家蚕B型清道夫受体（Class B Scavenger Receptor）基因的克隆鉴定及功能研究

论文摘要

家蚕是一种重要的农业经济昆虫,蚕丝业是我国农业经济的重要组成部分,一直在改善民生和可持续发展中发挥着积极作用,深入研究家蚕生命活动规律和基因功能对蚕丝业的持续稳定发展具有重要意义。随着家蚕基因组框架图和精细图的完成,家蚕全基因组的遗传基因信息逐步得到诠释,为广泛和深入开展基因组及各种功能基因的研究提供了坚实的基础条件。清道夫受体（scavenger receptor, SR）是细胞表面的一种跨膜糖蛋白,能结合多种多聚阴离子并将其转移到细胞中降解,具有多种功能。B型清道夫受体（class B scavenger receptor, SR-B）是清道夫受体家族中具有CD36结构域的一个小超基因家族,它们能够结合多种配体,参与机体一系列的生命代谢活动,在动脉粥样硬化及其它心血管疾病的形成或抑制、机体免疫防御、凋亡细胞清除、类胡萝卜素代谢和转运、信息素感知与传导以及视觉传导等生理过程中起着重要作用。这种功能的多样性,引起了人们对家蚕SR-B基因家族研究的兴趣。家蚕作为鳞翅目的模式生物,对其SR-B基因家族的研究,既能够解析这些基因在家蚕中行使的功能,也可为其它昆虫特别是鳞翅目昆虫的相关研究提供重要参照和理论依据,这对揭示SR-B基因家族的功能多样性和作用机制有重要意义。本论文利用家蚕9×基因组及基因芯片数据,通过生物信息学方法对家蚕SR-B基因家族进行了鉴定与分析,并对家族中BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因的结构特征、表达模式和组织定位进行了研究,在体外细胞水平上初步探索了这两个基因的功能。主要研究结果如下：1.家蚕SR-B基因家族的生物信息学及表达模式分析基于家蚕9倍全基因组数据库,应用生物信息学方法,鉴定获得了14个家蚕B型清道夫受体基因,这些基因分布在至少5条染色体上,共包含120个内含子,平均每个基因拥有8.5个内含子。家蚕SR-B家族的基因数目接近果蝇、按蚊、赤拟谷盗等昆虫的SR-B基因数目,较人、小鼠、线虫、斑马鱼和原鸡等物种的SR-B基因数目多,说明昆虫SR-B基因在物种分化后形成了更多的拷贝。家蚕SR-B家族基因均具有CD36结构域的特征序列,不同基因的氨基酸序列相似性在20%～39%之间,保守位点分散,没有连续的氨基酸保守序列。家蚕SR-B基因与小鼠、人的SR-B基因的氨基酸序列相似性在20%-35%之间,与果蝇、按蚊、蜜蜂和赤拟谷盗的SR-B基因的氨基酸序列相似性在19～63%之间。系统发生分析的结果表明,昆虫的SR-B基因明显分成3个类群,每个类群又分别形成了若干亚群,家蚕与其它4个昆虫的SR-B基因构成了直向同源关系,没有一个物种形成独特的分群,说明该类基因的各个亚家族在物种分化之前就已经形成,表明SR-B基因家族在昆虫物种间具有相对保守的功能。EST数据、芯片数据和RT-PCR检测分析结果表明,家蚕SR-B基具有不同的表达模式,多数基因的表达存在组织特异性,在家蚕幼虫的主要组织中均有SR-B基因转录表达。2.家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因的克隆、序列分析与鉴定对BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因的全长CDS进行克隆测序,序列分析表明,BmSCRBQ4基因的核苷酸序列与家蚕数据库预测的序列完全一致,而BmSCRBQ1基因的核苷酸序列在家蚕品种间存在3种不同形式：一些品种的BmSCRBQ1核苷酸序列与数据库预测序列完全一致,即完整型；另一些品种的BmSCRBQ1核苷酸序列存在2种选择性剪切方式,即完整型和缺失了第8外显子的缺失型;还有一些品种的BmSCRBQ1核苷酸序列与数据库序列相比存在14个或15个碱基突变,即点突变型。BmSCRBQ1基因完整型或点突变型的ORF长1482 bp,编码493个氨基酸,由10个外显子和9个内含子组成；BmSCRBQ1基因缺失型的ORF长1377 bp,编码458个氨基酸,含9个外显子和8个内含子。BmSCRBQ4基因的ORF长1371bp,编码456个氨基酸,由9个外显子和8个内含子组成。利用Smart、TMHMM2.0和Motif scan软件进行结构域和跨膜结构分析表明,BmSCRBQ1基因编码的蛋白含有2个跨膜区,2个胞质区和1个胞外区,含有9个N-连接糖基化位点、5个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、4个豆蔻酰化位点和1个蛋白激酶C磷酸化位点。BmSCRBQ1基因缺失型除了缺少靠近C-羧基端的2个豆蔻酰化位点外,其余结构域特征与BmSCRBQ1的一致。