论文题目: 猪H-FABP基因分子遗传多态性及其与肌内脂肪含量的关联分析
论文类型: 博士论文
论文专业: 动物遗传育种与繁殖
作者: 杨文平
导师: 周忠孝
关键词: 肉质性状,基因,多态性,肌内脂肪含量
文献来源: 山西农业大学
发表年度: 2005
论文摘要: 猪的肌内脂肪含量是重要的肉质性状。研究表明,心脏脂肪酸结合蛋白（Heart fatty acid-binding protein,H-FABP）基因是影响肌内脂肪含量的侯选基因。本研究选用马身猪、山西白猪、大白猪、长白猪、杜洛克猪五个猪种以及大白猪×山西白猪（简称大山猪）、杜洛克猪×山西白猪（杜山猪）、大白猪×马身猪（大本猪）、杜洛克猪×马身猪（杜本猪）四个杂种猪群为实验动物群体,采用PCR-RFLP及PCR-SSCP分析方法研究H-FABP基因的遗传变异,并运用最小二乘法拟合线性模型,对所发现的多态位点与猪肌内脂肪含量的关系进行了分析。 1.应用PCR-RFLP方法对上述猪群H-FABP基因5′-上游区和第二内含子的遗传变异进行了研究。结果表明:（1） 在5′-上游区的Hinf Ⅰ-RFLP位点上,五个品种都有变异,马身猪表现出Hh、hh两种基因型;对于杂种猪群,杜山猪均表现为HH型,大本猪表现为HH、Hh两种基因型。（2） 在第二内含子区域的Hinf Ⅰ-RFLP位点上,所有猪群都表现出多态性,马身猪只有BB、Bb两种基因型。（3） 在第二内含子内的Hae Ⅲ-RFLP位点上,马身猪均表现为DD型,其余猪群都表现出多态性,大本猪和杜本猪检测到DD、Dd两种基因型。（4） 马身猪在三个位点的基因频率明显以D、h、B占有优势,其频率分别为1.0000、0.9727和0.9667。（5） 培育中的品系山西白猪在三个位点均表现出多态性。等位基因H的频率较高,达0.7595,等位基因D、B的频率较低,分别为0.2476和0.2423。 2.根据GenBank上公开发表的相关的猪H-FABP基因序列设计特异性扩增引物P3-P8,应用PCR-SSCP分析方法在H-FABP基因上发现P4-SSCP多态位点,该位点上具有两个等位基因A和B。序列测定的结果表明,P4-SSCP的变异是由碱基C→T的替换造成的。 3.成功扩增出猪H-FABP基因intron 3的全序列,全长1350 bp,已向GenBank提交,检索号为DQ 002993。根据序列测定结果设计引物P10,扩增其中255 bp的片段,应用PCR-SSCP分析发现P10-SSCP多态位点,该位点上具有两个等位基因A和B。序列
论文目录:
中文摘要
前言
第一章 文献综述
1 影响猪肉质的因素
1.1 肉质的定义
1.2 猪肉质的评定
1.2.1 肉色
1.2.2 肌肉的pH
1.2.3 系水力
1.2.4 肌内脂肪含量
1.2.5 嫩度
1.2.6 风味
1.3 猪主要肉质性状遗传参数估计
1.3.1 肉质性状的遗传力
1.3.2 肉质与其他经济性状的遗传相关
1.4 影响猪肉质的因素
1.4.1 遗传因素
1.4.2 营养因素
1.4.3 环境因素
2 猪心脏脂肪酸结合蛋白基因研究进展
2.1 脂肪酸结合蛋白家族概述
2.2 H-FABP基因结构与定位
2.3 猪H-FABP基因的遗传变异研究
2.4 H-FABP基因的遗传多态性与部分生产性能关系的研究
2.5 研究前景及展望
3 分子遗传标记研究进展
3.1 分子遗传标记的定义
3.2 分子遗传标记的种类、原理和特点
3.2.1 限制性片段长度多态性
3.2.2 小卫星和微卫星DNA
3.2.3 随机扩增多态性DNA
3.2.4 扩增片段长度多态性
3.2.5 单核苷酸多态性
3.2.6 聚合酶链式反应—单链构象多态性
3.3 分子遗传标记的应用
3.3.1 杂种优势研究
3.3.2 个体或品种鉴别及亲缘关系分析
3.3.3 构建基因图谱
3.3.4 检测与定位数量性状主基因
3.3.5 分子标记辅助保护动物遗传资源
3.4 结语
4 本研究的主要目标与内容
第二章 材料与方法
1 实验材料
1.1 实验猪来源及采样方法
1.2 主要仪器设备
1.3 工具酶及主要试剂
1.4 主要药品及试剂的配制
1.4.1 提取DNA所用的相关试剂
1.4.2 琼脂糖、聚丙烯酰胺凝胶电泳所用的有关试剂
1.4.3 PCR引物溶液的配制
1.5 PCR扩增所用的引物
1.6 分析工具软件及功能网站
2 实验方法
2.1 猪耳组织基因组DNA的提取
2.2 DNA浓度和纯度的检测
2.3 PCR扩增
2.3.1 优化PCR反应条件
2.3.2 PCR产物琼脂糖凝胶电泳
2.3.3 PCR-RFLP分析
2.3.4 PCR-SSCP分析
2.3.5 PCR产物的纯化
2.3.6 PCR产物的测序
2.4 肌内脂肪含量的测定
2.5 统计分析方法
2.5.1 基因频率和基因型频率计算
2.5.2 不同位点遗传多态性分析
2.5.3 基因效应的统计分析
第三章 结果与分析
1 基因组DNA的提取
2 PCR扩增结果
3 PCR产物的酶切结果
4 PCR-SSCP结果
5 H-FABP基因内含子3及有多态性基因片段的测序
5.1 H-FABP基因内含子3的测序
5.2 对有多态性基因片段的测序
6 各位点遗传多态性分析
6.1 H-FABP基因PCR-RFLPs分析
6.2 H-FABP基因PCR-SSCP分析
7 H-FABP基因与肌内脂肪含量的关联性分析
第四章 讨论
1 基因组DNA的提取
2 PCR扩增效果
2.1 模板DNA质量和浓度
2.2 退火温度和时间
2.3 引物浓度
2.4 Mg~(2+)浓度
2.5 扩增片段长度
2.6 循环次数
3 PCR-RFLP分析
4 PCR-SSCP分析
4.1 PCR-SSCP的影响因素
4.1.1 PCR产物的长度
4.1.2 凝胶的浓度
4.1.3 交联度
4.1.4 电泳条件
4.1.5 染色
4.2 SSCP基因型的判定
5 对PCR扩增产物的测序
6 H-FABP基因的群体遗传变异分析
6.1 H-FABP基因各位点的多态性
6.1.1 PCR-RFLP研究
6.1.2 PCR-SSCP研究
6.2 H-FABP基因的群体遗传学特征
7 H-FABP基因与肌内脂肪含量的关联性分析
8 H-FABP基因新标记的探索
9 有待研究的问题
第五章 结论
参考文献
Abstract
附录
致谢
发布时间: 2005-08-31
参考文献
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