用微卫星标记分析藏鸡群体遗传多样性和遗传关系

论文摘要

藏鸡是我国青藏高原数量最多、范围最广、具有独特群体遗传特性的原始小型地方鸡种。为了保护和开发利用这一稀有而珍贵的种质资源,了解群体（品种间）的真实遗传关系,提供分子遗传基础。通过19对微卫星引物对西藏不同地区的藏鸡群体（拉萨、林芝、山南和日客则）进行遗传多样性分析,统计藏鸡群体多态信息含量（PIC）、遗传杂合度（H）、F-统计量和群体内遗传距离,并UPGMA构建群体的聚类图,比较藏鸡不同地方鸡群体间的遗传变异。试验结果藏鸡群体共检测到98个等位基因,藏鸡群体多态等位基因数为2～8个,平均等位基因数为3.9个,有效等位基因数在1.3～6.4之间。平均有效等位基因数约为3.9个,微卫星座位均表现为多态,平均多态座位百分率100%,说明藏鸡群体中各微卫星位点等位基因分布比较均匀,藏鸡群体遗传多样性较丰富。对于整个群体,藏鸡群体PIC值分布在0.2232～0.8231之间,H值在0.2568～0.8460之间,PIC和H平均值分别为0.6151和0.6943,说明藏鸡群体的遗传多态性较丰富。在所检测的四个地方群体中,不同地方藏鸡群体单个位点的等位基因数从2～8不等,平均等位基因数为4.6～4.9个,有效等位基因数在1.4～6.8之间。平均有效等位基因数约为3.4～3.9个,个,有效等位基因数在1.3～6.4之间。平均有效等位基因数约为3.9个,所有的群体均显示较高的多态信息含量和杂合度。日喀则藏鸡群体较低,平均PIC和H为0.5980和0.6541,林芝藏鸡较高高,平均PIC和H为0.6330和0.6878。说明藏鸡群体的遗传差异较大、多态性较丰富,变异程度较高。各群体均有较高的遗传多态性和遗传杂合度,哈代温伯格平衡的检测,藏鸡群体大部分微卫星标记均处在不平衡状态。根据遗传距离,进行UPGMA聚类,结果发现拉萨群体和日客群体群体的遗传距离较近,林芝群体则与山南群体之间的遗传距离较近,表明不同地区间藏鸡群体有一定程度的遗传分化。这为进一步对藏鸡群体的保存和利用提供了科学依据。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 第一部分 文献综述
• 前言
• 第一章 藏鸡品种资源的保护和利用
• 1 藏鸡品种的生态特征
• 1.1 藏鸡的生存环境
• 1.2 藏鸡的体型外貌
• 1.3 藏鸡的生产性能
• 2 藏鸡发展存在的问题
• 3 藏鸡遗传资源的保护及开发利用
• 第二章 畜禽遗传多样性研究与微卫星标记方法
• 1 畜禽遗传多样性研究的理论和意义
• 2 畜禽遗传多样性的研究方法
• 3 微卫星标记方法
• 4 藏鸡遗传多样性研究进展
• 参考文献
• 第二部分 实验研究
• 第三章 藏鸡群体的遗传多样性分析
• 1 实验材料
• 1.1 实验动物
• 1.2 微卫星引物
• 1.3 实验试剂
• 1.4 主要仪器
• 1.5 试剂配制
• 2 实验方法
• 2.1 藏鸡血液和肝组织基因组DNA提取
• 2.2 DNA样品浓度和纯度的计算
• 2.3 DNA样品的稀释
• 2.4 藏鸡基因组微卫星的扩增
• 2.5 微卫星PCR扩增产物的检测分析
• 2.6.聚丙烯酰胺凝胶的制备
• 2.7 统计分析
• 3 结果与分析
• 3.1 DNA提取结果和PCR扩增产物检测
• 3.2 PCR反应条件的优化
• 3.3 藏鸡群体内遗传多样
• 3.4 藏鸡群体的哈代温伯格平衡检验
• 4 讨论
• 4.1 微卫星标记的选择
• 4.2 群体内的遗传多样性
• 5 小结
• 参考文献
• 第四章 不同地方藏鸡群体遗传关系分析
• 1 实验材料
• 1.1 实验动物
• 1.2 微卫星引物
• 1.3 实验试剂
• 1.4 主要仪器
• 1.5 试剂配制
• 2 实验方法
• 2.1 藏鸡血液和肝组织基因组DNA提取
• 2.2 DNA样品浓度和纯度的计算
• 2.3 DNA样品的稀释
• 2.4 藏鸡基因组微卫星的扩增
• 2.5 微卫星PCR扩增产物的检测分析
• 2.6 统计分析
• 3 结果与分析
• 3.1 DNA提取结果和PCR扩增产物检测
• 3.2 藏鸡群体内遗传多样
• 3.3 藏鸡群体的哈代温伯格平衡检验
• 3.4 藏鸡群体间遗传分化
• 3.5 藏鸡群体间的遗传距离
• 3.6 聚类分析
• 4 讨论
• 5 小结
• 参考文献
• 创新点
• 攻读硕士期间发表的学术论文
• 致谢