猪X-linked miRNA的表达模式的研究

论文摘要

MicroRNAs（miRNA）是在真核生物中发现的一类内源性的具有调控功能的非编码小RNA,其大小长约20～25个核苷酸,不编码任何蛋白质。miRNA能够识别特定的靶mRNA,通过使mRNA降解或与mRNA结合来抑制蛋白质的合成,达到调控基因表达的目的。本实验采用荧光定量PCR技术（Eva Green法）检测了32个X-linked miRNA在7月龄荣昌猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、睾丸和卵巢组织中的表达差异。为了更好的解释这些miRNA在X染色体和1到18的常染色体上的密度,计算了猪567个性别表达相关的pre-miRNA的637个基因组的位置,然后将52个X-linked pre-miRNA按基因组位点距离分类,两两之间距离小于50kb就作为一个簇,最后分析了X-linked miRNA在基因组上的距离与相对表达量之间的相关性。结果显示：（1）X-linked miRNA特异性的在脾脏、睾丸、卵巢和肾脏中高表达,（2）通过对miRNA在染色体上的密度分析,发现X染色体编码的pre-miRNA是常染色体编码的1.69倍,对于X染色体来说,每Mb的染色体编码了0.49个pre-miRNA,而其它的18个常染色体每Mb只编码了0.29个pre-miRNA。（3）两个pre-miRNA之间距离小于50kb就作为一个簇,这样在X染色体上面就有9个簇。（4）32个X-linked miRNA中,miRNA之间的距离最小是40nt（mir-450a到mir-450c）,最大是81Mb （PN（a）-80到mir-221）。通过研究发现,X-linked miRNA之间距离小于50Kb具有更高的相同模式的表达性。距离在50Kb的位置,相关系数最高等于1。而距离大于50Kb, X-linked miRNA之间的遗传距离和表达量之间的相关性急剧下降。本研究的结果可为探索X-linked miRNA的组织间表达模式提供一种途径。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 1 文献综述
• 1.1 MIRNA的研究进展
• 1.1.1 miRNA简介
• 1.1.2 miRNA的发现
• 1.1.3 miRNA的表达模式
• 1.1.4 miRNA的特征
• 1.1.5 miRNA的作用机制
• 1.1.5.1 miRNA的转录
• 1.1.5.2 miRNA的成熟
• 1.1.6 miRNA的功能
• 1.1.6.1 mRNA剪切
• 1.1.6.2 翻译抑制
• 1.1.7 X-linked miRNA
• 1.2 MIRNA表达的检测方法的研究进展
• 1.2.1 miRNA表达的检测方法
• 1.2.1.1 Northern印迹分析（Northern Blot Analysis）
• 1.2.1.2 微阵列分析
• 1.2.1.3 定量实时PCR
• 1.3 本研究的主要内容和目的意义
• 1.3.1 本研究的主要内容
• 1.3.2 本研究的目的和意义
• 1.3.3 本研究的创新点
• 2 材料和方法
• 2.1 实验材料
• 2.1.1 实验动物
• 2.1.2 样品采集
• 2.2 主要仪器设备
• 2.3 实验试剂
• 2.4 常用试剂的配制
• 2.5 实验方法
• 2.5.1 抽提组织中的总RNA
• 2.5.2 RNA样品的琼脂糖凝胶电泳检测
• 2.5.3 cDNA的合成（Reverse Transcription,RT）
• 2.5.4 PCR引物的设计与合成
• 2.5.5 实时荧光定量PCR
• 2.6 荧光定量数据处理
• 3 结果与分析
• 3.1 X-LINKED MIRNA在组织中的差异表达
• 3.1.1 let-7f-5p和miR-98-5p在组织中的表达
• 3.1.2 miR-221-5p和miR-222-3p在组织中的表达
• 3.1.3 miR-363-3p、miR-106-5-5p、miR-92a-2-3p、miR-361-5p和miR-325-3p在组织中的表达
• 3.1.4 miR-374b-5p、miR-374b-5p和PN（a）-75-3p在组织中的表达
• 3.1.5 miR-450a-5p、miR-450b-5p、miR-450c-5p、miR-424-5p、miR-503-5p和miR-542-5p在组织中的表达
• 3.1.6 PN（a）-74-3p和PN（a）-78-5p在组织中的表达
• 3.1.7 PN（a）-76-3p和PN（a）-77-5p在组织中的表达
• 3.1.8 miR-105-1-5p和miR-224-5p在组织中的表达
• 3.1.9 PN（a）-79-3p在组织中的表达
• 3.1.10 PN（a）-80-5p在组织中的表达
• 3.1.11 miR-676-3p在组织中的表达
• 3.1.12 miR-505-3p在组织中的表达
• 3.1.13 miR-504-5p在组织中的表达
• 3.1.14 PN（a）-75-3p在组织中的表达
• 3.3 X-LINKED MIRNA在染色体上的密度
• 3.4 MIRNA簇
• 3.5 MIRNA之间的距离和相对表达量之间的关系
• 4 讨论
• 4.1 X-LINKED MIRNA在组织间的表达差异
• 4.2 X-LINKED MIRNA在染色体上的密度分析
• 4.3 MIRNA簇分析
• 4.4 X-LINKED MIRNA之间的物理距离和它们相对表达量之间的关系
• 4.5 本研究的局限
• 5 结论
• 6 参考文献
• 致谢