深海沉积物微生物多样性研究及一株近海沉积物细菌多相分类鉴定

论文摘要

本研究采用非培养的方法,从太平洋海山富钴结壳区P20082站点、太平洋多金属结核区WS200801站点及印度洋热液硫化物区TVG19站点沉积物样品中直接抽提DNA,分别构建细菌和古菌16S rRNA文库,经测序及比对表明,三个站点的细菌文库分别涵盖了14、12、8个类群的细菌,包括变形菌门、疣微菌门、芽单胞菌门、拟杆菌门、浮霉菌门、酸杆菌门、放线菌门、硝化螺旋菌门、绿弯菌门、TM7、OP11、OD1、蓝细菌、脱铁杆菌门、厚壁菌门及衣原体门,三个站点优势类群均为变形菌门细菌。热液硫化物区站点古菌文库包括泉古菌门和广古菌门,而P20082站点和WS200801站点多样性较低,只有泉古菌门类群。从太平洋海山富钴结壳区样品中分离到一株钴锰耐受菌C5,经16S rDNA序列比对与Brachybacterium paraconglomeratum相似性为100%,锰最大耐受浓度为40 mM,钴最大耐受浓度为5 mM,推测可能为锰氧化菌。从苍南近海沉积物中分离到一株革兰氏阴性细菌CN85~T,通过传统分类、化学分类及分子生物学方法结合,对其进行鉴定,研究表明CN85~T是Microbulbifer属的新种。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 第一章 绪论
• 1 深海环境特点
• 1.1 深海富钴结壳区
• 1.2 深海多金属结核区
• 1.3 深海热液口
• 2 深海沉积物微生物多样性研究
• 2.1 纯培养法
• 2.2 非培养分析法
• 3 微生物多相分类研究背景
• 3.1 细菌分类学
• 3.2 多相分类学
• 4 微生物与锰、钴氧化
• 5 研究的目的及意义
• 第二章 深海沉积物微生物多样性及分析
• 1.材料和方法
• 1.1 样品
• 1.2 仪器和试剂
• 1.3 实验方法
• 2.结果
• 2.1 深海沉积物细菌16S rDNA序列分析结果
• 2.2 深海沉积物不同站点细菌种群的分布
• 2.3 不同站点深海沉积物细菌分布比较
• 2.4 深海沉积物古菌16S rDNA序列分析结果
• 2.5 深海沉积物不同站点古菌种群的分布
• 2.6 不同站点深海沉积物多样性比较结果
• 3 讨论
• 第三章 一株钴锰耐受细菌的分离及研究
• 1 材料与方法
• 1.1 样品的采集
• 1.2 菌株的分离和培养
• 1.3 细菌16S rRNA基因PCR及测序
• 1.4 钴锰耐受试验
• 2 结果
• 2.1 菌落形态
• 3 讨论
• 4 小结
• 第四章 一株近海疑似新种的多相分类研究
• 1 材料与方法
• 1.1 样品的采集及其环境
• 1.2 菌株分离与培养条件
• 1.3 多相分类菌株和参比菌株
• 1.4 表型特征分析
• 1.5 脂肪酸成分分析
• 1.6 呼吸醌类型分析
• 1.7 细菌基因组DNA的提取
• 1.8 基于细菌16S rRNA基因序列系统发育学分析
• 1.9 基因组DNA G+C mol%含量分析
• 1.10 与相近种间的DNA-DNA同源性分析
• 2 结果与讨论
• 2.1 细菌的表型特征
• 2.2 脂肪酸成分分析
• 2.3 基于16S rRNA基因系统发育分析
• 2.4 基因组的DNA G+C含量
• 2.5 与相近种的DNA-DNA同源性
• 2.6 呼吸醌类型分析
• 2.7 讨论
• 附录
• 参考文献
• 发表论文
• 致谢