丹参SmTCTP基因的克隆及其功能的初步研究

丹参SmTCTP基因的克隆及其功能的初步研究

论文摘要

翻译控制肿瘤蛋白(Translationally controlled tumor protein,TCTP),又称P21(小鼠TCTP)、P23(人TCTP)、Q23,是一类广泛存在于动物、植物和酵母中在序列上高度保守且有很高同源性的蛋白家族。早期研究认为TCTP是一类生长相关蛋白,近年来,在动物的研究中发现TCTP具有非常重要的生物学功能,能调节细胞周期的进程,抑制细胞恶性转移。此外,该蛋白具有钙结合能力,能促进细胞外组胺释放,具有抗凋亡及抗疟疾等作用。有关TCTP在植物中生物学功能的研究尚未见报道。鉴于此,本论文以唇形科鼠尾草属多年生草本植物丹参(Salviamiltiorrhiza Bunge)为材枓,克隆丹参翻译控制肿瘤蛋白基因SmTCTP,研究该基因在植物体内的表达特征,采用过表达和RNAi等方法对该基因的功能进行初步研究,为进一步阐明植物中TCTP基因的功能奠定基础。主要研究结果如下:1.利用RT-PCR的方法克隆获得丹参翻译控制肿瘤蛋白基因(SmTCTP),Genbank注册号为:EU182720,该基因开放读码框长为507bp,编码168个氨基酸,序列比对结果显示SmTCTP与其它植物中的TCTP序列具有较高的相似性(大于80%),且含有TCTP家族的两个特征结构区和微管结合区、钙离子结合区等保守功能域。此外,从DNA水平克隆获得该基因全长1619 bp,通过与cDNA比对发现其由5个外显子和4个内含子组成,内含子插入的位置与拟南芥相似,且内含子两端具有GT/AG保守序列。2.利用TargetP、TMHMM、Protscale、SOPMA和SWISS-MODEL等在线生物信息学软件分析了SmTCTP的导肽、跨膜结构域、亲水/疏水性、蛋白质二级结构与三级结构等。结果表明SmTCTP不存在导肽酶切位点,不具导肽,说明它是一种胞浆蛋白;不存在跨膜结构域;整条蛋白表现出亲水性;α-螺旋、β-折叠片和无规卷曲是SmTCTP的主要结构元件,其三级结构在空间布局上折叠成勺子状,α-螺旋和延伸链构成勺子的底部,而勺子的柄部主要由无规卷曲构成。3.利用real-time quantitative RT-PCR分析该基因在丹参不同器官和不同诱导条件下的表达,结果显示该基因在根、茎、叶中均有不同程度的表达,其表达丰度在叶中最高,茎、根次之。SmTCTP的表达可受NaCl、Cu2+、机械损伤等多种因素的影响,其中400 mmol/L的NaCl溶液可显著影响SmTCTP的表达;500 mg/L的CuSO4溶液处理在短时间内可降低SmTCTP的表达量,处理4 h时SmTCTP的表达量降至最低;创伤处理后SmTCTP表达量先迅速增加然后减小呈现波动趋势,上述结果表明SmTCTP参与了机体对体外刺激的应答过程。4.构建SmTCTP基因过表达及敲除载体pSmTCTP1和pSmTCTP2,利用农杆菌介导的叶盘转化法转化丹参,经60 mg/L卡那霉素筛选以及PCR检测获得了9株阳性过表达植株和21株叶性RNAi植株,转化效率高达到67.7%。进一步分别对转化植株进行SmTCTP的表达分析检测,结果显示RNAi植株中SmTCTP的表达量均明显下降,而过表达植株中只有部分植株显示出基因的过表达。在正常培养条件下,阳性植株与对照植株在表型上无显著差别;在添加40 mmol/LNaCl的1/2MS培养基上,转化植株在第五天开始生根,表现出生根早和生根长的特征;在添加50 mg/L CuSO4的1/2MS培养基上,对照植株第十天开始生根且生长缓慢,转化植株表现出叶片变褐,不生根等异常表型。从而说明SmTCTP参与了丹参对NaCl与CuSO4胁迫的响应过程。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 第1章 文献综述
  • 1.1 丹参的研究现状
