家鸡生长激素受体基因外显子10的序列分析

论文摘要

本研究以生长激素受体（Growth Hormone Receptor, GHR）基因为研究对象,采用PCR产物直接测序的方法,对罗曼蛋鸡、AA肉鸡2个育成品种和藏鸡、旧院黑鸡、筠连白羽乌骨鸡和山地乌骨鸡4个四川地方鸡种共165个个体的GHR基因外显子10进行了单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism, SNP）筛查和遗传多样性分析,探讨GHR基因变异对不同选育程度鸡种生长发育性状的影响,为4个不同地方鸡种的定向化培育方向提供一个有效的地方鸡种种用价值分子评价和分子标记,为地方鸡种的保护和利用提供科学依据。本试验扩增了上述6个鸡种GHR基因外显子10的序列,共1160bp,编码320个氨基酸。GHR基因第10外显子核酸序列中A+T含量为57.41%,G+C含量为42.58%,A+T含量远高于G+C含量。在165个个体中,共检测到5个SNPs,即g.12987435G>A、g.12987707G>A、g.12987721G>T、g.12987990A>T、 g.12988071G>A,与GeneBank中已经提交的鸡SNP位点查找比较,发现本研究中检测到的5个SNPs位点均为新的突变位点,其中g.12987435G>A、g.12987990A>T、 g.12988071G>A为同义突变,g.12987707G>A、g.12987721G>T为错义突变。育成品种罗曼蛋鸡和AA肉鸡中只存在g.12987990A>T一个突变,此突变也存在于其他4个鸡群中,而其他四川地方鸡种中的突变位点则表现出多样性,筠连白羽乌骨鸡和旧院黑鸡含有全部的SNPs,山地乌骨鸡存在除g.12987721G>T之外的其他4个SNPs,藏鸡含有g.12987435G>A,g.12987990A>T和g.12988071G>A3个SNPs,此外,AA肉鸡和罗曼蛋鸡仅在g.12987990位点为多态位点,其多态信息含量（PIC）分别为0.49和0.374。地方鸡种在g.12987435、g.12987707、g.12987721、g.12987990和g.12988071的PIC值分别为0.386,0.340,0.056,0.577和0.493。单倍型分析结果显示后,其中单倍型H1（G-G-G-A-G）和H2（G-G-G-T-G）为优势单倍型,H1H1、H1H2和H2H2为优势单倍型组合。经卡方独立性检验表明,这5个SNPs位点的基因型和单倍型在个鸡品种间的分布差异都达到了极显著水平,表明GHR基因可以反映鸡品种的选育程度,也可以作为地方鸡种种用价值评定的一个参考遗传标记。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 常用词语缩写
• 1 文献综述
• 1.1 鸡生长轴上的调控机理研究
• 1.2 鸡生长激素受体基因
• 1.2.1 鸡生长激素受体基因的概述
• 1.2.2 鸡生长激素受体基因的结构
• 1.2.3 鸡GHR基因介导的信号通路
• 1.2.4 GHR受体的调节
• 1.3 鸡生长激素受体的研究进展
• 1.3.1 禽类GHR基因多态性与生产性能的关系
• 1.3.2 GHR基因与矮小型鸡
• 1.4 各地方鸡种的介绍
• 1.4.1 旧院黑鸡
• 1.4.2 筠连白羽乌骨鸡
• 1.4.3 藏鸡
• 1.4.4 山地乌骨鸡
• 1.5 本实验研究的目的和意义
• 2.材料与方法
• 2.1 材料
• 2.1.1 动物材料
• 2.1.2 试验试剂
• 2.1.3 试验仪器
• 2.1.4. 主要试剂的配制
• 2.2 试验方法
• 2.2.1 全基因组DNA的提取
• 2.2.2 引物设计及合成
• 2.2.3 PCR反应体系和条件
• 2.2.4 DNA序列测定
• 2.3 数据分析
• 2.3.1. 基因频率和基因型频率的计算
• 2.3.2 遗传多态性分析
• 3 结果与分析
• 3.1 全基因组DNA的抽提结果
• 3.2 PCR扩增结果
• 3.3 PCR产物测序结果
• 3.4 目的片段的确定
• 3.5 GHR基因序列碱基组成
• 3.6 家鸡GHR基因序列测定及新SNPs筛查
• 3.7 转录因子结合位点预测
• 3.8 GHR基因外显子10的二级结构预测
• 3.9 家鸡GHR基因各SNPs与品种的相关性分析
• 3.10 单倍型分析
• 4 讨论
• 4.1 不同选育程度鸡的GHR基因的多样性
• 4.2 鸡GHR基因的生物信息学分析
• 结论
• 参考文献
• 致谢
• 附录