牦牛褪黑激素合成酶AA-NAT、HIOMT基因cDNA克隆及序列分析

牦牛褪黑激素合成酶AA-NAT、HIOMT基因cDNA克隆及序列分析

论文摘要

褪黑激素(Melotonin,MLT)是调控动物季节性繁殖的重要神经类激素,褪黑激素四个合成酶中,5-羟色胺-N-乙酰基转移酶(AA-NAT)和羟基吲哚-氧-甲基转移酶(HIOMT)是合成褪黑激素中最关键的两个酶。AA-NAT控制MLT昼夜节律合成的速度,而HIOMT控制MLT合成昼夜节律的波动幅度。现已证实,褪黑激素的昼夜节律是由AA-NAT基因和HIOMT基因mRNA节律的变化控制着MLT酶活性相应节律的变化。AA-NAT基因和HIOMT基因的mRNA序列在许多动物上有报道,而牦牛是生长在青藏高原上典型的季节性繁殖动物,牦牛的AA-NAT和HIOMT基因的序列研究迄今未见报道。进行这类研究有助于从分子水平上阐明牦牛季节性发情的调控机制,并为牦牛生产中的繁殖调控提供理论依据。本研究应用比较基因组学的相关原理和方法,利用普通牛AA-NAT基因和HIOMT基因的mRNA序列,采用RT-PCR法,得到了牦牛相应基因的CDS全序列。结果显示:(1)在核苷酸序列上与普通牛之间的同源性分别为98.72%和89.19%;分别编码207和304个氨基酸残基,在氨基酸水平上与普通牛之间的同源性分别为99.04%和86.96%:(2)牦牛AA-NAT基因与普通牛序列相比,共发生8处核苷酸位点变异,共导致2处氨基酸变异;一处发生在蛋白激酶Ⅱ(CK2)结合位点处,为43位赖氨酸(K)→谷氨酸(E);另外一处发生在乙酰CoA结合位点基序A中,为128位组氨酸(H)→精氨酸(R)。但牦牛这两处氨基酸与人、绵羊、大鼠、鸡的氨基酸序列相同位点一致。(3)牦牛HIOMT基因与普通牛序列相比,共发生16处核苷酸位点变异,其中有11处发生在CDS区域,共导致4处氨基酸发生变异。同时在牦牛上发生了123bp的缺失,并通过基因组DNA测序证实了此处缺失为可变位点剪接,通过同源比对发现此处缺失为外显子7,但是还保留了最后一位密码子。

