东亚鲤科鱼类的分子系统发育研究

论文题目: 东亚鲤科鱼类的分子系统发育研究

论文类型: 博士论文

论文专业: 水生生物学

作者: 王绪祯

导师: 曹文宣,何舜平

关键词: 鲤科,分子系统发育,线粒体,基因,重组活化基因,核糖体蛋白基因

文献来源: 中国科学院研究生院（水生生物研究所）

发表年度: 2005

论文摘要: 研究中选择了线粒体基因组中的16S rRNA基因和核基因组中的核糖体蛋白S7 基因以及重组活化基因2 作为遗传标记。在线粒体16S rRNA 基因、核基因重组活化基因2 和S7 核糖体蛋白基因序列变异的基础上,对东亚鲤科鱼类的系统发育关系进行了探讨。分别选择了鳅科、平鳍鳅科和亚口鱼科的代表性种类作为鲤科鱼类系统发育分析中的外类群。系统发育的重建分别使用了最大简约性分析和最大似然性分析。主要研究结论表述如下: 1 波鱼类群是鲤科中的最基部类群。除了基部的波鱼类群外,其余的鲤科鱼类聚为两个系群:雅罗鱼系和鲃系。2 鲃系中包括了两个分支。鲤类、裂腹鱼类和鲃类密切相关,共同聚为一个单系类群;野鲮鱼类共同构成一个单系群。3 雅罗鱼系中,北美分布的鱥类和欧亚分布的雅罗鱼类共同构成一个单系群;东亚地区包括鳅鮀在内的鮈类和欧洲的鮈共同构成一个单系类群;鳑鲏构成一个单系类群。这三个单系群之间进一步密切相关。东亚特有的赤眼鳟、鳡、鲢、鲴和鲌的分类单元和附属的小型鲤科鱼类,如马口鱼类和细鲫类共同构成一个单系类群。丁鱥属于雅罗鱼系,但它的系统位置尚不明确。4 现代的东亚鲤科鱼类区系可能起源于早中新世时期。中国东部和日本列岛在中新世和上新世时期很可能都属于同一鲤科鱼类区系。直到上新世时期现代中国鲤科鱼类区系开始建立。日本现代鲤科鱼类区系在更新世中期才开始逐渐形成。5 鲤科鱼类线粒体16S rRNA 基因碱基颠换的进化速率估计为每百万年0.14% (0.14%/MY)。据此推算,东亚特有鲤科类群现生物种的分支发生事件最早是在青藏高原隆起过程中伴随着东亚季风气候的出现而开始的,而赤眼鳟、鳡、鲢、鲌和鲴物种分化过程中大量的分支发生事件则发生在东亚季风稳定

论文目录:

