DNA序列选择进化距离及其在系统发育分析中的应用

DNA序列选择进化距离及其在系统发育分析中的应用

论文摘要

在研究各种物种的进化历史中,利用蛋白质或DNA序列进行系统发育分析已成为生物信息学的一个重要研究领域。系统发育分析的主要研究方法为:选取一组同源的蛋白质或DNA序列,通过各种方法计算出各个序列间的进化距离,进而构建出能反映物种间进化关系的进化树。20世纪80年代以来,进化树的构建方法大多数是基于合理的蛋白质或DNA序列之间距离的定义以及在距离之下作出一定的假设来提出的。本文针对DNA序列间的进化距离做一些探究和改进。在DNA序列的系统发育分析中,要计算出各DNA序列间的进化距离之前,必须进行DNA序列比对,因此本文就序列比对的相关概念和研究方法做了简单的介绍。系统发育分析最终是构建进化树,而构建进化树的方法主要有距离法、最大简约法和最大似然法三种,因此本文对这三种方法也做了简单介绍。在DNA序列中,核苷酸替代是基因进化的原动力,因此核苷酸替代数的估计是研究基因进化的基础,是测定DNA序列间进化距离的数学统计方法。但由于核苷酸替代模型有很多,如Jukes-Cantor模型、Kimura模型、Equal-input模型、Tamura模型、Tamura-Nei模型等。每个模型下又分别包含p距离、替代率为常数的距离d和替代率服从Г分布的Г距离dG。因此在构建进化树时,需要对这三种距离进行选择。本文在简单介绍各种核苷酸替代模型以及每个模型下的p距离、d距离和Г距离的同时,通过DNA序列的同源率,建立了DNA序列进化的动力学方程,进而得到了一种新的物种间进化距离dy (选择进化距离)。该距离包含了p距离、d距离和Г距离。进一步根据动力学方程的特点,将模型转化为一元线性回归问题,用最小二乘法求得选择模型中的动力学参数b和各核苷酸位点每年的平均替代速率r。最后,本文以16个物种的线粒体基因序列为例,来说明选择进化距离并通过构建不同进化距离下的基因进化树来对各进化距离进行比较。结果表明:选择进化距离dy是一种有效的构建进化距离的方法。

论文目录

  • 摘要
  • ABSTRACT
  • 第一章 文献综述
  • 1.1 研究背景
  • 1.2 序列比对算法
  • 1.3 DNA 序列进化距离研究概况
  • 1.3.1 p 距离
  • 1.3.2 核苷酸替代的数学模型及进化距离d
  • 1.3.2.1 Jukes-Cantor 模型及其进化距离
  • 1.3.2.2 Kimura 双参数模型及其进化距离
  • 1.3.2.3 Equal-input 模型及其进化距离
  • 1.3.2.4 Tamura 模型及其进化距离
  • 1.3.2.5 Tamura-Nei 模型及其进化距离
  • 1.3.3 Γ距离
  • 1.3.4 基于非序列比对的进化距离
  • 1.4 系统进化树
  • 第二章 DNA 序列选择进化距离及其应用
  • 2.1 选择模型的主要思想
  • 2.2 选择模型在不同核苷酸替代模型下的应用
  • 2.2.1 Jukes-Cantor 模型的选择进化距离dJ-C (y)
  • 2.2.2 Kimura 双参数模型的选择进化距离dK (y)
  • 2.2.3 Equal-input 模型的选择进化距离dE (y)
  • 2.2.4 Tamura 模型的选择进化距离dT (y)
  • 2.2.5 Tamura-Nei 模型的选择进化距离dT -N(y)
  • 2.3 动力学参数b 的性质
  • 2.4 b 的估计与应用举例
  • 2.4.1 b 的估计
  • 2.4.2 应用举例
  • 2.4.3 各种进化距离的比较
  • 第三章 结论与讨论
  • 3.1 结论
  • 3.2 讨论
  • 参考文献
  • 附录
  • 致谢
  • 作者简介
  • 相关论文文献

