大熊猫微卫星文库的构建及物种多样性分析

大熊猫微卫星文库的构建及物种多样性分析

论文摘要

大熊猫(Ailuropodaoda melanolenca)是我国特有的珍稀保护动物,已被列为国家Ⅰ级重点保护野生动物和《濒危野生动植物种国际贸易公约》(CITES)附录Ⅰ物种。经过几百万年的自然兴衰演化,以及受人类历史漫长发展岁月的影响,现今的大熊猫已数量稀少,成为了名副其实的“活化石”。本研究以成都大熊繁育研究基地采集的大熊猫个体“二丫头”肝脏样品基因组DNA利用磁珠富集法构建了大熊猫的微卫星DNA文库。通过筛选文库,测序,设计了67对大熊猫微卫星引物,经检测有30对能够稳定扩增出特异性目的条带。然后通过多样性检测分析成功得到了16个具有多态性的新的大熊猫微卫星位点。利用来自成都大熊繁育研究基地的12个大熊猫血液样品和来自秦岭大熊猫野生种群的7个皮张样品,我们初步分析了大熊猫圈养和野生种群的多态性。得到的结果是,圈养种群和野生种群的期望杂合度分别为0.6476和0.6386,遗传多样性水平较高。通过运用软件GENEPOP做了连锁不平衡检测,获得7对有意义的连锁不平衡位点(P<0.05),其中圈养种群中有5对。Hardy-Weinberg平衡检测显示有6个位点明显偏离HWE预期值(p<0.05)。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 第一部分 文献综述
  • 第一章 大熊猫研究概述
  • 1 大熊猫的古今分布
  • 2 大熊猫的种群数量和种群现状
  • 3 大熊猫的保护
  • 4 大熊猫生物学研究概述
  • 第二章 微卫星研究综述
  • 1 微卫星DNA的概念及发展历程
  • 2 微卫星标记的优点
  • 3 微卫星标记在生物学上的应用
  • 4 本研究的目的和意义
  • 第二部分 研究内容
  • 第三章 材料和方法
  • 1 材料及试剂
  • 2 方法
  • 第三部分 结果与讨论
  • 第四章 研究结果
  • 1.大熊猫样品基因组总DNA的提取
  • 2.基因组DNA Sau 3AI内切酶酶切与片段ladder的选择回收
  • 3.选择性片段连接adaptot产物的PCR检测与扩增
  • 4.磁珠富集目的DNA片断及PCR产物的纯化
  • 5.阳性克隆的PCR检测
  • 6.测序
  • 7.引物设计与PCR检测
  • 8.测序胶检测微卫星引物多样性
  • 9.数据分析
  • 第六章 讨论
  • 1 微卫星文库的构建
  • 2 大熊猫遗传多样性分析
  • 3.研究展望
  • 参考文献:
  • 致谢
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