单基因遗传病的突变筛查与分子遗传学分析

单基因遗传病的突变筛查与分子遗传学分析

论文摘要

肢端发育畸形是最高发的新生儿先天畸形之一。轴前多指Ⅱ型(preaxial polydactyly typeⅡ, PPD2)和非综合征型轴后多指(non-syndromic postaxial polydactyly)是肢端发育异常的两种,均呈常染色体显性遗传。PPD2患者的显著特征是拇指失去原有的两指节特征,变为与其他四指一样的三指节,有时伴有大脚趾的重复和并指;同一家系不同个体之间或同一个体不同手/足间常有表现度的差异。非综合征型轴后多指患者表现为在小指侧出现多余的指,而并无其他改变。本研究对本室在中国河北收集的1个PPD2家系和1个非综合征型轴后多指家系进行突变筛查,以期找到相应家系的致病突变。指的数目发育异常与肢体发育阶段前后轴的发育图式被打断有关。已有充分证据表明,PPD2的发生机理与其他有三指节拇指(triphalangeal thumb, TPT)表型的疾病相同,都是由SHH基因肢端特异的转录本在肢芽轴前区域(anterior)中的非正常表达相关。在基因水平上,这一异常表达是由于SHH基因上游1Mb之外的肢端特异的增强子ZRS (ZPA (zone of polarizing activity) regulatory sequence)中的突变所致。我们使用ZRS附近的微卫星位点对PPD2家系进行连锁分析和单体型分析。在两个微卫星位点得到大于3的LOD值,肯定了致病突变与ZRS所在的7q36区域的连锁关系。对ZRS区域进行突变筛查,发现一个杂合性改变(ZRS:404 G>C),使用等位基因特异PCR进行进行家系其他成员分析和群体筛查,发现所有患者均有此杂合性改变,而所有非患者(除一名肯定不外显者外)和64名无关个体均未见此改变。此突变与已报古巴家系中的改变(ZRS:404 G>A)位置相同,但改变不同。关于非综合征型轴后多指,目前已确定4个不同的基因座,其中仅有1个找到致病突变。我们根据生物信息学预测和基因功能分析等方法,在本室所定位的非综合征型轴后多指家系的候选区域内筛查了37个基因,均未见致病性改变。粘多糖贮积症ⅣA型(MPSⅣA; Morquio综合征A型)的主要临床表现为颈、胸、脊柱的畸形、角膜混浊和四肢多发性畸形。其遗传方式为常染色体隐性,致病基因GALNS位于16q24,由14个外显子组成,cDNA长1566bp,编码蛋白为N-乙酰半乳糖胺硫酸酯酶。目前国外已报道的致病突变超过150种,以错义/无义突变为主。所分析的19例MPSⅣA患者,由北京协和医院儿科遗传门诊临床诊断,并经酶学检验确诊。我们通过PCR技术分段扩增GALNS基因的外显子及其旁侧序列,或使用RT-PCR技术扩增cDNA的编码和调控区域,然后直接测序确定基因突变。我们先后鉴定出34个突变等位基因,属23种不同的突变形式。其中19种错义/无义突变、1种缺失突变和1种剪接位点突变是通过PCR扩增产物直接测序鉴定的,分别是:p. G21R、p. H142R、p. G155R、p. P163H、p.G167L、p. H236D、p. V257A、p. D288E、p.N289S、p. G290S、p. T312A、p. G316V、p. M318R、p. A324E、p.G340D、p. L366P、p.Q422K、p. F452L, p.Q422X, L36L37del和c.634-1G>A;除G290S、M318R、G340D和G155R为已知突变,分别首报于日本和保加利亚人种,其余17种突变目前未见报道。通过RT-PCR的方法检测到2个剪接位点突变,分别是c.567-1G>T和r.423566del,前者导致cDNA568至578位之间缺失11bp,后者导致跳跃外显子5的异常剪接。这些突变集中于第1、5、7、8、9、10和12号外显子。与已发表的文献相比较,本实验显示中国人MPSⅣA患者致病突变在GALNS基因上的分布较为集中,与高加索人种和日本人有较大差异。这些区域可作为中国人MPS IVA基因检测的热点区域。另一方面,应用RT-PCR扩增GALNS全长cDNA,可以更全面更直接地检测导致剪接位点改变和小缺失在内的各种突变。

论文目录

  • 第一部分
  • 摘要
  • Abstract
  • 前言
  • 1.1 多指畸形概述
  • 1.2 轴后多指研究现状
  • 1.3 三指节拇指类畸形研究进展
  • 1.4 本课题的目的
  • 材料与方法
  • 2.1 试剂
  • 2.2 仪器
  • 2.3 主要实验方法
  • 2.4 家系资料
  • 2.2 实验设计和技术路线
  • 结果
  • 3.1 轴前多指家系
  • 3.2 轴后多指基因分析结果
  • 讨论
  • 4.1 肢体的结构与发育
  • C是致病突变'>4.2 ZRS:404G>C是致病突变
  • 4.3 基因调控区碱基取代的形式与表型异质性相关
  • 4.4 轴后多指关键区域的排除性分析
  • 4.5 ZRS突变对轴后多指区域分析的启示
  • 4.6 肢端发育研究的前景
  • 小结
  • 参考文献
  • 第二部分
  • 摘要
  • Abstract
  • 前言
  • 1.1 MPS Ⅳ的临床表型
  • 1.2 MPS Ⅳ的流行病学调查
  • 1.3 MPS Ⅳ的分子机理
  • 1.4 MPS Ⅳ的诊断、治疗和存在的问题
  • 材料与方法
  • 2.1 研究对象
  • 2.2 试剂
  • 2.3 仪器
  • 2.4 实验设计
  • 2.5 实验方法
  • 结果
  • 3.1 PCR扩增结果
  • 3.2 RT-PCR扩增结果
  • 3.3 突变检测结果
  • 3.4 新突变的群体筛查
  • 3.5 生物信息学分析
  • 讨论
  • 4.1 粘多糖的代谢通路
  • 4.2 MPS Ⅳ发生的生化基础
  • 4.3 MPS ⅣA的分子遗传学研究
  • 4.4 MPS ⅣA突变检测研究进展
  • 4.5 中国患者新突变性质分析
  • 4.6 中国患者的突变谱
  • 小结
  • 参考文献
  • 综述:单基因遗传病突变筛查中的混杂因素
  • 致谢
  • 相关论文文献

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