贵州三个地方猪种遗传多样性及亲缘关系研究

论文摘要

提取宗地花猪、关岭猪和江口箩卜猪线粒体总DNA,参照国外已有报道的猪种线粒体基因组D-LOOP序列设计引物,PCR扩增、胶回收纯化、克隆、测序,获得此三种猪的线粒体D-LOOP高变区580bp序列,以此进行生物信息学分析和准确的系统发育分析,基因组结构和碱基组成上相似,其序列同源性都较高。对宗地花猪的线粒体d-loop克隆测序,得出其全长1201 bp序列,发现存在个体长度异质性,初步探讨了串联重复序列的数目变异导致D-loop区长度异质性,产生这种数目变异的原因可能是不对称复制过程中的滑动错配造成的影响。利用GenBank检索得到的线粒体d-loop高变区序列,我们讨论了宗地花猪、关岭猪及江口萝卜猪和已报道过的31个猪种之间的起源进化关系,以线粒体控制区高变区构建进化树,我们分别通过两种不同的方法构建了进化树,都得到了基本一致的结论:①国内猪种和国外猪种呈现出明显的两个大类群,宗地花猪、关岭猪和江口萝卜猪毫无争议的归类于国内类群;②宗地花猪和藏猪有较近的亲缘关系,和与其相邻的关岭猪反而较远,这与传统的分类方法的分类,即按地理位置进行分类的结果是相矛盾的。关岭猪和通城猪、姜曲海猪、玉山黑猪等有较近的亲缘关系,江口萝卜猪和梅山猪有较近的亲缘关系。我们还对这3个猪种（两个品种,一个资源）进行屠宰测定和实地调查得出胴体性状和生产性能各个指标。肉香、抗逆性强、被毛黑色或以黑色为主、生长缓慢基本是三个猪种共同的特点。宗地花猪肉香皮糯,在滴水损失、熟肉率、失水率等各个指标上均要优于大白猪。

论文目录

• 致谢
• 图版
• 表格
• 部分缩写中英文对照
• 中文摘要
• 英文摘要
• 一、前言
• 1.1 世界猪品种资源状况
• 1.2 中国地方猪品种资源
• 1.3 贵州宗地花猪、关岭猪和江口箩卜猪
• 1.4 动物遗传多样性及其研究方法
• 1.4.1 遗传多样性的概念
• 1.4.2 我国家养动物遗传多样性研究的重要性和必要性
• 1.4.3 动物遗传多样性研究的原理和方法
• 1.4.4 线粒体DNA在家畜遗传多样性研究中的应用
• 1.4.4.1 家畜MTDNA的基本特征
• 1.4.4.2 线粒体DNA及D-loop区在动物遗传多样性及系统演化中的应用
• 1.4.4.3 DNA序列分析方法
• 二、实验材料与方法
• 2.1 实验材料
• 2.2 主要试剂
• 2.3 实验仪器
• 2.4 引物的设计
• 2.5 实验方法
• 2.6 数据处理
• 2.6.1 序列编辑（SEQUENCE EDIT）
• 2.6.2 序列比对（SEQUENCE ALIGNMENT）
• 2.6.3 MEGA2.0软件的应用
• 三、结果与分析
• 3.1 宗地花猪、关岭猪、江口萝卜猪屠宰测定结果
• 3.2 线粒体DNAD-LOOP序列的扩增
• 3.3.测序结果
• 3.4 D-LOOP的遗传多样性
• 3.4.1 碱基组成比较
• 3.4.2 品种间变异位点分析
• 3.4.3 品种间不同单倍型控制区遗传距离
• 3.4.4 品种间MTDNA遗传多样性统计参数
• 3.4.5、系统发育分析
• 四、讨论
• 小结
• 参考文献
• 本研究由以下课题资助
• 附图
• 附录一:作者在读期间科研成果情况