蛋白质的折叠速率与其天然接触数之间相关性的研究

论文摘要

在这篇论文里,以折叠速率和天然结构已知的22个两态小蛋白质作为研究对象,讨论了蛋白质的折叠速率的对数与其基于结构的天然接触数之间的相关性随“接触”定义中两参数的变化而变化的规律。结果表明,当两个氨基酸在序列上相隔12个氨基酸以上,而其c碳原子的直线距离小于5.85埃时,所研究的小蛋白的折叠速率的对数与其天然接触数之间的线性相关性达到最大值,R=0.861。用分子动力学模拟方法研究了小蛋白天然结构集合与其折叠速度的关系。根据蛋白质内存在接触的不同定义方式,利用分子动力学模拟方法得到了10个小蛋白的一系列构象集合,分析了其拓扑参数与折叠速度的关系,并与PDB单构象的情况进行了比较。用含主链重原子的方式定义接触,所计算的结果较好,天然结构集合所计算的拓扑参数与蛋白质折叠速度的关系可以更真实地反映实际情况。蛋白质折叠速率预测是当今生物物理学最具挑战性的课题之一近年来,该领域的研究取得了很大的进展,提出了许多经验参数,例如:接触序、长程序、总接触距离、链拓扑参数、二级结构含量、有效长度、螺旋参数.n一阶接触距离等。这些参数都和蛋白质的折叠速率有很好的相关性,基于这些参数的各种预测方法所得到的预测结果也与实验数据较好地吻合

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 引言
• 1 分子生物学相关问题概要
• 1.1 生物中的分子
• 1.2 生物物理学
• 2 蛋白质的结构
• 2.1 蛋白质多级结构
• 2.2 蛋白质的结构和功能关系
• 2.2.1 蛋白质分子一级结构和功能的关系
• 2.2.2 蛋白质分子空间结构和功能的关系
• 3 体外小蛋白的折叠现象
• 3.1 蛋白质折叠的研究方法
• 3.2 折叠机制的理论模型
• 4 研究对象的选取
• 4.1 选取的原则
• 4.2 方法与结果
• 5 研究蛋白质折叠的意义
• 结论
• 参考文献
• 攻读硕士学位期间发表学术论文情况
• 致谢