酵母基因组序列分析

论文摘要

“人类基因组计划”的主要目标是测定人类的基因组的全部序列,进而阐明基因所处的位置、结构、功能、表达调控方式,以及重大疾病的致病机理。随着人类基因组全序列测序的完成,人们认识到破解人类基因组的碱基序列,并不意味着已经知晓生命的奥秘。模式生物(如酿酒酵母)具有结构简单、基因组小和基因组成少等特点,使模式生物基因组的研究更易于进行。因此,在基因组层次上研究酵母基因组可以为人类基因组研究提供积极的指导作用。本论文共包括四部分内容:第一部分:简单介绍酿酒酵母及其基因组的发展。第二部分:介绍了与本论文相关的生物学和统计学知识。第三部分:基于酿酒酵母全基因组序列数据,基因表达水平数据,以及基因编码蛋白质分类数据,建立了用于统计分析的数据库。第四部分:在酵母基因组层次上,统计分析了在细胞不同生长时期,基因功能和基因表达水平之间的关系,以及在各功能基因中基因表达水平与基因密码子偏性、GC含量、基因长度之间的关系。结果表明:在有丝分裂的不同时期,不同功能基因的分类表达水平不同,并且,与本时期生物过程相关的基因类较其他功能类有特异性表达。在全基因组中,表达水平均与序列特征参数显著相关。但是在不同功能类的表达与序列特征参数的相关性分析中发现,所有功能分类均与CAI和CBI有显著相关性,且相关性系数较全基因组偏高。但是并非所有功能类与GC含量和基因长度显著相关,且很多功能类的相关系数较低。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 第一章 绪论
• §1-1 引言
• §1-2 主要工作
• §1-3 论文的主要内容
• 第二章 储备知识
• §2-1 与本论文相关的生物学知识
• 2-1-1 核苷酸序列
• 2-1-2 密码子
• §2-2 与本论文相关的统计学知识
• 2-2-1 R 软件简单介绍
• 2-2-2 t 检验
• 2-2-3 Spearman 秩相关检验
• §2-3 密码子使用偏好
• 2-3-1 密码子使用偏好
• 2-3-2 与本文相关的衡量密码子使用偏好的参数
• §2-4 CodonW
• 第三章 数据库的建立
• §3-1 酿酒酵母基因组全序列数据库（SCGSD）
• §3-2 酿酒酵母功能基因分类数据库（SCOGD）
• §3-3 酿酒酵母表达数据库（SED）
• §3-4 本论文所使用的数据库（SAD）
• 3-4-1 数据库SCGSD、SCOG 和SED 的整合
• 3-4-2 本论文所使用的数据库
• 第四章 酿酒酵母功能基因和表达的统计相关性
• §4-1 引言
• §4-2 数据库SAD-20 的统计分析结果
• 4-2-1 表达水平特异功能基因类统计分析
• 4-2-2 序列特征参数与功能基因分类表达的统计相关性
• §4-3 数据库SAD-40 和SAD-80 的统计分析结果
• 4-3-1 表达水平特异功能基因类统计分析
• 4-3-2 序列特征参数与功能基因分类表达的统计相关性
• §4-4 不同时期特异表达的功能基因类比较
• §4-5 不同时期功能基因类表达比较
• §4-6 不同时期表达水平功能基因类表达和序列特征参数比较
• 参考文献
• 致谢