酿酒酵母Bdf1p转录因子在高盐胁迫反应中调控机制的研究

酿酒酵母Bdf1p转录因子在高盐胁迫反应中调控机制的研究

论文摘要

在自然条件下,生物的生存依赖于对外界环境改变的及时识别以及对新环境所作出的相应反应。生物对不良环境刺激因子的应答反应,并最终形成对胁迫环境的抵抗力就是环境胁迫反应(environmental stress response,ESR)。生物胁迫反应是研究基因功能和了解生命活动本质的便利模型。同时,对生物胁迫反应的研究在培育抗逆植物、改造工业微生物的生产形状以及对细胞癌变的机理与治疗等方面的研究具有重要作用。酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)是最简单和最早完成全基因组测序的真核生物(http://genome-www.stanford.edu/Saccharomyces)。酿酒酵母易培养、生活周期短,遗传背景清晰,同时以酿酒酵母为基础的分子生物学研究技术平台日趋完善,很容易制备各种突变体等遗传学研究材料,使研究方便可行,是理想的真核生物模式种。高盐环境一直是人们关注的重要的胁迫因子之一,以酿酒酵母为模型开展盐胁迫机理研究,在国际上一直是生物学研究的热点之一。目前,对酿酒酵母胁迫反应机制已经有了较深入的了解,高盐胁迫对酵母细胞的毒害作用包括两个方面,一是Na+离子毒害;二是产生渗透压胁迫,使质膜的跨膜渗透压降低而导致细胞膨胀压的丧失。同时,一些重要的盐胁迫信号传导途径和离子通道蛋白相继被发现。例如:在高浓度NaCl条件下,高渗透性甘油促分裂原激酶信号转导途径(high osmolarity glycerol mitogen activated protein kinase signaling transductionpathway,HOG-MAPK)通过促进甘油积累抵抗渗透胁迫刺激。钙调磷酸酶(Calcineurin,CaN)信号途径通过转录因子Crzlp/Tcnlp激活酵母细胞ENA1(编码重要P-型ATPase离子外排泵)的表达,促进Na+外排。同时TRK1/2p负责的K+/Na+离子吸收系统,通过提高K+离子亲和性,优先积累K+限制Na+的吸收,减少对细胞的毒害作用Na+。本课题组前期利用转座标签随机插入突变技术,首次在酿酒酵母中发现Bdf1p(Bromodomain Transcription Factor 1)转录因子与高盐胁迫有关。BDF1基因的缺失并不会引起致死效应,属于非基础性的基因转录调控因子。Bdf1p转录因子在蛋白质结构上包含:2个“溴”结构域(Bromodomain)和一个位于C末端的ET(Extra-terminal)结构域,属于BET转录因子家族。Bromodomain结构域是近10年来发现的广泛存在于多种真核生物中的组蛋白赖氨酸乙酰化位点结合结构域,由60~110个高度保守的氨基酸残基组成,目前对于含Bromodomain结构域蛋白功能的研究还处于起步阶段。本研究利用基因敲除(gene knockout)和化学药物阻断的方法,对盐胁迫条件下HOG-MAPK途径、Calcineurin途径、ENA1基因、以及TRK1基因与BDF1基因之间的遗传学关系进行了分析。实验结果表明,当BDF1基因分别与HOG1、CMP1CMP2、ENA1和TRK1基因同时缺失或阻断时,酵母细胞的盐耐受性均进一步减弱,该结果提示BDF1基因在酵母盐胁迫应答反应中与上述途径/基因可能分别涉及不同的酵母盐胁迫途径。基因表达谱分析技术为酵母盐胁迫反应分子机制及其相关基因功能的研究提供了全新和有效的研究手段。利用酵母全基因组芯片分别绘制了盐胁迫条件下野生型菌株和bdf1△菌株的基因表达谱,分析比较相互间的不同,在全基因范围内寻找受Bdf1p影响的盐胁迫反应相关基因。野生型菌株和bdf1△菌株细胞经0.6 M NaCl处理45 min后,提取酵母总RNA,合成cDNA并分别用Cy5-dCTP和Cy3-dCTP标记,与含有5935个开放阅读框(open reading frame,ORF)的酵母全基因组芯片进行杂交并扫描。