,并为这些基因功能的研究打下良好的基础。 本论文根据比较基因定位信息,分离和物理定位了猪11号染色体上的4个新基因,并对MyoG基因进行了SNP分型研究,取得了如下结果: 1.依据人13号、小鼠8号染色体上的同源基因保守序列设计引物,从宁乡猪和大围子猪基因组中分离了4个新基因的6个片段,并提交GenBank数据库,这6个片段分别是猪GAS6基因内含子9,POSTN基因内含子18,CDC16基因内含子4和内含子8,EFNB2基因3′-UTR和内含子3,GenBank收录号分别为AY880668、AY880669、AY880670、DQ206823、AY880671和DQ206822。 2.用猪×啮齿类体细胞杂种板将4个新分离的猪基因进行染色体区域定位,将GAS6基因、CDC16基因和EFNB2基因定位于SSC 11 q11～q17,定位概率P分别为0.9976、0.9998和1.0000,与该区域标记间的相关系数分别为0.7906、0.8563和0.7802,误差概率P都小于0.1%;将POSTN基因定位子SSC11 p11～15,P=0.9992,与该区域标记间的相关系数为0.7031.P<0.1%。 3.用猪辐射杂种板将4个新分离的猪基因进行染色体精细定位,结果这4个基因均与猪11号染色体上的微卫星标记紧密连锁,GAS6基因与SW1452紧密连锁,LOD=16.88,存留率为22%,在放射杂交图谱上的图距为56 cR;POSTN基因与SW1486紧密连锁,LOD=15.87,存留率为35%,在放射杂交图谱上的图距为67 cR;CDC16基因与SW1452紧密连锁,LOD=16.08,存留率为22%,在放射杂交图谱上的图距为62 cR;EFNB2基因与SW903

论文目录:

第一篇 文献综述

1 猪重要功能相关基因的研究现状

1.1 生长和胴体性状相关的候选基因

1.2 与肉质性状有关的候选基因

1.3 与繁殖性状有关的候选基因

1.4 与抗病力相关的候选基因

2 猪基因分离的主要方法

3 猪基因定位方法

4 猪11号染色体的功能基因分离、定位现状

5 SSC11分离出的4个新基因的研究现状

6 研究目标与技术路线

第二篇 猪11号染色体4个新基因的分离及物理定位

第一章 猪GAS6基因内含子9的分离及定位

1 材料与方法

1.1 材料

1.2 方法

1.2.1 猪基因组DNA的提取

1.2.2 DNA浓度和质量的检测

1.2.3 猪11号染色体上GAS6基因的选取

1.2.4 用于GAS6基因分离的引物设计

1.2.5 PCR扩增条件

1.2.6 聚丙烯酰胺凝胶电泳

1.2.7 PCR扩增分型方法

1.2.8 数据分析方法

1.2.9 PCR扩增片段的回收

1.2.10 测序

1.2.11 DNA序列同源性检索鉴定

2 结果与分析

2.1 GAS6基因片段的分离、序列分析与鉴定结果

2.1.1 PF1-PR1引物扩增结果

2.1.2 猪GAS6基因片段的序列分析与鉴定

2.1.3 不同物种间GAS6基因内含子9的比较分析

2.1.4 GAS6基因内含子9 SNP的发现

2.2 猪GAS6基因的物理定位结果

3 讨论

4 小结

第二章 猪POSTN基因内含子18的克隆及定位

1 材料与方法

2 结果与分析

2.1 猪POSTN基因片段的分离、序列分析与鉴定结果

2.1.1 猪引物PF2-PR2扩增结果

2.1.2 猪POSTN基因片段的序列分析与鉴定

2.1.3 猪POSTN基因片段外显子序列编码的氨基酸序列

2.2 猪POSTN基因的物理定位结果

3 讨论

4 小结

第三章 猪CDC16基因电脑克隆、定位及候选SNP分析

(一) 猪CDC16基因分离、物理定位

1 材料与方法

2 结果与分析

2.1 猪CDC16基因内含子4分离、鉴定

2.1.1 猪CDC16基因PF3-PR3引物扩增结果

2.1.2 猪CDC16基因内含子4的序列分析与鉴定

2.1.3 图16中基因片段外显子编码的氨基酸序列

2.2 猪CDC16基因内含子8分离、鉴定

2.2.1 猪CDC16基因PF4-PR4引物扩增结果

2.2.2 猪CDC16基因内含子8序列分析与鉴定

2.3 猪CDC16基因的物理定位结果

3 讨论

(二) 猪CDC16基因的电脑克隆

1 材料与方法

2 结果与分析

2.1 电脑克隆

2.2 猪CDC16基因编码蛋白质的特性分析

2.3 不同物种CDC16蛋白质序列差异性的比较

3 讨论

(三) 猪CDC16基因候选SNP的筛选

1 材料与方法

1.1 EST序列的获得

1.2 序列分析

2 结果与分析

3 讨论

小结

第四章 猪EFNB2基因内含子3和3′-UTR的克隆及定位

1 材料与方法

1.1 材料

1.2 方法

2 结果与分析

2.1 猪EFNB2因3′-UTR的分离、序列分析与鉴定结果

2.1.1 猪EFNB2引物PF5-PR5扩增结果

2.1.2 猪EFNB2基因3′-UTR片段的序列分析与鉴定

2.1.3 猪EFNB2基因内含子3扩增结果

2.1.4 猪EFNB2基因内含子3序列分析与鉴定

2.2 猪EFNB2基因的物理定位结果

3 讨论

4 小结

第五章 猪4个新基因分离、物理定位总结

第三篇 MyoG基因3′-UTR 1个SNP(G／C)的分型

1 前言

2 材料和方法

3 结果与分析

4 讨论

5 小结

结论

参考文献

附录

A 缩略词全称

B GenBank收录的4个新基因

C 猪与人CDC16基因、CDC16蛋白氨基酸序列比对

D 部分测序峰图

E 致谢

F 作者简历

G 在读期间的学术成果

发布时间: 2006-04-03

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