    • [1].基于科学思维的“DNA是主要的遗传物质”教学设计[J]. 教育观察 2019(30)
    • [2].基于粪便DNA的贺兰山岩羊亲权鉴定和婚配制研究[J]. 生态学报 2019(22)
    • [3].通过调节蛋白酶K消化时长优化DNA提取方法[J]. 生物化工 2019(06)
    • [4].蛹虫草线粒体DNA与细胞核DNA进化关系的比较[J]. 微生物学报 2019(12)
    • [5].有毒有机物影响DNA酶解和抗生素抗性基因横向迁移[J]. 农业环境科学学报 2020(01)
    • [6].蓝莓栽培品种的DNA条形码[J]. 林业科学 2019(12)
    • [7].应用于多个沉香属物种鉴定的DNA条形码序列筛选[J]. 中国药学杂志 2019(23)
    • [8].抗核抗体和抗双链DNA检测在系统性红斑狼疮诊断中的意义[J]. 中国医疗器械信息 2019(23)
    • [9].幽门螺旋杆菌诱导的胃腺癌DNA甲基化基因修饰研究进展[J]. 中国老年保健医学 2019(06)
    • [10].DNA分析技术在法医物证鉴定中的应用[J]. 法制博览 2020(03)
    • [11].磁性纳米颗粒负载质粒DNA的研究[J]. 华南农业大学学报 2020(01)
    • [12].DNA智慧扶贫工作室教育扶贫策略与实践[J]. 科技风 2020(06)
    • [13].家畜冷冻精液DNA的纯化及影响因素分析[J]. 南京农业大学学报 2020(02)
    • [14].蝙蝠蛾拟青霉及金水宝胶囊的DNA条形码鉴定[J]. 中国实验方剂学杂志 2020(08)
    • [15].3种DNA分子标记法联合鉴别草珊瑚及其混伪品[J]. 中草药 2020(03)
    • [16].探讨无创DNA检测和羊水细胞染色体检查的意义[J]. 中国卫生标准管理 2020(03)
    • [17].乳头状甲状腺癌中线粒体DNA突变的研究[J]. 中国细胞生物学学报 2020(01)
    • [18].非标记表面增强拉曼光谱在DNA检测中的应用[J]. 激光生物学报 2020(01)
    • [19].彗星电泳检测草胺磷对蚯蚓体腔细胞DNA的损伤[J]. 广东农业科学 2020(01)
    • [20].基于DNA检测的肉制品鉴伪技术研究进展[J]. 食品工业科技 2020(08)
    • [21].绵羊血液中布氏杆菌DNA提取方法的比较研究[J]. 畜牧与兽医 2020(03)
    • [22].环境DNA在水体中存留时间的检测研究——以中国对虾为例[J]. 渔业科学进展 2020(01)
    • [23].云斑白条天牛成虫不同组织部位DNA提取方法比较[J]. 滨州学院学报 2019(06)
    • [24].三七片DNA条形码分子鉴定及方法学考察[J]. 中草药 2020(07)
    • [25].DNA倍体分析系统在脱落细胞学及术中病理诊断中的应用[J]. 中国农村卫生 2020(03)
    • [26].DNA免疫吸附治疗重度活动性系统性红斑狼疮的疗效观察[J]. 中国社区医师 2020(07)
    • [27].红肉猕猴桃再生体系的建立及DNA条形码鉴定[J]. 植物生理学报 2020(03)
    • [28].蛋白质精氨酸甲基转移酶1调控DNA损伤修复和细胞凋亡[J]. 海洋科学 2020(03)
    • [29].基于密度梯度离心技术分离稳定同位素DNA的方法研究[J]. 实验科学与技术 2020(02)
    • [30].基于DNA链置换的可满足性问题的计算模型[J]. 阜阳师范学院学报(自然科学版) 2020(01)

    标签:;  ;  ;  ;  ;  

    DNA序列选择进化距离及其在系统发育分析中的应用
    下载Doc文档

    猜你喜欢