中文摘要

英文摘要

目录

第一章 引言

一 鲤科研究综述

1 鲤科鱼类

1.1 形态学特征

1.2 分类学位置

1.3 多样性

2 鲤科鱼类的系统发育

3 鲤科鱼类的化石记录

4 现生鲤科鱼类的地理分布

二 鲤科鱼类与东亚淡水鱼类区系

1 东亚淡水鱼类区系的特点

2 淡水鱼类的分布区划

3 分布格局的演化

3.1 东亚淡水鱼类的演化

3.2 现代东亚鲤科鱼类分布格局的形成

4 鲤科鱼类在东亚淡水鱼类区系中的意义

三 分子进化与分子系统学

1 分子进化模型与序列分歧度计算

1.1 核苷酸序列进化模型

1.1.1 Jukes-Cantor 单参数模型

1.1.2 Kimura 二参数模型

1.2 蛋白质编码序列进化

1.3 核苷酸序列分歧度

2 分子系统学

2.1 基本原理

2.2 系统树

3 分子系统树的构建

3.1 距离矩阵法

3.1.1 算术平均的不加权对群法

3.1.2 邻接法

3.2 最大简约法

3.3 最大似然法

3.4 不同系统树构建方法的比较

4 系统树的检验

4.1 一致性指数与一致树

4.2 统计检验

4.3 相对速率检验

四 本论文研究目的

第二章 东亚鲤科鱼类的系统发育研究

一 引言

1 东亚鲤科鱼类

1.1 物种多样性

1.2 区系组成

2 东亚鲤科鱼类的化石记录

3 东亚特有鲤科类群的定义及范围

4 东亚鲤科鱼类系统发育研究现状及进展

二 材料与方法

1 分析用分类单元的选择和标本的采集

2 外类群的选择

3 分子数据的采集

3.1 分子标记的选择

3.2 基因组DNA 提取、PCR 扩增和测序

4 数据分析

4.1 序列的比对排列

4.2 序列的初步分析

5 系统发育分析

5.1 最大简约性分析

5.2 最大似然性分析

三 结果

1 初步序列分析

2 系统发育分析

2.1 最大简约性分析

2.1.1 线粒体165 rRNA 基因

2.1.2 rpS7 基因

2.1.3 RAG2 基因

2.2 最大似然性分析

2.2.1 线粒体165 rRNA 基因

2.2.2 rpS7 基因

2.2.3 RAG2 基因

四 讨论

1 基因的序列变异及其系统发育意义

1.1 线粒体16S rRNA 基因

1.2 rpS7 基因

1.3 RAG2 基因

2 东亚特有鲤科类群的系统发育

2.1 东亚特有鲤科类群是单系类群

2.2 DNA 序列变异和遗传分歧

2.3 东亚特有鲤科类群间的系统发育关系

3 东亚特有鲤科类群分布格局的演化

3.1 东亚特有鲤科类群的分支发生事件

3.2 分支发生事件与东亚季风性气候的进化

3.3 东亚特有鲤科类群分布格局的形成与演化

3.3.1 东亚特有鲤科类群分布格局的形成

3.3.2 东亚特有鲤科类群在日本和中国分布格局的差异

4 鲤科鱼类的系统发育

4.1 系统发育

4.2 丁鱥在鲤科中的系统位置

5 分子系统发育研究与形态学研究比较

第三章 鲤科鱼类的系统学

一 鲤科系统学

1 鲤科鱼类的系统发育关系

2 鲤科亚科的划分

二 鲤科鱼类进化的推测

1 地层中的化石鲤科鱼类

2 鲤科鱼类进化的推测

第四章 结论

一 鲤科鱼类的系统发育关系

二 鲤科鱼类的亚科划分

三 有关鲤科鱼类进化的推测

四 东亚鲤科鱼类分布格局的形成

五 东亚特有鲤科类群分布格局的演化

1 东亚特有鲤科类群的分支发生事件

2 东亚特有鲤科类群分布格局的形成

3 东亚特有鲤科类群在日本和中国分布格局的差异

参考文献

发表论文目录

致谢

发布时间: 2005-12-02

参考文献

• [1].基于线粒体基因组的两种鲤科鱼类系统发育基因组学分析及鲤鱼Frizzled基因家族的研究[D]. 董传举.上海海洋大学2016

相关论文

• [1].长江流域鱼类多样性空间格局与资源分析[D]. 傅萃长.复旦大学2003
• [2].欧亚大陆鲇形目鱼类系统发育与骨鳔下区鱼类分化时间估计及其起源与演化过程研究[D]. 彭作刚.中国科学院研究生院（水生生物研究所）2005
• [3].长江鱼类早期形态发育与种类鉴别[D]. 乔晔.中国科学院研究生院（水生生物研究所）2005
• [4].扁担塘鱼类生活史策略、营养特征及群落结构研究[D]. 张堂林.中国科学院研究生院（水生生物研究所）2005
• [5].青海湖及其邻近水系特有裂腹鱼类的分子系统发育及系统地理学[D]. 赵凯.西北农林科技大学2005
• [6].长江流域几种重要鱼类的分子标记筛选开发及群体遗传分析[D]. 廖小林.中国科学院研究生院（水生生物研究所）2006
• [7].短散在核重复序列（SINEs）的分离及在鲤科鱼类系统进化研究中的应用[D]. 韩亚伟.中国科学院研究生院（水生生物研究所）2006

标签：鲤科论文;  分子系统发育论文;  线粒体论文;  基因论文;  重组活化基因论文;  核糖体蛋白基因论文;