中国东南地区115株新生隐球菌临床株配型和分子流行病学研究

论文摘要

目的调查1993.3-2007.12分离自我国东南地区115株新生临床株的基因型组成、配型组成、地域分布等进行分析,为我国隐球菌病的预防、诊疗提供科学的依据。方法1.PCR指纹分型:以野生噬菌体M13的小卫星核心序列为单引物对模板DNA进行PCR扩增,参照标准菌株将临床株鉴定至8种基因型;2.多位点基因序列及系统进化学分析:对115株新生隐球菌临床株的ITS和CAP59基因进行PCR扩增、测序、序列分析;CLUSTALW1.83软件多重比对分析ITS序列的差别,MEGA3.1软件处理数据NJ法绘制系统进化树,bootstrapping法对系统进化树结果进行统计学检验,区分新生隐球菌grubii变种、neoformans变种及gattii变种菌株;对不同血清型隐球菌菌株的CAP59基因序列进行比对及系统发育学分析,探索区分新生隐球菌血清型的可行性;利用MLST技术,分析S8012与国外格特菌株的遗传进化关系;3.根据Chaturvedi et al等描述的方法选用特异性引物PCR特异性扩增相关基因:鉴定α和a配型。结果1.分离自东南地区115株隐球菌临床株中,88株（76.5%）为VNⅠ基因型菌株;17株（14.8%）为VNⅡ基因型菌株;3株（2.6%）为VNⅢ基因型菌株;1株（0.87%）为VNⅣ基因型菌株;5株（4.3%）为VGⅠ基因型;1株（0.87%）为VGⅡ基因型;2.ITS序列分析可以明确的将各临床株鉴定至变种水平;CAP59部分基因序列分析不能明确鉴定新生隐球菌血清型;3.国内115株隐球菌临床分离株112株为α配型菌株,占97.4%;1株为α/a配型菌株;2株为α/-配型菌株;4.分离到5株2种基因型新生隐球菌格特变种菌临床株,见于上海、江苏南部、浙江北部及广东省地区。结论1.分离自中国东南地区的新生隐球菌临床株以α配型,VNⅠ基因型菌株为主;分离自该地区AIDS患者的临床株亦以α,VNⅠ基因型菌株为主,但也有α/a,VNⅢ基因型菌株;2.中国新生隐球菌临床株存在一定的遗传多态性,其中格特变种临床株主要分离自上海、江苏南部、浙江北部和广东等地区;3.中国新生隐球菌临床株配型中α配型占绝大部分;4.ITS结合CAP59基因序列及系统发育学分析可将新生隐球菌鉴定至变种水平。

论文目录

• 中文摘要
• 英文摘要
• 缩写词中英文对照简表
• 前言
• 第一部分 新生隐球菌临床株的PCR指纹基因分型
• 材料与方法
• 材料
• 方法
• 结果
• 第二部分 新生隐球菌临床株的配型分析
• 材料与方法
• 主要试剂
• 主要仪器及器材
• 方法
• 结果
• 第三部分 新生隐球菌临床株ITS基因序列及系统进化学分析
• 材料与方法
• 主要试剂
• 主要仪器及器材
• 方法
• 结果
• 第四部分 新生隐球菌临床株CAP59基因序列分析及系统进化学分析
• 材料与方法
• 主要试剂
• 主要仪器及器材
• 方法
• 结果
• 第五部分 讨论
• 第六部分 结论
• 文献综述
• 附录
• 参考文献
• 发表论文情况
• 致谢