采用GenePix Pro 4.0图像分析软件(AxonInstruments公司)对芯片图像进行分析,计算ratio值(两种荧光强度的比值cy5/cy3);然后对芯片上的数据用Lowess方法进行归一化;最后用T-test和以两倍差异(即ratio值大于等于2.0,小于等于0.5)的标准来确定差异表达基因。为了消除荧光偏向性带来的假阳性,盐处理和对照的酵母细胞RNA样品在反转录过程中进行荧光交换实验,同时对于每个菌株盐处理(W303盐处理/W303和bdf1△盐处理/bdf1△),都作两次独立的生物学重复实验,分析两次独立实验中表达变化趋势一样的基因,基因变化的数值取两组数据的平均值。在此基础上,随机挑选差异表达的基因,利用实时荧光定量RT-PCR(real-time quantitativeRT-PCR,qPCR)进行验证,实验结果显示对所测定的基因与基因芯片技术检测结果一致,不仅变化方向一致,而且表达值非常接近,说明芯片结果具有良好的准确性。本实验共筛选出差异表达基因217个,有144个差异表达基因分别在野生型菌株与bdf1△菌株呈现相同的变化趋势(上调基因119个,下调基因25个)。采用MIPS数据库的在线软件Functional Catalogue Database(http://mips.gif.de/proj/funcatDB/searchmainfra me.html)进行生物学功能分类对上述144个差异表达基因进行功能分类发现,以上差异表达基因主要集中在甘油代谢、海藻糖代谢、离子通道蛋白、氧化胁迫反应、热休克蛋白和功能未知蛋白等方面。其中ENA1基因在野生型菌株和bdf1△菌株中的盐胁迫诱导表达倍数相似(5.25和6.32),说明BDF1基因缺失并未对盐胁迫条件下ENA1基因的正常表达产生影响,与前面遗传学分析结果一致,即BDF1和ENA1基因分别涉及不同酵母盐胁迫途径。同时,基因芯片数据显示甘油合成关键酶基因GPD1(编码3-磷酸甘油脱氢酶),经盐胁迫处理后,在野生型菌株和bdf1△菌株的基因表达水平均显著上升,其诱导表达倍数分别高达35.79和35.52倍。酵母胞内甘油含量测定结果表明,经0.6 M NaCl处理45 min后,野生型菌株和bdf1△菌株中甘油积累均有大幅提高且含量相近,此结果与上述通过基因芯片在转录水平上测定结果一致。BDF2是酿酒酵母BDF1基因的同源基因,采用长臂同源多聚酶链式反应(LFH-PCR)方法制备含有遗传霉素耐药基因(kanMX4)的BDF2基因敲除片段并转化酵母,构建了bdf2△菌株。梯度生长实验表明,与野生型菌株相比,BDF2基因缺失并不造成盐敏感表型,说明BDF2基因是酵母盐抗性的非必须基因。基因芯片结果显示,BDF1基因缺失导致盐胁迫条件下BDF2基因表达下调,提示两基因间的表达可能存在相互影响,盐胁迫条件下两基因间的遗传学关系有待进一步研究。线粒体是真核生物能量代谢的中心,在物质代谢、细胞凋亡过.程中发挥了重要的作用。基因芯片结果显示,经0.6 M NaCl处理45 min后,与野生型菌株相比,BDF1基因缺失造成盐胁迫条件下大量线粒体功能相关基因表达下降。其中包括:线粒体核糖体基因(MRPL3、MRP4、MRP7和MRP11),细胞色素C基因CYC1,线粒体延伸因子基因MEF1和线粒体缬氨酰-tRNA合成酶基因VAS1,该结果提示,Bdf1p可能在维持盐胁迫条件下线粒体的正常功能方面发挥重要作用。线粒体膜电位(Mitochondrial membrane potential,△Ψm)和胞内活性氧(reactive oxygen species,ROS)含量是评价线粒体功能的的重要指标。利用还原型线粒体特异性荧光探针Mito Tracker Red CMXRos对盐胁迫处理后野生型菌株和bdf1△菌株中线粒体膜电位的变化进行了检测。实验结果表明,经0.6 M NaCl处理45 min后,Mito Tracker Red CMXRos探针在野生型菌株细胞中仍处于聚集状态,呈现网状分布的荧光线条,而大约20%左右的bdf1△菌株细胞呈现弥散状分布的荧光,说明这些细胞的线粒体跨膜电位下降或消失。利用DHR荧光探针(dihydrorhodamine 123),对经0.6 M NaCl盐胁迫处理45 min的野生型菌株和bdf1△菌株的胞内ROS含量进行了测定。