本文主要研究内容
作者童月霞,胡晓璇,程宗明,仲岩（2019）在《苹果NBS-encoding基因对斑点落叶病菌侵染的表达响应》一文中研究指出：[目的]本文旨在分析苹果差异表达NBS-encoding基因的特征,挖掘在苹果斑点落叶病菌侵染过程中的潜在响应基因。[方法]通过苹果斑点落叶病菌侵染‘红星’后的RNA-seq数据筛选出差异表达的NBS-encoding基因,并利用ProtParam、Pfam、SMART等网站分析了其理化性质;利用R studio软件构建表达热图并分析其表达模式;利用Fast Tree 2软件构建苹果NBS-encoding基因家族的系统进化树,并利用MEGA 6.0软件计算差异表达的NBS-encoding基因所在系统进化支的Ka/Ks值,研究NBS-encoding基因在进化过程中受到的选择压力;利用Cytoscape 3.0软件构建共表达网络图,分析NBS-encoding基因之间的关联性。[结果]共筛选得到了19个差异表达NBS-encoding基因。表达模式分析表明,有3个基因(登录号为MDP0000259862、MDP0000304378和MDP0000292810)可能在响应苹果斑点落叶病的过程中起了关键作用。19个差异表达基因分布在系统进化树的15个进化支中,其中进化支10、12、14、15的平均Ka/Ks值均大于1,说明这些进化支中的基因受到正选择压力的作用,尤其是登录号为MDP0000210357、MDP0000751628、MDP0000147704和MDP0000372663的基因;而其余15个NBS-encoding基因的平均Ka/Ks值均小于1,说明它们受到纯化选择的作用。此外,有16个基因处于同一个共表达网络中,登录号为MDP0000210357、MDP0000240537和MDP0000291205的基因扮演着重要的角色。[结论]19个苹果NBS-encoding基因参与苹果斑点落叶病菌侵染后的响应过程,其中登录号为MDP0000259862、MDP0000304378、MDP0000292810、MDP0000210357、MDP0000240537和MDP0000291205的基因可作为候选基因进行苹果抗病品种选育。
Abstract
[mu de ]ben wen zhi zai fen xi ping guo cha yi biao da NBS-encodingji yin de te zheng ,wa jue zai ping guo ban dian la xie bing jun qin ran guo cheng zhong de qian zai xiang ying ji yin 。[fang fa ]tong guo ping guo ban dian la xie bing jun qin ran ‘gong xing ’hou de RNA-seqshu ju shai shua chu cha yi biao da de NBS-encodingji yin ,bing li yong ProtParam、Pfam、SMARTdeng wang zhan fen xi le ji li hua xing zhi ;li yong R studioruan jian gou jian biao da re tu bing fen xi ji biao da mo shi ;li yong Fast Tree 2ruan jian gou jian ping guo NBS-encodingji yin jia zu de ji tong jin hua shu ,bing li yong MEGA 6.0ruan jian ji suan cha yi biao da de NBS-encodingji yin suo zai ji tong jin hua zhi de Ka/Kszhi ,yan jiu NBS-encodingji yin zai jin hua guo cheng zhong shou dao de shua ze ya li ;li yong Cytoscape 3.0ruan jian gou jian gong biao da wang lao tu ,fen xi NBS-encodingji yin zhi jian de guan lian xing 。[jie guo ]gong shai shua de dao le 19ge cha yi biao da NBS-encodingji yin 。biao da mo shi fen xi biao ming ,you 3ge ji yin (deng lu hao wei MDP0000259862、MDP0000304378he MDP0000292810)ke neng zai xiang ying ping guo ban dian la xie bing de guo cheng zhong qi le guan jian zuo yong 。19ge cha yi biao da ji yin fen bu zai ji tong jin hua shu de 15ge jin hua zhi zhong ,ji zhong jin hua zhi 10、12、14、15de ping jun Ka/Kszhi jun da yu 1,shui ming zhe xie jin hua zhi zhong de ji yin shou dao zheng shua ze ya li de zuo yong ,you ji shi deng lu hao wei MDP0000210357、MDP0000751628、MDP0000147704he MDP0000372663de ji yin ;er ji yu 15ge NBS-encodingji yin de ping jun Ka/Kszhi jun xiao yu 1,shui ming ta men shou dao chun hua shua ze de zuo yong 。ci wai ,you 16ge ji yin chu yu tong yi ge gong biao da wang lao zhong ,deng lu hao wei MDP0000210357、MDP0000240537he MDP0000291205de ji yin ban yan zhao chong yao de jiao se 。[jie lun ]19ge ping guo NBS-encodingji yin can yu ping guo ban dian la xie bing jun qin ran hou de xiang ying guo cheng ,ji zhong deng lu hao wei MDP0000259862、MDP0000304378、MDP0000292810、MDP0000210357、MDP0000240537he MDP0000291205de ji yin ke zuo wei hou shua ji yin jin hang ping guo kang bing pin chong shua yo 。
论文参考文献
论文详细介绍
论文作者分别是来自南京农业大学学报的童月霞,胡晓璇,程宗明,仲岩，发表于刊物南京农业大学学报2019年02期论文，是一篇关于苹果斑点落叶病论文,基因论文,表达模式论文,选择压力论文,共表达网络论文,南京农业大学学报2019年02期论文的文章。本文可供学术参考使用，各位学者可以免费参考阅读下载，文章观点不代表本站观点，资料来自南京农业大学学报2019年02期论文网站，若本站收录的文献无意侵犯了您的著作版权，请联系我们删除。
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