猪候选基因SLC27A2和IFRD1的分离与鉴定

论文摘要

随着分子生物学技术的迅速发展,对基因结构和功能的研究更加深入,在分子水平上以DNA多态性为标记进行遗传分析,识别个体基因型差异成为可能,从而诞生了分子遗传标记。在人类基因组研究计划的推动下,分子标记的研究与应用得到了迅速的发展,为猪种遗传改良提供了新的机遇。同时,猪基因组计划的实施有力的促进了分子标记在猪育种中的应用,出现了以标记辅助选择和标记辅助渗入为代表的分子育种技术。分子标记辅助选择或渗入的基础是寻找对目标性状具有较大影响的基因或标记,即主效基因或标记,连锁分析法、候选基因法和基因组扫描法是鉴定数量性状主效基因的三种主要方法。本研究根据国内外QTL报道、猪—人比较图谱和基因的生理生化功能三方面信息,分别选取了位于人15号和7号染色体上2个基因作为候选基因,二者均为猪新基因,并且运用比较基因组学、生物信息学等方法对其进行分离、鉴定,分析了候选基因的多态性位点与猪重要经济性状的相关性及其遗传效应。具体研究结果如下: 1.猪SLC27A2基因的分离、鉴定 通过对大白、梅山猪肝脏组织样提取总RNA进行反转录和特异性扩增,获得了猪SLC27A2基因的部分cDNA片段,将该段序列与人SLC27A2基因和小鼠的SLC27A2基因进行序列比对,结果表明猪与人、小鼠的同源性分别为90%和82%。在该基因外显子七上存在1处SNP,引起相应编码氨基酸的改变A242G,即大白中为缬氨酸,梅山中为异亮氨酸。建立了该突变位点的PCR-AatⅡ-RFLP分型方法。在梅山、大白和大白×梅山F2代资源家系中的研究表明: （1）在45头梅山、40头大白个体中,梅山均为AA基因型,A%为1,B%为0;大白以BB基因型为主,伴随少量的AB型,A%为11.25%,B%为88.75%,可以看出在本研究群体中,等位基因A,B在以梅山和大白为代表的中外猪种中存在明显差异。 （21）在135头F2代资源家系的关联分析显示:对生长性状而言,SLC27A2基因多态性与初生重相关性极显著;胴体性状方面,SLC27A2基因型不同时,瘦肉率、平均皮厚、屠宰率、肥肉率、6—7胸椎间背膘厚、胸腰椎间背膘厚等性状差异达到显著或极显著水平。分析显示,该标记位点与肉质性状没有明显的相关性。 （3）根据REG（SAS8.0）程序分析,该标记位点以加性遗传效应为主,瘦肉率、

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 资源家系测定性状的英文缩写
• 第一部分 文献综述
• 1. 引言
• 2. 猪重要经济性状候选基因研究进展
• 2.1 与生长及胴体性状相关的候选基因
• 2.2 与肉质性状相关的候选基因
• 2.3 与繁殖性状有关的候选基因
• 2.4 与抗病力相关的候选基因
• 3. 寻找新功能基因的方法
• 4. 拟分离基因的研究现状
• 4.1 溶质转运27家族成员2（SLC27A2）基因
• 4.2 干扰素相关生长调节子1（IFRD1）
• 5. 本研究的目的和意义
• 第二部分 两个候选基因的分离鉴定
• 1. 前言
• 2. 试验材料
• 2.1 试验样品及性状测定
• 2.2 主要仪器和设备
• 2.3 主要药品及试剂
• 2.4 缓冲液和常用试剂的配制
• 3. 试验方法
• 3.1 两个候选基因的确定
• 3.2 猪基因组 DNA的提取
• 3.3 猪候选基因cDNA序列的克隆、测序及序列分析
• 3.3.1 利用电子克隆策略设计引物
• 3.3.2 利用 RT-PCR方法扩增cDNA片段
• 3.3.3 RT-PCR产物的回收、纯化、克隆测序
• 3.3.4 生物信息学分析及相应软件
• 3.4 猪候选基因基因组序列的克隆、测序及 SNPs分析
• 3.5 统计分析
• 4. 结果与分析
• 4.1 猪 SLC27A2基因片段的分离、序列分析与鉴定
• 4.2 猪 IFRD1基因片段的分离、序列分析与鉴定
• 5. 讨论与结论
• 5.1 关于候选基因的筛选
• 5.2 关于SNP的研究
• 5.3 关于候选基因与标记辅助选择
• 5.4 候选基因的遗传效应分析
• 5.5 下一步工作
• 小结
• 参考文献
• 致谢
• 附录1-5