奶牛HSP70基因5’-侧翼区PCR-SSCP分析及其与生产性能的关系

论文摘要

本研究的目的在于通过对娟姗牛和荷斯坦奶牛HSP70基因5’-侧翼区PCR-SSCP分析，发现HSP70基因5’-侧翼区基因序列的多态性，采用生物信息学方法对基因启动子区潜在调控元件和蛋白结合因子进行分析，并对突变产生的影响进行预测。同时结合HSP70基因的多态性和荷斯坦奶牛的生产性能数据，分析荷斯坦奶牛HSP70基因多态性与生产性能的关系。1 HSP70基因5’-侧翼区PCR—SSCP分析根据NCBI上已登录的HSP70基因5’-侧翼区序列设计四对引物，扩增出HSP70基因5’-侧翼区。采用SSCP方法分析所得到序列在个体间的多态性，将得到的多态进行测序分析，并利用生物信息学方法对启动子区潜在调控元件和蛋白结合因子进行预测。结果发现：在HSP70基因的启动子区存在分布在两个多态序列中的4个突变位点，分别为第602位点T缺失，第691位点A突变为C，第1220、1309位点A突变为G。通过Matinspector软件对启动子序列进行分析，发现多个HSE（热应激调控元件）和转录因子结合位点（SP1／GC元件、TATA盒、CAAT盒、八聚体框）。其中第691位点的突变发生在HSE（热应激调控元件）内，可能对HSP70的表达产生影响。2荷斯坦奶牛HSP70基因多态性与生产性能的关系通过对奶牛生产性能的对比分析，发现荷斯坦奶牛P2和P4序列处不同基因型奶牛生产性能差异不显著（P＞0.05）。P2处不同基因型奶牛直肠温度差异不显著，但AB型有比BB型低的趋势。推测A基因可能是耐热基因，B基因可能是非耐热基因。

论文目录

• 中文摘要
• 英文摘要
• 引言
• 第一章 文献综述
• 1 HSP70的生物学功能
• 2 HSP70与奶牛热应激
• 3 单核苷酸多态性的研究技术与应用
• 第二章 实验研究
• 1 实验材料
• 1.1 实验动物来源与采样方法
• 1.2 主要仪器与试剂
• 1.3 溶液的配制
• 1.4 引物设计
• 2 实验方法
• 2.1 血液基因组DNA的提取
• 2.2 DNA浓度和纯度的检测
• 2.3 PCR反应体系
• 2.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳
• 2.5 测序
• 2.6 直肠温度的测定
• 3 统计分析方法
• 3.1 基因频率和基因型频率的计算
• 3.2 hsp70基因的Hardy-Weinberg平衡状态的检验
• 3.3 遗传多态性分析
• 3.4 数据处理
• 第三章 结果
• 1 基因组DNA提取结果
• 2 hsp70基因的PCR扩增结果
• 3 hsp70基因5′-调控区扩增片段SSCP多态性分析
• 4 基因频率和基因型频率分析
• 5 Hardy-Weinberg平衡定律的检验
• 6 HSP70基因部分序列的遗传多态性分析
• 7 hsp70多态序列比较
• 8 对突变位点的预测分析
• 9 HSP 70基因不同基因型与生产性能的相关分析
• 10 不同基因型直肠温度的差异显著性分析
• 第四章 讨论
• 1 实验技术讨论
• 1.1 血液中DNA的提取
• 1.2 影响PCR反应扩增的因素
• 1.3 SSCP条件的优化
• 2 HSP70不同基因型与奶牛生产性能的分析
• 2.1 Hardy-Weinberg平衡
• 2.2 5’-侧翼区多态性讨论
• 2.3 热应激导致奶产量下降的原因
• 2.4 突变位点对转录的影响
• 2.5 影响奶牛生产性能的基因研究现状
• 2.6 不同基因型与荷斯坦奶牛生产性能的关系
• 2.7 耐热基因的推测
• 2.8 耐热性能与生产性能的关系
• 2.9 耐热基因的来源
• 全文结论
• 参考文献
• 致谢