鸭致病性E.coli外膜蛋白及相关毒力基因和新血清型发现及病原特性研究

鸭致病性E.coli外膜蛋白及相关毒力基因和新血清型发现及病原特性研究

论文摘要

大肠杆菌(Escherichia coli,E.coli)是正常肠道菌群的组成部分,一些特殊血清型的E.coli对人和动物有病原性,动物的E.coli常常通过食物链的途径对人类健康造成严重的危害。随着集约化养殖的普及,鸭致病性E.coli对养鸭业的危害和导致的经济损失日益严重,已成为目前危害养鸭业最严重的传染病之一。现有禽病原性大肠杆菌(Avian Pathogenic Escherichia coli,APEC)的研究资料绝大多数来源于鸡,到目前为止,缺乏鸭源E.coli病原特性的系统研究。本研究旨在对我国西南地区规模化养鸭场鸭大肠杆菌病的致病性E.coli进行分离和血清型鉴定、了解鸭源致病性E.col外膜蛋白型(outer membrane protein patterns,OMP型)特征和相关毒力基因携带情况,对发现的一株致鸭腿水肿为特征的O46分离株的病原特性进行了系统研究,为阐明鸭源致病性E.col的致病机理和该病的防制提供科学数据。1.规模化养鸭场鸭源致病性大肠杆菌的分离鉴定及病原特性和系统发育学分析从我国四川、重庆、云南3个省(市)规模化养鸭场患典型大肠杆菌败血症雏鸭分离的282株致病性E.coli(临床分离株),通过玻板凝集和试管凝集试验,测定出210个分离株的血清型,占分离株的74.45%,分离株覆盖了37个血清型,其中O93、O78、O92、O76占43.8%(96/210)为优势血清型,O46、O32&O93混合型、O60&O93混合型为首次从鸭群中分离到。35株临床健康雏鸭泄殖腔分离的E.coli(泄殖腔分离株)鉴定出28株(包含14种血清型),其中O109和O154占46.4%为优势血清型。对207个临床分离株进行了药敏试验,在所选的29种抗生素中,鸭大肠杆菌?分离株耐药性非常严重,平均耐药率28.83%,以多重耐药为主,耐10~18种药物的菌株占59.4%。选取82个分离株(37个血清型,其中优势血清型各选8株共32株,其他血清型50株)进行致病性试验,以每株0.2ml(109CUF/ml)腿部肌肉接种7日龄鸭,确定出高致病株、中等致病株和低致病株分别占受试菌株的80.5%(66/82)、17.1%(14/82)和2.4%(2/82),四个优势血清型均为高、中致病株分别占受试菌株的84.4%(27/32)、15.6%(5/32)。根据16SrRNA基因的序列同源性,对14个鸭致病性E.coli代表株进行系统发育分析,结果显示:14个代表株形成2个主要分枝,3株鸭致病性E.coli单独形成一个较远的分支:11株鸭致病性E.coli与人及其他动物源E.coli形成一个大的分支,6株与人的O157亲缘关系近,其中有2株与O157sakai聚为一支;另外5株与猪、牛、禽和人源E.coliK12亲缘关系近,同时还发现O血清型与菌株的亲缘关系无直接联系。2.鸭源致病性大肠杆菌外膜蛋白型测定了130株(34个血清型)鸭E.coli临床分离株外膜蛋型(OMP型),其中O93等优势血清型53株,O46等30个其他血清型77株,这些分离株共产生了4个OMP型,其中OMP-1型81株,占62.3%(81/130),覆盖O93、O92、O78和O76等29个血清型,为主要OMP型;根据GenBank中大肠杆菌K-12外膜蛋白A基因(ompA)的核苷酸序列设计引物,对9株优势血清型和1株O46血清型分离株的ompA进行克隆、序列测定和分析,发现优势血清型9个菌株的ompA开放性阅读框(ORF)长1053bp,编码由350个氨基酸组成的前外膜蛋白A(pro-OmpA),前21个氨基酸残基组成信号肽,成熟的OmpA由329个氨基酸残基组成;O46分离株的开放性阅读框全长1041bp,在400bp~411bp的地方缺失了12个碱基,成熟的OmpA由325个氨基酸残基组成;10个分离株的ompA序列其核苷酸序列高度同源,达95.8%~100%。