SST、SSTR2、RETN基因多态性与中国黄牛生长及肉质性状关联分析

论文摘要

本试验以369头秦川牛、64头鲁西牛、53头西鲁F1（西门塔尔牛×鲁西牛）、68头南阳牛、67头夏南牛以及73头郏县红牛6个中国黄牛品种或类群共计694个个体为研究对象,采用PCR-SSCP的分子标记方法对SST基因、SSTR2基因和RETN基因的单核苷酸多态性进行了分析,并运用测序的方法对其目标基因的部分外显子及其相邻的内含子区域进行了序列分析,目的在于探索SST、SSTR2和RETN基因对肉牛的生长以及肉质性状的影响,为我国今后良种肉牛的选育提供一定的理论依据。研究结果如下: SST基因中,只在外显子1上发现了一处多态,外显子2和内含子在所研究品种中均未发现多态;SSTR2基因中,在外显子1上发现一处多态,其余位点均没有检测到多态;RETN基因中,在外显子2上检测到一处多态,其余外显子上均没有检测到多态。各位点的突变情况及不同基因型与生长和肉质性状的相关性分析结果如下:1. SST基因多态性和生长性状的关系SST基因目的片段PCR产物长度为234 bp,在其第1外显子上检测到一处多态,除鲁西牛有AA、AG、GG三种基因型外,其他黄牛品种或类群上都只有AA和AG两种基因型。测序结果显示,该多态的产生是由于SST基因第126bp处发生G→A碱基突变造成的,为谷氨酰胺的同义突变;χ2检验结果显示,6个黄牛品种或类群均处于Hardy-Weinberg平衡状态。相关分析结果发现,秦川牛品种中,在体斜长、腰角宽和坐骨端宽上,18月龄和30月龄牛AG型个体均显著高于AA型个体（P<0.05）;在体高上,18月龄秦川牛的AG型个体比AA型个体高,差异显著（P<0.05）;在坐骨端宽上,24月龄AG型个体显著高于AA型个体（P<0.05）;在体斜长和胸围上,AG型个体显著高于AA型个体,差异达到了极显著（P<0.01）;在其他性状上,AA和AG基因型个体之间没有发现显著性差异。鲁西牛品种中,在体斜长上GG型个体均高于AA型个体,差异显著（P<0.05）。西鲁F1（西门塔尔牛×鲁西牛）中,在体斜长和体高上,AG型个体均高于AA型个体,差异显著（P<0.05）,三个品种或类群中的其他生长指标差异均不显著。。2. SSTR2基因外显子1多态性与生长性状的关系通过PCR- SSCP检测,夏南牛上只检测到GG和GC两种基因型,其它品种或类群中都发现3种基因型GG、GC和CC;测序结果显示,扩增片段中存在一处碱基突变G339C,该突变导致了甲硫氨酸到异亮氨酸的改变。相关分析结果表明:秦川牛品种中,在体高和坐骨端宽上GG型个体显著高于CC型个体（P<0.05）;南阳牛品种中在体高方面,GG和GC基因型个体均高于CC基因型个体,差异极显著（P<0.01）;GG型个体的腰角宽显著高于CC型个体,差异显著（P<0.05）。其他指标个体之间差异均不显著。3.牛RETN基因第2外显子多态性及其与生长及肉质性状之间的关系通过PCR-SSCP检测,鲁西及西鲁F1（西门塔尔牛×鲁西牛）上只检测到TT和GC两种基因型,其它品种或类群中都发现3种基因型TT、TC和CC;测序结果显示,扩增片段中存在一处碱基突变T2528C,并导致异亮氨酸转变为苏氨酸。运用卡方检验对RETN基因T2528C位点在6个品种或类群牛中的基因型频率、等位基因频率、杂合子、有效等位基因数及多态信息含量进行了统计,结果发现,6个黄牛品种或类群中的多态性分布不统一,均处Hardy-Weinberg平衡状态。相关性分析表明:秦川牛品种中,在肌内脂肪含量上,TT基因型个体显著高于CC基因型个体（P<0.05）;在大理石花纹上,TT基因型个体显著高于TC基因型个体（P<0.05）。南阳牛品种中,在腰高上,CC基因型个体极显著高于TT基因型个体（P<0.01）;尻长上,CC基因型个体显著高于TT和TC基因型个体（P<0.05）。其它性状的基因型之间均无显著性差异。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 第一章 文献综述
