鸵鸟基因组DNA RAPD指纹多态性研究及应用

论文摘要

本试验以从鸡,鸭及鸵鸟组织中提取的总DNA为研究对象,并在屠宰后的不同时间对在4℃冰箱中保存的三种禽类组织进行DNA提取和纯化。用随机引物扩增多态性（RAPD）方法对所得总DNA进行扩增,利用对产物进行电泳、分离和染色来检测扩增产物DNA片段的多态性。旨在为利用RAPD法鉴别不同禽类的组织提供一些理论依据,并为用RAPD法鉴别鸵鸟组织的方案进行了一系列探索。本实验分为三个系列:系列Ⅰ三种种禽类组织中总DNA的提取和纯化。本试验采取常规苯酚抽提方法对三种禽组织中的总DNA进行提取和纯化。所得DNA分子无论分子量和纯度均符合RAPD扩增实验要求。随着组织在4℃下储藏时间的增加,所提取的DNA分子的完整度逐渐降低。系列Ⅱ三种禽类DNA特征指纹的构建和比较。本实验采用RAPD法对所得DNA进行处理。采用琼脂糖凝胶电泳、分离、染色法来构建所得DNA的指纹图谱.在本实验中,选出了4种随机引物,通过RAPD法均在鸡,鸭,鸵鸟三种禽类基因组DNA中稳定扩增且具有明显的多态性及种间特征性。系列Ⅲ组织储藏时间对构建三种禽类DNA指纹图谱的影响。随着组织在4℃下储藏时间的增加,所提取的DNA分子的完整度逐渐降低。DNA分子降解过程并非与组织储藏时间呈线性关系,其中,在第5-9d降解最剧烈。第9d后组织总DNA降解速度基本上已经处于一种十分缓慢的水平,降解已经变得不明显。但是RAPD指纹图谱的带型和分辨率并不随着总DNA分子量的下降而急剧下降,仅仅在某些条带的亮度上有微小变化。至少在4℃储存时间少于15d的组织,其DNA降解程度,不影响RAPD指纹图谱的分辨率。根据本实验结果和分析,用RAPD法制作的图谱,不同禽类之间多态性明显,多态性信息丰富,数据分析结果显示,RAPD指纹体现的禽类之间多态性特征同其他指纹标记的多态性特征基本一致。如果用于组织鉴别,RAPD指纹图谱具有足够的多态性条带和种内特征性条带,且操作简单,耗费较低。故RAPD法是鉴别鸵鸟和其他禽类组织的最佳选择。在本实验中找到了4种可以在鸡,鸭,鸵鸟三种禽类基因组DNA中稳定扩增且具有明显的多态性及种间特征性的寡核苷酸引物,且所得到的RAPD指纹图谱的分辨率在相当长的时间（最少15d）内不受常规储存方法（4℃下储藏）的影响。故通过建立RAPD指纹图谱,至少可以有效区分鸵鸟与鸡,鸭两种禽类的组织。鸵鸟与其他禽类组织,也可以通过用实验中的类似方法筛选合适的寡核苷酸引物,从而建立标准的RAPD方法有效地进行鉴别。

论文目录

致谢

摘要

1. 文献综述

1.1 生物多样性

1.1.1 生物多样性的起源

1.1.2 生物多样性的检测

1.2 DNA 分子的多态性

1.2.1 DNA 多态性的发现

1.2.2 DNA 分子多态性起源

1.2.3 DNA 分子多态性的分类和特点

1.3 DNA多态性的检测技术与指纹图谱技术的发展历程

1.3.1 RFLP 技术

1.3.2 RAPD 技术

1.3.3 AFLP 技术

1.3.4 主要的重复顺序标记技术

1.4 与DNA多态性分析有关的基本计算

2 引言

3 材料与方法

3.1 组织总 DNA 的提取

3.1.1 材料

3.1.1.1 样品及来源

3.1.1.2 试剂与药品

3.1.1.3 仪器与器材

3.1.2 方法

3.2 三种禽类 DNA RAPD 特征指纹的构建和比较

3.2.1 实验材料

3.1.1.1 样品

3.1.1.2 试剂与药品

3.1.1.3 器材

3.2.2 方法

3.2.2.1 PCR 反应

3.2.2.2 电泳

3.2.2.3 RAPD 指纹图谱分析

3.3 探索组织储藏时间对构建三种禽类 DNA 指纹图谱的影响

3.3.1 实验材料

3.3.1.1 样品

3.3.1.2 药品与试剂

3.3.1.3 器材

3.3.2 方法

3.3.2.1 降解组织 DNA 的提取

3.3.2.2 制作降解组织 DNA 的 RAPD 指纹图谱

3.3.2.3 分析组织 DNA 随着储藏时间的降解情况

3.3.2.4 分析 RAPD 指纹图谱的分辨率随组织降解的变化情况

4 结果与分析

4.1 三种种禽类组织中 DNA 的提取和纯化

4.2 三种禽类 DNA RAPD 特征指纹的构建

4.3 各样品间遗传相似性分析

4.4 三种禽类之间遗传距离分析

4.5 RAPD 指纹图谱的分辨率随时间的变化分析

5 讨论

5.1 DNA提取

5.2 RAPD扩增

5.3 遗传多态性分析

5.4 RAPD 指纹图谱的分辨率随时间的变化分析

6. 结论

参考文献

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