对10个分离株ompA进行系统发育分析,O46分离株单独聚为一支,其他9个分离株聚为一支;菌株血清型、外膜蛋白型与ompA的亲缘关系无直接联系。3.鸭源致病性大肠杆菌相关毒力基因分析应用PCR结合核酸序列测定对210株临床分离株和28株泄殖腔分离株进行包括强毒力岛(HPI)中的鼠疫菌素受体基因(fyuA)和铁调节蛋基因(irp2)、I型菌毛必须蛋白基因(fimC)、P型菌毛结构基因(papA)和血清耐受基因(iss)进行检测,结果表明:fyuA、irp2、fimC、papA和iss在临床分离株的携带率分别为41.0%、43.3%、92.9%、97.6%和96.7%,在泄殖腔分离株的携带率分别为21.4%、25.0%、92.9%、100%和92.9%,临床分离株和泄殖腔分离株Iss、I型菌毛和P型菌毛基因携带率差异不显著(P>0.05),但P型菌毛基因的携带率均显著高于其他宿主(鸡、猪和人)源E.coli;HPI毒力岛在鸭源E.coli中分布较广,其携带率表现为临床分离株极显著高于泄殖腔分离株。HPI毒力岛的携带率与菌株的致病性呈明显的正相关,与O78等特定的血清型有一定的关系。临床分离株有37.6%(79/210)同时携带fyuA、irp2、fimC、iss和papA基因,极显著高于泄殖腔分离株14.3%(4/28)(P<0.01)。4.鸭源致病性大肠杆菌志贺毒素相关基因分子流行病学根据GenBank中编码大肠杆菌stx1(志贺毒素1基因)、stx2(志贺毒素2基因)、hlyA(溶血素基因)和eaeA(黏附素基因)的特异性序列,设计合成4对引物,建立了快速鉴定产志贺毒素大肠杆菌(STEC)多重PCR方法。该方法能直接特异性鉴定多种毒力因子,检测敏感度细菌纯培养物为103CFU/ml。用此方法结合核酸序列测定对210株临床分离株和28株泄殖腔分离株进行相关基因检测,结果表明:临床分离株有6株具有six1序列、4株具有hlyA序列、1株具有eaeA序列;stx1、hlyA和eaeA阳性率分别为2.85%(6/210)、1.90%(4/210)和0.47%(1/210);5株基因型为stx1+,3株基因型为hlyA+,1株基因型为stx1++hlyA++eaeA+,分别为2.38%(5/210)、1.43%(3/210)和0.47%(1/210);临床分离株stx2均为阴性。泄殖腔分离株未检出这4种基因。对所有阳性基因进行序列测定及分析,hlyA与GenBank中提供的EHECO157:H7 Sakai株序列的同源性为100%,stx1和eaeA与O157:H7 Sakai株序列高度同源。在发病鸭中发现并分离到O158、O60、O78、O36、O77、O46、O137和O192(携带stx1、hlyA、eaeA)的非-O157的STEC菌株,具有重要的公共卫生学意义。5.一株致鸭腿水肿为特征的O46大肠杆菌的发现及其实验病理模型建立从临床急性死亡,以腿水肿为特征的病鸭群中分离的SYW004株,通过形态学、培养特性、生化特征的研究和血清型鉴定,确定为大肠杆菌O46血清型;16S rRNA基因序列分析表明,该分离株与人源志贺氏菌及大肠杆菌O157:H7的亲缘关系最近,序列同源性为99%~99.5%,而和鸡源E.coli亲缘关系较远;对hlyA等9种毒力基因检测表明,O46分离株携带hlyA、fyuA、irp2、fimC、papA和泌六种毒力基因,是一株携带多种毒力基因的出血性大肠杆菌(EHEC);该分离株对雏鸭具有高致病性,实验病理模型能复制出与自然感染相同的病例,组织病理学检查表明,肝脏、肺脏、心脏、肾脏、肠道和脑等器官出现不同程度的组织细胞变性、坏死和大面积淤血、出血;超薄切片电镜观察可在心脏、肺脏、脾脏、肝脏和小肠中观察到大肠杆菌,其侵害的主要靶细胞包括淋巴细胞、巨噬细胞、肠道上皮细胞、心肌纤维细胞。