BmSCRBQ4基因编码的蛋白含有1个C-羧基端跨膜区,1个C-羧基端胞质区和1个含N-端区域的胞外区,在N-氨基端没有预测到跨膜区,序列中存在7个N-连接糖基化位点、7个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、5个蛋白激酶C磷酸化位点、4个豆蔻酰化位点和1个酪氨酸激酶磷酸化位点。这些分析结果表明,BmSCRBQ1、BmSCRBQl两个基因均含有典型的CD36结构域,属于SR-B受体基因。BmSCRBQ1、BmSCRBQ4两个基因间氨基酸序列的相似性约为30%,其中蛋白激酶C共有序列、5个糖基化位点、3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和6个半胱氨酸高度保守。BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因氨基酸序列与人CD36、小鼠SR-BI和果蝇ninaD基因的氨基酸序列比较,它们中的蛋白激酶C共有序列和6个半胱氨酸以及几个甘氨酸、苯丙氨酸、脯氨酸等高度保守。3.家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因的表达模式RT-PCR检测结果表明,BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因在大造未受精卵和整个胚胎期、幼虫期的大多数时期以及家蚕BmE、BmN细胞系中都有表达。在大造5龄第3天的幼虫组织中,BmSCRBQl基因在中肠、血液、中部丝腺、卵巢、头部、体壁、精巢、脂肪体、后部丝腺和马氏管中均有表达；BmSCRBQ4基因在中肠、中部丝腺、头部、体壁、脂肪体、精巢、卵巢中均有表达,在血液、后部丝腺和马氏管中未检测到表达。BmSCRBQ1、BmSCRBQ4两个基因在大多数发育时期和多个组织均有表达,暗示着2个基因可能有持家基因的功能。Western blotting的结果表明,在大造5龄第3天幼虫的卵巢、血液、后部丝腺、中部丝腺、精巢、马氏管、脂肪体等组织中均能检测到BmSCRBQ1蛋白的阳性信号,在中肠中未检测到目的蛋白的阳性信号,BmSCRBQ1蛋白大小约为60kDa。仅在大造5龄第3天幼虫的中部丝腺、脂肪体和精巢中检测到BmSCRBQ4蛋白的阳性信号,其它组织未检测到目的蛋白的阳性信号,BmSCRBQ1蛋白大小在组织间存在差异,中部丝腺中约为50kDa,脂肪体中约为55kDa,精巢中约为60kDa。在N4 5龄第4天幼虫的精巢、卵巢中均检测到两个蛋白的阳性信号,BmSCRBQ1蛋白仅有一条阳性条带,大小约为60kDa,而BmSCRBQ4蛋白在两个组织中均有3条阳性条带,大小分别约为50kDa、57kDa和70kDa。在家蚕BmE、BmN细胞系中也能检测到两个蛋白的阳性信号,BmSCRBQ1蛋白在两个细胞中均出现一条明显的阳性条带,大小约为60kDa,而BmSCRBQ4蛋白在两个组织中均有2条阳性条带,大小分别约为50kDa和57kDa（或55kDa）。这些结果表明,BmSCRBQ1基因的表达蛋白形式单一,大小稳定；而BmSCRBQ4基因的表达蛋白大小不一,形式各样,推测可能与组织特异性、蛋白糖基化程度或与其结构和功能的多样性有关。4.家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4蛋白的组织定位基于BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因在转录水平和蛋白水平上的表达结果,利用石蜡切片技术和免疫组织化学的方法在家蚕品种大造5龄第3天幼虫的组织（精巢、脂肪体、中部丝腺、血细胞和卵巢）中对两个基因表达的蛋白进行组织定位。结果表明,BmSCRBQ1蛋白主要存在于精巢的生精囊膜和内膜中、脂肪细胞的细胞膜上、中部丝腺丝腺细胞的内缘与外缘细胞膜上、血液中原白血球和颗粒细胞的细胞膜上以及卵巢中卵泡细胞的细胞膜区域中。而BmSCRBQ4蛋白则存在于在精巢的精原细胞的细胞膜和外膜中、脂肪细胞的细胞膜上和中部丝腺丝腺细胞的外缘细胞膜上,在血细胞和卵巢中未检测到BmSCRBQ4蛋白的阳性信号。在不同组织中的定位结果表明,两个蛋白主要分布在组织的组成膜和细胞的细胞膜上,推测其功能可能与各组织中脂类物质的流动和代谢、代谢产物和外源物的结合与吞噬、转运以及信号传递等活动有关。5.