快速确定丙氨酸-α-多肽构象稳定性的新方法

论文摘要

本文采用密度泛函理论B3LYP 方法,对丙氨酸-α-二肽、三肽、四肽和五肽分子进行了计算。定义了丙氨酸多肽中的特殊氢原子,对构象中与特殊氢原子有关的主要非键相互作用进行分析,确定了其相应参数及丙氨酸-α-多肽的库仑模型,探讨了电荷、平均电荷在库仑模型中的作用。用本文方法快速判断多肽构象的相对稳定性,得到了满意的结果。具体包括: 1) 以丙氨酸-α-二肽、三肽、四肽分子的152 个稳定构象为研究对象,定义了丙氨酸-α-多肽中的特殊氢原子,对构象中与特殊氢原子有关的主要非键相互作用进行分析,确定了其相应参数,使用此参数和多肽分子构象的分子坐标或分子结构图,确定构象的相对能量,与密度泛函理论B3LYP 方法得到的相对能量比较,得到了满意的结果。 2) 选择丙氨酸-α-多肽的库仑模型,确定其相应参数K。利用库仑模型、参数K 和密度泛函理论B3LYP/6-31G*方法优化计算的电荷,确定构象的相对能量,与密度泛函理论B3LYP方法得到的相对能量比较,得到了满意的结果。计算四组、五组、六组及十五组平均电荷,探讨电荷及平均电荷在库仑模型中的作用,结果表明,在库仑模型中,使用五组平均电荷比其他平均电荷能更好地确定构象的相对能量,使用密度泛函理论B3LYP/6-31G*方法优化计算的电荷比平均电荷能更好地确定构象的相对能量。

论文目录

• 中文摘要
• 前言
• 第一章 特殊氢原子和非键相互作用的确立
• 1.1 简介
• 1.2 丙氨酸-α-多肽中的特殊氢原子及其有关的非键相互作用
• 1.3 七种非键相互作用参数的确定
• 1.4 构象中的二面角
• 1.5 用式（r）确定二肽、三肽、四肽和五肽分子构象稳定性
• 1.6 用分子力学方法确定二肽、三肽、四肽和五肽分子构象稳定性.
• 1.7 结论
• 第二章 库仑模型、参数K 及平均电荷
• 2.1 简介
• 2.2 库仑模型和参数 K
• 2.2.1 库仑模型的选择
• 2.2.2 七种参数K 的确定
• 2.2.3 使用本节2.2 节方法确定多肽分子构象稳定性
• 2.2.4 应用第一章方法与应用本节2.2 节方法确定多肽分子构象稳定性的比较
• 2.3 使用平均电荷和2.2 节方法确定多肽分子构象稳定性
• 2.3.1 使用四组平均电荷确定多肽分子构象稳定性
• 2.3.2 使用五组平均电荷确定多肽分子构象稳定性
• 2.3.3 使用六组平均电荷确定多肽分子构象稳定性
• 2.3.4 使用十五组平均电荷确定多肽分子构象稳定性
• 2.4 结论
• 参考文献
• 附表1 丙氨酸-α-三肽、四肽和五肽分子的二面角中φi 和ψi
• 英文摘要
• 致谢
• 学位论文独创性声明
• 学位论文版权的使用授权书