超微结构变化最早发生于心脏、肝脏和肠道,各种细胞的变化主要为肿胀、坏死,染色质凝聚,线粒体肿胀,嵴断裂、扭曲变形,心肌肌原纤维间距增宽、溶解断裂,肠腺上皮细胞肿胀,微绒毛脱落、固有层充血出血。6.鸭源致病性大肠杆菌O46分离株对人工感染鸭的侵染规律为了观察O46分离株在人工感染鸭体内的分布,以O46定型血清建立免疫组化方法,应用建立的方法对O46分离株人工感染雏鸭的不同时间的不同组织器官进行观察。结果显示:免疫组化的方法只对大肠杆菌O46感染致死鸭的肝脏、脾脏、肾脏呈现阳性反应而与大肠杆菌O78、鸭瘟、鸭源禽流感、鸭疫里默氏杆菌、沙门氏菌、多杀性巴氏杆菌感染致死鸭的肝组织呈现阴性反应,具有直观、敏感、特异性强的优点,能够进行精确抗原定位;实验结果还表明,O46分离株能在鸭体内进行大面积的侵嗜,心脏、肺脏、脾脏、肾脏和肠道是感染的主要靶器官,阳性信号最早出现于心脏,气管未检测到细菌抗原。我们的实验数据可以为大肠杆菌O46分离株在体内分布和复制提供重要的证据,同时可以为O46分离株感染的致病机制提供一定的知识。

论文目录

  • 本论文的创新性工作
  • 中文摘要
  • 英文摘要
  • 符号说明
  • 第一部分 文献综述
  • 第一章 禽大肠杆菌病研究进展
  • 1 病原学特性
  • 2 禽大肠杆菌病的流行特点
  • 3 禽病原性大肠杆菌的O血清型
  • 4 临床类型及病理变化
  • 5 致病机理
  • 6 大肠杆菌的耐药性
  • 7 诊断
  • 8 防制
  • 8.1 一般性预防措施
  • 8.2 免疫预防
  • 8.2.1 灭活苗
  • 8.2.2 亚单位疫苗
  • 8.2.3 活菌苗
  • 8.3 微生态学防制
  • 8.4 药物防治
  • 第二章 禽病原性大肠杆菌主要毒力因子研究进展
  • 1 菌毛
  • 1.1 Ⅰ型菌毛
  • 1.1.1 Ⅰ型菌毛的特点
  • 1.1.2 Ⅰ型菌毛基因结构与功能
  • 1.1.3 Ⅰ型菌毛的同源性
  • 1.1.4 Ⅰ型菌毛在感染中的作用
  • 1.1.5 Ⅰ型菌毛蛋白免疫原性
  • 1.2 P型菌毛
  • 1.2.1 P型菌毛的特点
  • 1.2.2 P型菌毛基因结构的相关研究
  • 1.2.3 P型菌毛的同源性
  • 1.2.4 P型菌毛在感染中的作用
  • 2 外膜蛋白(OMPs)
  • 2.1 外膜蛋白与血清型
  • 2.2 外膜蛋白的免疫原性
  • 2.3 外膜蛋白的致病作用
  • 2.4 外膜蛋白与耐药性
  • 3 血清抗性蛋白(Iss)
  • 4 志贺毒素(Stx)
  • 4.1 Stx的分子结构
  • 4.2 Stx的致病机理
  • 5 溶血素(hly)
  • 6 大肠杆菌素(ColV)
  • 7 毒力岛
  • 7.1 耶尔森氏菌强毒力岛(HPI)
  • 7.1.1 HPI的基本特点
  • 7.1.2 HPI的结构与功能
  • 7.1.3 HPI在其他肠道致病菌中的分布
  • 7.2 肠细胞脱落位点毒力岛(LEE)
  • 7.2.1 LEE的基本特点
  • 7.2.2 LEE的结构与功能
  • 7.2.3 eaeA在其他肠道致病菌中的分布
  • 8 APEC与ExPEC
  • 9 小结
  • 10 立题依据
  • 10.1 研究背景与意义
  • 10.2 本研究的立题依据与设计思路
  • 第二部分 实验研究
  • 第三章 规模化养鸭场鸭源致病性大肠杆菌的分离鉴定及病原特性和系统发育学分析
  • 1 材料与方法
  • 1.1 材料
  • 1.1.1 病料和棉拭样品来源
  • 1.1.2 主要仪器设备
  • 1.1.3 主要试剂
  • 1.1.4 大肠杆菌标准抗O因子血清
  • 1.1.5 大肠杆菌药敏标准质控菌株
