论文摘要
蛋白质酪氨酸磷酸酶在细胞信号传导过程中发挥着非常关键的作用,并与多种人类疾病的发生、发展密切相关。对于PTPs生物学功能的研究已经越来越受到人们的重视,而秀丽线虫已经被证明是一个非常优秀的模式生物,可以用来研究PTPs的生物学功能以及相关的信号传导通路。首先,我们应用丰富的数据库资源,从秀丽线虫基因组中搜索得到了所有编码蛋白质酪氨酸磷酸酶的基因,并对这些基因及其编码的蛋白质进行了整理和分析。我们发现,秀丽线虫相对人类及其它物种来说,具有一个非常大的PTP组,包含127个成员,而且经过序列比对发现,秀丽线虫PTPs具有非常高的多样性,其中27个以丝氨酸为活性中心位点的PTPs在其它物种中并未发现。另外,我们对秀丽线虫中具有FYVE结构域的MTM家族酶ceMTM3进行了克隆、表达、抗体制备及生物化学性质的表征,发现了一个新的ceMTM3基因亚型,而且证明ceMTM3是作用于底物磷酸肌醇的D3位点上。将ceMTM3基因进行RNA干扰后,秀丽线虫的运动能力在成虫期以后受到了严重的损害,说明ceMTM3在秀丽线虫肌肉保持中发挥着重要的作用,这为研究人类骨骼肌减少症提供了一个优秀的模型并打下了良好的理论基础。
论文目录
内容提要第一篇 秀丽线虫蛋白质酪氨酸磷酸酶组的生物信息学研究第一章 前言第一节 蛋白质酪氨酸磷酸酶家族的组成第二节 人类107 个PTPs的分类第三节 PTPs催化结构域的序列特征第四节 PTPs的结构特征第五节 PTPs与人类疾病第六节 本研究的目的和意义一、研究目的二、研究意义第二章 材料与方法一、从秀丽线虫基因组中搜索蛋白质酪氨酸磷酸酶二、序列分析及结构域的确定三、PTP结构域的序列比对及系统发生学分析四、生物进化树的绘制第三章 结果与讨论第一节 秀丽线虫127 个蛋白质酪氨酸磷酸酶概况一、秀丽线虫PTP超家族成员二、秀丽线虫超家族酶活性位点的特征三、秀丽线虫PTPs在染色体上的定位四、秀丽线虫PTPs的表达情况分析五、秀丽线虫PTPs中的假基因六、秀丽线虫PTP组中的相似序列七、对PTP1B-like cePTPs的活性预测第二节 秀丽线虫PTPs的分类一、秀丽线虫PTP1B-like蛋白质酪氨酸磷酸酶二、秀丽线虫VH1-like双底物特异性磷酸酶三、CDC25 亚家族四、低分子量蛋白质磷酸酶五、EYA亚家族酶第三节 秀丽线虫PTPs的结构特征一、秀丽线虫PTP1B-like PTPs的结构特征二、WSN结构域的序列特点第四节 PTP1B-like PTPs进化规律的初步研究一、有代表性的真核生物物种PTP组的研究二、线虫动物门PTP组三、脊索动物门PTP组四、节肢动物门PTP组五、棘皮动物门PTP组六、原生生物PTP组七、多去氧核糖核酸病毒(polydnavirus)中的PTP组第四章 结论第二篇 应用RNAi技术研究秀丽线虫MTM3 的生物学功能第一章 前言第一节 MTM亚家族蛋白质磷酸酶第二节 RNA干扰一、RNAi的机理二、RNAi的特征三、RNAi的生物学功能四、待解决的问题第三节 秀丽新杆线虫一、秀丽线虫简介二、线虫作为模式生物的优势三、RNAi在线虫中的实现方法第四节 本研究的目的及意义一、研究目的二、研究意义第二章 秀丽线虫MTM3 的分子克隆第一节 实验材料一、菌株及质粒二、试剂三、仪器第二节 实验方法一、基本分子生物学实验方法二、cDNA 末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends, RACE)三、引物设计四、秀丽线虫总RNA的提取五、cDNA的合成六、目的片段的扩增七、RACE产物的序列测定八、ceMTM3 全长编码区的克隆九、融合蛋白表达载体的构建和诱导表达第三节 实验结果一、ceMTM3 基因新的亚型的发现二、ceMTM3b cDNA的克隆三、ceMTM3b编码区的全长克隆四、ceMTM3CT克隆载体的构建五、ceMTM3CT表达载体的构建本章小结第三章 ceMTM3 多克隆抗体的制备第一节 实验材料一、试剂及柱料二、缓冲液三、仪器设备第二节 实验方法一、GST-ceMTM3CT融合蛋白的分离纯化二、线虫PRL抗体的制备三、ceMTM3 抗体的纯化第三节 结果与讨论一、GST-ceMTM3CT融合蛋白的分离纯化二、免疫家兔后抗体效价的检测三、多克隆抗体经纯化后抗体效价的检测本章小结第四章 ceMTM3 生物学功能的研究第一节 实验材料一、菌株、线虫和质粒二、缓冲液及培养基三、仪器设备第二节 实验方法一、表达ceMTM3 dsRNA菌株的构建二、线虫的一般培养三、对线虫ceMTM3 基因的干扰四、干扰后对线虫表型的观测五、线虫cPRL基因表达位点的研究六、磷酸酶活性分析七、脂质-膜覆盖分析八、研究线虫ceMTM3 基因在线虫生命周期的表达第三节 结果与讨论一、dsRNA表达载体的构建二、ceMTM3 生物化学性质的表征三、RNAi对ceMTM3 表达的影响四、干扰后线虫表型变化的观测五、ceMTM3 表达分布位点的研究六、ceMTM3 在不同发育阶段线虫中的表达本章小结第五章 结论参考文献攻读博士期间发表的论文致谢中文摘要Abstract
相关论文文献
标签:秀丽线虫论文; 蛋白质酪氨酸磷酸酶论文; 肌管素蛋白论文; 磷酸肌醇论文; 骨骼肌减少症论文;
秀丽线虫蛋白质酪氨酸磷酸酶组的生物信息学及ceMTM3生物学功能的研究
下载Doc文档