论文题目: 毛白杨维管系统再生过程中的基因表达分析
论文类型: 博士论文
论文专业: 林木遗传
作者: 王敏杰
导师: 张守攻,卢孟柱
关键词: 毛白杨,维管再生,木材形成,基因芯片,拟南芥
文献来源: 中国林业科学研究院
发表年度: 2005
论文摘要: 木材形成是一个复杂的生物学过程,是维管形成层生长和分化出次生组织的结果。植物的次生生长是高度有序的发育进程,涉及到维管形成层的活动样式及其所分化成的次生木质部和韧皮部。为研究木材形成关键发育时期的分子生物学事件,我们以毛白杨(Populus tomentosa)为研究对象,利用大面积树皮环剥的方法建立能模拟自然的维管形成层细胞发生和分化的维管再生实验系统,并结合扣除杂交技术、基因芯片方法分析了维管再生过程中的差异基因表达谱。主要结果如下: 建立了毛白杨维管再生实验系统。愈伤形成层在剥皮后第10 天开始发生,第14 天左右形成,第18 天已观察到形成层细胞的分化,而第22 天时已经分化出完整的木质部和韧皮部。整个再生过程仅需3 到4 周的时间。因此,再生实验系统包括了这些关键的发育转换期,将导致基因表达发生显著的变化。利用抑制性扣除杂交技术建立了毛白杨形成层区域vs 叶片组织的扣除cDNA文库,并藉此制备了包含1,197 个基因片段的cDNA 芯片。然后与毛白杨剥皮后不同时期样品进行杂交、比较分析,共得到227 个在维管组织不同再生阶段差异表达的基因,测序后与杨树基因组数据库和EST 数据库检索分析,初步鉴定了差异表达基因的生物学功能。在维管系统再生过程的形成层组织发生和发育期,差异表达基因包括钙调素、生长素诱导蛋白、可能与维管系统发育相关的nodulin 蛋白、一些具体功能未知的转录因子和信号转导分子以及初生壁相关的细胞壁相关蛋白,如扩张蛋白、伸展蛋白、富羟脯氨酸糖蛋白、羟甲基转移酶、富脯氨酸糖蛋白等。而在维管系统再生过程到了维管形成层分化出木质部和韧皮部的关键时期,差异表达基因包括可能与形成层发育和分化相关的MYB 家族等转录因子、蛋白激酶等信号转导分子。拟南芥在诱导的情况下也能进行一定程度的次生生长,能表达木本植物木材形成相关的关键基因。利用拟南芥ATH1 全基因芯片分析了毛白杨维管再生过程差异基因表达谱。通过连续样品两两比较分析,得到了差异表达的149 个基因,通过序列样品比较和SOM 聚类分析,得到了368 个在整个维管系统再生过程中表达模式发生显著变化的基因。可能参与形成层发生、发育和分化以及木质部发育相关的基因,包括生长素诱导蛋白,蛋白激酶、G 蛋白等信号转导相关蛋白,MYB、AP2、锌指结构域等转录因子等基因表达和调控因子的基因,也包括纤维素、果胶及其它细胞壁多糖生物合成相关基因以及扩张蛋白、伸展蛋白、富含羟脯氨酸糖蛋白等细胞壁蛋白基因。其分析结果与自制
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正文图表目录
摘要
Abstract
Abbreviations
第一章 文献综述
1. 木材形成的基础研究
1.1 引言
1.2 木材形成的生物学过程
1.2.1 维管组织的形成
1.2.2 次生壁的形成
1.2.3 木质素的生物合成
1.2.4 细胞程序性死亡与木材形成
1.2.5 心材的形成
1.3 木材形成的调控
1.3.1 次生生长的激素调控
1.3.2 次生生长的季节性周期
1.3.3 细胞骨架与次生壁形成
1.4 木材形成研究的基因组学方法
1.4.1 ESTs 比较分析
1.4.2 抑制性扣除杂交(SSH)
1.4.3 基因表达系列分析(SAGE)
1.4.4 基于cDNA-AFLP 技术的转录组分析
1.4.5 基于基因芯片的转录组分析
1.4.6 木材形成的蛋白质组学研究
1.5 木材形成研究的实验系统
1.5.1 Zinnia 研究系统与管状分子形成
1.5.2 桉树茎组织培养与心材形成(胼胝体形成)
1.5.3 棉纤维发育的活体和离体培养体系
1.5.4 植物整体系统
1.5.5 植物创伤系统
1.5.6 转基因植物系统与材性改良
1.5.7 拟南芥可以作为木材形成研究的模式植物
1.6 前景和展望
1.7 本论文研究的目的和意义
1.8 本论文实验系统及技术路线
第二章 毛白杨维管再生系统的建立及自制扣除cDNA 芯片分析
2.1 材料和方法
2.1.1 植物材料
2.1.2 样品的获取
2.1.3 再生过程的显微观察
2.1.4 总RNA 的提取
2.1.5 形成层区域扣除cDNA 文库的建立
2.1.6 形成层区域cDNA 基因芯片的制备
2.1.7 样品RNA 的荧光标记
2.1.8 芯片的杂交、清洗和扫描
2.1.9 芯片图像的采集与数据分析
2.1.10 差异片段的序列分析与功能预测
2.2 结果与分析
2.2.1 毛白杨维管再生实验系统的建立
2.2.2 毛白杨形成层区域扣除文库的构建与芯片制备
2.2.3 维管再生过程中不同时期RNA 的提取及标记
2.2.4 芯片的杂交与扫描
2.2.5 维管再生过程中不同时期的基因表达分析
2.3 讨论与展望
2.3.1 毛白杨维管再生实验系统的建立
2.3.2 基因表达模式与维管再生的关系
2.3.3 毛白杨维管再生过程中的基因表达调控网络
2.3.4 展望
2.4 结论
第三章 拟南芥基因芯片分析毛白杨维管再生过程中的基因表达
3.1 材料与方法
3.1.1 植物材料
3.1.2 样品的获取
3.1.3 RNA 的提取、cDNA 的合成及样品的生物素标记
3.1.4 拟南芥ATH1 全基因组芯片
3.1.5 芯片的杂交、显色、洗涤和扫描
3.1.6 芯片扫描结果的分析
3.2 结果与分析
3.2.1 毛白杨维管再生过程中不同时期样品总 RNA 的提取、cDNA 的合成及转录标记
3.2.2 基因芯片杂交、显色与扫描
3.2.3 单张基因芯片杂交结果的分析
3.2.4 维管再生不同时期样品的比较分析
3.2.5 维管再生过程中基因表达变化情况
3.2.6 拟南芥芯片分析结果与自制cDNA 芯片分析结果的比较
3.3 讨论与展望
3.3.1 维管再生不同时期样品的比较分析
3.3.2 维管再生过程中基因表达变化
3.3.3 拟南芥ATH1 芯片与毛白杨的跨物种杂交
3.3.4 ATH1 芯片分析结果与自制cDNA 芯片分析结果的比较
3.3.5 展望
3.4 结论
第四章 结论
4.1 毛白杨维管再生实验系统的建立
4.2 基因芯片分析毛白杨维管再生过程的基因表达
4.3 展望与后续研究要点
参考文献
致谢
发布时间: 2005-10-11
参考文献
- [1].多维色谱法分析毛白杨次生维管系统再生过程的蛋白质表达谱[D]. 陈军.中国林业科学研究院2006
- [2].纳升级液相色谱—串联质谱法分析毛白杨次生维管系统及其再生过程的蛋白质表达谱[D]. 陈加飞.中国林业科学研究院2010
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