  • 1.1.6 药敏纸片
  • 1.1.7 试验鸭
  • 1.1.8 试剂配制
  • 1.2 方法
  • 1.2.1 细菌分离培养
  • 1.2.2 革兰氏染色镜检
  • 1.2.3 大肠杆菌生化试验
  • 1.2.4 大肠杆菌O血清型鉴定
  • 1.2.5 药敏试验
  • 1.2.6 致病性试验
  • 1.2.7 16S rRNA基因序列测定与系统发育学分析
  • 2 结果
  • 2.1 大肠杆菌分离培养
  • 2.2 生化试验
  • 2.3 大肠杆菌分离株O血清型鉴定
  • 2.4 耐药性测定
  • 2.4.1 耐药率
  • 2.4.2 多重耐药率
  • 2.5 致病性试验
  • 2.6 16S rRNA基因序列测定与系统发育学分析
  • 2.6.1 16S rRNA序列扩增
  • 2.6.2 16S rRNA的基因克隆鉴定
  • 2.6.3 16S rRNA基因序列与系统发育学
  • 3 讨论
  • 3.1 关于鸭源致病性大肠杆菌的血清型
  • 3.2 鸭源致病性大肠杆菌的耐药性
  • 3.3 鸭源大肠杆菌的致病性
  • 3.4 鸭源大肠杆菌的系统发育分析
  • 4 小结
  • 第四章 鸭源致病性大肠杆菌外膜蛋白型研究
  • 1 材料与方法
  • 1.1 菌株
  • 1.2 主要试剂及仪器
  • 1.3 OMPs的提取
  • 1.4 OMPs的SDS-PAGE
  • 1.5 优势血清型ompA基因克隆和序列分析
  • 1.5.1 引物
  • 1.5.2 优势血清型E.coli及其DNA的提取
  • 1.5.3 ompA基因的PCR扩增
  • 1.5.4 PCR扩增产物的克隆、酶切鉴定及序列测定
  • 1.5.5 OmpA及其推导的氨基酸序列分析
  • 1.5.6 疏水性分析
  • 2 结果
  • 2.1 130个鸭致病性E.coli分离株的OMP型
  • 2.2 17个O93鸭致病性E.coli分离株的OMP型
  • 2.3 13个鸭致病性E.coli O78分离株的OMP型
  • 2.4 15个鸭致病性E.coli O92分离株的OMP型
  • 2.5 8个鸭致病性E.coli O76分离株的OMP型
  • 2.6 77个鸭致病性E.coli其他30个血清型分离株的OMP型
  • 2.7 ompA基因PCR扩增结果
  • 2.8 ompA基因的克隆鉴定
  • 2.9 OmpA序列分析
  • 2.9.1 DNA序列结构分析
  • 2.9.2 氨基酸序列分析
  • 2.10 系统发育分析
  • 2.11 疏水性分析
  • 3 讨论
  • 4 小结
  • 第五章 鸭源致病性大肠杆菌分离株相关毒力基因分析
  • 1 材料与方法
  • 1.1 材料
  • 1.1.1 菌株来源
  • 1.1.2 主要试剂及仪器
  • 1.2 方法
  • 1.2.1 DNA模板的制备
  • 1.2.2 毒力基因的PCR检测
  • 1.2.3 PCR产物的克隆及鉴定
  • 2 结果
  • 2.1 HPI毒力岛fyuA和irp2的PCR检测
  • 2.2 fimC、papA和iss的PCR检测
  • 2.3 不同血清型鸭大肠杆菌病分离株HPI检出率
  • 2.4 irp2、fyuA、fimC、papA和iss基因的克隆与序列分析
  • 3 讨论
  • 3.1 fimC和papA基因在鸭源E.coli中的分布及其公共卫生的意义
  • 3.2 iss基因与鸭E.coli致病性的关系
  • 3.3 HPI毒力岛与鸭E.coli致病性
  • 4 小结
  • 第六章 鸭源致病性大肠杆菌分离株志贺毒素相关基因分子流行病学研究
  • 1 材料与方法
  • 1.1 材料
  • 1.1.1 菌株来源
  • 1.1.2 主要试剂及仪器
