中国5个绵羊群体mtDNA D-环序列差异及系统进化分析

论文摘要

为研究中国绵羊线粒体D-环序列差异及系统发育关系,对中国五个绵羊群体线粒体DNA D-环扩增测序,分析结果显示,我国绵羊线粒体DNA D-环全序列长度为1182bp,A、T、G、C含量分别为34.66%、28.94%、13.90%、22.50%,其中A+T为63.60%,G+C为36.40%,A+T含量明显高于G+C含量。发现的101个多态位点中,包括85个转换和6个插入/缺失、10个颠换,分别占多态位点数的84.16%、5.94%、9.9%。没有发现只有一次的变异位点,47个位点出现两个变异的单核苷酸位点,占变异位点的46.53%,1个位点出现了三次变异,占变异位点的0.99%。含有两个单核苷酸变异的简约信息位点有53个,占变异位点的52.48%,没有含有3个变异的单核苷酸变异简约信息位点。核苷酸多样度（Nucleotide diversity）Pi为0.03023。25个家养绵羊个体的mtDNA D-环序列中,含有4个重复单元的有23个序列,占分析个体数的92%,2个序列含有3个重复单元,占8%,其中有23个序列长度是1182bp、2个序列长度是1107bp,没有发现含有5个重复单元的序列。23个家养绵羊mtDNA D-环序列共发现了21个单倍型,分为主要的三种:I、II、III,所占的比例分别是66.67%（14/21）、28.57%（6/21）、4.76%（1/21）。遗传距离分析表明甘肃滩羊与其他绵羊的遗传分歧较大,为0.04590.0573,其他绵羊群体之间遗传距离较稳定,为0.02460.0342。21个单倍型序列用邻接法（ Neughbor-Joining,Kimura两参数法）、算术平均数的不加权的组对法（UPGMA,Kimura两参数法）,最大简约法构建系统进化树和最大简约树,三种进化树分支良好,都分为明显的三支,认为所研究的中国绵羊可能有三个母系起源。

论文目录

• 摘要
• SUMMARY
• 第一部分 文献综述
• 1 哺乳动物线粒体DNA
• 1.1 线粒体DNA
• 1.2 线粒体DNA 与核基因的关系
• 1.3 核外遗传的特点
• 1.4 mtDNA 的突变与进化
• 2 核外遗传的分子标记及序列分析
• 2.1 限制性内切酶酶切片段长度多态（RFLP）标记
• 2.2 随机引物扩增多态（RAPD）标记
• 2.3 扩增片段长度多态（AFLP）标记
• 2.4 小卫星DNA 标记
• 2.5 微卫星（SSR）标记
• 2.6 DNA 序列分析
• 3 国内外研究进展
• 3.1 遗传多样性方面的研究进展
• 3.2 起源进化方面的研究
• 3.3 法医方面的研究
• 3.4 疾病防治以及生产性能方面的研究
• 4 DNA 序列分析的常用数学模型
• 5 哺乳动物血液基因组DNA 提取方法
• 6 中国绵羊的遗传多样性及起源研究
• 7 本研究的内容
• 第二部分 试验研究
• 试验一 哺乳动物血液基因组 DNA 提取方法优化
• 1 材料与方法
• 1.1 材料
• 1.2 方法
• 2 结果
• 2.1 不同洗涤时间对PCR 反应的影响
• 2.2 不同DNA 提取方法对PCR 反应的影响
• 3 讨论
• 试验二 中国5 个绵羊群体 MTDNA D-环序列差异及系统进化分析
• 1 材料与方法
• 1.1 试验材料
• 1.2 方法
• 2 结果与分析
• 2.1 PCR 扩增及测序结果
• 2.2 中国五个家养绵羊群体mtDNA D-环序列差异
• 2.3 mtDNA D-环序列碱基突变
• 2.4 mtDNA D-环序列重复基元序列
• 2.5 五个中国绵羊群体遗传距离分析
• 2.6 mtDNA D-环序列单倍型及系统发育分析
• 3 讨论
• 3.1 中国绵羊群体MTDNA D-环全序
• 3.2 中国绵羊群体MTDNA D-环核苷酸组成与变异
• 3.3 中国绵羊群体MTDNA D-环的基元序列
• 3.4 中国绵羊群体MTDNA D-环单倍型
• 3.5 中国家养绵羊起源进化
• 4 结论
• 致谢
• 参考文献
• 作者简介
• 导师简介