• 前言
• 1.1 中国黄牛的选育进展
• 1.1.1 我国肉牛业发展概况
• 1.1.2 国内外肉牛选育概况
• 1.1.3 中国黄牛的分类及其优势
• 1.2 分子标记简介
• 1.2.1 分子标记研究进展
• 1.2.2 单核苷酸多态性（SNP）及其优势
• 1.3 候选基因的研究进展
• 1.3.1 SST 基因的研究现状
• 1.3.2 SSTR2 基因研究现状
• 1.3.3 RETN 基因研究概况
• 1.4 本研究的目的与意义
• 第二章 材料与方法
• 2.1 实验材料
• 2.1.1 实验动物及血样
• 2.1.2 体尺数据及肉质指标
• 2.2 主要仪器设备及试剂、溶液的配制
• 2.2.1 主要仪器设备
• 2.2.2 主要试剂与药品
• 2.2.3 溶液与缓冲液的配制
• 2.3 实验方法
• 2.3.1 DNA 的分离提取与鉴定
• 2.3.2 PCR 扩增体系
• 2.3.3 聚丙烯酰胺凝胶电泳分析
• 2.4 统计分析
• 2.4.1 相关数据计算
• 2.4.2 统计分析模型
• 第三章 SST 及SSTR2 基因多态性分析
• 3.1 基因组DNA 提取效果
• 3.2 SST 基因外显子1 的遗传多态性分析
• 3.2.1 SST 基因外显子1 PCR 扩增结果
• 3.2.2 SST 基因外显子1 PCR-SSCP 分析
• 3.2.3 SST 基因G126A 突变位点遗传多态性指标
• 3.2.4 G126A 对黄牛生长性状的影响
• 3.3 SST 基因第2 外显子遗传多态性分析
• 3.3.1 SST 基因第2 外显子PCR 扩增结果
• 3.3.2 SST 基因外显子2 SSCP 分析
• 3.4 SST 基因内含子遗传多态性分析
• 3.4.1 SST 基因内含子 PCR 产物检测
• 3.4.2 SST 基因内含子子SSCP 分析
• 3.5 SSTR2 基因遗传多态性分析
• 3.5.1 SSTR2 基因PCR 扩增产物检测
• 3.5.2 G339C 突变位点的PCR 扩增检测
• 3.5.3 SSTR2 基因G-339C 突变位点PCR-SSCP 分析
• 3.5.4 SSTR2 基因G-339C 突变位点多态性分析
• 3.5.5 SSTR2 基因G-2528C 突变位点对生长性状的影响
• 3.6 讨论
• 3.6.1 SST 基因和SSTR2 基因的多态性
• 3.6.2 SST 基因与生长性状的关系
• 第四章 RETN 基因遗传多态性分析
• 4.1 RETN 基因外显子1 遗传多态性分析
• 4.1.1 RETN 基因外显子1 PCR 产物检测
• 4.1.2 RETN 基因外显子1 SSCP 分析
• 4.2 RETN 基因外显子2 遗传多态性分析
• 4.2.1 RETN 基因外显子2 PCR 产物检测
• 4.2.2 RETN 基因外显子2 SSCP 分析
• 4.2.3 不同基因型序列测定及蛋白变异
• 4.2.4 RETN 基因T2528C 突变位点遗传多态性分析
• 4.2.5 T2528C 位点对黄牛生长及肉质性状的影响
• 4.3 RETN 基因外显子3 遗传多态性分析
• 4.3.1 RETN 基因外显子3 PCR 产物检测
• 4.3.2 外显子3 SSCP 分析
• 4.4 讨论
• 第五章 结论
• 参考文献
• 附录
• 致谢
• 作者简介