论文摘要
目的:研究中国汉族人群转化生长因子β1和β3与高度近视关联的位点,揭示与高度近视相关的发病环节。材料和方法:本研究采取病例-对照关联分析,随机选取300名高度近视(要求近视度数≤-8.00D),及300名无相关的对照样本(要求双眼屈光不正在+/-0.75D之间),提取全血DNA样本。在HAPMAP数据库中选取TGFβ1和TGFβ3的基因型数据,输入Haploview4.0,设置标准,选取标签SNP,在TGFβ1的数据中加入第一外显子第十编码子上的多态性位点同时进行检测。软件分析后选定标签SNP进行基因型的检测。在基因型检测方法选择上,以经典的PCR-RFLP作为基础方法,选择位于内切酶酶切位点的SNP进行RFLP以区分不同基因型。对于TGFβ1 rs1800469,rs1982073,rs4803455和rs12983047,我们选择限制性片段长度多态性(RFLP)测定病例-对照样本中多态性位点的基因型;以引物延伸联合变性高效液相色谱分析法测定rs10417924和rs11466345病例-对照样本中位点的基因型;选择等位基因特异性实时荧光定量聚合酶链反应测定rs2241716和rs12981053的基因型。对于TGFβ3 rs3917158,rs4252328,rs2268626,rs2284791,rs3917192,rs3917205,选择限制性片段长度多态性(RFLP)测定病例-对照样本中多态性位点的基因型;对于rs3917201,rs3917210则采用等位基因特异性实时荧光定量聚合酶链反应测定基因型。根据样本所得各SNP基因型,计算其基因型与等位基因的频率;采用卡方检验比较病例-对照组之间基因型与等位基因频率分布的差异,采用HAPLOVIEW4.0进行标签SNP的连锁不平衡分析及单体型分型与比较。结果:第一部分:对于TGFβ1选取的八个标签SNP,rs10417924由于对照组样本不符合Hardy-Weinberg平衡,样本不具群体代表性而被排除统计。其余的七个SNP中,rs12981053,rs11466345和rs2241716结果显示病例-对照组之间基因型频率与等位基因频率的无显著性差异,提示这三个位点与高度近视无明显关联:而rs1800469,rs1982073,rs2241716,rs4803455这四个多态位点均显示出病例-对照组之间基因型频率与等位基因频率的显著性差异,提示这四个SNP与高度近视具有显著关联。进一步进行这七个SNP的连锁不平衡分析与单体型分析与比较,结果提示,rs4803455,rs2241716,rs1800469,rs1982073之间具有强LD。单体型TCGG,CTAT病例-对照之间有显著性差异。Wald检验结果显示rs4803455可能是实际起作用的多态性位点。第二部分:对于TGFβ3,选定八个标签SNP进行基因型的检测。结果显示,rs3917210由于基因型结果变异大,可重复性差,且对照组样本不符合Hardy-Weinberg平衡,样本不具群体代表性而被排除统计。其余的7个标签SNP均符合Hardy-Weinberg平衡,样本具群体代表性。在对单个位点的关联分析发现,七个标签SNP中,除rs3917201外,其余六个位点的病例-对照组之间基因型频率与等位基因频率均无显著性差异;提示这六个多态位点与高度近视无明显关联;而rs3917201病例-对照组之间基因型频率与等位基因频率均有显著性差异(p<0.05),提示与高度近视可能存在关联,但多重矫正分析排除了该位点的显著性。结论:采用候选基因策略,检验了高度近视候选基因TGFβ1和TGFβ3与高度近视的关联性。预先通过HAPMAP数据库选取了两个候选基因内的标签多态位点SNPs,然后收集了高度近视组与正常对照组,并在其中进行基于病例-对照的关联分析。关联分析提示TGFβ3可能与高度近视无关联;而TGFβ1的四个位点的阳性结果提示这个基因极有可能与高度近视有关联,需要进一步加大近视眼家系样本量及遗传标记位点的密度来加以确证。
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