论文目录

  • 摘要
  • ABSTRACT
  • 前言
  • 第一章 文献综述
  • 1 牦牛的分布与繁殖性能
  • 1.1 牦牛分布区的生态特点
  • 1.2 牦牛的繁殖性能
  • 2 褪黑激素
  • 2.1 褪黑激素与繁殖的关系
  • 2.2 MLT的作用部位和作用机制
  • 2.2.1 垂体
  • 2.2.2 下丘脑
  • 2.2.3 性腺
  • 3 AA-NAT基因
  • 3.1 AA-NAT基因产物的结构
  • 3.2 人的AA-NAT基因的结构,染色体定位
  • 3.3 牛的AA-NAT基因的结构,染色体定位
  • 3.4.绵羊AA-NAT基因
  • 3.5.AA-NAT基因的表达
  • 3.6 AA-NAT基因表达的节律性
  • 3.7 AA-NAT基因的调控
  • 4 HIOMT基因
  • 4.1 HIOMT基因的其结构
  • 4.2 HIOMT基因的表达
  • 4.3 HIOMT基因的调控
  • 5 可变位点剪接
  • 5.1 AS基因及其剪接形式的识别
  • 5.2 AS的功能与调控研究
  • 第二章 材料与方法
  • 1 材料
  • 1.1 样品的采集
  • 1.2 实验主要仪器
  • 1.3 网络资源及应用软件
  • 1.4 主要试剂
  • 1.5 常用试剂的配制
  • 2 方法
  • 2.1 总RNA的提取
  • 2.2 RNA的检测
  • 2.3 引物设计
  • 2.4 反转录反应cDNA第一条链合成
  • 2.4.1 按下列组分配制RT反应液
  • 2.4.2 反转录反应条件
  • 2.5 PCR扩增
  • 2.5.1 反应体系
  • 2.5.2 反应条件
  • 2.6 组织DNA提取
  • 2.7 DNA浓度检测
  • 2.8 基因组DNA引物设计
  • 2.9 反应体系
  • 2.10 反应条件
  • 2.11 PCR扩增产物的胶回收
  • 2.12 RT-PCR产物克隆
  • 2.12.1 RT-PCR产物与PMD18-T载体连接
  • 2.12.2 连接产物的转化
  • 2.13 扩增子鉴定
  • 2.14 质粒提取
  • 2.15 测序
  • 2.16 序列生物信息学分析
  • 2.16.1 序列分析及基因进化分析
  • 2.16.2 氨基酸组成、分子量、等电点分析
  • 2.16.3 信号肽分析
  • 2.16.4 跨膜区分析
  • 2.16.5 疏水性分析
  • 2.16.6 蛋白质二级结构预测
  • 2.16.7 蛋白质三级结构预测
  • 第三章 结果与分析
  • 1 AA-NAT基因克隆和序列分析
  • 1.1 松果体组织中总RNA的提取
  • 1.2 AA-NAT基因RT-PCR扩增
  • 1.3 AA-NAT基因胶回收
  • 1.4 AA-NAT基因重组菌液PCR的鉴定
  • 1.5 AA-NAT基因序列分析
  • 1.5.1 AA-NAT基因的序列测定及同源性分析
  • 1.5.2 AA-NAT基因的序列与普通牛的分析
  • 1.5.3 AA-NAT基因的氨基酸序列与黄牛的氨基酸比对
  • 1.5.4 AA-NAT基因调控位点分析
  • 1.5.5 AA-NAT基因的分子进化分析
  • 1.5.6 AA-NAT基因编码蛋白质的组成、分子量、等电点的分析
  • 1.5.7 AA-NAT编码蛋白疏水性分析
  • 1.5.8 AA-NAT编码蛋白信号肽分析
  • 1.5.9 AA-NAT编码蛋白跨膜结构分析
  • 1.5.10 AA-NAT编码蛋白糖基化位点预测
  • 1.5.11 AA-NAT编码蛋白质二级结构预测
  • 1.5.12 AA-NAT编码蛋白质三级结构预测
  • 2 HIOMT基因克隆
  • 2.1 松果体组织中总RNA的提取
  • 2.2 HIOMT基因RT-PCR扩增
  • 2.3 HIOM基因胶回收
  • 2.4 HIOMT基因重组菌液PCR的鉴定
  • 3 牦牛、藏黄牛基因组HIOMT片段克隆
  • 3.1 牦牛、藏黄牛基因组DNA的提取
  • 3.2 牦牛、藏黄牛基因组PCR扩增
  • 3.3 牦牛、藏黄牛基因组PCR产物胶回收
  • 3.4 牦牛、藏黄牛重组菌液PCR鉴定
  • 3.5 HIOMT基因序列分析
  • 3.5.1 HIOMT基因的序列测定及同源性分析
  • 3.5.2 牦牛HIOMT基因与牛、藏黄牛、犏牛的核酸序列分析
  • 3.5.3 牦牛基因组HIOMT基因与牛、藏黄牛、犏牛的核苷酸序列分析
  • 3.5.4 牦牛HIOMT基因的氨基酸序列与黄牛的氨基酸比对
  • 3.5.5 HIOMT基因的分子进化分析
  • 3.5.6 牦牛HIOMT基因编码蛋白质的组成、分子量、等电点的分析
  • 3.5.7 牦牛HIOMT基因编码蛋白疏水性分析
  • 3.5.8 牦牛HIOMT基因编码蛋白信号肽分析
  • 3.5.9 HIOMT基因编码蛋白跨膜结构分析
  • 3.5.10 牦牛HIOMT基因编码蛋白糖基化位点预测
  • 3.5.11 HIOMT基因编码蛋白二级结构预测
  • 3.5.12 HIOMT基因编码蛋白三级结构预测
  • 第四章 讨论
  • 1 AA-NAT基因的调控
  • 2 HIOMT基因的可变位点剪接
  • 3 HIOMT基因的调控
  • 第五章 结论
  • 参考文献
  • 致谢
  • 攻读硕士期间发表的论文
  • 相关论文文献

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