实验结果表明,经盐胁迫处理后的野生型酵母细胞在荧光显微镜下呈现微弱红色荧光,而BDF1基因缺失菌株显现明亮的红色荧光,荧光强度相对定量分析表明,bdf1△菌株细胞的相对荧光强度比野生型菌株细胞高出1.5倍以上,说明BDF1基因缺失可导致盐胁迫条件下胞内活性氧ROS的积累。超氧化物歧化酶(superoxide dismutase,SOD)是酵母体内活性氧清除体系中最重要的抗氧化酶,酶活测定结果表明,0.6 M NaCl处理45min的盐胁迫条件下野生型菌株和bdf1△菌株中SOD酶活性均呈上升趋势,且bdf1△菌株的SOD酶活性比野生型菌株高出38个活力单位以上。该结果表明,盐胁迫条件下bdf1△菌株细胞中ROS的大量积累并不是由于超氧化物歧化酶的活性受到抑制引起的。细胞凋亡(apoptosis)是指细胞在一定的外界刺激或病理条件下,受基因控制的一种细胞自主的有序的死亡。线粒体功能紊乱与酵母细胞凋亡的发生密切相关。利用DAPI染色和透射电子显微镜(TEM)对盐胁迫处理后,野生型菌株和bdf1△菌株细胞的细胞核和染色质形态进行观察。结果显示,与野生型菌株相比,bdf1△菌株细胞的细胞核裂解,染色质发生凝集,核膜皱缩,呈现明显的细胞凋亡特征,说明盐胁迫条件下BDF1基因缺失可引发线粒体依赖的酵母细胞凋亡。

论文目录

  • 中文摘要
  • ABSTRACT
  • 符号说明
  • 本文关键基因功能简介
  • 第一章 前言
  • 1.1 酿酒酵母高盐胁迫应答机制
  • 1.1.1 盐胁迫下渗透机制的调节
  • 1.1.2 盐胁迫下离子调控途径
  • 1.1.2.1 钙调磷酸酶(Calcineurin)信号途径
  • 1.1.2.2 TOR(Targets of rapamycin)信号途径
  • 1.1.2.3 盐胁迫离子应答通道蛋白
  • 1.1.2.3.1 ENA1p离子通道
  • 1.1.2.3.2 TRK1/2p离子转运系统
  • 1.1.3 盐胁迫下基因组转录应答模式
  • 1.2 酿酒酵母细胞凋亡
  • 1.3 酿酒酵母BDF1P转录因子研究进展
  • 1.3.1 Bromodomain结构域
  • 1.3.2 Bdf1p转录因子简介
  • 1.3.3 Bdf2p转录因子简介
  • 1.4 实验室前期工作
  • 1.5 本论文研究意义及主要内容
  • P转录因子参与盐胁迫应答反应的遗传学分析'>第二章 BDF1P转录因子参与盐胁迫应答反应的遗传学分析
  • 2.1 引言
  • 2.2 材料与方法
  • 2.2.1 菌株
  • 2.2.2 主要试剂及仪器
  • 2.2.3 培养基
  • 2.2.4 微生物学技术
  • 2.2.4.1 菌体的生长
  • 2.2.4.2 菌种的保存
  • 2.2.4.3 梯度生长实验
  • 2.2.5 分子生物学方法
  • 2.2.5.1 酵母染色体的提取
  • 2.2.5.2 DNA浓度和纯度测定
  • 2.2.5.3 琼脂糖凝胶电泳
  • 2.2.5.4 PCR反应
  • 2.2.5.5 琼脂糖凝胶中DNA片段的回收
  • 2.2.5.6 酿酒酵母完整细胞转化法
  • 2.2.5.7 基因敲除
  • 2.3 实验结果与讨论
  • 2.3.1 BDF1基因与HOG-MAPK途径遗传学关系的研究
  • 2.3.1.1 hog1△bdf1△双缺菌株的构建
  • 2.3.1.2 LZ-105梯度生长实验
  • 2.3.2 BDF1基因与Calcineurin途径遗传学关系的研究
  • 2.3.2.1 bdf1△cmp1△cmp2△三缺菌株的构建
  • 2.3.2.2 LZ-139梯度生长实验
  • 2.3.3 BDF1基因与ENA1基因遗传学关系的研究
  • 2.3.3.1 ena1△bdf1△双缺菌株的构建
  • 2.3.3.2 LZ-107梯度生长实验
  • 2.3.4 BDF1基因与TRK1基因遗传学关系的研究
  • 2.3.4.1 trk1△bdf1△双缺菌株的构建
  • 2.3.4.2 TB02梯度生长实验
  • 2.4 本章小结