家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因真核表达蛋白结合细菌的初步研究将BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因ORF框全长序列克隆进哺乳动物细胞表达载体pcDNA3.1,构建重组载体,在HEK293细胞中进行表达,利用真核细胞表达系统在体外细胞水平上研究BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因的功能。转染结果表明,两个基因的重组载体都能在HEK293细胞中表达目的蛋白,表达的目的蛋白明显位于细胞的细胞膜区域。通过优化转染条件,重组载体的转染效率可保持在20%-30%。将FITC标记的大肠杆菌和金黄色葡萄球菌分别与转染后的细胞孵育,免疫荧光处理后在荧光显微镜下观察,发现两种细菌的部分菌体附于表达BmSCRBQ1、BmSCRBQ4蛋白的细胞边缘,推测两种蛋白可能均具有结合细菌的能力,对它们之间的结合关系尚需进一步研究。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 第一章 文献综述
• 1.1 概述
• 1.2 哺乳动物SR-B基因的研究
• 1.2.1 哺乳动物SR-B基因的鉴定与结构特征
• 1.2.2 哺乳动物SR-B基因的组织及细胞表达分布
• 1.2.3 哺乳动物SR-B基因的配体特异性
• 1.2.4 哺乳动物SR-B基因的表达与调控
• 1.2.5 哺乳动物SR-B基因的生理作用和机理
• 1.2.6 哺乳动物SR-B基因的功能
• 1.3 昆虫SR-B基因的研究
• 1.3.1 果蝇SR-B基因的研究
• 1.3.2 家蚕SR-B基因的研究
• 第二章 引言
• 2.1 研究背景
• 2.2 研究的目的和重要意义
• 2.3 主要研究内容
• 2.4 研究思路和实验技术路线
• 第三章 家蚕SR-B基因的生物信息学分析及其表达模式
• 3.1 材料与方法
• 3.1.1 生物材料与引物合成
• 3.1.2 数据库和基因组序列
• 3.1.3 分析的工具软件
• 3.1.4 分析方法
• 3.1.5 试剂和方法
• 3.2 结果与分析
• 3.2.1 家蚕SR-B基因的鉴定及序列同源性和结构分析
• 3.2.2 家蚕SR-B基因在染色体上的分布
• 3.2.3 家蚕SR-B超基因家族的系统发生分析
• 3.2.4 家蚕SR-B基因的表达模式
• 3.3 讨论
• 3.3.1 家蚕及其他昆虫SR-B基因的数量与进化
• 3.3.2 家蚕及其他昆虫SR-B基因的蛋白质结构特征
• 3.3.3 家蚕SR-B基因的表达与功能推测
• 第四章 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因的克隆、序列分析与鉴定
• 4.1 材料与方法
• 4.1.1 生物实验材料和引物合成
• 4.1.2 载体与菌株
• 4.1.3 基因序列分析软件
• 4.1.4 主要试剂及配制
• 4.1.5 主要仪器设备
• 4.1.6 方法与步骤
• 4.2 结果与分析
• 4.2.1 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因的克隆
• 4.2.2 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因的核苷酸与氨基酸序列分析
• 4.2.3 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因的结构分析
• 4.2.4 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因的蛋白质结构域分析
• 4.2.5 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因的蛋白质信号肽、跨膜区预测
• 4.3 结论与讨论
• 4.3.1 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因的蛋白质结构特征与鉴定
• 4.3.2 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因的蛋白结构域特征与功能分析
• 4.3.3 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因的结构分析
• 4.3.4 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因序列与日本发表的序列比较
• 第五章 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因的表达模式和组织定位研究
• 5.1 材料与方法
• 5.1.1 生物实验材料和引物合成
• 5.1.2 载体与菌株
• 5.1.3 主要试剂及配制
