条斑紫菜多聚泛素基因的克隆与系统进化分析

条斑紫菜多聚泛素基因的克隆与系统进化分析

论文摘要

紫菜是红藻门(Rhodophyta)原红藻纲(Protoflorideophyceae)红毛菜目(Bangiales)红毛菜科(Bangiaceae)紫菜属(Porphyra)大型海藻的总称,目前全世界报道的紫菜约有134种。条斑紫菜(P. yezoensis Ueda)是太平洋西部特有的物种,主要分布于中国、日本和朝鲜半岛,为目前最具经济价值的栽培海藻之一。条斑紫菜是潮间带藻类的代表性模式物种,其基因组较小(碱基数目为10P8P数量级),染色体数目少(配子体仅3条染色体),能够在实验室条件下完成生活史,遗传转化系统研究亦取得了初步的进展,这些特性使条斑紫菜成为遗传学、分子生物学和基因组学研究的好材料,具有很高的科学研究价值。近年来,条斑紫菜相关研究进展迅速,国内外学者先后发布了2万余条条斑紫菜表达序列标签(ESTs),为克隆条斑紫菜功能基因、并深入了解其遗传特性提供了条件。我们利用实验室已建立的条斑紫菜表达基因文库EST进行序列分析,获得了与多聚泛素基因相关的EST序列,运用生物信息学手段对得到的83条条斑紫菜多聚泛素基因相关的EST序列进一步分析,设计引物通过PCR技术克隆了条斑紫菜的两个多聚泛素基因。泛素(ubiquitin)是由76个氨基酸组成的高度保守的小分子蛋白,参与到细胞生理活动的方方面面。泛素由两类基因编码,单体泛素融合基因和多聚泛素基因。多聚泛素基因广泛存在于酵母、植物和动物中,由数目不等的首尾相接的228bp的单体重复而成,一般不含内含子。本文克隆到的条斑紫菜的两个多聚泛素基因(polyubiquitin),具有典型的多聚泛素基因结构,cDNA序列全长分别为1596bp(PUBI-1)和1368bp(PUBI-2),分别为7个单体和6个单体构成的多聚泛素,不同于红藻中已有研究的Aglaothamnion neglectum、Gracilaria verrucosa和G. lemaneiformis均有一个多聚泛素基因(且多聚泛素基因都是含有6个泛素单体);条斑紫菜多聚泛素基因编码区密码子的平均GC含量为60%,第三位密码子位置的GC含量高达90.1%;而且在进化中经历了协同进化,与真红藻亚纲的4个多聚泛素基因不同。多聚泛素基因在酵母和藻类中的抗逆作用已经有详细的研究。条斑紫菜作为一种重要的海洋经济作物,探索其抗逆机制有非常重要的意义。本研究克隆了条斑紫菜的多聚泛素基因,这为探索多聚泛素基因在紫菜抗逆中的作用奠定了基础,也为检验多聚泛素基因的进化机制提供了第一手资料。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 第一章 泛素及其研究进展
  • 1.1 泛素基因的特点
  • 1.2 泛素基因的功能
  • 1.2.1 融合泛素基因的功能
  • 1.2.2 多聚泛素基因的功能
  • 1.3.1 Ub/26S蛋白酶体系统的组成
  • 1.3.1 Ub/26S 蛋白酶体系统的组成
  • 1.3.2 Ub/26S 蛋白酶体的需能降解
  • 1.3.3 植物种Ub/26S 蛋白酶体途径的生理功能
  • 1.4 藻类泛素研究进展
  • 1.5 选题依据及意义
  • 第二章 条斑紫菜多聚泛素基因的克隆与系统进化分析
  • 2.1 条斑紫菜的生物学特性
  • 2.2 泛素
  • 2.3 材料与方法
  • 2.3.1 材料
  • 2.3.2 基因克隆
  • 2.3.3 Southern 印迹
  • 2.3.4 结构分析和进化分析
  • 2.4 结果与分析
  • 2.4.1 多聚泛素的基因克隆和序列测定
  • 2.4.2 多聚泛素基因的拷贝数分析
  • 2.4.3 多聚泛素基因的结构分析
  • 2.4.4 进化分析
  • 2.5 讨论
  • 第三章 硕士期间的其他工作条斑紫菜磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶基因的克隆与分析
  • 3.1 简介
  • 3.2 材料与方法
  • 3.2.1 EST 的钓取及组装
  • 3.2.2 序列分析与进化分析
  • 3.2.3 二级结构预测及结构域预测
  • 3.3 实验结果
  • 3.3.1 条斑紫菜PEP 羧化酶基因的碱基组成与密码子使用分析
  • 3.3.2 氨基酸与结构分析
  • 3.3.3 PEP 羧化酶进化分析
  • 3.4 讨论
  • 参考文献
  • 发表和撰写的文章
  • 致谢
  • 相关论文文献

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