  • P转录因子参与盐胁迫应答反应的转录组学分析'>第三章 BDF1P转录因子参与盐胁迫应答反应的转录组学分析
  • 3.1 引言
  • 3.2 材料与方法
  • 3.2.1 菌株
  • 3.2.2 培养基
  • 3.2.3 微生物学技术
  • 3.2.3.1 菌体的生长
  • 3.2.3.2 菌种的保存
  • 3.2.3.3 梯度生长实验
  • 3.2.3.4 酿酒酵母细胞体内甘油含量的测定
  • 3.2.4 分子生物学方法
  • 3.2.4.1 酵母染色体的提取
  • 3.2.4.2 DNA浓度和纯度测定
  • 3.2.4.3 琼脂糖凝胶电泳
  • 3.2.4.4 PCR反应
  • 3.2.4.5 琼脂糖凝胶中DNA片段的回收
  • 3.2.4.6 基因敲除
  • 3.2.5 酿酒酵母细胞盐处理
  • 3.2.6 基因芯片分析
  • 3.2.6.1 酵母总RNA提取
  • 3.2.6.2 酿酒酵母全基因组cDNA芯片
  • 3.2.6.3 RNA荧光标记
  • 3.2.6.4 芯片杂交与洗涤
  • 3.2.6.5 图像处理与数据分析
  • 3.2.7 实时定量RT-PCR验证分析
  • 3.3 实验结果与讨论
  • 3.3.1 酵母细胞的盐处理
  • 3.3.2 总RNA提取结果
  • 3.3.3 cDNA microarray芯片杂交结果
  • 3.3.3.1 芯片扫描及数据分析
  • 3.3.3.2 野生型菌株与bdf1△菌株盐胁迫转录谱中显著差异表达基因的分析
  • 3.3.3.2.1 甘油代谢相关基因
  • 3.3.3.2.2 海藻糖代谢相关基因
  • 3.3.3.2.3 离子通道蛋白
  • 3.3.3.2.4 氧化胁迫反应相关基因
  • 3.3.3.2.5 热休克蛋白
  • 3.3.3.2.6 功能未知基因
  • 3.3.3.2.7 其它功能基因
  • 3.3.3.3 BDF1基因缺失对酵母盐胁迫应答转录表达谱的影响
  • 3.3.4 实时定量RT-PCR
  • 3.4 本章小结
  • P转录因子与盐胁迫诱导的酵母细胞凋亡'>第四章 BDF1P转录因子与盐胁迫诱导的酵母细胞凋亡
  • 4.1 引言
  • 4.2 材料与方法
  • 4.2.1 菌株
  • 4.2.2 培养基
  • 4.2.3 微生物学技术
  • 4.2.3.1 菌体的生长
  • 4.2.3.2 菌种的保存
  • 4.2.4 酿酒酵母细胞盐处理
  • 4.2.5 线粒体膜电位(Mitochondrial membrane potential)的测定
  • 4.2.6 活性氧(reactive oxygen species,ROS)的测定
  • 4.2.7 粗酶液的制备
  • 4.2.8 超氧化物歧化酶(SOD)的酶活测定
  • 4.2.9 蛋白质含量的测定
  • 4.2.10 DAPI(4',6-diamidino-2-phenylindole)细胞核染色
  • 4.2.11 酵母细胞形态变化的透射电镜(TEM)观察
  • 4.3 实验结果与讨论
  • 4.3.1 BDF1基因缺失对酵母线粒体功能的影响
  • 4.3.1.1 酵母细胞线粒体膜电位的测定
  • 4.3.1.2 酵母胞内活性氧含量的测定
  • 4.3.2 酵母细胞凋亡特征的检测
  • 4.4 本章小结
  • 全文总结
  • 参考文献
  • 附录
  • 致谢
  • 攻读学位期间发表的学术论文目录
  • 学位论文评阅及答辩情况表
  • 外文论文
  • Ⅰ.Genetic and comparative transcriptome analysis of bromodomain factor 1 in the salt stress response of Saccharomyces cerevisiae
  • Ⅱ.Characterisation of Bromodomain Factor 1 in the Yeast Salt Stress Response
  • 相关论文文献

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