• 5.1.4 主要仪器设备
• 5.1.5 方法与步骤
• 5.2 结果与分析
• 5.2.1 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因在家蚕组织和发育时期的表达
• 5.2.2 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因在家蚕细胞中的表达
• 5.2.3 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因的抗原特性分析
• 5.2.4 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因原核表达重组质粒的构建
• 5.2.5 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因的原核表达与条件优化
• 5.2.6 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因原核表达蛋白的纯化与鉴定
• 5.2.7 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因抗体的制备与效价测定
• 5.2.8 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因抗原-抗体免疫印迹反应
• 5.2.9 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4蛋白在组织和细胞中的Western blotting检测
• 5.2.10 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4蛋白在组织中的定位
• 5.3 结论与讨论
• 5.3.1 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因的表达与功能分析
• 5.3.2 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因原核表达的特点
• 5.3.3 抗体制备
• 5.3.4 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4蛋白的免疫印迹反应
• 5.3.5 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4蛋白的组织分布与定位
• 第六章 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因真核表达蛋白结合细菌的初步研究
• 6.1 材料与方法
• 6.1.1 载体、细胞株和病原菌
• 6.1.2 主要试剂及配制
• 6.1.3 主要仪器设备
• 6.1.4 方法与步骤
• 6.2 结果与分析
• 6.2.1 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因哺乳动物细胞表达载体构建
• 6.2.2 FITC对细菌的标记效果
• 6.2.3 转染条件和效率
• 6.2.4 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4蛋白与细菌的结合实验
• 6.3 结论与讨论
• 6.3.1 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因在HEK293细胞中的表达特点
• 6.3.2 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4蛋白与细菌的结合作用
• 第七章 综合与结论
• 7.1 家蚕SR-B基因的生物信息学及表达模式分析
• 7.2 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因的克隆、序列分析及鉴定
• 7.3 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因的原核表达和抗体制备
• 7.4 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因的表达模式
• 7.5 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4蛋白的组织定位
• 7.6 家蚕BmSCRBQ1、BmSCRBQ4基因真核表达蛋白结合细菌的初步研究
• 论文的创新点
• 参考文献
• 附录
• 在读期间发表论文及参加课题一览表
• 参加的课题
• 致谢