中国6个地方鸡品种的母系起源及其遗传多样性

论文摘要

研究畜禽品种间的亲缘关系、畜禽品种的起源和分化,确定品种的遗传多样性,对于地方畜禽品种遗传资源的保护和利用具有重要意义。因此本研究通过分析线粒体DNA（mtDNA）D-loop区的部分序列,探讨了中国6个地方鸡品种的母系起源和遗传多样性,结果如下:通过序列比对、建NJ和MP无根系统发生树,发现:文昌鸡、鲁西斗鸡、寿光鸡、济宁百日鸡和莱芜黑鸡分别有5、5、5、6和7种单倍型,琅琊鸡只有3种单倍型;6个地方鸡品种聚为3个分支:分支A是1个主要的分支,共有17种单倍型,有寿光鸡（10只）、鲁西斗鸡（9只）、文昌鸡（5只）、莱芜黑鸡（6只）、济宁百日鸡（6只）和琅琊鸡（2只）,分别占所分析地方鸡品种个体数的100%、90%、84%、75%、60%和20%,与分布于老挝、云南的红原鸡3个大陆亚种（G. g. gallus、G. g. jabouile和G. g. spadiceus）关系较近;分支B中包含8只琅琊鸡（80%）和1只济宁百日鸡（10%）;分支C中有1只鲁西斗鸡（10%）、1只文昌鸡（16.7%）、2只莱芜黑鸡（25%）和3只济宁百日鸡（30%）;分支B和C分别与来自红原鸡G. g. gallus亚种H19单倍型和H32、H33单倍型聚在一起。推测这6个地方鸡品种分别来自云南、老挝和越南附近地区的红原鸡大陆亚种。错配分布和Fu’s Fs检验表明,分布于山东的地方鸡群体未发生群体扩张。对所分析的6个地方鸡品种共54个个体mtDNA D-loop区的序列分析共发现29个变异位点、20种单倍型,没有发现插入/缺失;核苷酸多态位点的平均百分率为5.53%。家鸡品种内的核苷酸多样度和单倍型多样度研究表明,在6个家鸡品种内,莱芜黑鸡个体间平均核苷酸差异数（K=7）、单倍型多样度（H=0.9643）和核苷酸多样度（Pi=0.0134）均为最高,而鲁西斗鸡的Pi和K最低,琅琊鸡的H最低。我国的这6个地方家鸡品种间的核苷酸分歧度（Dxy）为0.953%～1.801%,品种间净核苷酸分歧度（Da）为-0.134%～1.17%。分子方差分析表明本研究的家鸡品种间未出现显著的遗传分化。基因流是群体间遗传分化程度较低的主要因素。本研究的结果显示,文昌鸡、鲁西斗鸡、寿光鸡、济宁百日鸡、琅琊鸡和莱芜黑鸡等6个地方鸡品种均来自云南、老挝和越南附近地区的红原鸡大陆亚种,分布于山东的5个地方鸡品种（鲁西斗鸡、寿光鸡、济宁百日鸡、琅琊鸡和莱芜黑鸡）未发生群体扩张。品种间未出现显著的遗传分化,基因流是群体间遗传分化程度较低的主要因素。本研究所揭示的中国6个地方鸡品种的母系起源和遗传多样性,可为地方鸡品种的保护、作为育种素材用于优质鸡的育种以及地方鸡的商品化生产提供理论依据。

论文目录

• 英文缩略词
• 中文摘要
• 英文摘要
• 1. 引言
• 1.1 线粒体
• 1.1.1 线粒体的结构及分布
• 1.1.2 线粒体DNA 的特点及结构
• 1.1.3 线粒体DNA 的转录与复制
• 1.2 鸟类线粒体基因组的特点
• 1.3 mtDNA 的应用
• 1.3.1 mtDNA 在鸟类研究中的应用
• 1.4 鸟类线粒体DNA 的研究方法
• 1.5 用mtDNA 序列分析起源及遗传多样性的方法步骤及数学模型
• 1.5.1 直接性状分析法
• 1.5.2 距离矩阵法
• 1.5.3 网络作图法
• 1.6 不同鸡品种的起源分化研究进展
• 1.7 本文所研究的几个鸡种的驯化历史及其特征
• 1.8 试验目的及意义
• 2. 材料和方法
• 2.1 材料
• 2.2 主要仪器设备
• 2.3 主要试剂及配制
• 2.4 方法
• 2.4.1 鸡血液DNA 的提取
• 2.4.2 mtDNA D-loop 区的扩增
• 2.4.3 PCR 产物的回收测序
• 2.5 数据处理
• 3. 结果与分析
• 3.1 mtDNA D-loop 区 HVSⅠ的扩增及回收
• 3.2 鸡mtDNA D-loop 区的序列分析
• 3.3 六个中国地方鸡品种的系统发生关系
• 3.4 家鸡品种内的核苷酸多样度和单倍型多样度
• 3.5 中国 6 个家鸡品种间核苷酸分歧度（Dxy）和净核苷酸分歧度（Da）
• 3.6 分子方差分析（AMOVA）
• 3.7 6个中国地方鸡品种的基因流和遗传分化
• 3.8 山东地方鸡群体的遗传多样性和群体扩张检验
• 4. 讨论
• 4.1 中国六个地方鸡品种的母系起源问题
• 4.1.1 研究方法的选择
• 4.1.2 6个家鸡品种的起源
• 4.2 家鸡品种的遗传多样性问题
• 4.3 地方鸡品种的遗传分化和基因流
• 4.4 山东地方鸡的群体扩张
• 5. 结论
• 参考文献
• 致谢
• 攻读学位期间发表的论文