四个牦牛品种MC1R基因多态性的研究

论文摘要

为探索牦牛MC1R基因多态性的相关信息，选取甘南牦牛、天祝白牦牛、青海高原牦牛、大通牦牛4个品种共408头个体为研究对象，采用PCR-SSCP方法分析牦牛MC1R基因部分序列的基因多态性。结果表明：与GenBank中牛MCIR基因序列（登录号: AF445641.1）比对发现：牦牛MC1R基因有6个SNP，分别是3589处C/A、624处T/C、3804处A/C、3891处C/G、3912处C/T、3120处G/A的替换。P2片段产生了三个基因型：AA、BB和AB，四中牦牛的优势基因型都是AA；P3片段产生了6个基因型：CC、DD、EE、CD、CE和DE，四个牦牛品种中CD、CE和DE三种基因型在青海高原牦牛和大通牦牛中占主要优势，这三种基因型频率总和在青海高原牦牛和大通牦牛群体中分别是0.778和0.781。DD和CD两基因型是甘南牦牛群里中的优势基因型，其基因型频率分别是0.351和0.328。天祝白牦牛中优势基因型是DD，其基因型频率是0.500。P4片段产生了3个基因型:FF、GG和FG，四种牦牛品种的优势基因型都是FG，其中天祝白牦牛FG基因型频率达到了1.000，青海高原牦牛、甘南牦牛和大通牦牛的FG基因型频率分别是0.833、0.586和0.745。P2片段中四种牦牛MC1R基因的多态信息含量（PIC）都处于中度多态（0.25<PIC<0.5）；P3片段中青海高原牦牛和大通牦牛的多态信息含量（PIC）处于高度多态（PIC>0.5），甘南牦牛和天祝白牦牛的多态信息含量（PIC）处于中度多态（0.25<PIC<0.5）； P4片段四种牦牛多态信息含量（PIC）都处于中度多态（0.25<PIC<0.5）。

论文目录

• 摘要
• Summary
• 第一章 文献综述
• 1 牦牛概述
• 1.1 牦牛的生物学特征
• 1.2 牦牛产肉、产乳性能
• 1.3 牦牛产毛性能
• 2 MC1R 基因概述
• 2.1 MC1R 分子结构
• 2.1.1 N 端结构特征
• 2.1.2 膜外环区域
• 2.1.3 胞内 C 端结构特点
• 2.2 MC1R 基因的作用机理
• 2.2.1 猪的 MC1R 基因
• 2.2.2 犬的 MC1R 基因
• 2.2.3 人的 MC1R 基因
• 2.2.4 牛的 MC1R 基因
• 2.2.5 家禽的 MC1R 基因
• 2.2.6 羊驼的 MC1R 基因
• 2.2.7 鼠的 MC1R 基因
• 2.2.8 绵羊的 MC1R 基因
• 2.3 基因的多态性
• 2.3.1 等位基因多态性产生的机制
• 2.3.2 产生多态性的原因
• 2.4 分子生物学技术
• 2.4.1 DNA 凝胶电泳技术
• 2.4.2 聚合酶链反应（PCR）技术
• 2.4.3 PCR-SSCP 技术
• 3 牦牛 MC1R 的研究状况
• 4 本研究的目的和意义
• 第二章 四个地方品种牦牛 MC1R 基因多态性分析
• 1 材料和方法
• 1.1 试验材料
• 1.2 主要试剂
• 1.3 主要仪器设备
• 1.4 分析软件
• 1.5 溶液试剂配制
• 2 主要试验步骤
• 2.1 牦牛基因组 DNA 的提取及检测
• 2.1.1 牦牛基因组 DNA 的提取
• 2.1.2 DNA 质量检测
• 2.2 牦牛 MC1R 基因的 PCR 扩增
• 2.2.1 引物设计
• 2.2.2 引物的稀释
• 2.2.3 PCR 最佳反应条件
• 2.2.4 PCR 扩增产物检测
• 2.3 MC1R 基因的 SSCP 分析
• 2.3.1 非变性型聚丙烯酰胺凝胶电泳
• 2.3.2 非变性型聚丙烯酰胺凝胶电泳凝胶制备及电泳
• 2.3.3 硝酸银染色
• 2.3.4 判断等位基因型
• 2.4 DQA2 基因的克隆测序
• 2.5 序列分析
• 2.6 数据统计分析
• 第三章 结果与分析
• 1 牦牛基因组 DNA 的检测结果
• 2. 牦牛 MC1R 基因的 PCR-SSCP 检测结果
• 2.1 P1 片段的检测结果
• 2.1.1 P1 片段的 PCR 扩增结果
• 2.1.2 P1 片段的 PCR-SSCP 检测结果
• 2.2 P2 片段的检测结果
• 2.2.1 P2 片段的 PCR 扩增结果
• 2.2.2 P2 片段的 PCR-SSCP 检测结果
• 2.2.3 P2 片段不同基因型序列分析
• 2.3 P3 片段的检测结果
• 2.3.1 P3 片段的 PCR 扩增结果
• 2.3.2 P3 片段的 PCR-SSCP 检测结果
• 2.3.3 不同基因型序列分析
• 2.4 P4 片段的检测结果
• 2.4.1 P4 片段的 PCR 扩增结果
• 2.4.2 P4 片段的 PCR-SSCP 检测结果
• 2.4.3 P4 片段不同基因型序列分析
• 3 MC1R 基因各片段的基因频率和生物多态性指标
• 3.1 MC1R 基因各片段的等位基因频率和基因型频率
• 3.1.1 P2 片段的等位基因频率和基因型频率
• 3.1.2 P3 片段的等位基因频率和基因型频率
• 3.1.3 P4 片段的等位基因频率和基因型频率
• 3.2 MC1R 基因各片段的生物多态性指标
• 第四章 讨论
• 1 SSCP 分析方法可靠性讨论
• 2 引物设计与 PCR 扩增的讨论
• 3 MC1R 基因的 SSCP 检测和辨型
• 4 MC1R 基因多态性的研究
• 5 MC1R 基因的基因型和基因型频率
• 6 MC1R 基因的遗传多态性指标分析
• 第五章 结论
• 致谢
• 参考文献
• 个人简介
• 导师简介