  • 1.2 方法
  • 1.2.1 DNA模板的制备
  • 1.2.2 多重PCR的建立
  • 1.2.3 分子流行病学调查
  • 1.2.4 PCR产物的克隆及鉴定
  • 2 结果
  • 2.1 多重PCR的建立
  • 2.1.1 PCR反应条件
  • 2.1.2 PCR 特异性检测
  • 2.1.3 PCR敏感性检测
  • 2.1.4 PCR重复性检测
  • 2.2 分子流行病学调查
  • 2.3 stx1、stx2、eaeA和hiyA基因的克隆与序列分析
  • 3 讨论
  • 3.1 关于多重PCR方法的建立
  • 3.2 非-O157产志贺毒素大肠杆菌与HUS的关系
  • 3.3 动物STEC感染在公共卫生的意义
  • 4 小结
  • 第七章 一株致鸭腿水肿为特征的O46大肠杆菌的发现及其实验病理模型建立
  • 1 材料与方法
  • 1.1 材料
  • 1.1.1 菌株来源
  • 1.1.2 实验动物
  • 1.1.3 主要仪器设备
  • 1.1.4 主要试剂
  • 1.1.5 大肠杆菌标准抗O因子血清
  • 1.2 方法
  • 1.2.1 培养鉴定
  • 1.2.2 生化鉴定
  • 1.2.3 大肠杆菌O血清型鉴定
  • 1.2.4 电镜观察
  • 1.2.5 药敏试验
  • 1.2.6 16S rRNA基因序列测定与系统发育学分析
  • 1.2.7 fyuA、irp2、fimC、iss和papA基因的PCR检测及序列测定
  • 1.2.8 stx1、stx2、eaeA和hlyA基因的PCR检测及序列测定
  • 1.2.9 实验病理模型建立
  • 2 结果
  • 2.1 形态及染色
  • 2.2 生化特性
  • 2.3 血清型鉴定
  • 2.4 电镜观察
  • 2.5 药敏试验
  • 2.6 16S rRNA基因序列测定与系统发育学分析
  • 2.7 毒力基因的PCR检测及序列测定
  • 2.8 雏鸭人工感染大肠杆菌SYW004株的临床症状
  • 2.9 雏鸭人工感染大肠杆菌SYW004株的病理解剖变化
  • 2.10 雏鸭人工感染大肠杆菌SYW004株的组织病理学变化
  • 2.11 雏鸭人工感染大肠杆菌SYW004株的超微病理观察
  • 2.11.1 细菌在鸭体内的分布和所感染的细胞
  • 2.11.2 各器官组织的超微病理观察
  • 3 讨论
  • 4 小结
  • 第八章 鸭源致病性大肠杆菌O46分离株对人工感染鸭的侵染规律研究
  • 1 材料与方法
  • 1.1 材料
  • 1.1.1 试验菌株
  • 1.1.2 实验动物
  • 1.1.3 高免血清
  • 1.1.4 主要仪器设备和实验试剂
  • 1.2 方法
  • 1.2.1 动物实验及实验设计
  • 1.2.2 样品的采集
  • 1.2.3 间接免疫酶染色检测大肠杆菌方法的建立
  • 1.2.4 大肠杆菌感染雏鸭组织内细菌分布的动态观察检测
  • 2 结果
  • 2.1 特异性试验
  • 2.2 间接酶标抗体染色条件的确定
  • 2.3 大肠杆菌感染雏鸭组织内定位及动态分布
  • 2.3.1 不同途经感染雏鸭组织内的定位及动态分布的检测结果
  • 3 讨论
  • 3.1 间接免疫组化方法的建立和优化
  • 3.2 大肠杆菌O46分离株在组织器官的分布特点
  • 3.3 O46分离株感染的定位与其他APEC的比较
  • 3.4 O46分离株在肠道内的定位与鸭的其它传染病的比较
  • 4 小结
  • 第三部分 结论
  • 参考文献
  • 致谢
  • 攻读学位期间发表的学术论文和承担科研项目
  • 相关论文文献

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