人类群体遗传空间结构异质性理论与定量分析方法研究

论文题目: 人类群体遗传空间结构异质性理论与定量分析方法研究

论文类型: 博士论文

论文专业: 流行病与卫生统计学

作者: 薛付忠

导师: 王洁贞

关键词: 人类群体遗传学,人类群体遗传空间结构,空间异质性,数学模型

文献来源: 山东大学

发表年度: 2005

论文摘要: 人类群体遗传结构是指人群中所有个体的全部基因座的基因频率。目前,研究人类群体遗传结构的空间结构模式及其变化规律的定量分析方法,在分析群体遗传结构的空间特征、空间估计、群体空间关系和基因流动轨迹、遗传界线的识别、遗传结构空间成分的定量剖分等方面均存在局限性。为此,本研究遵循人类群体遗传学原理,将地质统计学、数学生态学、混沌分形理论、图论、分子遗传学等学科理论方法相结合,研究了人类群体遗传空间结构异质性(即复杂性和变异性)的定量分析方法,旨在完善人类群体遗传空间结构定量分析方法体系。全文由以下六章内容组成: 第一章基因选择与资料收集:根据不同类型基因座的突变、进化机制和收集的群体遗传学资料,选择了趋化因子CCR2、趋化因子受体SDF-1、ABO、HLA—A,B、TPOX、FGA、CSF1PO、D7S820、THO1和VWA基因座的多态性资料作为本研究的基本数据,构建了各基因座的空间数据库。第二章人类群体遗传结构的理论模型和常用测度指标:简介了人类群体遗传结构的有关理论模型(岛屿模型、步石模型和距离隔离模型)和常用测度指标(基因频率及其方差协方差、杂合度和基因多样性、遗传分化系数和固定指数、遗传距离),以便于理解群体遗传结构的有关概念。第三章人类群体遗传空间结构分析的经典多元统计模型及其改进:从分析基因频率矩阵结构特点入手,探讨了应用经典多元统计模型分析群体遗传空间结构时所存在的问题及其改进方法:①针对基因频率矩阵的“闭合”特点,提出了对数比非线性多元分析方法;②通过对提取基因频率矩阵主成分方法的比较,证明均值化和中心化协方差阵是提取基因频率矩阵主成分的有效方法;③利用主成分特征根的权重性和特征向量对群体遗传结构变异性作用方向的信息,定义了主成分综合遗传效应测度(SPC);④将图论和多元统计方法有机结合,构建了既可反映群体遗传空间结构特性,又可揭示群体问遗传学联系的“图论多元排序分析”模型;⑤通过分析群体遗传空间结构对应分析中“蹄型效应”产生的原因,提出了其校正方法;⑥构建了人类群体遗传空间结构的PPG Biplot模型,其几何性质和特征参数反映了丰富的群体遗传学含义。

论文目录:

中文摘要

英文摘要

符号说明

序

第一章基因选择与资料收集

一 HIV-I感染相关基因—趋化因子及其受体基因

二 ABO基因座

三人类白细胞抗原(HLA)基因座

四 STR基因座系统

第二章人类群体遗传结构的理论模型和常用测度指标

一人类群体遗传结构及其理论模型

二人类群体遗传结构的常用测度指标

第三章人类群体遗传空间结构分析的经典多元统计模型及其改进

一基因多态性数据矩阵及其结构特点

二应用经典多元统计模型分析群体遗传结构时所存在的问题及其改进方法

三人类群体遗传空间结构主成分分析方法的改进

四人类群体遗传空间结构的图论排序分析方法

五人类群体遗传空间结构的对应分析及其改进

六人类群体遗传空间结构的PPG双标图模型及其应用

第四章人类群体遗传空间结构模型的建模假设和思路

一基因频率随机过程理论的形成和发展

二基因频率空间分布的随机函数假设

三人类群体遗传空间结构模型的建模假设和思路

第五章人类群体遗传空间结构异质性模型

一人类群体遗传空间结构异质性的基本概念

二人类群体遗传空间结构的变异函数模型

三人类群体遗传空间结构的理论变异函数模型及其结构分析

四人类群体遗传空间结构的空间估计模型

五应用

第六章人类群体遗传空间结构的空间分析模型

一人类群体遗传空间结构的二维图论聚类分析模型

二人类群体遗传空间结构的混沌分形模型

三人类群体遗传空间结构的典型趋势面分析模型

附录

参考文献

致谢

攻读学位期间发表的学术论文目录

发布时间: 2005-10-17

参考文献

[1].C1SLs小鼠群体遗传结构解析与血脂QTLs内候选基因鉴定[D]. 徐福意.东华大学2017
[2].孑遗植物珙桐的群体遗传学和谱系地理学研究[D]. 杜玉娟.浙江大学2012
[3].毒沟褶菌（Trogia venenata）群体遗传学及鸡油菌复合种分子系统学与生物地理学研究[D]. 米飞.云南大学2016
[4].东亚特有濒危植物黄山梅的亲缘地理学与群体遗传学研究[D]. 孙逸.浙江大学2012

人类群体遗传空间结构异质性理论与定量分析方法研究

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