  • 1.1.1 丹参的主要化学成分及药理作用
  • 1.1.2 丹参的生物技术研究现状
  • 1.2 翻译控制肿瘤蛋白(TCTP)基因的研究现状
  • 1.2.1 翻译控制肿瘤蛋白(TCTP)的发现
  • 1.2.2 TCTP蛋白的结构
  • 1.2.3 TCTP基因的结构
  • 1.2.4 TCTP基因的分布与调节
  • 1.2.5 TCTP的生物学特性与功能
  • 1.2.6 TCTP在植物中的研究进展
  • 1.3 本研究的目的与意义
  • 第2章 材料
  • 2.1 植物材料
  • 2.2 菌株与质粒
  • 2.3 酶与各种生化试剂
  • 2.4 常用缓冲液及培养基配方
  • 2.4.1 MS培养基配方
  • 2.4.2 CTAB(2×)
  • 2.4.3 LB培养基(1L)
  • 2.4.4 50×TAE缓冲液
  • 2.4.5 TE缓冲液
  • 2.5 引物
  • 2.6 仪器
  • 第3章 方法
  • 3.1 丹参翻译控制肿瘤蛋白基因(SmTCTP)的克隆
  • 3.1.1 SmTCTP基因序列的获得
  • 3.1.2 丹参总RNA的提取
  • 3.1.3 cDNA第一链的获得
  • 3.1.4 PCR扩增SmTCTP基因cDNA序列
  • 3.1.5 植物基因组DNA的提取
  • 3.1.6 PCR扩增SmTCTP基因DNA序列
  • 3.1.7 PCR扩增产物纯化及克隆的步骤
  • 3.2 SmTCTP的生物信息学分析
  • 3.3 SmTCTP基因的表达分析
  • 3.3.1 SmTCTP基因在丹参不同部位的表达
  • 3.3.2 不同胁迫条件下SmTCTP基因的表达分析
  • 3.4 SmTCTP基因过表达载体和RNAi载体的构建
  • 3.4.1 SmTCTP基因过表达载体的构建
  • 3.4.2 SmTCTP基因RNAi载体的构建
  • 3.4.3 过表达载体和RNAi载体转化农杆菌
  • 3.5 SmTCTP基因过表达载体和RNAi载体的遗传转化
  • 3.5.1 农杆菌的活化
  • 3.5.2 外植体的预培养
  • 3.5.3 浸染及共培养
  • 3.5.4 选择培养
  • 3.5.5 不定芽生根及植株再生
  • 3.6 阳性植株的分子检测
  • 3.6.1 PCR检测
  • 3.6.2 SmTCTP基因表达水平的检测
  • 第4章 结果与讨论
  • 4.1 SmTCTP基因的克隆及其生物信息学分析
  • 4.1.1 SmTCTP基因的克隆及结构分析
  • 4.1.2 SmTCTP导肽的分析和预测
  • 4.1.3 SmTCTP跨膜结构域的预测和分析
  • 4.1.4 SmTCTP亲水性/疏水性的预测和分析
  • 4.1.5 SmTCTP二级及三级结构的预测和分析
  • 4.2 SmTCTP基因在丹参不同部位及不同胁迫条件下的表达分析
  • 4.2.1 SmTCTP基因在丹参不同部位的表达
  • 4.2.2 SmTCTP基因在不同胁迫条件下的表达
  • 4.3 SmTCTP基因过表达载体的构建
  • 4.4 SmTCTP基因RNAi载体的构建
  • 4.5 转化植株的分子生物学检测
  • 4.5.1 PCR检测
  • 4.5.2 SmTCTP基因表达水平的检测
  • 4.5.3 转化植株的表型分析
  • 4.6 讨论
  • 4.6.1 SmTCTP基因的克隆
  • 4.6.2 SmTCTP基因的表达调控
  • 4.6.3 基因功能的研究方法——基因的过表达和RNAi技术
  • 4.6.4 DNA的甲基化
  • 4.6.5 农杆菌介导的丹参遗传转化
  • 第5章 总结
  • 参考文献
  • 致谢
  • 攻读学位期间的研究成果
  • 相关论文文献

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