盐胁迫下甜菜M14品系差异表达基因的研究

盐胁迫下甜菜M14品系差异表达基因的研究

论文摘要

土地盐碱化不仅危害农作物赖以生存的土壤条件,而且还阻碍该地区的农业生产和发展,所以土地盐碱化一直是发展地区农业经济的一个重要性限制因素。土壤盐渍化不但是我国的主要问题同时也是世界性的问题,在人口大爆炸同时淡水资源严重不足以及耕地面积不断减少的情况下,深入了解植物的抗逆机理同时开发利用耐盐植物资源,这样对于提高盐渍化下植物的粮食产量、生态环境、农业安全等有更加重要的意义。甜菜M14品系是将二倍体栽培甜菜与野生的四倍体白花甜菜进行种间杂交所获得的一种异源三倍体,再将这种异源三倍体进一步与实验室栽培甜菜进行回交,获得的单体附加系。甜菜M14品系还具有优良性状,例如耐盐性、抗旱性、抗寒性以及无融合生殖等。因此,对甜菜M14品系的深入研究,不但能够挖掘出更多的优质基因,这一材料本身也是改良和促进栽培甜菜品种的一个良好的试验材料。本研究利用抑制消减杂交技术,以对照组的甜菜M14品系叶片作为Driver,盐处理组的甜菜M14品系叶片作为Tester,经过SSH,构建在盐胁迫下甜菜M14品系抑制消减cDNA文库;以地高辛为标记物,建立适用于甜菜M14品系的反向Northern杂交筛选系统;利用各种生物信息学软件将测序所得的结果进行分析,查阅国内外文献,找出测序结果中参与盐胁迫代谢相关的EST片段;采用了SMART RACE技术扩增获得甜菜M14品系Samdc基因的cDNA全长。通过对甜菜M14品系这一与盐胁迫相关基因的生物信息学分析以及对该基因编码的蛋白序列的一系列结构域分析,进一步研究盐胁迫对甜菜M4品系乃至植物的作用机制和植物的耐盐机理。利用抑制消减杂交技术和反向Northern杂交筛选系统测出EST有449个,空载体有0个,低质量的EST有117个。将所获得的449个EST序列进行组装,共得到58条Unigenes。测序结果为甜菜M14品系盐胁迫相关基因提供了一定数量的EST片段。本实验采用了S MART RACE技术扩增获得甜菜M14品系Samdc基因的cDNA全长1960bp,该基因可编码372个氨基酸。通过生物信息学软件分析了该基因编码蛋白序列的结构域,证实了Samdc基因编码的蛋白序列的保守功能结构域与植物S腺苷甲硫氨酸脱羧酶相一致。对该基因序列进行了系统发育分析表明该基因与菠菜中的Samdc基因亲缘关系较近。

论文目录

  • 中文摘要
  • Abstract
  • 第1章 前言
  • 1.1 甜菜M14品系的概述
  • 1.2 土地盐碱化的研究
  • 1.3 植物耐盐分子机理的研究
  • 1.3.1 小分子物质的积累
  • 1.3.2 离子摄入和区域化
  • 1.3.3 植物耐盐相关基因的克隆研究进展
  • 1.4 抑制消减杂交技术概述
  • 1.4.1 抑制消减杂交技术的原理
  • 1.4.2 抑制消减杂交技术的主要优点和缺点
  • 1.4.3 SSH技术的广泛应用
  • 1.4.4 抑制消减杂交的应用前景
  • 1.5 Northern Blot杂交技术
  • 1.6 cDNA末端快速扩增技术(RACE)
  • 1.6.1 RACE技术的研究进展
  • 1.6.2 植物Samdc基因的研究进展
  • 1.7 本研究的目的及意义
  • 1.8 本研究的技术路线
  • 第2章 材料与方法
  • 2.1 实验材料
  • 2.1.1 植物材料
  • 2.1.2 菌株及质粒载体
  • 2.1.3 试剂及试剂盒
  • 2.1.4 试验所需试剂及培养基的配制
  • 2.1.5 试验所需引物序列
  • 2.1.6 主要仪器设备
  • 2.2 试验方法
  • 2.2.1 植物材料的种植和盐胁迫处理
  • 2.2.2 甜菜M14品系总RNA的提取
  • 2.2.3 甜菜M14品系mRNA的分离纯化
  • 2.2.4 抑制消减杂交
  • 2.2.5 PCR产物的克隆
  • 2.2.6 转化大肠杆菌及克隆分析
  • 2.2.7 反向Northern Blot杂交
  • 2.2.8 生物信息学分析
  • 2.2.9 RACE扩增技术获得序列全长
  • 第3章 结果与分析
  • 3.1 盐胁迫下甜菜M14品系的生长情况
  • 3.2 RNA完整性检测
  • 3.3 抑制消减杂交
  • 3.4 反向Northern杂交筛选结果
  • 3.5 RACE扩增结果
  • 3.6 甜菜M14品系Samdc基因的生物信息学分析
  • 第4章 讨论
  • 4.1 抑制消减杂交技术相关问题
  • 4.2 甜菜M14品系总RNA的完整性
  • 4.3 反向Northern Blot杂交筛选
  • 4.4 甜菜M14品系Samdc基因5'末端的克隆
  • 4.5 植物腺苷甲硫氨酸脱羧酶研究的探讨
  • 4.6 后续工作思路
  • 第5章 结论
  • 参考文献
  • 附录
  • 致谢
  • 攻读学位期间发表论文
  • 相关论文文献

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