中国主要双峰驼群体遗传多样性、系统进化及mtDNA异质性研究

论文摘要

中国是世界上少数几个双峰驼资源丰富的国家之一,双峰驼在历史上对我国文化交流、经济发展、荒漠和半荒漠地区畜牧业发展等方面都发挥了重要作用。但目前对我国双峰驼资源的遗传多样性和起源驯化研究还不够系统和全面。本文利用基因组微卫星标记、线粒体D-loop部分序列从核基因组、母系起源两个方面分析我国9个双峰驼群体和1个蒙古双峰驼群体遗传多样性和起源驯化,同时,本文首次在骆驼mtDNA D-loop区发现长度异质性现象,并对其进行了检测和分析,结果如下:1、用FAO推荐的18对微卫星引物对9个中国双峰驼群体和1个蒙古双峰驼群体,共452份样品进行遗传多样性及群体遗传关系分析,结果显示:10个双峰驼群体具有丰富的遗传多样性,平均有效等位基因为4.18,共检测到242个等位基因,平均每个位点检测到13.44个;平均观察杂合度为（Ho）0.5528,平均多态信息含量（PIC）为0.5996。2、遗传分化分析表明10个双峰驼群体间存在极显著的遗传分化,有9.6%的遗传变异来自群体间,90.4%遗传变异来自群体内部的个体间。聚类分析表明10个双峰驼群体被分成2个明显的分支,与地理分布基本一致。3、测定了10个双峰驼群体的205个线粒体D-loop区940bp长序列,共发现17个多态位点,与其他畜种相比,双峰驼D-loop区序列表现出相对的保守性,定义了21个单倍型。系统进化和网络中介分析表明,家养双峰驼群体都来自一个支系,并且该支系存在3个优势单倍型,包含个体占全部个体的80%以上,加入GenBank下载的86条序列,得到了同样的单倍型、系统进化以及网络中介分析结果。4、首次在双峰驼线粒体D-loop区发现线粒体DNA异质性现象,对PCR扩增的假阳性结果进行了排除,对同一个体的异质性片段进行克隆测序,分析异质性特点和种类,初步排除了是源于线粒体假基因的可能性,对6个双峰驼群体进行异质性检测,发现99.2%的个体存在异质性现象,以异质性片段作为一个微卫星位点进行分析,聚类分析表明对遗传关系较远的群体间结果与核基因组微卫星结果相同,异质性的存在增加了双峰驼线粒体D-loop区的多态性。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 第一章 绪论
• 1.1 中国家养双峰驼资源及其保护
• 1.1.1 我国及蒙古家养双峰驼品种资源
• 1.1.2 野生双峰驼
• 1.1.3 我国养驼业
• 1.1.4 家养双峰驼资源保护与利用的意义
• 1.2 中国家养双峰驼起源驯化研究进展
• 1.2.1 考古学与历史记载
• 1.2.2 线粒体DNA研究
• 1.3 中国家养双峰驼遗传多样性研究进展
• 1.3.1 细胞水平
• 1.3.2 血液蛋白多态分析
• 1.3.3 分子水平
• 1.4 线粒体DNA异质性研究进展
• 1.4.1 线粒体DNA异质性的定义
• 1.4.2 线粒体DNA异质性研究进展
• 1.4.3 线粒体异质性鉴定方法
• 1.4.4 线粒体DNA异质性产生的机制
• 1.5 本研究的目的意义
• 第二章 中国双峰驼群体遗传多样性分析
• 2.1 试验材料与方法
• 2.1.1 样品采集
• 2.1.2 主要设备仪器
• 2.1.3 主要试剂药品
• 2.1.4 主要制剂的配置
• 2.1.5 微卫星标记选择
• 2.1.6 主要试验步骤
• 2.1.6.1 基因组DNA提取
• 2.1.6.2 提取的基因组DNA浓度、纯度检测及DNA工作液配置
• 2.1.6.3 荧光修饰集团的选择与片段分析组合
• 2.1.6.4 PCR扩增条件优化及产物检测
• 2.1.6.5 DNA测序仪进行片段分析
• 2.1.7 数据分析
• 2.1.7.1 遗传多样性分析
• 2.1.7.2 群体间遗传关系分析
• 2.2 结果与分析
• 2.2.1 提取基因组DNA的检测
• 2.2.2 微卫星位点的扩增、检测
• 2.2.3 双峰驼遗传多样性分析
• 2.2.4 双峰驼群体间遗传关系
• 2.3 结论与讨论
• 2.3.1 10 个双峰驼群体遗传多样性分析
• 2.3.2 群体间遗传关系分析
• 第三章 中国双峰驼群体分子遗传进化分析
• 3.1 试验材料与方法
• 3.1.1 样品选择
• 3.1.2 主要仪器设备与试剂药品
• 3.1.3 试验方法
• 3.1.4 统计分析
• 3.2 结果与分析
• 3.2.1 线粒体DNA D-loop扩增
• 3.2.2 线粒体D-loop区部分序列多态性分析
• 3.2.3 系统进化分析
• 3.2.3.1 系统进化树分析
• 3.2.3.2 Network网络分析
• 3.3 结论与讨论
• 3.3.1 10 个双峰驼群体的线粒体DNA D-loop多态性
• 3.3.2 双峰驼起源驯化分析
• 第四章 双峰驼线粒体DNA长度异质性初探
• 4.1 试验材料与方法
• 4.1.1 样品选择
• 4.1.2 主要仪器和试剂
• 4.1.3 双峰驼线粒体DNA异质性片段扩增及检测
• 4.1.4 假阳性结果排除
• 4.1.5 同一个体线粒体DNA长度异质性片段序列测定
• 4.1.6 6 个双峰驼群体线粒体DNA长度异质性分析
• 4.2 结果与分析
• 4.2.1 线粒体DNA异质性片段扩增及检测
• 4.2.2 线粒体异质性片段克隆测序
• 4.2.3 6 个双峰驼群体线粒体DNA长度异质性分析
• 4.3 结论与讨论
• 第五章 全文结论
• 1. 10 个双峰驼群体遗传多样性及群体遗传结构分析
• 2. 10 个双峰驼群体线粒体遗传进化分析
• 3、双峰驼线粒体 DNA 异质性初探
• 参考文献
• 附录
• 致谢
• 作者简历