来自YBT-1520的NEL和黄单胞菌PX099A的激发子的功能验证

来自YBT-1520的NEL和黄单胞菌PX099A的激发子的功能验证

论文摘要

激发子是由寄主所识别的病原菌信号分子,是病原菌与植物相互识别的重要信号分子,能诱导基因表达和宿主植物产生防御反应,如活性氧的产生、胼胝质的沉积、过敏反应等,这些信号分子的产生诱导植物产生局部获得抗性或系统获得抗性,防止病原菌的扩散和二次侵染。病原菌与植物交换信号,最终导致植物感病或抗病。本研究以水稻黄单胞菌白叶枯致病变种(Xanthomonas oryzae pv. oryzae)PXO99A为研究对象,通过预测和验证新型激发子,使我们能进一步了解病原菌与植物的互作及其共进化的关系。在黄单胞菌中,激发子主要是由Ⅲ型分泌系统分泌的,其特征是基因序列上游100个碱基左右有保守的顺式调控元件PIP(plant-inducible promoter)box和N端氨基酸组成比较保守。我们用预测软件Effective T3、 SIEVE和BPBAac在PXO99A基因组中进行激发子预测,选取其中2个或3个预测软件的交集且功能未知的24个基因作为研究对象;同时根据基因序列上游是否有PIP box,自主预测得到了7个未知功能的潜在激发子。除了Ⅲ型分泌系统激发子,其他分泌系统也有报道激发子,我们根据PSORTdb软件预测了8个胞外分泌蛋白。我们用根癌农杆菌介导的方法使以上39个潜在激发子基因在烟草中瞬时表达,通过检测植物PTI相关表型如活性氧的检测、胼胝质的沉积和PTI标志基因的高表达验证以上基因的功能。结果显示,在39个基因中有8个基因是激发子,9个基因可能是激发子,1个基因不是激发子。另外,我们根据植物的表型选择对15个基因进行单敲除或双敲除,得到18个PXO99A突变体,由于季节原因及时间有限,还未得到此18个敲除突变体在水稻上致病性变化。苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis)是一类广泛存在于土壤中而且对昆虫具有致病性革兰氏阳性细菌。我们在对昆虫有高毒力的菌株YBT-1520基因组中发现一个能诱导植物产生坏疽、乙烯相关效应蛋白,本研究将其命名为NEL。通过生物信息学分析,NEL由npp1 (necrosis-inducing phytophthora protein)结构域和Ricin B结构域组成。对于能诱导植物产生坏疽、乙烯相关的nppl结构域,我们通过根癌农杆菌介导的方法使其在烟草中瞬时表达,检测植物PTI相关表型如活性氧的检测、胼胝质的沉积和PTI标志基因的高表达验证npp1在植物中的功能;纯化的Ricin B蛋白进行红细胞凝集实验,确证了Ricin B有凝集素功能。NEL来自苏云金芽胞杆菌,以秀丽小杆线虫N2和秀丽小杆线虫糖脂突变体bre-5为供试虫,发现NEL能抑制N2生长,而且其生长抑制的活性高于单一的npp1和Ricin,糖脂突变体bre-5对NEL有抗性。npp1是穿孔毒素,与苏云金芽胞杆菌中cry蛋白功能类似,故NEL为苏云金芽胞杆菌杀虫晶体蛋白的起源提供了新视角。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 缩略语表
  • 第一章 黄单胞菌中新型激发子的验证
  • 1 前言
  • 1.1 水稻黄单胞菌概述
  • 1.2 水稻黄单胞菌的致病因子
  • 1.3 Ⅲ型分泌系统激发子
  • 1.4 其他分泌系统激发子
  • 1.5 植物的免疫反应
  • 1.5.1 PTI
  • 1.5.2 ETI
  • 1.6 本研究的目的及意义
  • 2 材料与方法
  • 2.1 实验材料
  • 2.1.1 菌株及质粒
  • 2.1.2 培养基与培养条件
  • 2.1.3 试剂
  • 2.2 实验方法
  • 2.2.1 黄单胞菌总DNA的抽提
  • 2.2.2 大肠杆菌质粒的抽提
  • 2.2.3 DNA的体外重组
  • 2转化'>2.2.4 大肠杆菌的CaCl2转化
  • 2.2.5 黄单胞菌总DNA的抽提
  • 2.2.6 PCR扩增
  • 2.2.7 目标DNA片段回收
  • 2.2.8 大肠杆菌的常规转化
  • 2.2.9 根癌农杆菌感受态的制备
  • 2.2.10 黄单胞菌电转化感受态细胞的制备
  • 2.2.11 黄单胞菌电转化
  • 2.2.12 植物PTI表达检测方法
  • 3 结果与分析
  • 3.1 PXO99A基因组中effector的预测
  • 3.2 重组根癌农杆菌的构建
  • 3.3 部分潜在激发子基因同框缺失
  • 3.4 潜在激发子引起植物PTI相关表型的检测
  • 3.4.1 HR反应的检测
  • 2O2产生的检测'>3.4.2 H2O2产生的检测
  • 3.4.3 胼胝质产生的检测
  • 3.4.4 PTI标志基因表达的检测
  • 4 讨论
  • 4.1 激发子的预测软件及准确性
  • 4.2 激发子基因的敲除及其致病性
  • 4.3 激发子的生物学活性检测
  • 5 结论
  • 第二章 来自苏云金芽胞杆菌YBT1520中激发子NEL蛋白的功能验证
  • 1
  • 1.1 苏云金芽胞杆菌简介
  • 1.2 NLPs研究进展
  • 1.3 Ricin研究进展
  • 1.4 研究目的与意义
  • 2 材料与方法
  • 2.1 实验材料
  • 2.1.1 菌株及质粒
  • 2.2 实验方法
  • 2.2.1 苏云金芽胞杆菌总DNA的抽提
  • 2.2.2 蛋白质组提取方法
  • 2.2.3 培养基
  • 2.2.4 其他试剂及实验方法见第一章
  • 3 结果与分析
  • 3.1 NEL的生物信息学分析
  • 3.2 NEL能引起模式植物的超敏反应
  • 3.2.1 NEL的克隆表达
  • 3.2.2 NEL引起植物PTI相关表型的检测
  • 3.2.3 NEL能引起多种拟南芥突变体产生超敏反应
  • 3.2.4 PTI反应标志基因的检测
  • 3.3 NEL对秀丽小杆线虫的活性检测
  • 3.3.1 NEL的克隆表达
  • 2有抑制生长作用'>3.3.2 NEL对秀丽小杆线虫N2有抑制生长作用
  • 3.3.3 秀丽小杆线虫糖脂突变体bre-5对NEL有抗性
  • 3.3.4 NEL对秀丽小杆线虫的生物活性高于npp1和Ricin B
  • 3.4 Ricin B具有凝集素功能
  • 3.5 NEL处理线虫后的免疫相关蛋白质组研究
  • 3.5.1 线虫蛋白质组样品的提取
  • 3.5.2 蛋白质组的数据分析
  • 4 结论与讨论
  • 参考文献
  • 附录
  • 致谢
  • 相关论文文献

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