河南地方山羊品种遗传多样性的微卫星标记分析及与体尺性状的关系

论文摘要

本研究采用18个微卫星标记,对河南省5个地方山羊品种(牛腿山羊、槐山羊、河南奶山羊、太行黑山羊、伏牛白山羊)共计251个个体的遗传多样性进行了分析和研究。通过计算等位基因、多态信息含量、遗传杂合度、哈代温伯格平衡检验、不同品种的优势等位基因和特有等位基因、遗传分化系数、5个山羊群体的Nei标准遗传距离和共祖遗传距离等,对5个山羊群体的群体结构进行了分析;并且对与生长性状相关的6个微卫星位点进行了相关性分析,找到了与生长性状紧密相关的微卫星位点。旨在为山羊遗传资源的合理开发、利用及保护提供科学依据。结果如下:1.采用的18个微卫星标记,在5个山羊群体中进行遗传多样性分析,共检测到211个等位基因,平均每个位点检测到11.72个等位基因。表明所选取的18个微卫星位点在5个山羊群体中多态性较丰富。2.计算了等位基因频率,并以其为基础获得了各群体的平均杂合度、平均多态信息含量和平均有效等位基因数,分别为0.838～0.869、0.807～0.844、3.35~13.15。说明这5个山羊品种遗传变异大,遗传多样性丰富,遗传基础比较广泛。3.找到了不同群体的优势等位基因和特有等位基因。优势等位基因体现了群体特征,稀有等位基因具有较大的经济价值。4.计算了总群体杂合度、亚群体杂合度和遗传分化系数,结果表明群体间的变异程度占总群体的3.4%,群体间变异程度不高。5.计算了Nei氏标准遗传距离和共祖距离,结果表明品种间的遗传距离变异不大。根据Nei氏标准遗传距离和共祖距离,分别进行了NJ和UPGMA聚类,结果表明NJ聚类图和UPGMA聚类图结果较一致。6.本试验所选用的18个微卫星位点大部分处于哈代温伯不平衡状态,这可能与群体的数量和采样或选择、迁移、遗传漂变等有关。7.用SAS6.12软件对与生长发育性状相关的6个位点进行了方差分析,分析得出与生长发育性状相关的5个微卫星位点,分别为:BM6444,MAF70,BM315,BM1818,BMC1206;并且找到了每个位点对具体性状有正、负效应的等位基因。

论文目录

• 致谢
• 中文摘要
• 第1章 文献综述
• 1.1 我国山羊品种资源概况
• 1.2 河南省五个地方山羊品种简介
• 1.3 畜禽遗传多样性的保护
• 1.3.1 畜禽遗传多样性的含义
• 1.3.2 畜禽遗传多样性的保护的意义
• 1.3.3 保护地方品种遗传资源多样的必要性
• 1.3.4 我国地方山羊遗传多样性研究进展
• 1.3.4.1 形态学水平的遗传多样性
• 1.3.4.2 细胞学水平的遗传多样性
• 1.3.4.3 免疫学与生物化学水平的遗传多样性
• 1.3.4.4 DNA 分子水平的遗传多样性
• 1.4 分子遗传标记研究进展
• 1.4.1 分子遗传标记
• 1.4.2 微卫星标记
• 1.4.2.1 微卫星标记的结构及产生机制
• 1.4.2.2 微卫星标记的优点
• 1.4.2.3 微卫星 DNA 的获得及选择的原则
• 1.4.2.4 微卫星 DNA 的检测
• 1.4.2.5 微卫星标记在羊遗传育种中的应用
• 1.5 利用分子标记研究山羊生长性状的概况
• 第2章 引言
• 第3章 试验材料与方法
• 3.1 试验材料
• 3.1.1 采样及地点数量
• 3.1.2 采样方法及原则
• 3.2 主要仪器设备
• 3.3 主要试剂与溶液的配制
• 3.3.1 主要试剂
• 3.3.2 溶液的配制
• 3.4 基因组 DNA 的提取
• 3.4.1 DNA 的提取步骤
• 3.4.2 基因组DNA 的质量检测
• 3.4.3 DNA 提取的注意事项
• 3.5 微卫星位点多态性检测
• 3.5.1 微卫星 DNA 标记的选择
• 3.5.2 PCR 反应
• 3.5.3 琼脂糖凝胶电泳检测PCR 产物
• 3.5.4 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测
• 3.5.5 聚丙烯酰胺凝胶银染
• 3.5.6 数据处理
• 3.6 统计分析
• 3.6.1 群体内的遗传变异
• 3.6.2 群体间的遗传分析
• 3.6.3 利用SAS（6.12）软件分析标记基因型与生产性状遗传参数的相关系数
• 第4章 结果与分析
• 4.1 山羊基因组 DNA 琼脂糖检测
• 4.2 PCR 扩增产物琼脂糖凝胶电泳
• 4.3 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测
• 4.4 河南5个山羊品种微卫星位点等位基因及其基因频率
• 4.5 群体内遗传变异结果分析
• 4.5.1 河南5 个地方山羊品种的有效等位基因数
• 4.5.2 河南5 个地方山羊品种的特有等位基因和优势等位基因
• 4.5.3 河南地方山羊品种群体结构检测（哈代温伯平衡检测）
• 4.5.4 河南5 个地方山羊品种多态信息含量分析
• 4.5.5 河南5 个地方山羊品种杂合度分析
• 4.6 群体间的遗传关系分析
• 4.6.1 河南5 个地方山羊品种的遗传分化系数
• 4.6.2 河南5 个地方山羊品种的遗传距离分析
• 4.6.3 五个山羊群体之间的聚类图
• 4.7 微卫星标记与体尺性状的关系
• 第5章 讨论与结论
• 5.1 讨论
• 5.1.1 关于抽样与样本含量的讨论
• 5.1.2 关于 DNA 提取的注意事项
• 5.1.3 关于微卫星位点的数目
• 5.1.4 PCR 扩增中有关问题的讨论
• 5.1.5 PCR产物检测中存在的问题讨论
• 5.1.6 关于群体内和群体间的遗传变异
• 5.1.7 关于遗传距离和聚类方式
• 5.1.8 微卫星座位与生产性状参数相关关系
• 5.2 结论
• 参考文献
• 英文摘要