基于微卫星DNA的猕猴川西亚种遗传多样性研究

基于微卫星DNA的猕猴川西亚种遗传多样性研究

论文摘要

本文以猕猴川西亚种的5个群体为研究对象,采用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)银染法和PCR技术相结合的方法,对111个猕猴个体的基因型进行了检测。通过计算遗传杂合度、多态信息含量、有效等位基因数和Nei氏遗传距离,采用UPGMA法和N-J等方法,分析了5个群体的遗传多样性和群体遗传结构。1)本实验共采用25对引物,通过PCR扩增检测,筛选出了扩增效果比较好的8对引物用于本研究。8个位点共检测到109个等位基因,平均每个位点检测到的等位基因数为13.62个,平均有效等位基因数为6.52个,表明本实验所选用的微卫星位点具有较好的多态性。2)通过Hardy-Weinberg平衡检测发现:在5个群体中,巴中群体除位点MML10S6F,九龙群体除位点D17S1300外,两群体的其他位点均处于不平衡状态,而其余三个群体处于平衡和不平衡状态的位点数目相当。整个猕猴川西亚种视为一个大群,有3个位点处于平衡状态,另外5个位点处于不平衡状态。分析其原因,可能是由于种群间亚结构、近亲交配和无效等位基因等造成的。3) 8个位点平均多态信息含量达0.89(PIC>0.5),表明均为高度多态性位点,5个群体平均观测杂合度为0.64,遗传多样性较为丰富。4)通过POPGENE32软件计算获得遗传同一性。其中,汉源与九龙间的遗传同一性最高(GI=0.8819),黑水与巴中间的遗传同一性最低(GI=0.6625),这与5个群体的地理位置分布完全相符。5)根据Nei氏(1983)遗传距离分别做UPGMA和N-J聚类分析:在UPGMA聚类图中,小金和黑水聚为一类,汉源和九龙聚为一类,上述两者再聚为一类,最后巴中与前面所有聚为一类;在N-J图中汉源与九龙首先聚为一类,小金和黑水单独聚在一起,最后巴中与上述两类共同聚为一类。两种聚类图的聚类结果与5个种群地理形态分布基本一致,汉源和九龙地处川西、巴中地处川东、而小金和黑水位于川西北,说明该8对微卫星标记检测群体间的遗传距离较为准确。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 1 文献综述
  • 1.1 猕猴概况
  • 1.1.1 猕猴分布及分类
  • 1.1.2 猕猴生物学特征及应用价值
  • 1.2 微卫星DNA性质
  • 1.2.1 微卫星DNA结构
  • 1.2.2 微卫星DNA特点
  • 1.2.3 微卫星标记的产生机制
  • 1.2.4 微卫星DNA的分离方法
  • 1.3 微卫星DNA在野生动物保护中的应用
  • 1.3.1 遗传多样性与遗传结构分析
  • 1.3.2 亲缘关系鉴定
  • 1.3.3 辅助种群调查
  • 1.3.4 种群动态与种群进展史
  • 1.4 实验目的和意义
  • 2 材料与方法
  • 2.1 实验材料
  • 2.1.1 实验样品及保存
  • 2.1.2 主要仪器设备
  • 2.1.3 引物选取
  • 2.1.4 主要试剂及配制
  • 2.2 实验方法
  • 2.2.1 基因组DNA提取
  • 2.2.2 DNA溶液浓度的检测
  • 2.2.3 PCR扩增条件
  • 2.2.4 PCR扩增产物的检测
  • 2.3 统计方法
  • 3 实验结果
  • 3.1 DNA提取结果
  • 3.2 PCR产物检测结果
  • 3.2.1 PCR扩增产物0.8%琼脂糖凝胶电泳检测
  • 3.2.2 PCR扩增产物12%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱
  • 3.3 微卫星位点等位基因及频率
  • 3.4 观测等位基因数和有效等位基因数
  • 3.5 群体观测杂合度和期望杂合度
  • 3.6 多态信息含量(PIC)
  • 3.7 Hardy-weinberg平衡检测—卡方检验
  • 3.8 固定指数和群体基因流
  • 3.9 遗传同一性和遗传距离
  • 3.10 5个猕猴群体的聚类分析
  • 4 讨论
  • 4.1 关于抽样和样本含量
  • 4.2 微卫星位点的选择
  • 4.3 基因组DNA的提取及PCR条件
  • 4.4 变性PAGE与非变性PAGE的讨论
  • 4.5 非变性PAGE电泳、银染及条带判读
  • 4.6 遗传标记多态性
  • 4.6.1 等位基因
  • 4.6.2 Hardy-weinberg平衡检测—卡方检验
  • 4.6.3 杂合度与多态信息含量
  • 4.6.4 固定指数和群体基因流
  • 4.6.5 群体间遗传同一性、遗传距离与聚类分析
  • 5 结论
  • 参考文献
  • 致谢
  • 相关论文文献

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